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猪ANK1新的可变剪接体功能预测、组织表达谱分析与真核表达载体构建: 2017年; 为进一步了解猪ANK1基因,本研究以广西巴马猪作为实验对象,分析ANK1基因结构与功能,并利用实时荧光定量PCR方法,分析ANK1基因在广西巴马小型猪11个不同组织(心脏,肝脏,脾脏,肺脏,肾脏,大肠,小肠,胰腺,皮下脂,胃,背最长肌)中的表达水平。组织表达谱分析结果表明ANK1基因在11个组织中均有表达,mRNA表达量表现为:胰腺>心脏>背最长肌>胃>大肠>肝脏>肾脏>小肠>脾脏>肺脏>脂肪。ANK1基因编码的蛋白通过生物信息学分析表明,编码156个氨基酸,存在跨膜结构和跨膜信号肽,分子量为17 799.27,理论等电点6.31,α螺旋和无规则卷曲所占比例比较大。通过酶切技术成功获得p EGFP-ANK1重组质粒并转染到C2C12细胞中,于48 h拍照发现细胞发出荧光,说明ANK1基因真核表达载体构建成功。; 李龙夏攀洁吴延军綦文晶朱思然张广杰龙开旭夏利兰干球; 关键词：真核表达载体生物信息学表达谱

不同葡萄糖水平对C2C12细胞线粒体能量代谢相关基因表达影响的研究被引量：1: 2017年; 本实验目的是通过细胞实验检测葡萄糖水平对线粒体能量代谢相关基因(PGC-1α,ERRα,NRF-1,TFAM和线粒体基因)表达的影响,为研究相关调控基因在2型糖尿病中所起到的作用打下基础。细胞实验通过用两种不同葡萄糖水平的培养基对C2C12细胞进行培养,QRT-PCR检测线粒体能量代谢关键调控基因表达水平。结果显示,细胞培养过程中PGC-1α、ERRα、NRF-1、TFAM和线粒体基因(12S r RNA和COX2)表达变化趋势基本一致,60 h高糖组的基因相对表达量高于低糖组。在C2C12肌细胞中,适度的葡萄糖能诱导PGC-1α及其下游基因ERRα、NRF-1、TFAM的表达水平上升,增加mt DNA数量,促进肌细胞能量代谢,提高对糖的利用能力。; 严雪瑜邹辉崔悦悦严小东朱思燃张广杰郭亚芬兰干球蒋钦杨; 关键词：C2C12细胞能量代谢基因表达

杜长大猪UCP3基因克隆及白藜芦醇对其表达的影响被引量：3: 2019年; 【目的】明确白藜芦醇对杜长大猪UCP3基因表达及脂肪代谢的影响,为揭示猪优良肉质性状形成机制打下基础。【方法】提取2月龄杜长大猪皮下脂肪组织RNA,采用RT-PCR扩增杜长大猪UCP3基因编码区(CDS)序列,运用在线软件对其进行生物信息学分析,并以实时荧光定量PCR检测白藜芦醇(400 mg/kg,饲喂30 d)对杜长大猪脂肪中UCP3基因表达的影响。【结果】从杜长大猪皮下脂肪组织中成功克隆获得UCP3基因CDS序列,全长927 bp,共编码308个氨基酸,其蛋白分子质量33673.09 Da,理论等电点(pI)9.44;与普通猪的UCP3基因序列相比,杜长大猪UCP3基因编码序列共有9处发生碱基突变,其中4处为错义突变,导致UCP3蛋白有4处氨基酸突变,分别为第74位脯氨酸(Pro)→亮氨酸(Leu)、第150位甘氨酸(Gly)→精氨酸(Arg)、第203位Arg→Gly和第259位缬氨酸(Val)→Leu。杜长大猪UCP3基因CDS序列与普通猪UCP3基因CDS序列的同源性为99.0%,其UCP3蛋白二级结构中以α-螺旋占比最高(46.43%)、β-转角占比最低(7.47%),属于亲水性蛋白。饲喂白藜芦醇(400 mg/kg)能极显著上调杜长大猪皮下脂肪UCP3基因表达(P<0.01),其相对表达量是对照组(不饲喂白藜芦醇)的2.06倍。【结论】白藜芦醇是通过上调杜长大猪UCP3基因表达而影响其脂肪代谢。; 崔悦悦张广杰徐晓芙夏琴邹辉江雨航瞿秋红蒋钦杨黄艳娜郭亚芬兰干球; 关键词：生物信息学分析白藜芦醇

