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商涛: 作品数：11 被引量：15H指数：3; 供职机构：南方医科大学基础医学院基因工程研究所更多>>; 发文基金：国家质检总局科技计划项目广东省生物芯片重点实验室基金更多>>; 相关领域：医药卫生生物学更多>>

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60mer寡核苷酸芯片制备及杂交系统的优化: 2008年; [目的]寡核苷酸芯片制备及杂交过程中的影响因素很多,本实验针对其中主要影响因素进行优化,以筛选出最佳的条件,对芯片制备及杂交系统进行优化。[方法]通过改变芯片打印加样量、斑点数和不同探针浓度,挑选出芯片制备的实验条件;采用正交试验法,以信噪比(SNR值)为评估指标,分析芯片杂交的最佳条件。[结果]最佳实验条件为:增加预打印斑点数,探针浓度为1μg/μl,与纯化后的荧光标记样品在50%甲酰胺,10×SSC,0.2%SDS杂交液中42℃杂交4h,洗脱液每次洗脱时间为1min。[结论]此方法适用于60mer寡核苷酸芯片的制备及杂交效率的提高。; 张海燕马文丽黄吉城商涛廖之君郭波旋郑文岭; 关键词：寡核苷酸芯片正交试验

黄热病毒与甲型流感病毒及其分型集合检测芯片的初步研制被引量：1: 2007年; 目的:研制黄热病毒与流感病毒及其分型集合检测芯片。方法:设计并合成60mer寡核苷酸(Oligo)探针用于制备检测芯片。提取黄热病、甲型流感病毒核酸,以限制性显示技术进行扩增标记,完成杂交后对芯片进行扫描和数据分析。结果:Oligo探针与相应的荧光标记样本杂交后,大部分能检测出阳性荧光信号,而空白对照和阴性对照均为阴性信号。结论:寡核苷酸芯片技术可应用于多种病毒的检测及分型,从而为多种病毒感染的早期鉴别诊断提供科学依据。; 黄吉城张海燕马文丽郭波旋商涛相大鹏郑夔师永霞洪烨幸芦琴李小波胡龙飞钟玉清; 关键词：黄热病毒甲型流感病毒检测芯片

EB病毒活化对鼻咽癌基因表达模式的影响被引量：6: 2008年; 背景与目的:EB病毒(Epstein-Barr virus,EBV)感染在鼻咽癌发生中发挥重要作用。本研究的目的在于探讨潜伏的EBV活化后形成的复发感染对鼻咽癌发生过程中全基因组表达的影响。方法:收集EBV阳性(EBV+)/EBV阴性(EBV-)的鼻咽癌靶标基因表达谱和EBV复发感染次数不同的鼻咽癌细胞株基因表达谱,通过生物信息学手段对其进行交叉比较,统计学分析筛选出25个差异基因。运用DAVID(database for annotation,visualization and integrated discovery)、pSTIING(protein,signaling,transcriptional interactions and inflammation networks gateway)、GATHER(gene annotation tool to help explain relationships)和TELiS(transcriptionelement listening system)在线分析工具对25个共同差异基因进行表达模式的预测。结果:与EBV初次感染时的基因表达谱比较,仅有DUSP1、TOP1、HOXA9、DEK、IMPDH2、PABPC1等25个基因在EBV复发感染时仍然呈明显差异表达;这25个差异基因及其相关转录因子主要通过2种模式相互作用:一条主要涉及TOP1、DUSP1、DUSP6和RPS28等,另一条是由PITX1、CD9、HOXA9和IMPDH2组成的转录相关环。结论:EBV潜伏后的复发感染,可能通过筛选到的差异基因的2种表达模式发挥功能,最终导致鼻咽癌的发生。; 陈霞马文丽梁爽廖之君商涛郑文岭; 关键词：EB病毒基因表达谱差异基因

西尼罗病毒寡核苷酸基因芯片的初步研究: 西尼罗病毒是一种蚊子或蜱螨类传播的虫媒病毒，分类学上属于黄病毒属的黄病毒科，为RNA病毒。西尼罗病毒具有致病性高和传染性强的特点，可以导致西尼罗热或西尼罗病毒脑炎，其宿主动物和传播媒介在自然界广泛存在。该病毒具有跨地区进...; 商涛; 关键词：西尼罗病毒病毒检测寡核苷酸基因芯片检测芯片; 文献传递

西尼罗病毒60mer寡核苷酸探针的设计: 2008年; [目的]设计西尼罗病毒诊断芯片的60mer寡核苷酸探针。[方法]使用NCBIBlast软件对病毒的基因序列进行对比,获得特异性序列,以Oligo6.0对特异性序列进行探针的设计。[结果]设计出10条60mer寡核苷酸探针,为下一步芯片的制备做准备。[结论]将Blast序列分析和Oligo6.0的探针设计功能相结合能快速有效地设计出诊断芯片的寡核苷酸探针。; 商涛黄吉城张海燕马文丽郑文岭; 关键词：寡核苷酸探针 BLAST

