陈建伟
- 作品数：8 被引量：62H指数：6
- 供职机构：种苗生物工程国家重点实验室更多>>
- 发文基金：宁夏回族自治区自然科学基金国家自然科学基金国际科技合作与交流专项项目更多>>
- 相关领域：农业科学生物学医药卫生更多>>
- 基于RAPD分析的李子新品种鉴定被引量：1
- 2019年
- 以改进CTAB法对玉皇李和未鉴定新品种叶片基因组DNA的提取进行了试验。结果表明,该方法从这2个品种李树叶片中均能提出基因组总DNA,且DNA的纯度和完整性均较好,OD_(260)/O D_(280)的比值在1.8～2.0之间,无降解现象,RNA去除干净;此外,运用RAPD标记方法对这2个李品种基因组总DNA进行了PCR扩增,其RAPD分析条带清晰,用20条随机引物共扩增出114条带,平均每条引物扩增出5.7条条带,扩增片段长度为200～2000 bp,其中P_6、P_7、P_(10)、P_(14)和P_(18)5条随机引物可以单引物区分这2个品种,共获得20个条带,其中差异条带有6个,表明这6个位点存在差异。因RAPD每条扩增谱带对应基因组DNA分子上的一个位点,说明供试品种间DNA位点存在差异,表明未鉴定新品种在栽培过程中发生突变和分化,可能是1个优良种源。
- 乔改霞陈建伟王翠平严莉严莉
- 关键词：DNA提取RAPD
- 基于转录组信息的黑果枸杞MYB转录因子家族分析被引量：28
- 2017年
- 【目的】MYB基因家族是植物中最大的一类转录因子家族,广泛参与植物的生长发育和代谢调控过程。目前仍没有针对枸杞等木本作物MYB转录因子家族的系统分析。基于转录组数据鉴定分析黑果枸杞MYB基因家族,可为该类基因生物学功能和代谢调控机制的研究提供参考。【方法】基于黑果枸杞转录组测序(RNA-Seq)数据,利用NR、NT、Swiss-Prot和PFAM 4个数据库和NCBI网站,对黑果枸杞MYB基因进行筛选注释;利用Web Logo3、Prot Comp 9.0、MEGA5.0软件进行保守结构域、亚细胞定位和系统进化等生物信息学分析。基于转录组数据分析MYB基因在黑果枸杞果实不同发育期的差异表达模式,并采用荧光定量PCR方法进行验证。【结果】基于转录组测序数据,注释得到83个黑果枸杞MYB类转录因子基因,根据结构特性将其分为4大类:R2R3-MYB、1R-MYB、3R-MYB和4R-MYB。结构域分析表明:R2R3-MYB类转录因子的R2 MYB基序中包含3个极度保守的色氨酸残基,R3 MYB基序中的第一个色氨酸残基被疏水氨基酸替代。比较分析黑果枸杞MYB家族和拟南芥MYB家族共同构建的进化树发现,黑果枸杞的MYB家族在进化上包括3个大类,6个亚类。亚细胞定位预测结果显示,44个MYB转录因子定位于细胞质中,37个定位于细胞核中。基于转录组数据的MYB差异表达模式分析表明,黑果枸杞MYB基因可能参与了果实不同发育时期花青素变化的调控;基于荧光定量PCR的差异表达数据进一步验证了部分MYB转录因子在果实不同发育时期的花青素合成中可能起到调控作用。【结论】黑果枸杞MYB基因家族注释得到83个黑果枸杞MYB类转录因子基因,为进一步研究MYB家族的基因结构和生物学功能奠定了基础。
- 严莉王翠平陈建伟乔改霞李健
- 关键词：黑果枸杞转录组测序
- 黑果枸杞WD40编码基因LrAN11的克隆及表达分析被引量：7
- 2017年
