阚飙
- 作品数：316 被引量：1,552H指数：20
- 供职机构：中国疾病预防控制中心传染病预防控制所更多>>
- 发文基金：国家科技重大专项国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学农业科学轻工技术与工程更多>>
- 沙门菌常见O抗原和H抗原荧光PCR检测方法评估被引量：1
- 2017年
- 目的:评估沙门菌常见A^F血清群O抗原和H抗原荧光PCR检测方法对不同血清型沙门菌的检测效果。方法:选用不同血清型沙门菌制备模板,运用沙门菌O抗原A^F群及不同H抗原荧光PCR检测试剂盒对这些菌株进行扩增检测,分别计算不同血清型检测结果的灵敏度、特异度、检测下限、假阳性率、假阴性率、Kappa值等指标并进行分析。结果:对7种不同沙门菌O抗原的检测灵敏度为85.71%~100.00%,特异度为66.67%~100.00%;对7种不同沙门菌H抗原的检测,H1,5及Hi-l的灵敏度不高,分别为35.71%及57.14%,但特异度均较高(87.50%~100.00%);经Fisher精确检验,除H1,5阳性检测的P>0.05(P=0.162),其余为P<0.05;C1、C2、D1、E、F血清群及H抗原1,6、1,7、g,s,t、g,m的检测结果与血清凝集结果的一致性较高(Kappa值均大于0.75),而H1,5及Hi-l的检测结果与血清凝集结果的一致性很差(Kappa值分别为0.302及0.492);试剂盒对不同O/H抗原核酸检测扩增效率较好,最低检出限为7~137608拷贝/反应。结论:除H1,5抗原外,该荧光PCR检测试剂盒对沙门菌O/H抗原不同血清型的检测效果较好,优于传统血清凝集方法,可显著提高血清型鉴定时效,有利于疾病或暴发的早期发现。
- 曹阳韩营营李杰阚飙闫梅英
- 关键词：沙门菌血清型H抗原荧光PCR
- 霍乱弧菌甘露醇PTS操纵子中mtlR为转录抑制基因被引量：2
- 2007年
- 产毒和非产毒的El Tor生物型霍乱弧菌对甘露醇发酵利用的速率有明显差别,在霍乱致病株的快速判断中有重要的参考价值。通过比较快发酵菌株(非产毒株)和慢发酵菌株(产毒株)mtlR缺失突变株与野生株在含0.2%甘露醇的M9培养液及甘露醇发酵液中生长、产酸等的变化,定性地证明了mtlR基因的抑制作用;另外通过定量RT-PCR进一步验证了MtlR蛋白在mtlCBA转录水平发挥负调控作用。但是mtlR还不是引起快慢发酵菌株对甘露醇发酵差异的直接原因。本研究也为我们研究霍乱弧菌甘露醇快慢发酵差异机制提供了必要的参考依据。
- 王海燕闫梅英赵英伟阚飙
- 关键词：霍乱弧菌
- 单染色体霍乱弧菌基因组学与生物学特征分析
- 2023年
- 目的 研究1株罕见的两条染色体融合为单染色体的霍乱弧菌菌株的基因组及其生物学特征,并与典型的具有两个染色体的霍乱弧菌进行比较。方法 通过短读长和长读长测序相结合的方法测定及分析单染色体菌株VC6047的基因组特征,分析融合方式。通过透射电镜观察菌体形态,观察不同培养温度、pH值、盐浓度和M9以及LB培养基下菌株的生长状况,分析生物膜形成能力以及进入活的非可培养状态(viable but non-culturable, VBNC)的生物学特征。结果 菌株VC6047呈现典型的弧菌特征,染色体的融合位置对应于霍乱弧菌大、小染色体的att B位点(染色体附着位点),也是霍乱弧菌丝状溶源性噬菌体CTXΦ整合的位置。该菌株与第七次大流行菌株处于不同进化分支。培养18 h后,25℃LB培养基条件下以及在37℃,4.0%和5.0%盐浓度LB培养基中菌株VC6047生长高于对比菌株。菌株VC6047仍然具有生物膜形成能力,但相比较于其基因组高度同源的,仍为两个染色体的菌株,菌株VC6047进入VBNC的速率加快,冷适应能力有所降低。结论 大小染色体融合菌株仍基本保持应对优劣环境压力的能力,但发生了一些环境压力适应变化,为菌株染色体融合可能的促成压力研究和微环境适应提供了基础认识。
