卢丽男
- 作品数：10 被引量：46H指数：3
- 供职机构：辽宁师范大学化学化工学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金辽宁省高等学校优秀人才支持计划辽宁省科技厅基金更多>>
- 相关领域：理学自然科学总论化学工程生物学更多>>
- 应用ABEEM/MM蛋白质力场模型研究半胱氨酸二肽构象的性质被引量：3
- 2006年
- ABEEM/MM蛋白质力场模型是应用于蛋白质体系的原子-键电负性均衡方法(ABEEM)与力场(MM)相结合的浮动电荷模型.该模型能够准确地描述分子在环境变化时的静电极化,并能快速计算气态和溶液多肽的结构和能量.首次应用ABEEM/MM蛋白质力场模型研究半胱氨酸二肽构象的性质,如构象能、氢键等.此外,应用从头计算HF/6-31G**方法对其性质进行计算.ABEEM/MM蛋白质力场模型可以快速准确地得到半胱氨酸二肽分子不同稳定构象的性质,其结果可以和从头计算相媲美.以上研究有助于加深对半胱氨酸二肽构象性质的了解,从而也为进一步验证ABEEM/MM蛋白质力场模型的正确性以及参数的合理性提供可靠的依据.
- 卢丽男杨忠志
- Fapy-G对碱基氢键复合物影响的理论研究被引量：4
- 2014年
- 应用量子化学方法对2，6-二氨基4-羟基-5．甲酰胺嘧啶（Fapy-G）与正常碱基作用形成的20种氧化碱基对的多种性质进行了理论分析，碱基G的c8位被氧化后N7和N9位分别增加一个H原子，使其由氢键受体变成氢键供体，N7，N9及06原子所带的电荷变负，同时06作为氢键受体的能力增强．与碱基单体相比，碱基对中形成氢键的受体原子所带的电荷平均减小0．05e；供体H原子所带的电荷平均增大0．02e．Fapy—G分子中六元环上受体N原子参与形成氢键时，环的呼吸振动模式和N与对位C的振动模式的振动频率蓝移；与氢键相关的振动频率红移．所有氧化碱基对中，NH…N比NH…O氢键作用更强，且在NH…N氢键中，在六元环上的供体N原子形成的氢键比在氨基或开环上的供体N原子形成的氢键强．Fapy—G与碱基A作用结合能区域顺序为1〉2〉4〉3，与碱基T（R）作用区域顺序为3=4〉1〉2；水溶液使Fapy—G与碱基C作用的结合能减弱程度最大，结合能达到41．84—58．58kJ／mol，且使碱基对结合能力次序发生改变．
- 刘翠张千慧宫利东卢丽男杨忠志
- 关键词：量子化学方法氢键电荷分布结合能
- 荧光动力学分析新方法测定超氧自由基抑制剂的抗氧活性被引量：36
- 2005年
- 研究了荧光动力学分析法检测超氧自由基抑制剂抗氧活性的新方法.在 Tris HCl缓冲溶液中(pH=8.20),邻苯三酚自氧化产生超氧自由基和有荧光效率的自氧化产物.在433.0 nm激发波长和494.5 nm发射波长条件下,该自氧化产物时间扫描曲线的斜率与超氧自由基抑制剂的浓度有相关性.利用抗坏血酸、槲皮素、芦丁 3 种常见抗氧化剂对新方法进行了验证并将新方法与单扫描极谱法(SSP)、紫外分光光度法(UV)作了比较.结果表明新方法测活灵敏度优于UV法,而与SSP法相当,但比SSP法操作简单、准确度好.
- 赫春香卢丽男曹璨聊俊娜张淑敏
- 关键词：超氧自由基抑制剂芦丁激发波长荧光动力学分析法
- S_4-S_0转化期水结合至放氧复合体可能机制的理论研究被引量：2
- 2017年
- 基于光合作用自由基耦合的释氧机理,提出了S_4-S_0转化期水结合至放氧复合体Mn_4CaO_4的三种不同模式.使用密度泛函理论计算了释氧后两种可能的自旋态势能面,结果表明它们在热力学上都是容易发生的,差别很小,能共存于S态循环之间的衔接阶段,并且对实验所测的S_1,S_2和S_3态的底物水交换速率没有差异性.然而,水结合的这三种类型理论上具有不同的底物选择性,对当前和之后的循环中底物的归属产生影响(Ca和Mn_4的配体水或周围的结晶水).但是,O_2的最终来源分别为S_4-S_0和S2-S3结合的两个水分子,关键在于它们演变为底物的时机决定于S_4-S_0的水结合机制.整个S态循环中,锰簇灵活多变的几何结构和Ca,Mn_4及其附近的水通道是实现底物水转移和分解释氧的重要因素.
