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建立基于RNA免疫共沉淀技术的鼠疫耶尔森菌Hfq蛋白相关sRNA的体内验证方法被引量：1: 2013年; 目的:建立RNA免疫共沉淀方法,为鼠疫耶尔森菌Hfq蛋白相关非编码小RNA(sRNA)提供体内验证方法。方法:首先在RNA结合蛋白Hfq下游加入Flag标签,用Flag标签抗体进行免疫共沉淀,获得蛋白-RNA复合物,然后从沉淀的蛋白-RNA复合物中分离得到纯化的RNA;通过Western印迹检测各步骤Hfq蛋白的表达,再利用Northern印迹检测目的sRNA——RyhB1和RyhB2。结果:构建了带有Flag标签的RNA结合蛋白Hfq的载体,此载体转导入hfq缺失株后与鼠疫菌野生株的生长曲线无明显差异;通过RNA-蛋白免疫共沉淀技术鉴定出已知与鼠疫菌Hfq蛋白结合的2个sRNA——RyhB1和RyhB2。结论:建立了利用RNA-蛋白免疫共沉淀鉴定与鼠疫菌Hfq蛋白结合的sRNA的技术,为细菌sRNA的验证、功能研究和体内蛋白质与RNA相互作用研究提供了有利工具。; 孟祥荣苏山春邓仲良刘子中杨瑞馥韩延平黄新祥; 关键词：鼠疫耶尔森菌

地高辛标记的Northern blot检测鼠疫菌sRNA: 2013年; 【目的】随着高通量测序方法的应用,越来越多的sRNA(small non-coding RNA,sRNA)需验证。本研究建立用地高辛标记Northern blot检测鼠疫菌sRNA的技术,为细菌sRNA验证提供一种灵敏、特异的方法。【方法】在低铁条件下,提取鼠疫菌总RNA,10%dPAGE分离后电转到尼龙膜上并用紫外线交联RNA。膜经地高辛标记RyhB1或RyhB2寡核苷酸RNA探针过夜杂交后洗脱、封闭和免疫检测,最后曝光显影。【结果】地高辛标记的Northern blot曝光时间为20 s-3 min,RyhB1或RyhB2检测灵敏度分别为0.005μg和0.05μg。RyhB1或RyhB2探针特异性好,相互间无交叉反应。带正电或中性的尼龙膜都适用于杂交反应。RNA探针在42℃-65℃内杂交均可,提高温度可减少非特异性反应;而DNA探针杂交温度需摸索。【结论】本研究成功构建一种地高辛标记Northern blot检测鼠疫菌sRNA技术,具有特异性好、灵敏度高、探针易保存、曝光时间短等优点,为细菌sRNA验证和功能研究提供有利工具。; 邓仲良苏山春孟祥荣吴移谋杨瑞馥韩延平; 关键词：BLOT

基于RNA-seq技术对鼠疫耶尔森氏菌小RNA的筛选与鉴定: 鼠疫是鼠疫耶尔森菌引起的自然疫源性传染病。鼠疫可通过蚤叮咬或者其它途传染给人,引发腺鼠疫、肺鼠疫和败血症鼠疫。调节小RNAs (small regulatory RNAs, sRNAs)是一类长度在50-500个核苷酸,...; 苏山春; 关键词：鼠疫菌 RNA-SEQ HFQ; 文献传递

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苏山春