国家自然科学基金(81160354)
- 作品数：15 被引量：76H指数：5
- 相关作者：王鹏石丽媛郭英宋志忠李伟更多>>
- 相关机构：云南省地方病防治所大理学院中国疾病预防控制中心传染病预防控制所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金云南省应用基础研究基金卫生部卫生公益性行业科研专项更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 云南省鼠疫耶尔森菌规律成簇间隔短回文重复序列分型被引量：11
- 2014年
- 鼠疫耶尔森菌（鼠疫菌）基因组中包含3个规律成簇的间隔短回文重复序列（CRISPR）位点（YPa,YPb和YPc）.本研究对云南省不同生态型鼠疫菌株的CRISPR序列进行分析,了解不同鼠疫疫源地及鼠疫菌株间的相互联系.
- 杨光璨石丽媛郭英张蓉董珊珊崔志刚李伟王鹏
- 关键词：鼠疫耶尔森菌
- 云南省鼠疫耶尔森菌脉冲场凝胶电泳分析
- 2013年
- 目的构建云南省鼠疫菌株脉冲场凝胶电泳（PFGE）图谱库，为云南鼠疫的溯源及分型防控提供依据。方法选取云南省家、野鼠型以及玉龙鼠疫菌株共29株，分别采用AscI和FseI两种内切酶对菌株进行酶切分析，并使用BioNumerics6．6软件对图谱聚类。结果PFGE分析可以将29株鼠疫菌分为20个基因型，这些基因型又归为3大簇，即家鼠基因簇、野鼠基因簇以及玉龙基因簇，家鼠基因簇又可分为德宏亚簇、文山亚簇及临沧亚簇。结论云南鼠疫菌PFGE分子分型具有区域聚集性；PFGE基因型与菌株生态型能够很好地对应；玉龙鼠疫菌是云南一个独立的PFGE基因型。
- 王鹏石丽媛叶蕊崔志刚李伟杨光璨董珊珊郭英宋志忠
- 关键词：耶尔森菌鼠疫电泳脉冲场
- 云南省剑川县鼠疫疫源地分离菌株基因组多态性被引量：4
- 2020年
- 目的阐明云南剑川野鼠疫源地鼠疫菌种群的演化及其与云南省其他疫源地菌株之间的遗传进化关系。方法按不同时间、不同疫点、不同分离源,随机选取24株剑川分离鼠疫菌进行研究;采用差异区段(DFR)、规律成簇的间隔短回文重复序列(CRISPRs)及多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)进行基因组多态性分析;以DFR+CRISPRs聚类分析划分簇,再以MLVA26对簇进行聚类分析。结果24株剑川菌株中,20株菌聚为一个簇(剑川野鼠鼠疫簇);2017年疫情分离3株菌位于丽江野鼠鼠疫簇,与丽江菌株(2017LZ)存在2个位点的差异(N2577,M23);剩余1株为一个独立株;50年代菌株与其邻近的80年代菌株间位点差异未超过3。结论剑川原野鼠疫源地的发现时间可往前推至上世纪50年代,同时疫情还波及过家鼠和人群;剑川县境内存在2种类型的野鼠疫源地,其鼠疫防控具有复杂性,应继续加强鼠间鼠疫的动态监测。
- 石丽媛丁奕博张海鹏郭英段存娟谭红丽董珊珊钟佑宏王鹏
- 关键词：鼠疫
- 云南省鼠疫耶尔森菌多位点可变数目串联重复序列分析被引量：12
- 2013年
- 目的通过多位点可变数目串联重复序列分析(multiple-locus variable-number tandem-repeat analysis,MLVA)方法,对云南省鼠疫菌株进行基因分型。方法采用聚合酶链反应(PCR)和毛细管电泳,通过BioNumerics软件进行处理,分析云南省158株鼠疫耶尔森菌基因型。结果选取鼠疫菌的14个VNTR位点,5个VNTR位点对云南省鼠疫菌具有多态性分析意义,利用这5个位点对云南菌株进行分析,云南158株鼠疫菌可分为2个群,3个簇,5个基因型,野鼠鼠疫菌属于A簇,丽江玉龙鼠疫菌属于B簇,家鼠鼠疫菌属于C簇,与传统的生态分型结果吻合。结论本次试验筛选的5个位点可以用于云南省鼠疫菌的分型,云南家鼠鼠疫菌、野鼠鼠疫菌及玉龙鼠疫菌分属不同的基因簇,玉龙鼠疫菌与野鼠鼠疫菌同属一个群,聚类结果与实际的地理相关性很好。
- 朱俊洁王鹏张蓉海荣梁莹宋志忠
- 关键词：鼠疫耶尔森菌基因型
- 应用PCR方法检测鼠疫现场标本的研究被引量：5
- 2013年
