王军
- 作品数：16 被引量：34H指数：3
- 供职机构：中国科学院微生物研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划国家社会科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学自动化与计算机技术更多>>
- 微生物组测序与分析专家共识被引量：5
- 2020年
- 在过去的十几年,微生物组相关研究和应用持续升温。微生物组逐渐成为生命科学、环境科学和医学等领域的研究焦点。与此同时,全球多个国家和组织也都积极发起各自的微生物组计划,进行多方面的布局,力争在这一具有广阔前景的领域获得战略地位。此外,无论是科研还是产业应用已经迎来了研究高潮和投融资热潮,微生物组相关产品和服务也不断出现。然而,行业在快速发展的同时,也存在一些不足。由于微生物组测序和分析相关技术和方法发展迅速,各国研究和应用尚未在技术、方案和数据等标准上达成统一,国内行业参与者对微生物组也存在认识不足,对微生物组相关新方法、新技术、新理论等还未能充分掌握和使用。除此之外,已有的一些标准和指南,内容过于简单,实操性也不足,这不仅给科研数据的整合造成了困难和资源浪费,还给相关企业进行不良竞争、以次充好提供了机会。更重要的是,我国尚缺乏微生物组相关的国家标准,国家微生物组计划仍处于筹备过程。在此背景下,中国生物工程学会、中国科学院微生物研究所于2019年6月至2020年3月,共同设立了“微生物组测序与分析专家共识”专项研究课题。中国生物工程学会组织了微生物组相关领域的27位专家以及来自行业内的30多位专业人员,通过分成4个项目小组、召开4轮研讨会后,最终形成了涵盖从微生物采集与保存、DNA提取与建库、高通量基因测序和数据分析以及质控标准品等全流程的“微生物组测序与分析专家共识”。本专家共识具有较强可参考性和可操作性,不仅能指导国内科研和产业机构规范进行微生物组相关产、学、研,还能为国家相关职能部门提供可参考的技术依据,保障规模型和规范化的企业利益,加强行业自律,避免不规范的企业扰乱市场,最终促进微生物组相关产业的良
- 段云峰王升跃陈禹保杨瑞馥李后开朱怀球童贻刚杜文斌付钰胡松年王军辛玉华赵方庆鲍一明张雯李娟曾明牛海涛周欣李岩崔生辉袁静李俊桦王加义刘东来倪铭孙青邓晔朱宝利
- 病毒组研究:微生物组研究新热点被引量：2
- 2020年
- 病毒组是指分布在各种环境中病毒的集合或病毒宏基因组的统称。病毒可以分布于水体、冰川、动植物甚至某些病毒当中,主要分为真核病毒、原核病毒和亚病毒。其在维持环境内稳态、生态系统平衡等方面起着非常重要的作用,并且与人类的健康密切相关。近年来,随着测序技术和数据分析水平的进步,人们能够采用宏基因组测序的方式研究病毒组并探究其在生态位中的潜在作用。人们在冰川、海洋、各种动植物中都得到了大量的病毒组数据,发现了众多未知病毒。人们研究病毒组主要是通过宏基因组数据挖掘和病毒样粒子(Virus-like particles,VLPs)分离富集测序两种方式进行分析处理。迄今为止,已存在多种不同的病毒组分离富集方法,并且针对病毒组的生物信息分析也数不胜数。然而,针对病毒组的富集和数据分析方法还缺少具体、完整的综述。文中将对病毒组的分离富集方法和数据分析进行整理与总结,并列举出部分采用病毒组分离富集方法进行的重要研究,旨在为相关人员提供参考,进一步促进病毒组研究领域的发展。
- 张雨青曹佳宝赵娜王军
- 关键词：宏基因组富集纯化生物信息分析
- 抗癌肽及其应用
- 本发明涉及生物技术领域，具体公开了抗癌肽及其应用。本发明的抗癌肽，包含如SEQ ID NO.1‑39任一条所示的氨基酸序列，或包含与SEQ ID NO.1‑39任一条所示的氨基酸序列相比同源性大于或等于90％的氨基酸序列...
- 王军马越刘小林
- 甲硫氨酸在抗睡眠剥夺应激损伤中的应用
- 本发明涉及甲硫氨酸在抗睡眠剥夺应激损伤中的应用。本发明提出并证明了常用于肝脏疾病预防和治疗的甲硫氨酸在抗睡眠剥夺应激损伤中的应用可能性。本发明发现，甲硫氨酸可以用于消除或缓解生物体睡眠剥夺后的肠道失调、缓解生物体睡眠剥夺...
