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使用可调ADM的对称全光树网上的调度算法: 2005年; 波分复用技术可以显著提高光传输网络的带宽,是未来主干网的核心技术之一.工作波长可调节的加载/下载复用器(ADM)是实现该技术的主要光学器件之一,研究使用可调ADM的全光网络上的任务调度问题具有重要的理论和应用价值.该文研究了在每个节点放置一个可调ADM的对称全光树网上的任务调度问题,首先证明了它是NP完全的,接着给出了星形网络上的近似算法及其性能分析.最后,将一般树网上任务调度问题规约为星形网络上相同的问题,得到了一个2×(1.1×Opt+0.8+L)/Opt近似算法.; 周丰丰许胤龙陈国良; 关键词：光传输网波分复用任务调度

GoPipe:批量序列的Gene Ontology注释和统计分析(英文)被引量：16: 2005年; 随着后基因组时代的到来,批量的测序,特别是EST的测序,逐渐成为普通实验室的日常工作. 这些新的序列往往需要进行批量的Gene Ontology (GO)的注释及随后的统计分析. 但是目前除了Goblet以外,并没有软件适合对未知序列进行批量的GO注释,而GoBlet因为具有上载量的限制,以及仅仅利用BLAST作为预测工具,所以仍有许多不足之处. 开发了一个软件包GoPipe,通过整合BLAST和InterProScan的结果来进行序列注释,并提供了进一步作统计比较的工具. 主程序接收任意个BLAST和InterProScan的结果文件,并依次进行文本分析、数据整合、去除冗余、统计分析和显示等工作. 还提供了统计的工具来比较不同输入对GO的分布来挖掘生物学意义. 另外,在交集工作模式下,程序取InterProScan和BLAST结果的交集,在测试数据集中,其精确度达到99.1%,这大大超过了InterProScan本身对GO预测的精确度,而敏感度只是稍微下降. 较高的精确度、较快的速度和较大的灵活性使它成为对未知序列进行批量Gene Ontology注释的理想的工具. 上述软件包可以在网站(http://gopipe.fishgenome.org/ ) 免费获得或者与作者联系获取.; 陈作舟薛成海朱晟周丰丰XUEFENG BRUCE LING刘国平陈良标; 关键词：功能基因组学 EST BLAST

下一代通信网络的资源优化及任务调度问题: 本文主要研究了如何调度离线或在线情况下的任意一个请求集合，使得总调度时间最少。本文研究了对称全光树形网络上的MADM问题。本文还可以保证所需要的波长数达到贪心最优。如果使用波长转换器，还可以进一步减少所需要的波长数。　 ...; 周丰丰; 关键词：全光网络无线网络任务调度问题; 文献传递

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周丰丰