广西巴马小型猪RGS1基因克隆及内脏组织表达谱分析: 2021年; 为了研究广西巴马小型猪RGS1基因的生物信息学特点及其在高脂高糖饲养条件下的组织表达差异,采集其内脏组织样品,利用实时荧光定量PCR进行RGS1基因的表达差异分析,采用DNASTAR、TMHMM等软件进行基因信息学分析。结果表明RGS1基因在肝脏以及背脂中表达量显著高于其他组织,实验组肝脏以及背脂中RGS1基因的表达量显著高于对照组。RGS1基因与GenBank中野猪参考序列(XM_003357617.4)对比发现,在第414位点存在一个碱基突变。广西巴马小型猪RGS1蛋白不存在跨膜结构,存在信号肽,属亲水性蛋白;三级结构预测符合RGS1蛋白,建模成功。说明广西巴马小型猪RGS1基因可能与体内的脂肪代谢存在一定的联系,其RGS1基因编码蛋白主要参与细胞内活动,而非外分泌型蛋白。本试验研究了广西巴马小型猪RGS1基因在高脂高糖条件下的变化,后续可进一步与生产数据结合,如若结果一致,可以为糖尿病的建立提供参考依据。; 黄叶张广杰吴延军奉玲丽瞿秋红司景磊张琰芳梁晶兰干球; 关键词：广西巴马小型猪实时荧光定量PCR 生物信息学分析

杜长大猪NRF-1基因的克隆及白藜芦醇对其表达的影响: 2019年; 为了克隆杜长大猪NRF-1基因,并研究白藜芦醇(RES)对NRF-1基因表达的影响,试验参照GenBank中猪的NRF-1基因序列(XM02107900.1)设计引物,提取2月龄杜长大猪的皮下脂肪组织总RNA,应用PCR技术克隆出NRF-1基因CDS序列并进行生物信学分析;以经白藜芦醇干预和正常喂养的杜长大猪为研究对象,采用实时荧光定量PCR方法检测杜长大猪皮下脂肪中NRF-1基因mRNA相对表达水平。结果表明:成功克隆出杜长大猪NRF-1基因CDS区,长度为1 404 bp;其与参考猪序列比对时发现有1处碱基发生突变,即第666位点A→G,且为同义突变;与猪、小家鼠、大家鼠、人、斑马鱼、豚尾猴等6个物种的NRF-1基因同源性分别为99.9%、91.3%、89.6%、91.3%、76.3%、91.3%;系统进化树分析显示,杜长大猪与普通猪之间的关系较近,与豚尾猴和斑马鱼之间的关系较远;预测杜长大猪NRF-1基因编码467个氨基酸,蛋白质分子质量为49 973 u,等电点为5.18,是亲水性蛋白;在NRF-1蛋白二级结构中,α-螺旋所占比例为42.18%,β-折叠所占比例为7.49%,无规则卷曲所占比例为34.90%,延伸链所占比例为15.42%;实时荧光定量PCR检测显示,经白藜芦醇干预后杜长大猪皮下脂肪中NRF-1基因的相对表达量极显著提高(P<0.01)。说明试验成功克隆出杜长大猪NRF-1基因的编码区序列,经白藜芦醇干预后杜长大猪皮下脂肪中NRF-1 mRNA相对表达水平上调,推测白藜芦醇可能通过上调NRF-1基因的表达促进脂肪代谢,减少脂肪沉积。; 崔悦悦夏琴梁建莉张广杰邹辉江雨航瞿秋红蒋钦杨黄艳娜郭亚芬兰干球; 关键词：生物信息学分析白藜芦醇实时荧光定量PCR