- WD40蛋白广泛存在于真核生物中,是一类高度保守的蛋白家族,具有广泛的生物化学和细胞生物学功能。为探索黑果枸杞LrAN11的功能,采用同源克隆的方法克隆了黑果枸杞WD40蛋白基因,将其命名为LrAN11,Gen Bank登录号:KY131959。生物信息学分析结果表明,该基因的编码区长1 029bp,编码342个氨基酸,蛋白分子量为38.3 kD,理论等电点为4.95,含有5个WD40基序,属于WD40类蛋白基因家族;经预测LrAN11定位于细胞质中,该基因编码的氨基酸序列具有较高的保守性,与马铃薯、番茄、甜椒和美花烟草具有较近的亲缘关系;定量RT-PCR检测表明,LrAN11基因在黑果枸杞各组织中均有表达,其中在青果中的相对表达量最高,在根和紫果中次之,而在黑果中表达最低,表明LrAN11可能参与黑果枸杞花青素的生物合成的调控;在韩国枸杞和0901枸杞品种中表达显著,在其他14个枸杞品种中表达均较低且无显著差异性(P>0.05),说明LrAN11的表达具有品种特异性。此外,随着NaCl处理时间的延长,该基因的表达量先降低后升高,且在2、12和24 h的表达量与对照相比存在显著差异性(P<0.05),说明LrAN11可能参与黑果枸杞对盐胁迫的响应。本研究结果为进一步阐明黑果枸杞LrAN11基因的功能及其在黑果枸杞遗传改良中的应用奠定了基础。
- 严莉陈建伟王翠平乔改霞李健
- 关键词：黑果枸杞基因克隆
- 黑果枸杞bHLH转录因子家族的生物信息学分析被引量：8
- 2020年
- 植物转录因子在植物的生长发育及其对外界环境的反应中起着重要的作用。BHLH转录因子是植物转录因子中最大的家族之一,不仅影响植物生长发育、胁迫响应,还参与调控信号转导和激素合成。为了丰富bHLH家族在不同物种中的系统研究,本研究通过对枸杞属植物黑果枸杞的bHLH家族进行全面分析和鉴定,结果表明,通过对注释得到的132个非冗余的黑果枸杞bHLH基因家族成员进行亚细胞定位预测,发现81个b HLH转录因子定位于细胞核中,48个定位于细胞外。黑果枸杞bHLH蛋白含2个保守结构域,碱性区含有高度保守序列His5-Glu9-Arg13,与靶DNA结合相关;螺旋区内Arg-25和Arg-55完全保守,参与二聚体形成。黑果枸杞bHLH蛋白结构域有多个氨基酸位点保守性较高,其中98个bHLH蛋白具有E-box结合功能,19个出现频率高于50%的保守位点,属于bHLH典型结构域序列特征。黑果枸杞bHLH家族含有3种保守基序,黑果枸杞bHLH基因全部成员可分为22个亚族。随着黑果枸杞果实的发育,bHLH家族基因的表达存在差异,有48个bHLH转录因子基因随果实的发育成熟呈现出表达量上调,共有41个bHLH转录因子基因随果实的发育成熟表达下调。
- 刘静王翠平朱强严莉陈建伟董艳
- 关键词：转录组测序生物信息学分析差异表达分析
- 基于转录组信息的黑果枸杞WD40蛋白质家族分析被引量：7
- 2019年
- WD40蛋白质为真核生物中一种常见蛋白质,广泛参与植物生长发育的多种生物过程,在蛋白质-蛋白质及蛋白质-DNA的相互作用中发挥重要作用。为系统分析黑果枸杞WD40蛋白质家族成员,本研究以黑果枸杞青色期、转色期和成熟期3个发育时期的果实转录组测序数据为基础,结合Nr、Nt、Pfam、KOG/COG、Swiss-prot、KEGG及GO 7个数据库和NCBI网站,对黑果枸杞WD40蛋白质编码基因进行筛选注释。结果表明,共得到77个黑果枸杞WD40蛋白质家族成员,黑果枸杞WD40蛋白质结构域组成多样,且在不同物种间高度保守;亚细胞定位预测分析表明,黑果枸杞WD40蛋白质家族成员多位于细胞核及细胞质中;黑果枸杞和拟南芥WD40蛋白质共建的系统进化树可分为五个亚家族; WD40蛋白质家族成员编码基因随果实发育的表达模式表明,黑果枸杞WD40蛋白质家族成员可能参与了其果实花青素的变化调控。本研究结果为枸杞WD40蛋白质的分离及功能研究奠定了一定的理论基础。