- 蒋羽赵文轩宋敬东赵硕逄波阚飙
- 关键词：霍乱弧菌染色体
- 含扩增内对照的霍乱毒素基因ctx和不耐热肠毒素基因elt三重real-time PCR检测体系的建立被引量：2
- 2014年
- 目的：建立一个含扩增内对照（IAC）的三重TaqMan real-time PCR体系，以检测霍乱毒素基因ctxA和肠产毒性大肠埃希菌的不耐热肠毒素基因elt。方法针对ctxA、elt和IAC设计引物和探针，进行灵敏性和特异性分析，评价三重反应之间的互相影响。结果该检测体系灵敏度为ctxA每个反应94拷贝，elt每个反应79拷贝，扩增效率分别为94.7%与98.1%。ctxA与elt拷贝数比例为1∶1～1∶10时，二者均能良好扩增；elt或ctxA的量是IAC的100倍以上时，IAC扩增受到抑制。结论该检测体系具有良好的灵敏性和特异性，可以用于腹泻粪便中感染病原菌的检测，其中内对照检测可以提示粪便样本中是否存在PCR抑制因子。
- 李杰阚飙张京云
- 关键词：霍乱毒素不耐热肠毒素
- 副溶血弧菌在乳鼠肠道内竞争性定殖实验方法的建立及应用
- 2015年
- 目的建立评价副溶血弧菌在乳鼠肠道内定殖能力的实验方法,为研究副溶血弧菌的致病机制奠定基础。方法构建带有霍乱弧菌lac Z基因的副溶血弧菌临床分离株RIMD2210633(WT)的Lac Z菌株(WT-lac Z);比较WT菌株与WT-lac Z菌株以及WT-lac Z菌株与环境分离株VP1907在CD-1乳鼠(5日龄)肠道定殖能力的差别。结果成功构建X-Gal LB平板上显蓝色的副溶血弧菌Lac Z菌株。WT-lac Z菌株和WT菌株在乳鼠肠道内定殖能力无差别,这表明可以用WT-lac Z菌株代替WT菌株进行后续的实验;VP1907与WT-lac Z菌株在乳鼠肠道内定殖的竞争系数在0.1左右,表明WT菌株的定殖能力明显高于VP1907菌株。结论建立了评价副溶血弧菌肠道定殖能力的乳鼠模型,并应用该模型进行了临床分离株与环境分离株肠道定殖能力的比较分析。
- 王维刚李杰赵宏群阚飙高鹤
- 关键词：副溶血弧菌乳鼠
- 霍乱弧菌的分子分型方法被引量：6
- 2008年
- 在霍乱流行和暴发调查中,追溯传染源和调查传播途径往往需要对霍乱弧菌进行分型分析。对霍乱弧菌进行血清分型和噬菌体-生物分型,是得到菌株基本信息不可缺少的手段。如果想要揭示菌株在分子水平上的变异和进化规律,则需要进行分子分型分析。本研究对霍乱弧菌的各种分子分型方法进行逐一介绍并加以综合比较。
- 周海健阚飙
- 关键词：霍乱弧菌分子分型流行病学
- 4株霍乱弧菌非产毒株溶源性噬菌体pre-CTXΦ的基因组结构分析被引量：2
- 2019年
