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原膜藻质体基因组的比较基因组研究: 大概在15亿年前,一种能够产生氧气的蓝细菌通过内共生成为了真核生物的质体。这使得一些生物获得光合作用的能力,能够将空气中的碳固定并储存,从异养转为专性自养,这本应是一种生存优势。然而,在漫长的进化历史中,一些藻类和植物却...; 陈修豪; 关键词：光合作用基因丢失比较基因组学 DNA修复

整合微观和宏观尺度的比较基因组学分析方法: 本发明提供一种整合微观和宏观尺度的比较基因组学分析方法，该方法实现三个主要的功能：微观共线性分析，宏观共线性分析，整合微观&宏观共线性分析。该发明不仅包含了现有基因共线分析工具的核心功能，还包含一些全新的分析算法...; 王师李语丽于洪伟包立随张玲玲胡景杰包振民

整合微观和宏观尺度的比较基因组学分析方法: 本发明提供一种整合微观和宏观尺度的比较基因组学分析方法，该方法实现三个主要的功能：微观共线性分析，宏观共线性分析，整合微观&宏观共线性分析。该发明不仅包含了现有基因共线分析工具的核心功能，还包含一些全新的分析算法...; 王师李语丽于洪伟包立随张玲玲胡景杰包振民

基于比较基因组学研究粪肠球菌乳源分离株的安全性: 2024年; 粪肠球菌为同型发酵乳酸菌,在食品生产中应用广泛。然而,很多粪肠球菌为条件致病菌,使其在食品中的应用存在很大的争议。本文以粪肠球菌乳源分离株为研究对象,探究粪肠球菌乳源分离株的安全性。采用Illumina Hiseq高通量测序平台对35株粪肠球菌乳源分离株进行全基因组测序,与NCBI数据库中下载的21株粪肠球菌粪便分离株进行比较基因组学分析。结果表明,粪肠球菌整体基因组长度为(2.93±0.13)Mb,GC含量在(37.43±0.13)%,转运RNA(tRNA)有(56±4)个,编码序列(CDS)数量在(2768±146)个。粪肠球菌乳源分离株平均基因组长度与粪便分离株无显著差异,而平均CDS数量显著高于粪便分离株。系统发育树结果显示同分离源的菌株聚类在同一进化分支,该结果与平均核苷酸一致性(ANI)聚类结果基本一致。乳源分离株含有5~11种耐药基因、8~24种毒力因子及18~31个可移动遗传元件,与粪便分离株相比较,乳源分离株平均每株菌少携带3个耐药基因和毒力因子,多2.4个可移动遗传元件。因此即使是在乳制品中分离得到的粪肠球菌,也存在致病的风险,使用前需要经过严格的安全性评价。; 沈婷婷马昕玮路镜达李伟程钟智; 关键词：粪肠球菌比较基因组学乳制品安全性评价

牛肉源热杀索丝菌的致腐差异和比较基因组学研究: 2024年; 为探究牛肉中热杀索丝菌的致腐能力和致腐基因分布特点,经分离纯化、形态观察和PCR鉴定,获得29株热杀索丝菌。将其接种于4℃牛肉汁中,测定挥发性盐基氮(TVB-N)值和乙偶姻指标,评价分离菌株的致腐能力。采用比较基因组学技术分析热杀索丝菌强、弱腐败株基因特点。结果表明,29株热杀索丝菌分离株的TVB-N含量形成较慢,仅有2株菌在第9天超过11.5 mg N/100 g,而产乙偶姻能力强,且有明显差异,其中菌株BT27和BT25含量分别为139.3μg/mL和59.5μg/mL。测定强、弱致腐菌株BT27和BT25的全基因组序列,结果发现,热杀索丝菌基因组中存在大量参与碳水化合物代谢的基因,其中编码糖苷水解酶的基因数量最多,糖基转移酶基因次之。比较基因组学显示,强致腐株BT27被注释到碳水化合物代谢和相应酶的编码基因数量均多于弱致腐株BT25,而两者在编码氨基酸代谢的基因数量相近。研究表明,热杀索丝菌致腐性强、弱与编码碳水化合物代谢基因数量密切相关,研究从基因层面为阐明肉源微生物的致腐机理奠定了良好的基础。; 方金玉张俊吴诗媛施永清石双妮朱军莉; 关键词：牛肉比较基因组学

鹅源副鸡禽杆菌全基因组重测序及比较基因组学分析: 2024年; 为了分析鹅源副鸡禽杆菌(Apg)与鸡源菌株的基因组差异,对3株鹅源Apg和4株鸡源Apg进行全基因重测序及基因组分析。全基因重测序结果显示7株菌株基因组片段大小为2.567 832~2.607 127 Mb, GC含量介于40.80%~40.93%之间。SNPs同源性分析结果显示,3株鹅源菌株和鸡源C-AP3株聚集在p4chr1株的小分支上,另外3株鸡源菌株分布在其它国内菌株分支上。基因同源性分析结果显示鹅源菌株特有基因76个,鸡源菌株特有基因37个。对鹅适应性基因的筛查共聚类出79个基因,其中编码已知蛋白的基因有22个,其余编码假定蛋白;对鸡适应性基因的筛查聚类出39个基因,其中10个编码已知蛋白,29个编码假定基因。通过比较基因组学发现与Apg宿主适应性有关的基因为118个,为进一步阐释Apg跨物种感染的分子生物学机制奠定了基础。; 苏文楠刘佳琪钟嘉诚陈济铛朱婉君张溢珊张济培; 关键词：副鸡禽杆菌比较基因组学

