王梦楠
- 作品数：4 被引量：4H指数：2
- 供职机构：河北农业大学生命科学学院更多>>
- 发文基金：河北省自然科学基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 牛Ascl2基因印记及DNA甲基化状态分析被引量：2
- 2014年
- 为探讨Ascl2基因在成年牛不同组织中的印记状态,并揭示DNA甲基化在调控Ascl2基因印记中的可能作用。本研究首先应用基于核苷酸多态的RT-PCR产物直接测序法对Ascl2基因在牛7个组织(心、肝、脾、肺、肾、肌肉和脂肪)中的表达及印记状态进行了分析,进一步应用亚硫酸氢盐测序法分析牛肺、肝和肾组织中Ascl2基因启动子区的等位基因特异的甲基化状态。RT-PCR产物测序结果显示,Ascl2基因印记表现出组织特异性,在肺和肝中为单等位基因表达,而在心、脾、肾、肌肉和脂肪5个组织中为双等位基因表达。亚硫酸氢盐测序发现,在Ascl2单等位基因表达的肺和肝中,2条亲本链的甲基化水平存在极显著差异(P<0.01),A链的甲基化水平(61.21%、87.28%)显著高于G链(24.70%、25.61%);而在Ascl2双等位基因表达的肾组织中,A链(54.70%)与G链(49.55%)的平均甲基化水平差异不显著(P>0.05)。以上结果表明,Ascl2基因启动子区DNA的甲基化修饰调控Ascl2基因的印记表达。
- 王梦楠崔亚丽吴国江李冬杰李世杰
- 关键词：DNA甲基化
- 牛Phlda2基因的组织表达及生物信息学分析被引量：2
- 2014年
- 在人、鼠和猪中,Phlda2基因是一个母源表达的印记基因,编码一种胞浆蛋白,具有与血小板同源的结构域。在牛中,Phlda2基因的结构和功能还不清楚。本研究首先利用RT-PCR方法对Phlda2基因在牛组织中的表达进行了分析,进而采用生物信息学方法对牛Phlda2基因的分子进化、启动子及蛋白的高级结构进行了分析和预测。结果表明,Phlda2基因在牛的心、肝、脾、肺、肾、大脑、骨骼肌、皮下脂肪、卵巢和胎盘10个组织中均有表达。对包括人、小鼠、牛、猪、原鸡、非洲爪蝉、斑马鱼和袋鼠在内的8种动物Phlda2基因mRNA序列进化进行分析,发现这8种动物的遗传距离小于0.435,且牛和猪遗传距离最近,为0.148,与基因系统进化树分析的结果一致。牛Phlda2基因的启动子最可能位于该基因起始密码子上游487-737bp区域,包括20种转录因子结合位点。牛Phlda2基因编码亲水性蛋白,其二级结构主要以α-螺旋和无规则卷曲为主;蛋白三级结构包括一个由β片层和α-螺旋构成的血小板同源结构域（PH）。以上研究结果将为进一步研究Phlda2基因的功能和分析基因表达调控的分子机理奠定基础。
- 赵姝君王敬姣王梦楠吴茜红李冬杰李世杰
- 关键词：生物信息学
- ASCL2基因在体细胞克隆牛和自然繁殖牛肺脏中的甲基化分析
- 2014年
- 为探讨ASCL2基因在体细胞克隆牛中的重编程状态,本研究通过亚硫酸氢盐测序法(BSP)对体细胞克隆牛和自然繁殖牛肺脏中ASCL2基因启动子区CpG岛上的CpG位点进行了甲基化状态分析。结果显示,体细胞克隆牛的甲基化水平(28.41%)显著高于正常对照组(7.62%)(P<0.05)。推测ASCL2基因的异常甲基化可能是造成体细胞克隆牛新生死亡及肺脏发育异常的原因之一。
- 王梦楠张明月李宁李世杰
- 关键词：体细胞克隆牛BSP
- 牛ASCL2基因生物信息学分析
- 2013年
- 在人与小鼠中，ASCL2基因是一个母源表达的印记基因，在早期胚胎和胎盘发育中起重要作用。牛ASCL2基因的印记状态和印记的分子机理还没有被研究。本研究采用生物信息学方法对牛ASCL2基因分子进化、启动子和CpG岛区域以及蛋白的高级结构进行分析和预测，为进一步揭示该基因生物学功能和其分子调控机理奠定基础。对21种哺乳动物ASCL2基因的mRNA序列进化分析表明：这21种哺乳动物问的遗传距离小于0．536，且牛与猪遗传距离最小，为0．106，与基因进化树分析结果一致。CpG岛在线软件预测显示，在牛中，该基因上游5k序列中有三个CpG岛。启动子在线软件预测和转录因子分析相结合显示，启动子最可能位于该基因5’端上游4725--4775bp处CpG岛区域内，此区域包括大量潜在转录因子结合位点，并在4734bp处存在一个TATA框。蛋白质在线软件分析表明，ASCL2基因编码一种螺旋一环一螺旋形转录因子，有仅一螺旋、B一转角和无规则卷曲3种二级结构。
- 王梦楠吴茜红赵姝君王敬姣李冬杰李世杰
- 关键词：生物信息学启动子CPG岛
