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烟草Nt-GAD的氨基酸序列分析: 2024年; 为从分子层面研究烟草Nt-GAD的氨基酸序列,采用Protparam、Interpro、Blast、Muscle、Phyml和Treedyn工具,分析烟草Nt-GAD氨基酸序列的理化特性、结构域和进化树。结果表明:烟草Nt-GAD成员的等电点均处于5.5~6之间,且Nt-GAD1和Nt-GAD2同源性最高,此外Nt-GAD2的耐热性最好,Nt-GAD3的稳定性最强;烟草Nt-GAD属于磷酸吡哆醛依赖性脱羧酶家族和谷氨酸脱羧酶家族,且具有磷酸吡哆醛依赖性转移酶同源超家族结构域,C末端存在独特区域钙调蛋白结构域,通过进化树分析烟草Nt-GAD成员被划分为三组,其中烟草Nt-GAD3(第一组)分化较为突出,而Nt-GAD2(第三组)则较为保守,而Nt-GAD1和Nt-GAD4被划分为第二组。; 龙岗陈树鸿龙建林高萍赵娟; 关键词：烟草谷氨酸脱羧酶生物学

氨基酸序列分析揭示苯丙氨酸/酪氨酸解氨酶在陆生植物中的演化: 2023年; 苯丙烷途径在陆生植物木质素和黄酮类等次生代谢产物的生物合成中至关重要,其中一步必需的反应为苯丙氨酸解氨酶(PAL)将底物苯丙氨酸脱氨催化为下游产物。最新研究发现了能够同时催化苯丙氨酸和酪氨酸脱氨的双功能酶—苯丙氨酸/酪氨酸解氨酶(PTAL),但是对诸多问题,例如怎样精准鉴定PAL和PTAL、植物PAL演化为PTAL其氨基酸序列发生了什么变异、哪些植物类群包含PTAL等,仍属未知。为了探索PAL基因家族在陆生植物中的演化及关键变异,本研究利用PAL氨基酸全长序列构建了陆生植物不同类群系统发育树,比较和分析了PAL和PTAL氨基酸序列并模拟了其蛋白质三维构象。结果表明,以PAL氨基酸序列构建的系统发育树,能够反映已知陆生植物的系统关系,PAL和PTAL的氨基酸序列中存在着8个差异位点,其中121和123这两个关键位点非常稳定,可以联合用于准确鉴定包含PAL和PTAL的植物,并且I121L和F123H的关键变异,导致只能与苯丙氨酸结合的PAL演化为也能同时结合酪氨酸的PTAL。; 盛超雷原野庞力豪卢宝荣; 关键词：苯丙氨酸酪氨酸氨基酸序列分析分子对接蛋白质结构

汉麻籽抗氧化肽的制备与氨基酸序列分析被引量：6: 2022年; 为开发具有较好抗氧化活性的植物源蛋白肽,采用木瓜蛋白酶和中性蛋白酶复合酶法水解汉麻籽粕获得汉麻籽蛋白水解物,经膜分离技术得到4种不同分子质量的多肽组分。通过DPPH自由基清除率、总还原力的测定,评价不同多肽组分的抗氧化活性,并对抗氧化活性最强的多肽组分进行氨基酸序列分析。结果显示:低分子质量的汉麻籽多肽组分具有更好的抗氧化活性,其中HP-Ⅳ组分(分子质量<1 kDa)的抗氧化活性最强;HP-Ⅳ组分中丰度较高的6个肽段的分子质量分别为364.84、539.77、630.30、662.33、718.90、827.41 Da,氨基酸序列分别为NRDDMRER、ANQLDQFSR、NPEDEFEQLRREGGRG、NHNNQLDLTPR、TVNSYNLPILRF、VSLLDTSNVNNQLDDNPRRFY。汉麻籽蛋白水解物,尤其是分子质量小于1 kDa的多肽组分可作为功能性成分用于抗氧化相关功能食品和保健品的开发。; 魏连会董艳石杰宋淑敏孙兴荣; 关键词：抗氧化活性氨基酸序列

青藏高原岩羊朊蛋白基因及氨基酸序列分析: 2022年; 目的分析岩羊的朊蛋白基因(PRNP)序列,评估岩羊对羊瘙痒病的易感性。方法参照GenBank上已经发表的绵羊PRNP序列设计引物,对岩羊的PRNP序列进行扩增,基因测序后与GenBank上的11种哺乳动物的PRNP序列比对和分析。结果测序结果显示岩羊PRNP由771个核苷酸构成,编码256个氨基酸。序列分析结果显示4只岩羊朊蛋白(PrP)氨基酸序列完全同源,并且与野生型绵羊PrP氨基酸序列完全一致。此外,岩羊PrP氨基酸序列与山羊(99.2%)、驯鹿(98.0%)、牛(97.7%)也具有较高的同源性。结论本次测定的4只岩羊可能和野生型绵羊一样对羊瘙痒病中度易感,岩羊和绵羊种群之间存在相互传播羊瘙痒病的可能。; 伍晶星高利萍陈冬冬肖康武月章董小平石琦; 关键词：岩羊羊瘙痒病朊蛋白基因多态性