- 郭宇刘瑜戚娟娟李慧赫兰兰卢丽男刘翠宫利东赵东霞杨忠志
- 关键词：光合作用水通道热力学
- 应用ABEEM方法计算含金属离子Ga^(3+)蛋白的电荷分布被引量：1
- 2021年
- 首次开发ABEEM方法应用于含金属离子Ga^(3+)蛋白体系的研究.ABEEM方法将分子电荷分解到了原子区域、σ键区域、π键区域和孤对电子区域.对金属离子Ga^(3+)与蛋白之间的相互作用采用成键模型,Ga^(3+)与配体原子之间有键电荷分布.通过蛋白晶体数据库的搜索,总结出Ga^(3+)离子和蛋白相互作用的模型分子,确定了相关的新的电荷参数.应用ABEEM方法对模型分子的电荷分布、电荷转移和Ga^(3+)离子的电荷进行了计算和分析.结果表明,ABEEM方法计算的电荷可以和从头算的HF/STO-3G方法的结果相比拟,可以快速给出所有的模型分子的电荷分布.并且通过金属离子Ga^(3+)蛋白大分子体系的电荷计算验证了ABEEM方法以及电荷参数的正确性和可转移性.高价态的Ga^(3+)离子和蛋白的相互作用的理论研究,为其动力学模拟研究奠定了基础.
- 卢丽男杨忠志
- 关键词：电荷分布电荷转移
- 应用abinitio和ABEEMσπ/MM浮动电荷力场研究碱基和氨基酸侧链的相互作用
- 蛋白质和核酸是组成生命最为重要的生物大分子,蛋白质-核酸相互作用在生命活动中发挥了一系列非常重要的功能,是人们了解基因表达具体机制、揭开生命奥秘的关键所在。在蛋白质-核酸相互作用中,蛋白质侧链和核酸的碱基的相互作用占相当...
- 卢丽男杨忠志
- 文献传递
- 应用ABEEM极化力场研究核酸碱基和氨基酸侧链的相互作用
- 2023年
- 对ABEEM极化力场(ABEEM PFF)对核酸碱基、氨基酸侧链以及它们之间的相互作用进行研究.ABEEM PFF将体系的电荷密度分解到了原子区域、σ键区域、π键区域和孤对电子区域,各个区域的电荷可以随着体系结构的变化以及周围环境不同而浮动,很好体现了体系极化效应.在碱基和氨基酸之间的相互作用中氢键起到了很重要的关键作用.ABEEMPFF通过氢键拟合函数对氢键相互作用区域进行特殊的考虑和处理.研究结果表明,应用ABEEM电荷模型计算得到4个碱基模型、5个氨基酸侧链模型和20个相互作用模型的电荷分布以及偶极矩,计算结果与量子力学方法(QM)相媲美.应用ABEEMPFF对29个模型分子进行结构的优化得到稳定结构,与QM计算的结果以及实验的构象有很好的一致性.应用ABEEMPFF和QM方法计算20个碱基和氨基酸相互作用模型的相互作用能,计算结果表明带电的氨基酸侧链与碱基的相互作用能大于不带电氨基酸侧链.氨基酸侧链与碱基的相互作用能的顺序为:Lys>Asp/Glu>Arg>Asn/Gln>Ser/Thr.ABEEMPFF研究碱基和氨基酸侧链的相互作用,为研究和揭示蛋白质和核酸的相互识别机理奠定了良好的基础.
- 卢丽男杨忠志赵东霞
- 关键词：电荷分布氢键
- 发展ABEEMσπ方法计算含硼蛋白体系的电荷分布
- 本文发展ABEEMσπ方法首次计算含硼蛋白电荷分布,从蛋白质晶体数据库(PDB)中截取得到26个含B蛋白模型分子,对模型分子的处理采用成键模型[1-4]。拟合得到新增加的含硼蛋白的相关模型参数即参考电荷,价态电负性和价态...
- 卢丽男杨忠志
- 关键词：电荷分布偶极矩
- 文献传递
- 应用ab initio和ABEEMσπ/MM浮动电荷力场研究碱基和氨基酸侧链的相互作用
- 蛋白质和核酸是组成生命最为重要的生物大分子，蛋白质-核酸相互作用在生命活动中发挥了一系列非常重要的功能，是人们了解基因表达具体机制、揭开生命奥秘的关键所在。在蛋白质-核酸相互作用中，蛋白质侧链和核酸的碱基的相互作用占相当...
- 卢丽男杨忠志
- 应用ABEEM/MM模型研究二肽构象的性质
- 多肽分子在许多生物过程中都起着重要的作用，它的气态和在溶液中的构象一直是人们要探究的关键问题之一。通过NMR等实验手段能够为我们提供某些相关的信息，但并不足以满足我们的需求。计算化学的模拟已经成为一个重要的工具，其模拟的...
- 卢丽男
- 关键词：分子力场
- 文献传递