- 王军刘小林
- 微生物与生命健康专题序言被引量：1
- 2021年
- 人体微生物组是指人体内由微生物组成的共生生态群落,其动态平衡与人体健康密切相关。微生物组被公认为可在人体中起调节免疫、代谢、消化吸收作用的重要"器官",可与包括肺、肠道、阴道、大脑在内的多个器官产生联系,并逐步成为治疗癌症、冠心病、神经系统疾病等疑难杂症的潜在靶点。近年来,随着微生物组测序与分析技术的飞速发展,从微生物组角度发现人体微生物与多种疾病的关系并探索新的治疗方法已成为国际科研的热点与前沿。为了进一步促进人体微生物在生命健康领域的研究,《生物工程学报》特组织出版专题,重点阐述了人体微生物组的研究方法、人体微生物组与疾病以及干预方法等方面的研究进展,为推动微生物组在生命健康领域的快速发展提供理论基础。
- 王洁婧王军邓子新
- 关键词：微生物测序
- 从复杂样本中富集真菌的方法及其在真菌研究中的应用
- 本发明涉及微生物领域，具体涉及一种从复杂样本中富集真菌的方法及其在真菌研究中的应用。该方法包括：1)从所述复杂样本去除粒径大于100μm的物质后，通过0.8‑1.0μm的滤膜对其进行浓缩，以得到浓缩样本；2)裂解所述浓缩...
- 王军鲁晶晶陈亮赵娜
- 文献传递
- 基于深度学习的蛋白质建模与设计被引量：3
- 2021年
- 随着蛋白质序列及结构数据的大量累积,在获得了大量描述性信息之后如何有效利用海量数据,从已有数据中高效提取信息并且应用到下游任务当中就成为了研究者亟待解决的问题。蛋白质的设计可使新蛋白的研发不再受限于实验条件,这对药物靶点预测、新药研发和材料设计等领域具有重要意义。深度学习作为一种高效的数据特征提取方法,可以通过它对蛋白质数据进行建模,进而加入先验信息对蛋白质进行设计。故此基于深度学习的蛋白质设计就成为一个具有广阔前景的研究领域。文中主要阐述基于深度学习的蛋白质序列与结构数据的建模和设计方法。详述该方法的策略、原理、适用范围、应用实例。讨论了深度学习方法在本领域的应用前景及局限性,以期为相关研究提供参考。
- 夏彬彬王军
- 关键词：蛋白质设计
- 肠道微生物菌群共存网络的构建与分析被引量：3
- 2018年
- 【目的】将网络分析应用到肠道微生物的分析之中,探究肠道微生物共存网络拓扑结构等相关网络系数的分析,从而展现肠道微生物共存网络的特性。【方法】将之前研究中的肠道微生物数据根据雌马酚代谢能力划分成雌马酚产生者和非产生者两组,计算两组微生物相对丰度,得出菌种之间的相关系数,构建肠道微生物的共存网络,分析两组间共存网络参数的差异;运用随机网络检验现实网络拓扑结构的特异性,分析两组网络中菌种间的差异。【结果】共存网络中两组节点数分别为45个和47个,即分别有45个和47个不同菌种。比较两组网络结构的差异,发现雌马酚产生者组中的共存网络菌群具有更复杂的连接,且两组之间的其他网络参数存在一定的差异。通过将现实网络与随机网络对比可知,现实网络的拓扑结构具有一定的特异性。将具有代谢雌马酚相关物质能力的菌种在两组网络中标出,发现它们在雌马酚产生者组共存网络中更趋向与来自不同门的菌种产生相互联系。【结论】将网络分析应用于肠道微生物分析之中,可以发掘菌种之间的相互作用和网络拓扑结构的复杂性与差异性,展现肠道菌群结构中之前较少被认识到的一些特征。因而,网络分析的方法可以为未来肠道微生物的研究提供新的视角。
- 马越王军胡永飞陈亮李晶律娜刘飞王黎明封雨晴朱宝利
- 关键词：肠道微生物网络分析随机网络雌马酚
- 屎肠球菌作为预测呼吸重症患者临床结局及预后标志物中的应用
- 本发明公开了屎肠球菌作为预测呼吸重症患者临床结局及预后标志物中的应用。本发明通过数据分析，挖掘到一种与呼吸重症患者临床结局显著相关的人体共生菌。小鼠实验验证呼吸道定植该菌可以显著降低细菌感染小鼠的致死率。肺部该菌高丰度可...
- 王军赵娜于莹
- 基于Nanopore测序技术的多组学测序及分析方法
- 本发明提供一种基于Nanopore测序技术的多组学测序及分析方法，包括：A、将采集的样本同时进行DNA和RNA提取；B、提取的RNA 3′端添加Poly U尾巴；C、将带有Poly U尾巴的RNA反转录成cDNA，并在其...
- 王军赵娜陈亮徐嘉悦于莹李亦嘉徐西占许亚昆
- 文献传递