鸡淋巴信号活化分子CD150基因的扩增、表达和氨基酸序列分析: 2021年; CD150蛋白是副黏病毒的重要受体,能够促进病毒与宿主细胞结合并感染。本研究旨在克隆鸡CD150基因后进行原核表达,并对获得的氨基酸序列进行详细分析,为后续基因功能研究奠定基础。从原代鸡胚成纤维细胞(CEF)中扩增得到CD150 CDS序列,将其克隆入pMD19-T载体中进行测序鉴定,将其在pET-28b原核表达载体中表达,并制备多克隆抗体,最后,通过生物信息学软件对CD150进行氨基酸序列分析。结果显示:成功克隆大小为999 bp的鸡CD150基因;鸡CD150蛋白以包涵体形式表达;所制备的多克隆抗体能够特异性结合鸡淋巴细胞表面的CD150蛋白;二级结构中α-螺旋占25.83%,β-折叠占23.42%,无规则卷曲占50.75%;跨膜区分析可知,CD150蛋白包括胞外区、胞内区和跨膜区;三级结构以β-折叠为主,包括V和C2两个结构域,不同物种V结构域中存在7个完全保守的氨基酸位点。本研究成功克隆、表达了鸡CD150蛋白,并制备多克隆抗体,为鸡CD150蛋白生物学功能研究检测及其在鸡组织中的表达和分布提供数据支持。; 方文秀谭磊孙英杰宋翠萍刘炜玮廖瑛丁铲仇旭升吴艳涛; 关键词：基因克隆原核表达多克隆抗体氨基酸序列分析

汉麻降脂肽氨基酸序列分析被引量：6: 2021年; 采用糠醛显色法,以汉麻籽多肽体外结合胆酸盐的能力作为判断降血脂效果的指标,通过对不同分子质量多肽结合胆酸盐能力的对比分析,筛选出降血脂最强的多肽组分。采用基质辅助激光解析飞行时间质谱仪(MALDI-TOF)对降血脂最强的多肽组分进行分子质量分布测定。采用液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)技术对多肽降血脂最强的组分进行氨基酸序列分析。结果表明,不同分子质量的汉麻籽多肽各组分对3种胆酸盐都具有一定的吸附作用,其中以组分H4(<1 ku)对胆酸盐的吸附能力最强。对组分H4中丰度较高的5个肽段815.4、733.4、655.3、574.3、513.2 u进行序列测定,其氨基酸序列分别为NNGDSPLV、MLPLLF、ELAPLL、SLLEL、LSFF。5个序列中均含有疏水性氨基酸亮氨酸,而且5个氨基酸序列末端的氨基酸均是疏水性氨基酸缬氨酸、亮氨酸和苯丙氨酸。汉麻籽多肽具有一定的降血脂作用,通过氨基酸组成与序列分析,推断汉麻籽多肽降血脂活性与其分子质量大小及疏水性氨基酸有关。; 宋淑敏魏连会董艳石杰潘静高媛; 关键词：降血脂

云南省不同地区烟草上TSWV NSs氨基酸序列分析被引量：1: 2021年; 【目的】探究不同正番茄斑萎病毒(Tomato spotted wilt orthotospovirus,TSWV)分离物中NSs与其地理来源和寄主二者之间的相关性,阐明云南不同地区8个烟草样品TSWV NSs适应性进化情况。【方法】利用RT-PCR、克隆、转化和测序技术,从云南不同地区已经确定感染TSWV的8份烟草样品中获得NSs氨基酸序列。采用DNAMAN 8.0和MEGA 7.0软件,对云南不同地区8个烟草样品与GenBank公布的烟草、番茄和辣椒上31个TSWV NSs氨基酸序列进行比对分析。通过The Selecton Server软件,对云南不同地区8个烟草样品TSWV NSs氨基酸序列进行选择压力分析。【结果】云南不同地区8个烟草样品与同样来自中国云南烟草、番茄和辣椒上TSWV NSs氨基酸序列在系统发育树中处于同一支,亲缘关系最近;与来自韩国的番茄和辣椒上TSWV NSs氨基酸序列位于同一大支,亲缘关系较近;而与来自欧洲保加利亚烟草上TSWV NSs氨基酸序列处于不同分支,亲缘关系最远。在云南不同地区8个烟草样品TSWV NSs氨基酸序列中未检测到正选择位点。【结论】不同TSWV分离物中NSs与其地理来源有明显的相关性,但跟寄主的相关性不大。云南不同地区8个烟草样品TSWV NSs稳定的保持其增强病毒症状、抑制沉默等功能。; 王景文王偲博陶宏征高雪贾志强王宇琪李永忠刘雅婷; 关键词：烟草 TSWV NSS 氨基酸序列地理来源

