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排序方式：

反转录假基因和其对应的源功能基因的蛋白质内部重复片段的比较: 哺乳动物有两个鲜明的特征，一是蛋白质中大量出现的内部重复片段(IRS)，二是基因组含有大量的反转录假基因。比较源功能基因和它产生的反转录假基因所对应的蛋白质内部重复片段，可以研究IRS在突变和进化中的规律。我们分析了人和...; 朱晟; 关键词：简单重复序列蛋白质组; 文献传递

GoPipe:批量序列的Gene Ontology注释和统计分析(英文)被引量：16: 2005年; 随着后基因组时代的到来,批量的测序,特别是EST的测序,逐渐成为普通实验室的日常工作. 这些新的序列往往需要进行批量的Gene Ontology (GO)的注释及随后的统计分析. 但是目前除了Goblet以外,并没有软件适合对未知序列进行批量的GO注释,而GoBlet因为具有上载量的限制,以及仅仅利用BLAST作为预测工具,所以仍有许多不足之处. 开发了一个软件包GoPipe,通过整合BLAST和InterProScan的结果来进行序列注释,并提供了进一步作统计比较的工具. 主程序接收任意个BLAST和InterProScan的结果文件,并依次进行文本分析、数据整合、去除冗余、统计分析和显示等工作. 还提供了统计的工具来比较不同输入对GO的分布来挖掘生物学意义. 另外,在交集工作模式下,程序取InterProScan和BLAST结果的交集,在测试数据集中,其精确度达到99.1%,这大大超过了InterProScan本身对GO预测的精确度,而敏感度只是稍微下降. 较高的精确度、较快的速度和较大的灵活性使它成为对未知序列进行批量Gene Ontology注释的理想的工具. 上述软件包可以在网站(http://gopipe.fishgenome.org/ ) 免费获得或者与作者联系获取.; 陈作舟薛成海朱晟周丰丰XUEFENG BRUCE LING刘国平陈良标; 关键词：功能基因组学 EST BLAST

3大种群蛋白质内部重复片段组成规律的比较研究: 2005年; 20世纪70年代,Ohno提出了功能蛋白的起源理论,认为寡肽片段的周期性重复是蛋白质起源的一种方式。蛋白质内部重复片段在蛋白质序列进化的过程中具有重要意义。选取原核生物、古细菌、真核生物的8个代表物种,设计了新的蛋白质内部重复片段的提取方法,并用矩阵的方式对重复片段的类型及其出现的频率进行形象地展现,既保留了重复片段的序列特征又可进行全局性的统计描述。分析表明:真核生物高频率的使用简单重复序列;真细菌也具有低频率使用简单重复序列的现象;而古细菌则几乎没有。进一步研究显示,3大种群生物偏向性使用氨基酸构成蛋白质内部重复片段的形为与蛋白质组的氨基酸使用频率紧密相关。其相关系数在真细菌和古细菌中高于0.95,而真核生物略低。真核生物蛋白质组大量使用简单重复片段,以及两者在氨基酸使用上的较低相关性暗示简单重复序列的快速进化是导致真核生物蛋白质组高复杂性的一个关键因素。; 陈浩朱晟陈良标; 关键词：简单重复序列蛋白质组

ortholog——概念、生物信息预测方法和数据库被引量：5: 2004年; orthologs指起源于不同物种的最近的共同祖先的一些基因。orthologous的基因,具有相近甚至相同的功能,由相似的途径调控,在不同的物种中扮演相似甚至相同的角色,因此在基因组序列的注释中,是最可靠的选择。orthologs的生物信息预测方法主要有两类:系统发生方法和序列比对方法。这两类方法都是基于序列的相似性,但又各有特点。系统发生方法通过重建系统发生树来预测orthologs,因此在概念上比较精确,但难于自动化,运算量也很大。序列比对方法在概念上比较粗糙,但简单实用,运算量相对较小,因此得到了较广泛的应用。; 陈作舟朱晟薛成海陈良标; 关键词：基因生物信息学 ORTHOLOGS 数据库物种

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朱晟