朱智东
- 作品数：2 被引量：3H指数：1
- 供职机构：国家工程研究中心更多>>
- 发文基金：全球变化研究国家重大科学研究计划国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生更多>>
- 用于高通量测序的基因组靶序列捕获方法的建立被引量：2
- 2010年
- 文章旨在建立一种基因组目标靶序列捕捉文库的方法,并结合第二代测序技术,以实现候选基因区段的深度测序。利用Agilent公司的eArray在线平台,对1250个基因的11824个外显子共2414977bp的基因组序列进行120个碱基长度的捕捉探针(钓饵)设计,并制备成SureSelect液相靶序列捕获试剂。选用2例人基因组DNA,超声打断后末端补平并磷酸化,连接SOLiD接头,回收150bp～200bp的DNA片段,与靶序列探针杂交捕获目标序列,油包水微乳滴PCR扩增后,磁珠分离富集,上SOLiD测序系统通过工作流程分析(WFA)进行文库质量的评价,或正式测序反应。结果显示对所包含的11147个基因外显子片段设计出并合成了46509个捕捉探针,制备成SureSelect试剂盒。探针可有效地捕捉并富集基因组DNA的目标靶片段,定量PCR显示富集效率可达29倍。WFA分析表明文库可以在SOLiD仪器进行正式测序。测序结果显示靶序列区域的测序数占有效总测序数的比例达到70%,覆盖率均在200×以上。结果表明本研究所建立的SureSelect基因组靶序列捕捉、富集建立测序文库的技术路线可行,可直接用于SOLiD测序仪的测序。
- 陈丹张雯朱智东黄银王平周贝贝杨晓楠肖华胜张庆华
- 胃镜下采集的疑似胃癌组织的基因表达谱分析被引量：1
- 2006年
- 背景:基因芯片等高通量的研究手段已在肿瘤研究中得到广泛的应用,胃癌方面的研究主要集中在手术切除标本,对胃镜下取得的疑似胃癌组织的基因表达比较研究则较少报道。目的:比较胃镜下取得的病理诊断为胃癌和非癌样品的基因表达谱特征,为识别胃癌早期诊断的指标和疾病的分子分型奠定基础。方法:内镜下取47例胃癌疑似病变组织和对应非病变组织,经病理学诊断为胃癌28例,非癌病变19例。提取RNA,采用含14592个点的人cDNA芯片,经RNA放大技术进行基因表达谱的检测,检测结果采用GeneSpring软件分析,数据标准化用局部加权回归分析(LOWESS)处理,胃癌和非癌两组样品的组内和组间差异的显著性分析应用差异显著性分析(SAM)方法。结果:以30%样品中的表达调节水平大于1.5倍作为差异基因筛选标准,胃癌组表达上调的基因有133个,下调的有143个。非胃癌样品中有51个基因表达上调,22个表达下调,其中分别有18个上调基因和13个下调基因与胃癌组相同。组间差异分析筛选出40个基因,其表达调节可以由之进行胃癌和非癌组样品的区分。结论:基因表达谱芯片技术可以有效地应用于识别胃癌和非癌样品中的差异表达基因,并可用于肿瘤发病机制和分子分型的研究。
- 张兰晶杨燕青朱智东吴建新程时丹吴云林渠翊韩峻松肖华胜张庆华
- 关键词：胃镜检查
