李广林
- 作品数：15 被引量：116H指数：7
- 供职机构：陕西师范大学生命科学学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金中央高校基本科研业务费专项资金西安市科技计划项目更多>>
- 相关领域：生物学文化科学医药卫生农业科学更多>>
- 中粒咖啡萜类合成酶基因家族的生物信息学分析被引量：8
- 2016年
- 萜类化合物具有重要的生理、生态作用和药用价值,萜类合成酶(TPS)是合成萜类化合物的关键酶。通过整合中粒咖啡(Coffee canephora)的基因组和转录组数据,利用生物信息学方法,鉴定出43个萜类合成酶全长基因,并对这些基因的分子进化、结构、复制、表达及功能分化的机理进行了探究。结果表明,中粒咖啡萜类合成酶基因可以分为5个亚家族(a、b、c、e/f、g),不同亚家族的基因结构差异很大;串联复制是基因家族扩增的主要原因;表达分析结果表明,萜类合成酶基因在不同组织中的表达差异明显;中粒咖啡萜类合成酶基因启动子区的顺式调控元件可能与基因的功能分化相关;不同亚家族之间的功能差异主要由亚家族特异的氨基酸决定。
- 程甜魏强李广林
- 关键词：生物信息学分子进化
- 小干扰RNA抗病毒研究进展被引量：1
- 2010年
- 小干扰RNA(siRNA)介导的对同源基因转录后水平的抑制或由此引发的细胞质内同源mRNA降解的转录后基因沉默现象,在抗病毒研究中具有重要意义。由病毒感染引起的各种疾病严重危害着人类的健康,而siRNA在抗病毒感染的研究领域中显示出高度特异性,故受到人们的普遍关注。近年来,siRNA抗病毒方面的研究成为国内外的热点,为临床病毒感染性疾病的防治提供了新的途径。我们就siRNA的机制和特点、siRNA的制备及其抗病毒研究进展做简要综述。
- 魏强曹博郭韬李广林
- 关键词：小干扰RNA病毒感染基因沉默抗病毒
- 细菌萜类合成酶的生物信息学分析被引量：1
- 2015年
- 【目的】目前对于萜类合成酶(Terpenoid synthase,TPS)的研究主要集中在植物和真菌中,而对细菌TPS的系统研究尚少。建立在大量已经被测序的细菌基因组基础上,利用生物信息学方法,对细菌TPS在全基因组范围内进行识别、分类和功能分析。【方法】利用TPS的隐马尔科夫模型(Pfam编号为PF03936)搜索自建的细菌蛋白质组数据库,预测出细菌TPS。对这些候选TPS的蛋白序列用MAFFT 7.130b进行多序列比对,并利用MEGA 6.0对多序列比对结果进行进化分析。利用MEME和Predict Protein分别进行细菌TPS的基序(Motifs)和点突变分析。【结果】建立在生物信息学分析的基础上,1 423条细菌TPS被识别,它们分布在8个门中,即放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、蓝藻门(Cyanobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、绿弯菌门(Chloroflexi)、酸杆菌门(Acidobacteria)和衣原体门(Chlamydiae)。进化分析表明细菌TPS可分为4大类,Motifs分析表明除了各类之间保守的基序(Motifs)外,还有特异的Motifs,这暗示着细菌TPS在不同类别之间的功能分化。点突变分析表明,细菌TPS不同位点的氨基酸突变对TPS功能的影响不同。【结论】细菌TPS主要分布于8个门中,其中在2个门中细菌TPS尚未见报道,即厚壁菌门(Firmicutes)与酸杆菌门(Acidobacteria)。基于进化分析,可以把细菌TPS分为4类,各类之间的差异可能是由类特异的Motifs决定的,另外细菌TPS不同氨基酸位点的突变分析为今后验证TPS的功能提供了很好的理论基础。
- 程甜郝志强魏强李广林
- 关键词：细菌生物信息学
- 植物MicroRNA功能的研究进展被引量：15
- 2011年
- MicroRNA(miRNA)是真核生物基因表达的一类负调控因子,植物miRNA主要在转录水平上通过介导靶基因的甲基化、在转录后水平介导靶mRNA的切割或降低靶mRNA的翻译来调节基因的表达,从而调控植物器官的形态建成、生长发育、激素分泌与信号转导以及植物对逆境胁迫因素的应答能力。该文主要综述了近年来植物miRNA在植物生长发育、激素调节与信号转导以及逆境胁迫应答中的重要作用,并针对miRNA的网络调控特征提出了今后miRNA功能研究的方向。
