童春发
- 作品数：33 被引量：153H指数：7
- 供职机构：南京林业大学森林资源与环境学院更多>>
- 发文基金：国家重点基础研究发展计划国家自然科学基金江苏省自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学农业科学理学自动化与计算机技术更多>>
- 分子标记多位点排序的并行计算
- 2015年
- 为了对一组连锁的分子标记位点获得正确的排序进而构建生物遗传连锁图谱,提出了并行算法PMMASLH,针对F2作图群体,通过基于消息传递接口并行最大最小蚂蚁系统求解连锁的多个分子标记位点排序,使用隐马尔可夫模型计算一列有序标记位点所获得的极大似然值作为排序的目标函数。计算机模拟结果表明,该算法执行效率高、计算稳定,排序的功效优于著名的连锁作图软件Mapmaker。
- 蒋安纳徐逸卿董程玲童春发
- 关键词：并行计算最大最小蚂蚁系统隐马尔可夫模型F2群体
- 一般遗传模型的方差分析和协方差分析
- 自1925年Fisher提出的方差分析方法以来,随机效应线性模型或混合线性模型在数量遗传学领域中的应用越来越广泛。虽然发展了其它的分析方法,如最小范数二次无偏估计法(MINQUE)、极大似然法(ML)和边缘极大似然法(R...
- 童春发施季森李力
- 关键词：混合线性模型参数估计
- 文献传递
- 林木全同胞群体遗传图谱构建和QTL定位统计分析
- 由于林木自身复杂的生物学特性,育种学家们很难得到象农作物那样的重组近交系用于遗传作图.然而,林木具有高度的杂合性,通常种间或种内杂交所产生的全同胞群体在很多位点会发生分离,因此林木的全同胞群体是一个很好的作图群体.在全同...
- 童春发施季森
- 关键词：林木遗传连锁图谱数量性状基因座位QTL定位
- 文献传递
- 林木半同胞子代测定遗传模型分析及软件“HalfsibSS 1.0”
- 针对林木单地点半同胞子代测定试验,给出了不同形式的遗传模型表达式。采用方差分析法,推导了平衡数据和不平衡数据条件下的方差分量估计式,同时给出方差分量估计的抽样方差以及方差分量假设检验统计量的计算方法。在此基础上,给出了不...
- 童春发施季森
- 关键词：子代测定方差分量遗传力
- 文献传递
- 林木半同胞子代测定遗传模型分析被引量：23
- 2010年
- 针对林木单地点半同胞子代测定试验,给出遗传模型不同形式的表达式,采用方差分析法推导平衡数据和不平衡数据条件下方差分量估计式,并给出方差分量估计的抽样方差以及方差分量假设检验统计量的计算方法。在此基础上,给出不平衡数据条件下家系遗传力的计算公式以及家系遗传力和单株遗传力抽样方差近似计算方法。对于2个数量性状,给出不平衡数据条件下遗传相关系数估计式,而且还给出遗传相关系数估计的方差近似计算方法。用VC++6.0编写计算单地点半同胞子代测定模型中各种遗传参数的Windows应用软件。
- 童春发卫巍尹辉施季森
- 关键词：子代测定方差分量遗传力不平衡数据
- 矩阵Beta分布的矩
- 1997年
- 首先给出了矩阵Ｂｅｔａ分布的特征函数。
- 童春发朱秀娟
- 关键词：特征函数
- 基于Linux平台的林木EST序列分析系统的构建及应用被引量：1
- 2007年
- 利用Phred/Phrap/Consed、cross.match、RepeatMasker、Blast等软件和自主开发程序,基于Linux操作系统,构建了林木EST序列分析系统,完成了从测序峰图向核酸序列的转化、载体序列的去除、重复序列鉴定、EST序列分类和组装、EST序列功能注释与功能分类以及SSR、SNP的发掘。并通过使用Perl语言结合bioperl模块写的脚本程序使分析过程自动化,从而可以快速地对大批林木EST数据进行分析,为林木的功能基因组学研究提供有用的信息。
- 周猛童春发施季森
- 关键词：林木ESTPERL生物信息学
- 林木遗传图谱构建和QTL定位的统计方法被引量：6
- 2004年
- 童春发施季森
- 关键词：林木遗传图谱构建QTL定位数量性状基因位点统计模型
- 充分利用Bioperl加速生物信息学的研究被引量：6
- 2008年
- Bioperl是Perl语言专门用于生物信息的工具与函数模块集,是世界各地的Perl开发人员在生物信息学、基因组学以及其他生命科学领域的智能结晶,服务于研究生物学问题的生物学家或计算机专家。通过对Bioperl进行了详细的介绍,并利用几个研究中的应用实例充分说明Bioperl在生物信息学研究中的重要地位。
- 周猛童春发施季森
- 关键词：生物信息学
- 杉木CCoAOMT蛋白的生物信息学分析与同源模建被引量：5
- 2008年
- 利用生物信息学方法分析了杉木CCoAOMT蛋白的氨基酸组成、等电点、疏水/亲水区、二级结构等蛋白质性质,并同欧洲云杉、拟南芥和水稻的蛋白进行了对比,并用生物信息学软件对其空间结构进行了模拟,同时对模建结果进行了结构质量的分析与检测。结果表明:该蛋白共有255个氨基酸,等电点为5.56,二级结构中α螺旋占37.65%,β折叠片占19.61%,无规卷曲占42.75%。三维结构检测表明此模型的结构符合立体化学规则。
- 周猛洑香香童春发施季森杨立伟王桂凤
- 关键词：杉木生物信息学同源模建
