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杉木SRAP-PCR体系优化被引量：6: 2014年; 为建立杉木SRAP-PCR反应体系,利用L16(45)正交设计对影响杉木SRAP-PCR反应体系的Mg2+、dNTPs、引物、Taq酶和DNA浓度5种因素的4个水平进行优化实验,结合正交直观分析和方差分析,对影响反应较大的Mg2+、dNTPs和引物浓度进行单因素实验,最终确定杉木SRAP-PCR最佳的反应体系为:在20μL的PCR反应体系中,Mg2+浓度为2.25 mmol/L、dNTPs为0.15 mmol/L、引物浓度为0.4μmol/L、Taq酶为1.5μmol/min、模板DNA为60 ng,10×PCR Buffer 2μL,不足部分用双蒸水补充至20μL。PCR反应程序的两步最适退火温度第1步为35℃,第2步为53℃。利用上述反应体系进行杉木PCR扩增,能得到清晰、稳定的条带。; 王新民郑仁华陈金慧赵亚琦徐阳王颖施季森; 关键词：杉木 SRAP-PCR

杉木SSR-PCR体系优化被引量：6: 2014年; SSR—PCR反应体系优化是杉木SSR标记研究的基础。利用正交L16（4^5）设计实验对杉木SSR-PCR反应体系的Mg2＋、dNTPs、引物、Taq酶和DNA浓度5个因素的4个水平进行优化试验。并在正交直观分析和方差分析的基础上，分别对Mg2＋、dNTPs进行单因素确定。获得的最佳反应体系为：在20灿反应体系中，Mg2＋浓度为1．0mmol／L，引物浓度为0．25μmol／L，dNTPs浓度为0．15mmol／L，Taq酶为0．05U／μL，DNA为30ng，10×PCRBuffer2μL，不足部分用双蒸水补齐至20μL。在最佳反应体系的基础上，采用单因素实验确定了引物的最佳退火范围为63～53℃。利用此反应体系对10个F1代杉木材料及其亲本，进行4对SSR标记进行PCR扩增并电泳检测，其结果清晰、稳定。说明此体系适合进一步的杉木SSR研究工作。; 徐阳陈金慧王颖赵亚琦王新民郑仁华施季森; 关键词：杉木分子标记正交试验

杉木地理种源的EST-SSR分子标记变异研究被引量：8: 2014年; 研究采用EST-SSR分子标记对全国不同杉木种源区的42个代表性种源进行了地理种源分子标记的遗传多样性研究。实验结果表明,杉木种源水平上存在较高的遗传多态性。实验使用15个EST-SSR引物扩增出17个位点,共有52个多态性等位基因,每个位点平均具3.058 8个等位基因,平均每个座位的PIC为0.296。相对其他研究,该研究利用SSR标记在每位点检测到更多的遗传变异信息。以遗传距离10作为阀值时,42个杉木种源聚类分析可知,除了福建永春碧卿(编号2)和广西浦北(编号16)种源自成一类外,其他40个种源按从南到北、从东到西的地理分布被聚为四大类群,与以往的杉木种子区划研究结果有较高的吻合度。同时,研究也检测到SSR分子标记的等位基因频率在四大类群间存在着较大的变异,而且这些标记大多位于与植物抗逆性相关的功能基因的编码区域内。因此,笔者推测杉木的地理变异可能与这些基因的等位变异有关。; 徐阳陈金慧赵亚琦王颖王新民刘伟东施季森郑仁华欧阳磊张志才黄金华叶代全方扬辉; 关键词：杉木种源 SSR 进化

杉木EST-SSR与基因组SSR引物开发被引量：15: 2014年; 利用已经公布的杉木444条EST序列和未公布的杉木基因组文库中1 142条基因序列,进行引物开发效率的比较。去冗余后,利用MISA搜索SSR位点,分别得到109个和39个含有SSR的位点。杉木EST序列中SSR分布密度为964.58个/Mbp,基因组中平均每Mbp出现1 037.24个SSR。在两个独立来源的数据库序列中,六核苷酸重复均为最多的重复类型,且AT-rich的重复类型占较大比例。AGC/CTG是杉木EST序列和基因组库中最多的三碱基重复,通过Primer 3.0分别设计出SSR引物95对和37对。为考察设计引物在杉木不同种源(群体)中的有效性,取12个种源(个体)的优良个体,利用随机抽取的10个EST-SSR和8个gSSR(基因组SSR)进行引物筛选,结果表明:EST-SSR和gSSR各有4对引物在12个种源(个体)中表现出明显的多态性,多态率分别为40%和50%。8对多态性的SSR引物共扩增出25个多态性等位位点,平均每个引物产生3.125个多态性等位位点,平均有效的等位位点为2.399 5,PIC平均值为0.519 1;Hot平均为0.307 4。其中gSSR标记在检测群体间存在较大的分化,4个gSSR比4个EST-SSR扩增出更多的等位位点数、平均等位位点数,以及更大的PIC值。; 徐阳陈金慧李亚洪舟王颖赵亚琦王新民施季森; 关键词：杉木基因组SSR EST-SSR

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王颖