沈廷杰
- 作品数：4 被引量：3H指数：1
- 供职机构：吉林大学计算机科学与技术学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术一般工业技术生物学更多>>
- microRNA靶基因特征提取新方法被引量：1
- 2012年
- 针对microRNA靶基因预测中出现的敏感性与特异性的矛盾、阳性阈值与测试结果优劣的矛盾和预测范围缩小的问题,提出种子区域上的能量标定、元素比例、靶标作用体上的惩罚3种特征提取新方法,以上特征提取方法涵盖了统计信息、结构信息和能量信息。结合传统特征和新特征,本文利用神经网络构建分类模型并测试。结果显示:新特征能使阴性、阳性数据各自的聚集度有效提高,在高阳性阈值下,评估效果良好;并且靶基因预测范围未缩小,预测开销未增加。
- 刘元宁沈廷杰张浩李鑫魏庆凯赫羽喆
- 关键词：计算机应用生物信息学特征提取方法
- 基于动态规划RNA二级结构的比较被引量：1
- 2011年
- 从RNA的二级结构描述着手,建立基于向量的RNA二级结构树的描述方法,并以该种描述方法为基础,应用动态规划算法,以高致病性的H5N1病毒的NA片段为例,对RNA二级结构进行树状比较。比较结果发现,在时间复杂性上,该方法优于利用最小自由能的方法,并且致病性越强,该结构的相似性越高,对生物实验具有指导意义。
- 李誌刘元宁张浩沈廷杰李杰翟洪亮
- 关键词：生物信息学RNA二级结构H5N1病毒动态规划
- microRNA靶基因特征提取新方法
- microRNA属于小RNA，它是基因内含子经过转录剪切后产生的一种功能型RNA，长度通常不超过25nt。它能够诱导讲解或者抑制转录后的信使RNA，从而影响蛋白质表达的丰度，最终使得一些功能蛋白的表达受到影响。其功能的体...
- 沈廷杰
- 关键词：MICRORNA特征提取方法神经网络
- 文献传递
- 调控流感病毒基因片段的人编码microRNA的新方法被引量：1
- 2011年
- 提出了基于流感病毒片段保守区的microRNA(简写为miR-CR)方法来寻找调控流感病毒的人编码miRNA。以H1N1流感病毒的HA、NA、NP、PB2、PA片段为例,最终得到7条能够调控以上5个片段的人编码miRNA,结果有待于进一步实验验证。本文的研究结果对于找出流感病毒致病性与传染性的变化规律以及流感病毒的靶基因药物设计具有重要意义。
- 刘元宁李鑫张浩沈廷杰李誌田明尧鲁会军
- 关键词：生物信息学流感病毒