青藏高原藏羚羊朊蛋白基因及氨基酸序列分析: 2021年; 羊瘙痒病是一种自然发生的传染性海绵状脑病,它可以在绵羊和山羊羊群之中传播,其疾病的易感性、潜伏期和跨物种传播的能力主要受宿主朊蛋白基因(prion protein gene,PRNP)的影响。研究藏羚羊PRNP有助于明确藏羚羊和羊瘙痒病之间的关系,从而更好地保护藏羚羊。参照GenBank上已经发表的绵羊PRNP序列设计引物,然后对藏羚羊的PRNP序列进行扩增、测序和分析。测序结果显示藏羚羊PRNP序列由771个核苷酸构成,编码256个氨基酸。序列分析结果显示21只藏羚羊PrP(prion protein,PrP)氨基酸序列完全同源,并且与野生型绵羊PrP氨基酸序列完全一致。此外,藏羚羊PrP氨基酸序列与山羊(99.2%)、汤氏瞪羚(99.2%)、印度羚(99.2%)、驯鹿(98%)、马鹿(98%)、家牛(97.7%)和水牛(96.1%)也具有较高的同源性。在对PrP氨基酸序列136、154、171位多态性分析后发现本次收集的21只藏羚羊样本可能和野生型绵羊一样对羊瘙痒病易感。本研究为羊瘙痒病在藏羚羊羊群中可能出现的风险提供了理论依据,提示要加强藏羚羊羊群中羊瘙痒病的监测。; 伍晶星高利萍陈冬冬肖康武月章董小平石琦; 关键词：藏羚羊羊瘙痒病朊蛋白基因

侵染昆明园林植物的4个HCRV分离株核壳体蛋白氨基酸序列分析被引量：2: 2021年; 【目的】比较分析侵染昆明园林植物HCRV核壳体蛋白氨基酸序列,探究地理分布和寄主来源与病毒变异的相关性。【方法】2016年,在云南省昆明市园林景区采集疑似感染番茄斑萎病毒属(Tospovirus)病毒样品,利用RT-PCR技术测定出葱莲(Zephyranthes candida)、文殊兰(Crinum asiaticum)、喜林芋(Philodendron schott)和酢浆草(Oxalis corniculata)4份感染朱顶红褪绿环斑病毒(Hippeastrum chlorotic ringspot virus,HCRV)的样品,通过克隆、测序获得4份样品的S RNA序列,利用ORF Finder获得核壳体蛋白(nucleocapsid protein,N)并进行序列分析。【结果】文殊兰、喜林芋和酢浆草是首次报道的HCRV新寄主;4个HCRV分离物的N蛋白与NCBI首次报道的HLS1-2 N蛋白(登录号:AFX74694)一致性达到99.34%;系统进化树分析显示:4个HCRV分离物与GenBank公布的同样来自云南的株系聚为1支。【结论】病毒的地理分布相关性强于寄主相关性。; 王宇琪吴保为陶宏征贾志强高雪王景文刘雅婷

赤子爱胜蚓Calreticulin的cDNA和氨基酸序列分析: 2020年; 目的分析赤子爱胜蚓Calreticulin的cDNA和氨基酸序列。方法从本院构建的赤子爱胜蚓cDNA文库中经测序获得其Calreticulin cDNA序列。采用生物信息学分析工具DNAMAN、NCBI ORF finder、ExPASy Protparam、ExPASY Protscale、NCBI Conserved Domains、SignalP 4.1 Server、TMHMM Server v.2.0、SOSUI、NetPhos 3.1 Server、PSORT、SOPMA、ExPASy COILS、SWISS-MODEL分别对Calreticulin的cDNA序列、氨基酸序列、一级结构基本理化性质、亲/疏水性、保守结构域、信号肽、跨膜区、可溶性、磷酸化修饰、亚细胞定位、二级结构、卷曲螺旋域以及三级结构进行预测及分析。结果赤子爱胜蚓Calreticulin cDNA序列长476 bp,其中包含354 bp的开放阅读框,编码118个氨基酸残基;Calreticulin由19种氨基酸组成,呈酸性,为稳定的可溶性亲水蛋白;具有1段Calreticulin超家族保守结构域;不存在信号肽和跨膜结构;具有12个潜在的磷酸化位点;主要存在于细胞核中;二级结构元件主要由α-螺旋(29.66%)和无规则卷曲(50.85%)组成,具有卷曲螺旋;三级结构预测结果与二级结构一致。结论掌握了赤子爱胜蚓Calreticulin的理化性质,预测了其潜在的特征,并分析了其结构,为后续深入开展其功能及分子作用机制的研究提供了理论依据。; 张丽娜田九博王萱马培元孟凡秀文朝朝魏艳于保锋; 关键词：赤子爱胜蚓 CALRETICULIN CDNA 氨基酸

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