- 霍乱弧菌溶源性噬菌体CTXΦ携带霍乱毒素基因ctxAB,通过其结构基因gⅢ编码产生的PⅢ蛋白识别霍乱弧菌毒素共调菌毛(toxin co-regulated pilus,TCP)的主要结构亚单位TcpA,从而感染具有TCP的霍乱弧菌,使之成为产毒菌株。CTXΦ还有不携带ctxAB的前体pre-CTXΦ,根据CTXΦ基因组中调控基因rstR序列型不同,可分成不同的型别。在不同霍乱弧菌菌株的基因组中,已发现CTXΦ/pre-CTXΦ基因组及其亚型的多种组合排列方式。研究该噬菌体家族的基因组多样性,能够分析其进化及在霍乱弧菌产毒株形成中的作用。本研究发现了4株O1和O139群霍乱弧菌非产毒株具有pre-CTXΦ基因组及多样的rstR序列型,进一步对pre-CTXΦ在4株菌株中的基因组特征进行了分析。利用第3代基因测序法(短读长测序技术和单分子长读长测序技术),获得了4株菌株的基因组序列。利用长读长测序和拼接分析,精确地获得了具有长片段重复序列结构的pre-CTXΦ基因组排列,明确了4株测序菌株中多样的pre-CTXΦ基因组排列。在非产毒株基因组菌株VC3193中发现了携带古典型pre-CTXΦ;还在菌株VC702的pre-CTXΦ基因组中首次发现了肺炎克雷白菌的转座子结构(Gen Bank序列号:SRIL00000000)。在这4株测序菌株中,受体TcpA以及pre-CTXΦ的PⅢ蛋白也具有明显差异的序列,有TcpA和PⅢ新序列型,这提示了CTXΦ家族感染宿主菌的受体-配体相互识别的复杂对应关系。本研究丰富了对CTXΦ/pre-CTXΦ家族基因组及其整合排列的多样化认识,也为分析该溶源性噬菌体在不同遗传特征霍乱弧菌菌株间的水平转移和促使新产毒克隆形成方面提供了更多的证据。
- 李旭赵林樊粉霞李哲卢昕逄波阚飙
- 关键词：霍乱弧菌噬菌体基因组
- 河弧菌AL536_RS29525基因功能研究被引量：1
- 2021年
- 目的探讨河弧菌基因组中VflT6SS2核心基因簇上游paar基因簇中AL536_RS29525的序列特征、对VflT6SS2分泌功能和杀菌活性的影响以及可能的调控机制。方法利用Muscle、GeneDoc软件进行AL536_RS29525基因编码产物的序列特征分析;同源重组技术构建AL536_RS29525的缺失株,PCR扩增AL536_RS29525编码序列克隆于pSRKTc获得回补质粒pSR-29525,继而导入ΔAL536_RS29525得到回补株;Western Blot(WB)检测相应菌株中VflT6SS2 Hcp蛋白的表达和分泌,以大肠埃希菌为prey的细菌竞争/杀菌实验检测VflT6SS2介导的菌株杀菌能力;基于Lux报告基因的启动子融合系统冷光检测确定AL536_RS29525缺失对VflT6SS2核心基因簇启动子和hcp启动子活性的影响;荧光定量反转录聚合酶链式反应(qRT-PCR)检测hcp(tssD2)和vipA(tssB2)mRNA的相对表达水平。结果AL536_RS29525同源基因编码蛋白的结构和功能较为保守;缺失AL536_RS29525负性影响VflT6SS2 Hcp蛋白的表达及分泌,降低VflT6SS2介导的菌株杀菌能力,回补AL536_RS29525可恢复缺失株Hcp的表达、分泌和杀菌能力;缺失株ΔAL536_RS29525中hcp(tssD2)和vipA(tssB2)的mRNA表达量均低于野生株;而VflT6SS2的核心基因簇启动子和hcp启动子活性在ΔAL536_RS29525缺失株和野生株之间无显著差异。结论河弧菌AL536_RS29525基因较为保守,与霍乱弧菌以及弗尼斯弧菌的同源基因均具有较高的同源性。AL536_RS29525基因是河弧菌VflT6SS2的重要组成部分,为其Hcp效应子的正常表达、分泌功能以及VflT6SS2介导的杀菌活性所必需。AL536_RS29525可能转录后水平影响VflT6SS2的功能表达。
- 张安冉刘笑舒黄元铭韩雨刘平李杰阚飙梁未丽
- 关键词：河弧菌HCP
- tdh^(+)与tdh^(-)副溶血弧菌耐药表型与基因型差异分析被引量：4
- 2021年
