魏强
- 作品数：14 被引量：99H指数：6
- 供职机构：陕西师范大学生命科学学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金中央高校基本科研业务费专项资金西安市科技计划项目更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- 小干扰RNA抗病毒研究进展被引量：1
- 2010年
- 小干扰RNA(siRNA)介导的对同源基因转录后水平的抑制或由此引发的细胞质内同源mRNA降解的转录后基因沉默现象,在抗病毒研究中具有重要意义。由病毒感染引起的各种疾病严重危害着人类的健康,而siRNA在抗病毒感染的研究领域中显示出高度特异性,故受到人们的普遍关注。近年来,siRNA抗病毒方面的研究成为国内外的热点,为临床病毒感染性疾病的防治提供了新的途径。我们就siRNA的机制和特点、siRNA的制备及其抗病毒研究进展做简要综述。
- 魏强曹博郭韬李广林
- 关键词：小干扰RNA病毒感染基因沉默抗病毒
- 细菌萜类合成酶的生物信息学分析被引量：1
- 2015年
- 【目的】目前对于萜类合成酶(Terpenoid synthase,TPS)的研究主要集中在植物和真菌中,而对细菌TPS的系统研究尚少。建立在大量已经被测序的细菌基因组基础上,利用生物信息学方法,对细菌TPS在全基因组范围内进行识别、分类和功能分析。【方法】利用TPS的隐马尔科夫模型(Pfam编号为PF03936)搜索自建的细菌蛋白质组数据库,预测出细菌TPS。对这些候选TPS的蛋白序列用MAFFT 7.130b进行多序列比对,并利用MEGA 6.0对多序列比对结果进行进化分析。利用MEME和Predict Protein分别进行细菌TPS的基序(Motifs)和点突变分析。【结果】建立在生物信息学分析的基础上,1 423条细菌TPS被识别,它们分布在8个门中,即放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、蓝藻门(Cyanobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、绿弯菌门(Chloroflexi)、酸杆菌门(Acidobacteria)和衣原体门(Chlamydiae)。进化分析表明细菌TPS可分为4大类,Motifs分析表明除了各类之间保守的基序(Motifs)外,还有特异的Motifs,这暗示着细菌TPS在不同类别之间的功能分化。点突变分析表明,细菌TPS不同位点的氨基酸突变对TPS功能的影响不同。【结论】细菌TPS主要分布于8个门中,其中在2个门中细菌TPS尚未见报道,即厚壁菌门(Firmicutes)与酸杆菌门(Acidobacteria)。基于进化分析,可以把细菌TPS分为4类,各类之间的差异可能是由类特异的Motifs决定的,另外细菌TPS不同氨基酸位点的突变分析为今后验证TPS的功能提供了很好的理论基础。
- 程甜郝志强魏强李广林
- 关键词：细菌生物信息学
- 水稻磷胁迫响应基因OsRCI2-9的克隆及功能鉴定被引量：2
- 2015年
- 【目的】分析水稻Os RCI2-9的功能,进而解析其耐低磷胁迫的作用机制,以利于磷高效作物的改良与选育。【方法】通过对比分析水稻磷信号中心调控因子Os PHR2超表达(Os PHR2(O))与干涉(Os PHR2(Ri))转基因植株和野生型植株基因芯片数据,发现一个在Os PHR2(O)背景下诱导表达的RCI2家族基因——Os RCI2-9,首先利用实时荧光定量PCR对芯片数据进行验证。然后根据TIGR上的基因序列设计引物,扩增其全长c DNA;进而利用DNAStar来寻找其开放阅读框,并利用TMHMM2.0对蛋白序列的跨膜结构进行预测;在Phytozome中利用BLAST搜索拟南芥和玉米中的同源基因,并将Os RCI2-9与拟南芥RCI2、玉米RCI2家族的蛋白序列利用Clustal X 1.8进行多重序列比对和同源性分析;利用MEGA 5.2.1软件的最大似然法对同源蛋白构建进化树;利用植物顺式作用元件数据库PLACE分析启动子序列中的顺式作用元件;利用RT-PCR和实时荧光定量PCR检测Os RCI2-9在不同胁迫处理条件下的表达模式;将Os RCI2-9的c DNA序列连入带有Ca MV 35S启动子的p CAMBIA1300表达载体中构建其超表达载体并发展转基因材料,对其表型进行分析,并对转基因植株的有效磷进行测定。【结果】Os RCI2-9位于水稻第6染色体上,基因全长237 bp,由2个外显子和1个内含子组成,编码78个氨基酸。Os RCI2-9含有2个跨膜结构域,其在序列上与玉米Zm RCI2-2、Zm RCI2-7和Zm RCI2-8同源性较高;通过启动子序列分析发现Os RCI2-9启动子含有干旱、低温,ABA、细胞分裂素、赤霉素及磷饥饿响应等元件;RT-PCR和实时荧光定量PCR发现Os RCI2-9受到缺磷处理的强烈诱导,在根中Os RCI2-9还受到缺钾和缺铁的少量诱导及缺氮的微量抑制。进一步研究发现在正常磷浓度下,Os RCI2-9超表达转基因植株与野生型相比,表现为生长缓慢,分蘖数减少,而在低磷条件下,表型与野生型差别不大。通过测定有效磷含量发现Os RCI2-9�
- 任鸿雁魏强