- 郭韬李广林魏强梁永宏
- 关键词：植物MIRNA生长发育胁迫应答网络调控
- 黄瓜性型分化的分子机制被引量：10
- 2010年
- 黄瓜(Cucumis sativus)是雌雄异花植物性型分化研究的重要模式植物,近年来虽然其性型分化的分子机制研究取得了一定的成果,但其性型分化的调控机制尚未完全阐明。该文综合花器官发育基因、性别决定基因、内源激素、环境因子、性型分化假说,在分子水平构建了黄瓜性型分化的表达调控网络。同时对激素和性别决定基因协控的黄瓜单性花器官凋亡机制进行了阐述,并就miRNA在黄瓜性型分化调控中的作用进行了探讨。
- 梁永宏李广林郭韬魏强
- 关键词：黄瓜MIRNA
- 长链非编码RNA研究进展被引量：11
- 2014年
- 长链非编码RNA(long noncoding RNAs,lncRNAs)是一类长度超过200nt的非编码RNA分子,通过信号分子、诱饵分子、引导分子、支架分子等4种方式在转录水平和转录后水平调控基因的表达。lncRNAs的表达水平相对于蛋白编码基因较低,但它们在X染色体沉默、基因组印迹、染色体修饰、转录激活、转录干扰以及核内运输等方面具有重要的功能。相对于研究较多的非编码小RNA,lncRNAs的功能目前尚不完全清楚。该文从lncRNAs的起源、分类、分子机制、功能和进化等方面综述了lncRNAs的研究进展,为进一步探究lncRNAs的功能和作用机制提供依据。
- 宿娅张晨芳魏强李广林
- 关键词：长链非编码RNA分子机制进化
- 植物miRNA的进化被引量：31
- 2013年
- 鉴于miRNA在植物基因表达调控中的重要作用,人们已经开展对植物miRNA的预测、鉴定、功能和进化等方面的研究。随着许多模式植物基因组测序的完成,miRNA的基因组学和进化信息的整合为miRNA的起源和进化研究提供了越来越多的证据和假说,然而尚未见关于植物miRNA进化方面的系统报道。文章从miRNA的起源以及相应的几种假说、miRNA的产生和消亡、miRNA的功能进化等几方面来分析和综述植物miRNA进化的研究进展。
- 魏强梁永宏李广林
- 关键词：MIRNA进化
- 基于宏基因组探讨青蒿鳖甲汤对脓毒症急性肺损伤大鼠的影响被引量：3
- 2022年
- 目的:基于宏基因组探讨青蒿鳖甲汤对肠缺血再灌注诱发脓毒症急性肺损伤微生物多样性及碳水化合物酶类(CAZy)功能谱的影响。方法:32只SPF级Wistar雄性大鼠随机分为假手术组、模型组、青蒿鳖甲汤组、地塞米松组。夹闭肠系膜上动脉建立肠缺血再灌注模型。HE染色观察大鼠肺、肠组织形态变化,免疫组化法检测大鼠肺、肠组织中MyD88的表达。采集结肠内容物,提取DNA,进行宏基因组分析。结果:与模型组比较,青蒿鳖甲汤组减轻细支气管及肺泡扩张充血,肺泡巨噬细胞浸润;显著抑制肺泡、胃黏膜MyD88信号表达(P<0.01,P<0.05),减轻炎症反应;宏基因组学分析表明青蒿鳖甲汤组能够有效恢复大鼠肠道菌群丰富度和多样性,提升GH2、GH3、GH13、GH43水平(P<0.05,P<0.01),并抑制β-葡萄糖醛酸酶表达(P<0.01)。结论:微生物群的变化有助于调节CAZy的丰度和β-葡萄糖醛酸酶活性,青蒿鳖甲汤可能作为酶抑制剂发挥抑制肠缺血再灌注过度炎症反应作用,从而减轻肠缺血再灌注引起的脓毒症肺损伤。
- 马艳苗刘明燃宋博宋美卿贾力莉柴智李广林彭涛
- 关键词：青蒿鳖甲汤脓毒症急性肺损伤肠道微生物宏基因组
- 微课在生物信息学探究性教学中的探索和应用被引量：4
- 2015年
- 探究式教学是适应高等教育改革和发展的必然趋势,如何在生物信息学教学中更好地实施探究式教学,是目前探究式教学模式在实践环节面临的重要问题。本文就如何在生物信息学探究性教学实践中应用"微课"教学手段提高探究性教学效果进行了探讨。
- 李广林
- 关键词：探究式教学生物信息学
- 大数据背景下的生物信息学教学探索被引量：12
- 2015年
- 生物信息学是当今生命科学和自然科学的重大前沿领域之一,未来生命科学竞争的焦点之一将是生物信息学研究水平的竞争。因此,各高校十分重视生物信息学教学。针对大数据背景下生物信息学教学中存在的问题,本人结合实际教学经验,分别从强化基础理论、培养大数据意识、精心设计教学内容、创新教学方法和改革考核评价体系等五个方面来探索如何在高校开展生物信息学教学,为培养优秀的生物大数据分析人才奠定理论基础。
- 李广林
- 关键词：大数据生物信息学教学探索
