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赵建邦

作品数：7 被引量：28H指数：4
供职机构：西安电子科技大学计算机学院更多>>
发文基金：国家自然科学基金陕西省自然科学基金国家教育部博士点基金更多>>
相关领域：自动化与计算机技术生物学理学更多>>

合作作者

文献类型

  • 6篇期刊文章
  • 1篇学位论文

领域

  • 6篇自动化与计算...
  • 3篇生物学
  • 1篇理学

主题

  • 2篇代谢网络
  • 2篇特征值
  • 2篇同构
  • 2篇图同构
  • 2篇频繁子图
  • 2篇子图
  • 2篇子图同构
  • 2篇系统发生树
  • 1篇代谢
  • 1篇度序列
  • 1篇生物网络
  • 1篇数据挖掘
  • 1篇数据挖掘算法
  • 1篇似然
  • 1篇似然估计
  • 1篇同源
  • 1篇图论
  • 1篇图模式
  • 1篇频繁模式挖掘
  • 1篇频繁模式挖掘...

机构

  • 7篇西安电子科技...
  • 4篇长安大学
  • 1篇西安石油大学

作者

  • 7篇赵建邦
  • 6篇高琳
  • 4篇董安国
  • 1篇常安定
  • 1篇宋佳
  • 1篇邱在秦
  • 1篇呼加路

传媒

  • 2篇电子学报
  • 1篇数学的实践与...
  • 1篇华中科技大学...
  • 1篇西北农林科技...
  • 1篇工程数学学报

年份

  • 1篇2012
  • 2篇2011
  • 1篇2010
  • 2篇2009
  • 1篇2008
共 7 条 记 录，以下是 1-7
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排序方式：
基于代谢网络的功能模式发现及系统发生分析研究
细胞代谢是维持生命体生存和成长的必备条件。生命体的细胞通过酶的催化,在维持各种反应平衡的条件下将营养物质(底物)分解,生成其他营养物质(产物),并为生命体提供能量。从图论的角度,将代谢网络中的所有物质看作具有不同标记的节...
赵建邦
关键词：代谢网络拓扑特征系统发生树图论
基于AP算法的多物种同源功能模块挖掘算法被引量：1
2012年
提出了一种多物种代谢网络同源功能模块的挖掘算法.依据物种间的亲缘关系,给出一种新的化合物相似度定义方式,使用AP算法进行模块的初始划分,然后按照模块的同源系数逐层进行重叠扩展.使用65种不同生物的代谢网络进行实验研究,结果表明:得到的保守功能模块与KEGG数据库提供的参考功能模块具有较高匹配率,外围功能模块体现了功能模块在不同物种内的分布差异,验证了算法的有效性.
赵建邦高琳
关键词：代谢网络数据挖掘算法相似度
图模式挖掘中的子图同构算法被引量：4
2011年
图模式挖掘问题在Web挖掘、生物信息学、社会关系等众多领域有广泛的应用,它涉及到子图的搜索以及子图的同构问题.这两个问题都具有相当高的计算复杂度,现有的子图同构问题大多采用最小编码算法,但对无标签图特别是对无标签无向图,该算法效率较底,从而子图的同构成为图模式挖掘问题的一个瓶颈.针对无标签图,以代数理论为基础,分别利用度序列和特征值构造了两种子图同构算法,用于对有向图和无向图的同构判别.最后对2个真实生物网络进行了仿真实验,结果表明,算法的效率优于现有算法.
董安国高琳赵建邦
关键词：图模式频繁子图子图同构特征值
基于DNA序列的系统进化树构建被引量：11
2008年
【目的】利用生物DNA序列构建系统进化树,以分析生物的进化过程。【方法】利用最大似然估计原理,给出了构建系统发生树的模型和算法。分别建立了确定父节点的ML模型、确定进化时间的ML模型以及保守概率与相似度关系模型;并通过递推,逐步恢复生物进化的原过程。【结果】给定一系列生物的DNA序列,通过本算法可以建立这些生物的系统进化树,以及生物各自父辈的DNA序列和进化时间。【结论】由本研究构建算法得到的生物进化关系合理、算法复杂度低,可以用于大规模生物群体的系统进化树构建。
董安国高琳赵建邦呼加路
关键词：DNA序列系统进化树最大似然估计
一种用于生物网络数据的频繁模式挖掘算法被引量：6
2010年
频繁模式挖掘是生物网络数据分析中的一个核心问题,对于研究生物网络的组织结构和功能模块具有重要意义.本文提出了子图环分布的概念并构造了子图搜索算法,提高了搜索效率.其次设计了动态抽样算法计算子图频率,用于提高非穷举搜索的精度.利用4个真实生物网络数据进行仿真实验研究,验证了本文算法在效率和精度上相对于现有算法的优势.
赵建邦董安国高琳
关键词：生物网络
基于环分布的频繁子图挖掘算法
2009年
频繁子图挖掘主要涉及到子图搜索和子图同构问题。对子图搜索问题,本文提出了环分布的概念,并构造了基于环分布的子图搜索算法;对子图同构问题,本文利用度序列和特征值构造了两种算法,分别用于对有向图和无向图的同构判别。利用同构算法对搜索出的子图进行同构分类,根据分类结果得到频繁子图。实验结果表明,本算法的效率优于现有算法。
董安国高琳邱在秦常安定赵建邦
关键词：频繁子图子图同构特征值度序列
一种基于代谢路径构建系统发生树的有效方法被引量：5
2009年
构建系统发生树是研究物种起源和演化的重要手段.本文基于KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)代谢路径,引入图论的"核"概念,提出一种构建系统发生树的方法.首先解决在无数据丢失前提下,代谢路径数据的提取和表示问题,其次将不同代谢路径的相似度定义为图的核部分与非核部分各自匹配程度的加权之和,利用距离矩阵构建物种间的系统发生树.通过大量试验数据和NCBI(National Center for Biotechnology Information)分类法进行比较,验证了本文方法的有效性.
赵建邦高琳宋佳
关键词：系统发生树核方法
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