广西巴马小型猪CTSK基因CDS区克隆与生物信息学分析被引量：1: 2019年; 目的对广西巴马小型猪组织蛋白酶K(cathepsin K,CTSK)基因CDS区进行克隆及生物信息学分析。方法从广西巴马小猪的皮下脂肪中提取总RNA,通过RT-PCR方法扩增获得CTSK基因CDS区序列,并采用相关生物信息学软件对其序列特征、系统进化、编码蛋白结构和理化性质进行分析。结果广西巴马小型猪CTSK基因CDS全长993 bp,编码330个氨基酸,与NCBI上公布的普通猪(NM_214302.1)CTSK基因序列完全一致。同源性比对结果发现,CTSK基因在进化过程中具有较高的保守性。广西巴马小型猪CTSK蛋白具有明显的亲水性区域,在第17-330氨基酸位置区域存在一条信号肽序列,不存在跨膜结构域,二级结构元件由α螺旋、β折叠、无规卷曲和延伸链组成。修饰结构预测发现CTSK蛋白存在两处N糖基化位点,亚细胞定位发现其可能主要分布于内质网和细胞核。结论本研究成功克隆了广西巴马小型猪CTSK基因CDS序列并进行分析,为今后进一步深入研究该基因功能和建立相关疾病动物模型提供理论基础。; 黄叶瞿秋红奉玲丽江雨航朱思燃张广杰张其伟綦文晶郭亚芬兰干球; 关键词：广西巴马小型猪克隆

猪ANK1基因单核苷酸多态性与启动子区域活性分析: 2017年; 本实验旨在通过构建猪ANK1基因启动子序列的双荧光素酶报告基因系统,分析ANK1基因启动子活性,寻找ANK1基因启动子的核心区域,为下一步研究猪ANK1基因启动子序列SNP与活性之间的关系提供依据。利用Methprimer和Ali Baba2.1软件预测分析ANK1基因启动子区序列,预测其转录结合位点和Cp G岛。利用直接测序法,对广西巴马小型猪和长白猪共64个样品的ANK1基因启动子核心区域的单核苷酸多态性进行研究。双荧光素酶实验结果表明所预测的序列具有启动子活性,并寻找到启动子的核心区域;同时发现了16个SNP位点,它们分别是:-19、-133、-147、-187、-228、-246、-332、-360、-369、-468、-549、-550、-615、-696、-725和-798。; 李龙夏攀洁綦文晶申玉建朱思燃张广杰何剑雄严雪瑜杨祝良方程邹辉兰干球; 关键词：启动子活性分析 SNP

广西巴马小型猪SP1基因克隆测序及其真核表达载体的构建被引量：5: 2018年; 【目的】克隆广西巴马小型猪特异性蛋白1(SP1)基因,并构建其真核表达载体,为揭示其对猪生长发育的调控机理打下基础。【方法】利用RT-PCR从广西巴马小型猪背最长肌组织中扩增SP1基因,采用DNASTAR、TMHMM等分别进行基因生物信息学分析;以p EGFP-N1质粒构建真核表达载体pEGFP-N1-SP1并转染293T细胞,于转染48 h后在倒置荧光显微镜下观察并拍照。【结果】克隆获得的广西巴马小型猪SP1基因与Gen Bank中野猪(Sus scrofa)的参考序列(XM_005652569.3)一致,未发现碱基突变位点;其编码序列(CDS)全长2340 bp,编码779个氨基酸。广西巴马小型猪SP1蛋白不存在跨膜结构,也不存在信号肽,不属于分泌型蛋白;其二级结构中α-螺旋占17.84%,延伸链占21.31%,β-转角占9.76%,无规则卷曲占51.09%。构建的真核表达载体pEGFP-N1-SP1能成功转染至293T细胞中并表达出绿色荧光蛋白。【结论】广西巴马小型猪SP1基因CDS序列编码蛋白主要参与细胞内活动,而非外分泌型蛋白,以SP1基因构建的真核表达载体pEGFP-N1-SP1能转染293T细胞并成功表达,可直接用于后期SP1基因功能探索及干扰表达等研究。; 张广杰崔悦悦邱庆庆夏琴李龙司景磊夏攀杰邹辉兰干球; 关键词：广西巴马小型猪克隆真核表达载体

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张广杰

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