- 关键词：水稻胁迫响应
- 中粒咖啡萜类合成酶基因家族的生物信息学分析被引量：8
- 2016年
- 萜类化合物具有重要的生理、生态作用和药用价值,萜类合成酶(TPS)是合成萜类化合物的关键酶。通过整合中粒咖啡(Coffee canephora)的基因组和转录组数据,利用生物信息学方法,鉴定出43个萜类合成酶全长基因,并对这些基因的分子进化、结构、复制、表达及功能分化的机理进行了探究。结果表明,中粒咖啡萜类合成酶基因可以分为5个亚家族(a、b、c、e/f、g),不同亚家族的基因结构差异很大;串联复制是基因家族扩增的主要原因;表达分析结果表明,萜类合成酶基因在不同组织中的表达差异明显;中粒咖啡萜类合成酶基因启动子区的顺式调控元件可能与基因的功能分化相关;不同亚家族之间的功能差异主要由亚家族特异的氨基酸决定。
- 程甜魏强李广林
- 关键词：生物信息学分子进化
- 长链非编码RNA研究进展被引量：11
- 2014年
- 长链非编码RNA(long noncoding RNAs,lncRNAs)是一类长度超过200nt的非编码RNA分子,通过信号分子、诱饵分子、引导分子、支架分子等4种方式在转录水平和转录后水平调控基因的表达。lncRNAs的表达水平相对于蛋白编码基因较低,但它们在X染色体沉默、基因组印迹、染色体修饰、转录激活、转录干扰以及核内运输等方面具有重要的功能。相对于研究较多的非编码小RNA,lncRNAs的功能目前尚不完全清楚。该文从lncRNAs的起源、分类、分子机制、功能和进化等方面综述了lncRNAs的研究进展,为进一步探究lncRNAs的功能和作用机制提供依据。
- 宿娅张晨芳魏强李广林
- 关键词：长链非编码RNA分子机制进化
- 植物miRNA的进化被引量：31
- 2013年
- 鉴于miRNA在植物基因表达调控中的重要作用,人们已经开展对植物miRNA的预测、鉴定、功能和进化等方面的研究。随着许多模式植物基因组测序的完成,miRNA的基因组学和进化信息的整合为miRNA的起源和进化研究提供了越来越多的证据和假说,然而尚未见关于植物miRNA进化方面的系统报道。文章从miRNA的起源以及相应的几种假说、miRNA的产生和消亡、miRNA的功能进化等几方面来分析和综述植物miRNA进化的研究进展。
- 魏强梁永宏李广林
- 关键词：MIRNA进化
- miRNAs调控lincRNAs的生物信息学预测与功能分析被引量：3
- 2014年
- 基因间长链非编码RNAs(Long intergenic non-coding RNAs,linc RNAs)是位于蛋白编码基因之间的长度超过200 nt的非编码RNAs,在动物中参与细胞周期调控、免疫监视、胚胎干细胞分化等多种生物学过程,但是linc RNAs在大多数植物中的功能尚不清楚。Micro RNAs(mi RNAs)是真核生物中一类在转录水平和转录后水平介导基因沉默的21 nt左右的内源性单链小非编码RNAs分子,通过序列互补的方式调控靶标基因的表达。目前mi RNAs的靶标研究主要集中于编码蛋白的基因,而对于靶标为非编码RNAs的研究较少,尤其在植物中的研究更为少见。为了系统挖掘植物中linc RNAs的功能,文章整合mi RNAs数据、c DNAs数据和降解组数据,利用生物信息学方法找到拟南芥(Arabidopsis thaliana)337个成熟mi RNAs在2708个linc RNAs上的可能结合位点,构建了mi RNAs-m RNAs-linc RNAs调控网络,并根据竞争性内源(ce RNA)假说预测linc RNAs的功能,为进一步阐明植物中mi RNAs对linc RNAs的调控机制以及linc RNAs的功能奠定了基础。
- 樊春燕魏强郝志强李广林
- 关键词：微小RNAS
- 水稻BRI1启动子克隆与表达载体构建被引量：1
- 2016年
- 为探究拟南芥和水稻BRI1基因差异表达的原因,本研究克隆了Os BRI1启动子,并将其构建在植物表达载体p Cambia2300-GUS上,为进一步转化拟南芥或其他植物并研究其表达模式奠定了基础。
- 田翠霞魏强李宪彬
- 关键词：水稻油菜素内酯
- 线粒体DNA突变与肿瘤发生的关系被引量：2
- 2009年
- 线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)是真核细胞内的核外遗传物质。事实证明,由于线粒体特殊的生物学结构与功能,和核基因(nDNA)相比,mtDNA更容易发生突变和氧化损伤。目前研究已经发现许多肿瘤组织中mtDNA结构和拷贝量发生了变化。文章主要对mtDNA突变、整合和不稳定性与肿瘤发生的关系以及可能的机理进行了综述。
- 郭韬魏强
- 关键词：MTDNA基因突变肿瘤发生
- 黄瓜性型分化的分子机制被引量：10
- 2010年
- 黄瓜(Cucumis sativus)是雌雄异花植物性型分化研究的重要模式植物,近年来虽然其性型分化的分子机制研究取得了一定的成果,但其性型分化的调控机制尚未完全阐明。该文综合花器官发育基因、性别决定基因、内源激素、环境因子、性型分化假说,在分子水平构建了黄瓜性型分化的表达调控网络。同时对激素和性别决定基因协控的黄瓜单性花器官凋亡机制进行了阐述,并就miRNA在黄瓜性型分化调控中的作用进行了探讨。
- 梁永宏李广林郭韬魏强
- 关键词：黄瓜MIRNA
