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牛Wif1基因印记及甲基化调控印记的分子机制研究: 2015年; 为了研究Wif1基因在牛中的印记状态和调控印记的分子机制,本研究首先应用基于单核苷酸多态(SNP)的测序方法,分析了Wif1基因在牛组织中的印记状态,结果发现,Wif1基因在牛中的印记表现出组织特异性,在肺中为单等位基因表达,而在心、肝、脾、肾、肌肉和脂肪6个组织中为双等位基因表达。进一步应用亚硫酸氢盐测序法分析Wif1基因启动子区29个CpG位点在牛肺(单等位基因表达)和肝(双等位基因表达)组织中等位基因特异的甲基化状态,结果发现,在肺和肝中,两条亲本链间的甲基化水平无显著差异(P>0.05)。进一步分析每个CpG位点在肺和肝中亲本链间甲基化率差异,发现与双等位基因表达的肝相比,肺中存在8个亲本链间甲基化率差异显著的CpG位点,其中3个(第1、2和6)位于转录因子的结合位点上。由于单个CpG位点的甲基化变化会影响转录因子的结合,推测这3个CpG位点的甲基化可能参与调控Wif1基因的组织特异性印记。; 吴茜红张明月杨文志吴国江李世杰

转基因克隆牛外源基因整合位点的研究被引量：1: 2012年; 整合位点的侧翼序列是外源基因表型研究和功能探讨的前提条件,对目的基因的正常转录和表达有着重要影响。本试验利用热不对称交措式PCR(Thermal Asymmetric Interlaced PCR,TAIL-PCR)的方法克隆了目的基因。结果表明:外源基因整合到牛的12号染色体基因组克隆(NW_003104315.1)中。分析了整合位点的纯合性发现转基因牛为整合位点杂合子。TAIL-PCR法能够有效、快速的鉴定外源基因在基因组中的整合位置,具有良好的应用前景。; 谭贝贝苏红胡嘉祺吴茜红徐大庆巩校东李世杰; 关键词：TAIL-PCR 转基因牛整合位点

牛ASCL2基因生物信息学分析: 2013年; 在人与小鼠中，ASCL2基因是一个母源表达的印记基因，在早期胚胎和胎盘发育中起重要作用。牛ASCL2基因的印记状态和印记的分子机理还没有被研究。本研究采用生物信息学方法对牛ASCL2基因分子进化、启动子和CpG岛区域以及蛋白的高级结构进行分析和预测，为进一步揭示该基因生物学功能和其分子调控机理奠定基础。对21种哺乳动物ASCL2基因的mRNA序列进化分析表明：这21种哺乳动物问的遗传距离小于0．536，且牛与猪遗传距离最小，为0．106，与基因进化树分析结果一致。CpG岛在线软件预测显示，在牛中，该基因上游5k序列中有三个CpG岛。启动子在线软件预测和转录因子分析相结合显示，启动子最可能位于该基因5’端上游4725--4775bp处CpG岛区域内，此区域包括大量潜在转录因子结合位点，并在4734bp处存在一个TATA框。蛋白质在线软件分析表明，ASCL2基因编码一种螺旋一环一螺旋形转录因子，有仅一螺旋、B一转角和无规则卷曲3种二级结构。; 王梦楠吴茜红赵姝君王敬姣李冬杰李世杰; 关键词：生物信息学启动子 CPG岛

牛Phlda2基因的组织表达及生物信息学分析被引量：2: 2014年; 在人、鼠和猪中,Phlda2基因是一个母源表达的印记基因,编码一种胞浆蛋白,具有与血小板同源的结构域。在牛中,Phlda2基因的结构和功能还不清楚。本研究首先利用RT-PCR方法对Phlda2基因在牛组织中的表达进行了分析,进而采用生物信息学方法对牛Phlda2基因的分子进化、启动子及蛋白的高级结构进行了分析和预测。结果表明,Phlda2基因在牛的心、肝、脾、肺、肾、大脑、骨骼肌、皮下脂肪、卵巢和胎盘10个组织中均有表达。对包括人、小鼠、牛、猪、原鸡、非洲爪蝉、斑马鱼和袋鼠在内的8种动物Phlda2基因mRNA序列进化进行分析,发现这8种动物的遗传距离小于0.435,且牛和猪遗传距离最近,为0.148,与基因系统进化树分析的结果一致。牛Phlda2基因的启动子最可能位于该基因起始密码子上游487-737bp区域,包括20种转录因子结合位点。牛Phlda2基因编码亲水性蛋白,其二级结构主要以α-螺旋和无规则卷曲为主;蛋白三级结构包括一个由β片层和α-螺旋构成的血小板同源结构域（PH）。以上研究结果将为进一步研究Phlda2基因的功能和分析基因表达调控的分子机理奠定基础。; 赵姝君王敬姣王梦楠吴茜红李冬杰李世杰; 关键词：生物信息学

牛Dio3、Dio3os和Wif1基因印记及Wif1基因DNA甲基化状态分析: 基因组印记是指来自双亲的等位基因通过DNA或组蛋白的表观遗传修饰而产生的亲本等位基因差异表达的现象。父源等位基因沉默，而母源等位基因表达的基因称为父源印记基因;反之，则为母源印记基因。印记基因在染色体上成簇分布且高度保守...; 吴茜红; 关键词：基因组印记脱氧核糖核酸甲基化状态; 文献传递

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吴茜红