- 目的用PCR方法检测疑似鼠疫现场标本,以建立准确、简便和快速的诊断技术。方法对采自疫源地的自毙鼠标本用两种方法提取DNA,进行caf1、pla基因检测和染色体标识基因检测。结果 2份样本均能检测到caf1、pla基因(与Yersinia pestis caf1、pla基因序列比对同源性达到99%以上)和4个染色体标识基因ypo 2087、ypo 2090、ypo2094、ypo 2102,试剂盒提取方式敏感性高于煮沸法。结论优化模板提取方式、提高扩增效率、质粒和染色体多基因检测,可以提高鼠疫PCR诊断技术的检出率。
- 石丽媛郭英张福新张正飞高子厚杨焕王鹏宋志忠
- 关键词：鼠疫菌质粒染色体PCR检测
- 鼠疫菌MLVA分型技术及其应用被引量：4
- 2013年
- 鼠疫耶尔森菌（Yersiniapestis）是鼠疫的病原菌，鼠疫曾在历史上引发3次世界范围的大流行，给人类和社会发展造成极其严重的影响。近年来，鼠疫仍在动物和人群间有散在流行．因此．世界卫生组织（WHO）已将其列为近20年来重新流行的急性传染病之一。鼠疫菌可分为4个古老的变种，
- 张蓉王鹏宋志忠
- 关键词：鼠疫菌分子分型VNTRMLVA
- 云南省鹤庆县2017年分离鼠疫菌分子溯源被引量：7
- 2018年
- 目的了解2017年云南省鹤庆县新分离的鼠疫菌的基因分型，为该地的鼠疫防控提供科学依据。方法采用差异片段（DFR）、规律成簇的间隔短回文重复序列（cRJsPRs）和多位点可变数目串联重复序列分析（MLvA）3种方法对10株鹤庆县新分离鼠疫菌进行分型，并将10株鼠疫菌及邻近疫源地鼠疫菌株93株纳入聚类分析。结果鹤庆鼠疫菌株与丽江鼠疫疫源地菌株具有相同的DFR型（Genomovar05型）及CRISPRs型（Ca7簇，22型），在MLVA聚类分析中，鹤庆鼠疫菌株与丽江野鼠鼠疫菌株位于同一个簇，两者之间仅有2个位点（N2117，M23）的差异。结论2017年云南省鹤庆鼠疫菌株与丽江野鼠鼠疫疫源地菌株具有很高的同源性，鹤庆县疫情可能是丽江鼠疫进一步向南扩散的结果。
- 石丽媛丁奕博谭红丽郭英张海鹏段存娟李伟王鹏
- 关键词：鼠疫
- 脉冲场凝胶电泳技术简介及其在细菌分子分型中的应用被引量：28
- 2013年
- 目前可用于细菌分子分型的方法较多,脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术以其重复性好、分辨力强的优势被作为细菌分子分型的"金标准"广泛应用;利用PFGE技术对细菌进行分型并分析细菌间分型结果的差异,可以有效地对疾病进行监测,追溯疾病的感染来源,明确感染途径,追溯其遗传特征,为细菌性疾病的预防与控制提供分子生物学证据。
- 叶蕊石丽媛王鹏宋志忠
- 关键词：脉冲场凝胶电泳细菌分子分型
- 鼠疫疫苗株脉冲场凝胶电泳操作规范的建立被引量：1
- 2012年
- 目的建立鼠疫菌脉冲场凝胶电泳的操作规范,并对操作进行风险评估。方法应用疫苗株EV76进行实验,比较不同培养时间、两种酶切的电泳图形,以及胶块中细菌存活情况的检测。结果不同培养时间对电泳结果没有影响,FseI酶切图谱条带较容易分析,胶块内无细菌存活。结论严格执行标准操作程序,才能确保鼠疫菌脉冲场凝胶电泳(PFGE)操作的实验室生物安全。
- 石丽媛王鹏叶蕊张蓉
- 关键词：脉冲场凝胶电泳耶尔森菌鼠疫
- 云南省家鼠疫源地鼠疫耶尔森氏菌分子流行病学特征研究被引量：1
- 2019年
- 目的探讨云南家鼠疫源地鼠疫菌在云南鼠疫菌遗传进化上所处的位置,及其种群流行演化规律。方法按照不同地点、时间及分离源随机选取186株家鼠疫源地鼠疫菌,采用差异区段(DFR)、规律成簇的间隔短回文重复序列(CRISPRs)及多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)3种方法进行分子分型分析;以DFR+CRISPRs双重方法聚类分析划分基因簇,以MLVA26对基因簇再次聚类分析划分亚簇。结果 186株家鼠疫源地鼠疫菌中的184株聚为一个簇(家鼠鼠疫簇),其余2株为独立株;近史流行期、复燃流行期和2016年疫情分离株分别处于不同的亚簇,它们之间的位点差异至少有5个;复燃流行期菌株共有5个亚簇和6个独立株,其中2个亚簇为主要的基因亚簇,即滇西亚簇和滇西南-滇东-广西-贵州亚簇,它们之间有4个位点差异。结论家鼠鼠疫菌是云南鼠疫菌中最晚出现的菌株,近史流行期菌株与复燃流行期菌株菌株存在较大差异,而复燃流行期的鼠疫流行是复燃和扩散并存的结果。
- 石丽媛谭红丽郭英董珊珊丁奕博张海鹏段存娟钟佑宏李伟王鹏
- 关键词：鼠疫家鼠
