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刘志荣: 作品数：21 被引量：37H指数：2; 供职机构：北京大学化学与分子工程学院更多>>; 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划教育部留学回国人员科研启动基金更多>>; 相关领域：理学生物学医药卫生文化科学更多>>

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天然无序蛋白质不同预测算法的内在关联: 天然无序蛋白质在生理条件下不具有确定的三维结构，但却行使重要的生物学功能。近些年来，无序蛋白质的预测算法取得了很大的发展，到现在已经有超过五十种预测算法，它们的预测精度大约在85％到90％之间。为什么看起来很不相同的预测...; 金凡刘志荣

中国古代热力发展简史被引量：1: 2022年; 在漫长的历史岁月中,人类的每一次跨越,每一次进步,都有一只强劲的命运之手——热力,在不断引导着人类前进的轨迹,在启迪、激荡着人类参悟科技的玄机。中国古代的热力技术曾长时间处于世界领先地位。中国人对热力的探索有着世界其他国家无法比拟的悠久历史,创造了灿烂辉煌的成就,为中华文明和世界文明做出了重要的贡献,值得我们骄傲。但由于封建社会的封闭性和人们思维方式的保守性,排斥外来科学文化的冲击,再加上研究方法的不科学性,使得中国的热力技术与科学在近现代开始落后于西方,这是一件非常遗憾的事。本文回溯了中华文明在茫茫历史长河中不断与热力的探索、交锋的历史,梳理了中国热力发展的脉络。; 艾琳刘志荣; 关键词：热力热力学

天然无序蛋白质结合-解离性质的影响探究: 蛋白质之间结合性质常用结合-解离过程的平衡常数KD、结合速率常数kon与解离速率常数koff进行表征。了解KD、kon与koff之间的内在关联可以使我们更好地理解蛋白质结合与解离的性质,并且使我们能够从相应蛋白质结构出发...; 曹怀卿刘志荣; 关键词：蛋白质-蛋白质相互作用溶剂化效应分子动力学模拟; 文献传递

蛋白-蛋白相互作用中结合亲和性与结合动力学的相互影响: 蛋白-蛋白相互作用(Protein-protein interaction,PPI)广泛参与生物体内的生理活动当中,对其性质的研究有助于我们更好地理解相关生理活动的性质和功能。蛋白-蛋白相互作用包含蛋白质分子自身的构象变...; 曹怀卿刘志荣; 关键词：蛋白-蛋白相互作用

基于长程无序蛋白链尺寸关系的粗粒化分子动力学模拟: 单分子FRET 实验可以获取蛋白变性过程的尺寸和能量信息,直接得到的是标记端点距离<Ree2>1/2.以往工作中通常使用高分子Gaussian chain Model 将其转换成蛋白回转半径<Rg2>1/2,再用于后续分...; 李茂东孙潭霖刘志荣

蛋白变性模型: 蛋白质在实现其生物功能的时候，可以是天然折叠态，也可以是解折叠态，例如天然无序蛋白(IDPs)。折叠态与解折叠态间的自由能差计算对于理解蛋白生物功能及研究蛋白折叠疾病有重要意义。我们应用C-G 转变理论发展了一个普适的从...; 李茂东刘志荣; 关键词：蛋白变性

M^(pro)-C蛋白三维结构域交换的机理:来自分子模拟的线索(英文)被引量：1: 2012年; SARS冠状病毒主蛋白酶(Mpro)在病毒的蛋白酶切过程中发挥着重要作用.Mpro的晶体结构显示它存在两种形式的二聚体:一种是发生三维结构域交换的形式,另一种是非交换的形式.Mpro的C端结构域(Mpro-C)单独表达时也能形成与全长Mpro类似的三维结构域交换二聚体.三维结构域交换通常发生在蛋白质的表面,但Mpro-C的结构域交换却发生在疏水核心.在本文中,我们利用分子动力学模拟及三维结构域交换预测算法研究了Mpro-C中被高度埋藏的核心螺旋片段发生交换的机理.我们发现基于结构与基于序列的已有算法都不能正确预言出Mpro-C和Mpro中发生结构域交换的铰链区位置.分子模拟结果表明Mpro-C中的交换片段在天然态下埋藏得很好,但在变性单体中则会被释放并暴露在外面.因此,在完全或部分解折叠状态下交换片段的打开有助于促进单体间的相互作用及结构域交换二聚体的形成.; 黄永棋康雪夏斌刘志荣; 关键词：SARS冠状病毒分子模拟蛋白质-蛋白质相互作用

Denaturant effect on free energy of protein unfolding process: Protein denaturation refers to its specific spatial conformation change according to thecertain physical or ch...; 李茂东刘志荣; 关键词：DENATURATION TRANSFER MODEL BINDING MODEL; 文献传递

基于长程无序蛋白链尺寸关系的粗粒化分子动力学模拟: 单分子FRET实验可以获取蛋白变性过程的尺寸和能量信息,直接得到的是标记端点距离〈Ree2〉1/2。以往工作中通常使用高分子Gaussian chain Model将其转换成蛋白回转半径〈Rg2〉1/2,再用于后续分析。...; 李茂东孙潭霖刘志荣; 文献传递