- 目的描述tdh^(+)与tdh^(-)副溶血弧菌表型与基因型耐药差异,分析耐药基因型与耐药表型之间的关系。方法采用K-B纸片法检测208株tdh^(+)与73株tdh^(-)副溶血弧菌对临床及水产养殖中常用的7类16种抗生素的敏感性,使用新一代测序技术获得实验菌株的全基因序列,通过序列比对分析基因组中耐药基因及耐药相关基因突变情况。分析耐药表型与基因型之间的关系。结果tdh^(+)菌株和tdh^(-)菌株对亚胺培南均100%敏感。tdh^(+)菌株对头孢吡肟、阿奇霉素耐药率(0.48%、8.65%)高于tdh^(-)菌株(0.00%、4.11%);tdh^(-)菌株对氨苄西林、头孢西汀、头孢曲松、环丙沙星、萘啶酸、链霉素、卡那霉素、庆大霉素、磺胺甲恶唑、复方新诺明、四环素、多西环素、氯霉素耐药率均高于tdh^(+)菌株。tdh^(-)菌株的多重耐药率(34.25%)高于tdh^(+)菌株(19.23%)。耐药基因共检出5类7种,其中β-内酰胺类bla_(CARB)基因在所有的tdh^(+)菌株和tdh^(-)菌株均检出;四环素类tet(34)基因在tdh^(+)与tdh^(-)菌株基因携带率分别为99.52%、98.63%;喹诺酮类耐药基因qnrS5仅在tdh^(+)菌株中检出;tdh^(-)菌株中叶酸代谢抑制类(sul2)、四环素类[tet(35)、tet(59)]、苯丙醇类(floR)耐药基因检出率高于tdh^(+)菌株。共在14株(tdh^(+)9株,tdh^(-)5株)细菌中检索出6种耐药基因点突变方式,均为编码16S rRNA的rrs基因突变。结论tdh^(-)副溶血弧菌耐药现象较tdh^(+)副溶血弧菌更为严重;16S rRNA的rrs基因突变是除aph(3'')-Ib、aac(3)-Ⅱ、aac(6’)-I、aph(3'')-Id等耐药基因外副溶血弧菌对氨基糖胺类药物耐药的主要机制之一;副溶血弧菌中,可用bla_(CARB)耐药基因存在情况预测副溶血弧菌氨苄西林耐药表型;除此之外其余抗生素耐药表型与其对应耐药基因之间未见明确的对应的关系。
- 肖文静陈美玲赵文轩李臻鹏张天姿卢盼李杰阚飙逄波
- 关键词：副溶血弧菌TDH耐药表型基因型
- 2014年全国伤寒/副伤寒流行病学特征及西南5个省份空间聚类分析被引量：12
- 2018年
- 目的分析2014年全国伤寒/副伤寒流行病学特征,探索西南5个省份疫情聚集区域。方法采用描述性流行病学分析方法对大疫情报告系统的2014年伤寒/副伤寒疾病信息进行统计分析,使用ArcGis 10.5软件绘制病例地理分布特征图,采用SaTScan时空聚类方法扫描分析云南、贵州、湖南、广西和广东5个省(自治区)的伤寒/副伤寒疫情的时空聚集性。结果 2014年我国共报告伤寒/副伤寒病例13 768例,总发病率为1.02/10万,与2013年相比,总发病率下降1.92%,无死亡病例,其中伤寒10 460例(75.97%),副伤寒3 308例(24.03%),发病数与2013年相比,伤寒降低了2.44%,副伤寒降低了3.10%;伤寒/副伤寒的发病高峰为6—9月,占全年病例数的46.23%;伤寒/副伤寒病例均以农民为主,其次为散居儿童和在校学生。西南5省(区)时空扫描分析显示,一类和二类聚集区主要分布在相邻省份的县(市、区)。结论我国伤寒/副伤寒发病率逐年降低,高发省份伤寒/副伤寒的防控不能放松,尤其是非监测点的疫情上升应引起重视,调查并探索危险因素,根据风险因素采取针对性的综合防控策略。高发省相邻省份之间病例聚集明显,可能存在跨地域传播。
- 阳波廖巧红阚飙闫梅英
- 关键词：伤寒副伤寒