- 严莉陈建伟王翠平仝倩王晨乔改霞李健
- 关键词：黑果枸杞转录组测序
- 甘蓝型油菜脯氨酸降解途径关键基因的进化分析
- 2018年
- 作为一种保护机制,胁迫情况下植物会迅速积累大量脯氨酸,对自身起到保护作用,而对于脯氨酸代谢相关基因在多倍体进化中的命运目前为止仍旧知之甚少。以异源四倍体甘蓝型油菜(Brassica napus)及其二倍体祖先白菜(B.rapa)、甘蓝(B.oleracea)为研究对象,数据库搜索和同源基因序列比对,研究脯氨酸代谢途径关键酶基因PDH1和PDH2的进化命运。序列比对和进化分析表明,甘蓝型油菜中PDH1、PDH2基因与其二倍体祖先的相对应基因高度同源;进化上与二倍体亲本相比,甘蓝型油菜PDH1基因可能发生了1个拷贝的丢失,而PDH2基因没有发生基因丢失现象。以上研究结果表明,与二倍体祖先相比,甘蓝型油菜中脯氨酸合成基因序列和表达模式均存在高度保守性,这说明脯氨酸积累在进化上可能对植物有利。
- 王翠平陈建伟
- 关键词：甘蓝型油菜多倍体脯氨酸代谢关键酶基因
- 脯氨酸通过影响生长素途径相关信号抑制拟南芥根的生长被引量：6
- 2017年
- 脯氨酸积累在逆境中对植物中有保护作用,但是过量脯氨酸却表现出对植物生长发育的抑制作用。研究采用含生长素相关标签蛋白的拟南芥转基因株系,通过分析脯氨酸处理对生长素相关标签蛋白分布的影响,探讨脯氨酸对拟南芥根的生长发育产生抑制的可能原因。结果表明:脯氨酸处理影响生长素相关信号途径基因的表达;脯氨酸没有影响拟南芥根部生长素含量,而是影响生长素极性运输载体蛋白的表达;而脯氨酸含量减少的PDH过表达株系中生长素运输载体基因表达增多。研究表明,脯氨酸可能通过抑制生长素运输载体的表达,影响生长素的正常流动,从而打破生长素浓度梯度的维持,最终抑制根的生长。研究为探讨脯氨酸在植物生长发育和逆境恢复中的调节作用提供了新的依据。
- 王翠平陈建伟乔改霞
- 关键词：脯氨酸根生长
- 黑果枸杞R1-MYB转录因子基因的克隆及表达分析被引量：10
- 2018年
- 目的对可能参与花青素代谢调控的黑果枸杞R1-MYB转录因子基因进行克隆、生物信息学分析和不同品种、同一品种不同器官及盐胁迫条件下差异表达分析。方法通过同源基因克隆和RACE方法得到黑果枸杞R1-MYB转录因子编码区全长,通过转录组数据获得宁夏枸杞同源基因序列。通过Prot、Param、Smart、PSORT和SOPMA进行生物信息学分析,通过MEGA 5.0构建NJ系统进化树。同时采用Real-time PCR的方法进行基因表达分析。结果获得黑果枸杞Lr MYB1R1(KY568981)及宁夏枸杞Lb MYB1R1(KY568982)基因全长c DNA,c DNA编码区全长1 496 bp,编码区为927 bp,编码产物包含308个氨基酸,编码蛋白相对分子质量分别为33 400和33 490,理论等电点分别为7.80和7.78,属于R1-MYB转录因子,经预测其编码蛋白位于细胞核中;Lr MYB1R1和Lb MYB1R1与茄科植物番茄、马铃薯、烟草中的MYB1R1-like蛋白具有高度相似性。Lr MYB1R1的表达表现出器官和发育阶段中差异性,具有品种特异性,Lr MYB1R1的表达受盐胁迫抑制。结论丰富了对R1-MYB转录因子的研究,为接下来的基因功能研究及利用基因工程手段提高黑果枸杞中花青素含量奠定基础。
- 王翠平陈建伟严莉乔改霞李健
- 关键词：枸杞基因克隆生物信息学REAL-TIMEPCR
