大连大学生物信息学与分子设计研究所
- 作品数：10 被引量：66H指数：5
- 相关机构：大连理工大学工程力学系大连理工大学工程力学系工业装备结构分析国家重点实验室大连理工大学电子科学与技术学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划大连市科学技术基金更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术理学医药卫生化学工程更多>>
- 一种新的遗传算法停止准则被引量：6
- 2004年
- 遗传算法因其思想简单、易于实现及不需要目标与约束函数的灵敏度信息等优点而越来越受到国内外广大学者的关注。本文以基于空间收缩的多种群遗传算法中搜索空间的收缩精度作为算法停止准则,并与传统的控制算法收敛的方法进行比较分析,实验表明本文算法停止准则能够及时准确地控制算法收敛,较之传统方法更具科学性和有效性。
- 李纯莲王希诚赵金城
- 关键词：遗传算法搜索空间
- 计算机辅助药物分子对接并行演化设计被引量：7
- 2005年
- 对分子对接理论作了简单介绍 ,建立了一个基于柔性配体分子与刚性受体分子对接的数学规划模型 ,将分子对接中的构象优化搜索转化为求解约束极小化问题的过程 ,并采用带有空间收缩的多种群并行遗传算法进行求解 在分布式存储的并行机曙光 30 0 0上模拟计算表明 ,该设计具有很高的并行加速比 ,在保证分子对接的准确性和有效性的前提下 。
- 李纯莲王希诚赵金城
- 关键词：分子对接结合位点遗传算法信息熵并行计算
- 药物分子对接中的构象搜索策略被引量：6
- 2004年
- 药物分子对接设计是大规模数据库筛选的理想途径。本文在介绍分子对接理论的基础上,建立了一个数学规划模型,将分子对接中的构象搜索转化为约束极小化问题,并采用带有空间收缩的小种群遗传算法进行求解。在遗传算法中还引入了信息熵的概念,用熵控制各种群搜索空间的收缩。本方法用种群的多样性避免了遗传进化的早熟现象,以空间收缩尺度作为停机判据,有效地控制了算法的收敛。在多种群进化机制上,采用小种群策略,极大程度地减少了计算量,提高了分子对接的效率。实例表明本方法适用于药物分子对接设计。
- 李纯莲王希诚赵金城
- 关键词：遗传算法信息熵计算机辅助药物设计
- 基于浮点数编码的信息熵控制多种群遗传算法被引量：2
- 2004年
- 在用准精确惩罚函数处理约束优化问题的基础上 ,提出一种基于浮点数编码机制的信息熵控制多种群遗传算法。通过在遗传设计中定义一个新的概率而引入信息熵概念 ,构造出一个信息熵优化模型。该模型不必完全求解 ,即可容易求出作为概率的拉格朗日乘子 ,得出空间收缩概率 ,控制各种群中解空间的收缩。信息熵的介入可使优化过程更加平稳 ,收敛更快。同时 ,该算法给出了一种科学而有效的遗传设计收敛判据。实例证明该文算法在求解约束优化问题时快速。
- 李纯莲王希诚赵金城
- 关键词：遗传算法信息熵
- 多序列渐进式比对算法研究与比较被引量：3
- 2005年
- 多序列比对是一种重要的生物信息学工具,在生物的进化分析以及蛋白质的结构预测方面有着重要的应用。以ClustalW为代表的渐进式多序列比对算法在这个领域取得了很大的成功,成为应用最为广泛的多序列比对程序。但其固有的缺陷阻碍了比对精度的进一步提高,近年来出现了许多渐进式比对算法的改进算法,并取得良好的效果。本文选取了其中比较有代表性的几种算法对其基本比对思想予以描述,并且利用多序列比对程序平台BAliBASE和仿真程序ROSE对它们的精度和速度分别进行了比较和评价。
- 谷俊峰王希诚赵金城
- 关键词：多序列比对序列比对算法生物信息学进化分析ROSE仿真程序
- 一种基于信息熵的多种群遗传算法被引量：28
- 2004年
- 通过模型变换建立了一种约束优化的演化设计模型,并构造出求解此模型的多种群空间收缩遗传算法.利用最优解在各种群中的存在概率将信息熵概念引入进化过程,构造出一种含有熵的多目标优化模型,利用该模型可以直接显式地给出作为拉格朗日乘子的种群最优解存在概率,从而得出多种群遗传操作的空间收缩因子,控制各种群寻优搜索时解空间的收缩.用种群的多样性避免遗传进化的早熟现象,以空间收缩尺度作为停机判据,有效地控制了算法的收敛.数值算例显示,熵的介入使随机搜索类进化算法的寻优目的性大为增强,从而提高了演化设计的计算效率.
- 李纯莲王希诚赵金城武金瑛
- 关键词：信息熵拉格朗日乘子
- 药物分子对接并行算法设计
- 分子对接是计算机辅助药物分子设计(CAMD)中的一种重要方法，是大规模数据库筛选的理想途径。本文首先对分子对接理论进行了介绍，然后基于柔性配体分子与刚性受体分子的对接过程，建立一个数学规划模型，将分子对接中的构像搜索转化...
- 李纯莲王希诚陆杰赵金城
- 关键词：药物设计分子对接并行计算
- 文献传递
- 基于小波包变换的多序列比对方法
- 2005年
- 多序列比对是一种重要的生物信息学工具,在生物的进化分析以及蛋白质的结构预测方面有着积极的意义.以CLUSTAL W为代表的渐进式比对方法在此这个领域取得了很大的成功,但其固有的缺陷阻碍了其比对精度的进一步提高.本文提出了一种基于小波包变换的多序列比对方法,这种方法利用小波包对数字信号良好的分析能力来寻找序列之间的相似片断,从而达到提高精度、降低计算量的作用.最后,本文利用多序列比对平台BA lisBASE和仿真程序ROSE,给出了此方法与其他比对算法的效率比较结果和讨论.
- 谷俊峰王希诚赵金城
- 关键词：生物信息学多序列比对小波包变换
- 多序列渐进比对算法及其改进算法的研究与比较被引量：5
- 2005年
- 多序列比对是一种重要的生物信息学工具,在生物的进化分析以及蛋白质的结构预测方面有着积极的意义.以ClustalW为代表的渐进式多序列比对算法在这个领域取得了很大的成功,成为应用最为广泛的多序列比对程序.但其固有的缺陷阻碍了比对精度的进一步提高,近年来出现了许多渐进式比对算法的改进算法,并取得良好的效果.本文选取了其中比较有代表性的几种算法对其基本比对思想予以描述,并且利用多序列比对程序平台BAliBASE和仿真程序ROSE对它们的精度和速度分别进行了比较和评价.
- 谷俊峰王希诚赵金城
- 关键词：生物信息学多序列比对生物进化蛋白质
- 应用改进型遗传算法进行药物分子对接设计被引量：11
- 2003年
- 文章建立了一种约束优化的演化模型,并构造出求解此模型的多种群空间收缩遗传算法,将信息熵概念引入进化过程,控制各种群寻优搜索时解空间的收缩。该算法用种群的多样性避免遗传进化的早熟现象,并以空间收缩尺度作为停机判椐,有效地控制了算法的收敛。利用基于小种群的多种群进化策略,在保证种群多样性的前提下,极大程度地减少了计算量,提高了计算效率。数值算例表明,熵的介入增强了随机搜索类进化算法的寻优目的性,使收敛过程平稳且迅速。算例表明此算法能有效的应用于药物分子对接设计。
- 李纯莲王希诚赵金城
- 关键词：药物设计药物分子改进型遗传算法计算机辅助设计