肝组织选择性细胞通讯类基因转录调控网络的构建被引量：5: 2008年; 目的探讨肝脏组织选择性基因表达的转录调控机制。方法按照基因功能的差异对组织选择性Affymetrix探针集(共3919条探针)进行聚类,挑选肝组织选择性细胞通讯类(LSCC)基因进行研究。收集各基因上游的500个碱基序列,用3种软件分别预测这些基因的转录因子(TFs)以及转录因子结合位点(TFBS),并进行文献挖掘,最后构建基因转录调控网络。结果获得含23个基因的肝组织选择性细胞通讯类探针集,两种软件预测分别得到50和72个TFs,两者交集有18个相同TFs,得分最高前10条TFBS序列基本上与预测的TFs相对应,文献挖掘结果提示LSCC基因和TFs除具有肝组织的选择性、转录因子的一般性词汇外,还与白蛋白、糖尿病、葡萄糖、脂类、代谢、JNK等显著相关。调控网络显示LSCC基因和TFs具有参与糖、脂代谢调节,结合、转运功能,凝血信号转导,炎症应答等功能,未进入网络的PPP2R1B基因与网络中DUSP10基因部分功能相似。结论LSCC基因和预测的TFs参与肝脏多种重要功能的调控,这些功能整合在复杂的转录调控网络中,转录因子JUN可能是发挥调控作用的重要靶点,推测PPP2R1B也可能参与JUN的调控。; 廖之君马文丽梁爽孟伟商涛郑文岭; 关键词：转录因子转录因子结合位点转录调控网络

西尼罗I型病毒亚克隆的构建及其鉴定: 2008年; 目的构建西尼罗病毒基因组的cDNA亚克隆,为西尼罗病毒全长cDNA克隆的研发和应用打下基础。方法根据基因组中限制性酶切位点的分布设计4对引物,QIAamp RNA抽提试剂盒提取西尼罗病毒培养细胞BHK-21的总RNA,长片段RT-PCR技术扩增目的基因片段。将目的基因片段与pMD18-T载体进行连接,转化入感受态细胞E.coli DH5α,进行蓝白斑筛选后得到阳性克隆,将重组质粒进行PCR和测序鉴定。结果获得的目的基因片段经PCR和测序结果表明西尼罗病毒功能基因正确地克隆进入载体。结论成功获得西尼罗I型病毒功能基因的cDNA亚克隆,可应用于西尼罗病毒全长cDNA克隆的制备。; 商涛马文丽黄吉城张海燕廖之君陈霞郑文岭; 关键词：克隆载体西尼罗病毒

利用基因芯片数据挖掘宫颈癌相关基因的EST片段: 2007年; 目的:利用基因芯片数据,探讨宫颈癌在分子水平上的发病机制,挖掘肿瘤相关基因EST片段,探索恶性肿瘤标志物,为肿瘤防治找到新的有效手段。方法:从基因芯片数据库GEO(gene expression omnibus)中获得GSM99077基因芯片数据,利用该数据筛选出宫颈癌相关基因的EST片段;然后通过NCBI中的在线BLAST软件找到与之相匹配的同源序列,对这些同源序列进行生物学功能分析,找到与肿瘤的相关性。结果:共发现宫颈癌组织与正常宫颈组织差异表达EST共127条,其中上调的106条,下调的11条,这些差异表达EST的同源序列的转录产物参与转录、翻译、细胞增殖分裂及细胞信号传导等过程。结论:基因芯片能有效、高通量地获取生物内在信息,通过对基因芯片数据再挖掘,可发现宫颈癌的发生涉及多个基因共同作用。; 陈数珍马文丽郑文岭商涛廖之君; 关键词：基因芯片宫颈癌 GEO EST

电离辐射影响成纤维细胞基因调控网络的初步研究: 2008年; 目的探讨电离辐射影响人成纤维细胞基因表达的转录调控机制,并构建基因与相应转录因子的调控网络。方法先对前期研究已经获得的差异表达基因进行功能注释,选择结合功能类基因(数量最多)进入研究;再用MaxLAPS,TFME和SCOPE3种软件预测这些基因的转录因子和转录因子结合位点;利用Bibliosphere软件构建转录因子与基因的转录调控网络。结果获得25条GeneSymbols,基因本体功能注释集中于结合功能(共19条),2种程序预测得到14个相同的转录因子,得分最高的6个转录因子结合位点对应的转录因子与预测的基本一致,按照最高水平标准构建的转录调控网络,显示CASPASE-3位于网络的核心。结论电离辐射很可能经转录因子TP53介导CASPASE-3激活而致人成纤维细胞凋亡。; 廖之君马文丽梁爽陈霞商涛董云巧郑文岭; 关键词：电离辐射转录因子转录因子结合位点转录调控网络

寡核苷酸芯片技术在甲型流感及登革病毒检测分型中的初步应用被引量：3: 2008年; 目的建立寡核苷酸芯片检测技术,对甲型流感病毒及登革病毒进行早期检测及分型。方法根据Genebank中病毒基因组序列的保守区域,设计病毒的特异性检测探针,制备病毒检测芯片;利用限制性显示技术标记样品中的病毒靶序列,将标记产物与芯片杂交、清洗、扫描及结果分析。结果该方法可以正确检测到细胞培养所获得的甲型(H1N1,H3N2)流感病毒和登革四型病毒。结论寡核苷酸芯片技术可应用于多种病毒及其亚型的早期检测。; 张海燕马文丽黄吉城商涛郑文岭; 关键词：登革热病毒基因芯片限制性显示技术

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