薛振毅
- 作品数：2 被引量：32H指数：1
- 供职机构：南开大学生命科学学院更多>>
- 发文基金：国家重点基础研究发展计划天津市自然科学基金国家教育部博士点基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 不同倍性西瓜基因组DNA甲基化水平与模式的MSAP分析被引量：32
- 2009年
- DNA甲基化是表观遗传修饰的主要方式之一,在基因表达调控中发挥重要作用。本研究以不同倍性(2x、3x、4x)西瓜为试材,采用基于DNA甲基化敏感酶的扩增多态性分析(Methyla-tion-Sensitive Amplification Polymorphism,MSAP)方法,在全基因组水平上探究西瓜同源多倍化过程中DNA序列中CCGG位点的甲基化水平及模式变化特征。研究中选用23对选扩引物,共检测到1883个基因位点。二倍体、三倍体、四倍体中检测到的位点数分别为647、655和581;其中发生甲基化的位点数分别为181、150和159,相应的扩增总甲基化率分别为28.0%、22.9%和27.4%;全甲基化位点数分别为121、80和82,相应的全甲基化率分别为18.7%、12.2%和14.1%。进一步对不同倍性西瓜DNA甲基化模式的变化特征进行分析,结果显示:四倍体西瓜与二倍体西瓜相比有超过半数的位点(54.4%)DNA甲基化模式发生了变化,其与三倍体西瓜相比也有近一半的位点(45.4%)DNA甲基化模式发生了变化,并且变化趋势都以四倍体西瓜甲基化程度升高为主;而三倍体西瓜与二倍体西瓜相比,虽然也有41.6%的位点DNA甲基化模式发生了改变,但变化趋势以三倍体西瓜甲基化程度降低略占优势;与之相似,三倍体西瓜与四倍体相比较,甲基化的变化趋势也是以三倍体西瓜甲基化程度降低为主。以上结果表明:不同倍性西瓜中DNA甲基化事件虽均有发生,但不论是从总甲基化率还是全甲基化率来看,DNA甲基化水平与倍性高低关系不大,三倍体西瓜表现出较为显著的低甲基化水平特征。DNA甲基化模式的分析也表明,与二倍体及四倍体西瓜相比,三倍体西瓜DNA甲基化模式的调整主要以去甲基化为主。显示出三倍体西瓜基因组独特的DNA甲基化特征。本研究为进一步从表观遗传学的角度探讨西瓜的三倍体优势及西瓜同源多倍化的机制奠定了基础。
- 王春国古瑜陈成彬焦定量薛振毅宋文芹
- 关键词：西瓜同源多倍体MSAPDNA甲基化
- 杨树三倍体与二倍体DNA甲基化的比较分析
- 2013年
- 利用甲基化敏感扩增多态性技术，对二倍体与三倍体黑杨和白杨群体DNA甲基化进行了研究，共检测到745个基因位点，不同倍性杨树群体基因组DNA的总甲基化率为13．69％～18．84％，二倍体杨树平均为14．71％，三倍体杨树平均为17．72％。不同倍性杨树种群总甲基化率随着倍性的升高而升高，半甲基化率黑杨组也随着倍性的升高而升高，而白杨组正好相反；黑杨组全甲基化率没有明显的规律可循，而白杨组的全甲基化率则随着倍性的升高而升高。倍性与甲基化率的相关性验证分析结果表明：总甲基化率与倍性的相关系数为0．835，P〈0．01，总甲基化率与倍性呈极显著正相关；全甲基化率与倍性的相关系数为0．651，P〈0．05，全甲基化率与倍性呈显著正相关；半甲基化率与倍性的相关系数为0．335，P〉0．05，半甲基化率与倍性相关性较弱。不同倍性杨树群体的甲基化变异与序列变化具有显著相关性（r=0．9103，P〈0．01），推测甲基化变异具有种群特异性。
- 陈成彬薛振毅胡宝全王春国宋文芹
- 关键词：杨树多倍体MSAPDNA甲基化