一株嗜酸硫杆菌M4-422-6的分离及其全基因组测序和比较基因组学分析: 2024年; 【目的】开展具有硫氧化能力的嗜酸硫杆菌属(Acidithiobacillus)的分离及其比较基因组学分析,不仅可以丰富硫氧化细菌菌种资源,而且有助于加深理解嗜酸硫杆菌的分子进化与生态适应机制。【方法】利用以硫代硫酸钠为唯一能源的培养基分离具有硫氧化能力的细菌;利用Illumina HiSeq X和Oxford Nanopore测序平台对一株嗜酸硫杆菌M4-422-6进行全基因组测序;利用相关生物信息学分析软件对原始数据进行组装和基因组注释,并与一株亲缘关系最近的菌株Igneacidithiobacillus copahuensis VAN18-1进行比较基因组学分析。【结果】分离获得一株具有硫氧化能力的嗜酸硫杆菌M4-422-6。基因组注释结果显示,菌株M4-422-6基因组由1个染色体和2个质粒组成,基因组大小为2917823 bp,G+C含量为58.54%,共编码2925个蛋白。16S rRNA基因和基因组系统发育树显示,菌株M4-422-6代表嗜酸硫杆菌属的一个潜在新种。功能基因注释结果显示,菌株Acidithiobacillus sp.M4-422-6拥有与菌株特性相关的众多基因,包括硫氧化相关基因、CO_(2)固定相关基因和耐酸相关基因。比较基因组学分析发现,虽然菌株M4-422-6与VAN18-1的亲缘关系最近,但两者仍拥有众多的差异基因,主要包括噬菌体抗性相关基因和移动元件编码基因。【结论】菌株M4-422-6代表嗜酸硫杆菌属的一个潜在新种,该菌株具有同种内菌株所不具有的特有基因,并据此推测嗜酸硫杆菌种内分化可归因于对特定生态位的适应。; 俞添天徐莹金佳凡朱四东杨季芳陈吉刚; 关键词：基因组测序

外担菌目不同寄主菌株比较基因组学分析与效应因子的研究: 外担菌目(Exobasidiales)隶属于黑粉菌亚门(Ustilaginomycotina)外担菌纲(Exobasidiomycetes),几乎涵盖了整个黑粉菌亚门所有的生态类型,很多种对经济作物和观赏作物致病。外担菌...; 林泽凯; 关键词：分泌蛋白比较基因组学

一株太平洋表层海水来源阿拉伯海假交替单胞菌N1230-9的全基因组测序及比较基因组学分析被引量：1: 2024年; 【目的】阐述阿拉伯海假交替单胞菌(Pseudoalteromonas arabiensis)的分子进化与生态适应策略。【方法】借助Illumina HiSeq X Ten和Oxford Nanopore PromethION测序平台对一株分离自太平洋表层海水的菌株Pseudoalteromonas arabiensis N1230-9进行全基因组测序,利用相关生物信息学分析软件对原始数据进行组装和基因组注释,并与一株分离自深海沉积物环境的模式菌株Pseudoalteromonas arabiensis JCM 17292进行比较基因组分析。【结果】菌株N1230-9基因组由2条染色体组成,基因组大小为4627470 bp,G+C含量为40.85%,共编码4202个蛋白。功能基因注释结果显示,菌株N1230-9具有适应海洋环境的多种类型功能基因,包括重金属抗性基因、多种铁离子摄取系统编码基因、多种噬菌体防御系统编码基因、种类丰富的水解酶编码基因、多种碳水化合物代谢相关基因,以及数量众多的二元信号传导系统编码基因。通过比较基因组分析发现,菌株N1230-9和菌株JCM 17292拥有适应不同生态位的特有基因,这些基因主要涉及血红素摄取、重金属抗性、噬菌体防御、二元信号系统传导和横向基因水平转移。【结论】来自表层海水的菌株P.arabiensis N1230-9已演化出了适应其生态位的特有基因。; 徐莹兰肖敏周敏婕陈秀暖金佳凡朱四东杨季芳陈吉刚; 关键词：假交替单胞菌全基因组测序

假小链双歧杆菌比较基因组学分析: 2024年; 该研究对分离自中国、日本和美国的104株假小链双歧杆菌进行比较基因组学分析。结果表明,在基因组特征上,日本分离株的编码序列数量显著高于中国和美国分离株(P<0.01)。基于核心基因构建的系统发育树和平均核苷酸一致性聚类热图发现分离自相同国家的菌株更相似。功能基因注释结果进一步表明分离地会影响菌株的功能基因分布,碳水化合物活性酶注释结果显示15个碳水化合物活性酶存在地域性差异;经耐药基因和毒力因子数据库注释发现中国分离株携带的耐药基因和黏附型毒力因子的数量显著高于日本分离株;中国和日本分离株携带复制、重组和修复及噬菌体相关可移动遗传元件数量均与美国分离株存在差异。该研究发现分离地会影响假小链双歧杆菌的功能基因,不同分离地假小链双歧杆菌存在差异功能基因。研究结果可为解析假小链双歧杆菌的功能差异提供理论依据。; 路镜达杨瑞钟罡弓艳春周钧鸿张艺馨徐维那钟智; 关键词：比较基因组学耐药基因毒力因子

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