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应晓敏: 作品数：31 被引量：79H指数：4; 供职机构：军事医学科学院基础医学研究所更多>>; 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划国家重点基础研究发展计划更多>>; 相关领域：生物学医药卫生自动化与计算机技术理学更多>>

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pBV220载体中外源基因高效表达的自动化设计被引量：2: 2009年; pBV220载体是国内科学家构建的原核系统表达载体,目前仍在广泛应用.但是,实现外源基因的高效表达需要综合考虑诸如RNA二级结构等多种因素,极其耗时费力.为此,基于我们提出的pBV220载体中外源基因高效表达数学模型,编写了外源基因高效表达的自动化设计软件,并可定性用于原核系统其它载体中外源基因表达水平分析,最终为加快实验进程提供帮助.; 查磊应晓敏王立贵曹源骆志刚苑波李伍举; 关键词：PBV220 自动化设计

拟南芥基因组中新的microRNA预测及分析被引量：2: 2007年; MicroRNA(miRNA)是一类存在于动植物体内、长度为21￣25nt的内源性小RNA,对生物体的转录后基因调控起着关键作用,但一些低丰度的miRNA和组织特异性miRNA往往很难发现。为了系统识别拟南芥基因组中新的非同源miRNA,首先基于已报道的拟南芥miRNA的特征,从全基因组范围中筛选出453条可能的miRNA前体;其次,为了进一步对上述miRNA前体进行筛选,利用人的miRNA前体数据构建了支持向量机模型GenomicSVM,该模型对人测试集的敏感性和特异性分别为86.3%和98.1%(30个人miRNA前体和1000个阴性miRNA前体),对拟南芥测试集的正确率为93.6%(78个miRNA前体);最后,利用GenomicSVM预测上述453条miRNA前体序列,得到了37条候选的新的拟南芥miRNA前体,为进一步的miRNA实验发现研究提供了指导。; 金伟波孔栋应晓敏郭蔼光李伍举; 关键词：拟南芥基因组 MICRORNA

蛋白质与RNA相互作用位点预测研究: 目的:蛋白质与RNA的相互作用广泛存在于RNA剪切、翻译、病毒的复制以及其它生物学过程中。因此,阐明蛋白质与RNA之间的相互作用机制,不仅解决了一个基本的生物学问题,也具有应用及治疗方面的意义。在研究蛋白质与RNA之间相...; 查磊应晓敏李伍举; 文献传递

基于k-tuple组合的酵母ncRNA与mRNA的比较研究被引量：2: 2006年; ncRNA和mRNA一样,都是重要的功能分子。以k-tuple(k字)含量为特征,对酵母ncRNA成熟序列和mRNA的编码区、上游序列与下游序列进行了分类与比较研究,结果显示:基于ncRNA成熟序列与mRNA编码区的3-tuple的含量,ncRNA和mRNA的交叉有效性分类精度(leave-one out cross-validation,LOOCV)平均值达到93.93%;基于上游序列4-tuple和5-tuple的含量,分类精度分别为92.49%和92.76%;基于下游序列4-tuple和5-tuple的含量,分类精度分别为91.58%和90.60%;利用上游序列和下游序列的4-tuple与5-tuple的含量,其平均分类精度分别为94.68%和94.83%;通过t检验,得到了在ncRNA和mRNA上、下游序列中具有显著统计学差异的k-tuple。上述结果表明,基于ncRNA成熟序列与mRNA编码区的3-tuple含量和基于ncRNA与mRNA上、下游序列的4或5-tuple含量可以有效地区分ncRNA与mRNA。此研究结果不仅有助于准确识别ncRNA与mRNA,还有助于发现ncRNA特异的转录因子结合位点。; 李华应晓敏查磊李伍举; 关键词：酵母非编码RNA

基于转录终点序列特征预测大肠杆菌sRNA被引量：3: 2011年; 细菌sRNA是一类长度在40～500nt的调控RNA,在细菌与环境相互作用中发挥重要功能,因此,细菌sRNA识别研究具有重要意义。然而,与蛋白编码基因具有易于识别的特征不同,目前细菌sRNA识别仍是一件比较困难的事。此方法介绍了一个基于已知细菌sRNA转录终点的碱基频率矩阵来识别sRNA的预测策略,并在大肠杆菌K-12 MG1655中进行了sRNA的预测。结果表明,该模型在独立测试集中具有较高的特异性和阳性检出率,因此,这一方法将为实验发现细菌sRNA提供较好的生物信息学支持。; 刘倩应晓敏吴佳瑤查磊李伍举

BioSun 3.0:一个综合性辅助分子生物学实验设计的软件系统: 2009年; 本文介绍了一个综合性辅助分子生物学实验设计的软件系统BioSun。BioSun为一套辅助分子生物学实验设计软件,功能全面,并为生物学研究人员提供了易用的环境。使用BioSun分析数据和设计分子生物学实验可以加快实验进程,提高研究效率。; 查磊应晓敏曹源李伍举; 关键词：生物信息学计算机辅助设计

BioSun:计算机辅助分子生物学实验设计的软件系统被引量：38: 2004年; 论述了我们自行研究与开发的分子生物学实验辅助设计的生物信息学软件系统BioSun。该系统运行于Windows环境 ,其主要功能有 :可视化的序列编辑、可接收多种序列格式 (EMBL ,GenBank和FastA)的数据库管理系统、多种方式的序列比较、多种方式的抗原表位预测、基于多种算法的RNA二级结构预测、酶切位点分析及酶切图谱制作、PCR实验辅助设计、辅助寡核苷酸微阵列的探针设计、辅助cDNA微阵列的引物设计和原核系统外源基因高效表达设计等。BioSun系统使用图形用户界面方式 ,可实现对图形与文本文件的灵活管理 ,具有操作灵活、功能多样等特点 ,可用于分子生物学实验的辅助设计 ,对加快实验进程和提高实验的成功率具有重要意义。; 李伍举应晓敏; 关键词：生物信息学软件系统

人心力衰竭心肌细胞基因表达谱分析方法初探: 2009年; 目的通过对多中心人类心力衰竭心肌细胞基因表达谱数据整理、分析,探索识别不同表达谱中相同结构蛋白基因的方法。方法选取14个已发表的原发病为扩张型心肌病和(或)缺血性心肌病的心力衰竭基因表达谱,筛选出各表达谱中差异表达≥1.4倍的心肌结构蛋白基因及功能蛋白基因。编写程序自动下载相关基因片段的序列,并建立数据库。根据表达谱中提供的识别号及相关注释信息,用BatchGenAna网站在染色体基因组上进行序列定位,通过定位图显示同一基因不同片段的定位信息。结果通过GenBank序号及芯片中克隆序号得到不同表达谱中相同序号的基因仅有23组,检出率低,漏检了相同基因的不同片段。通过染色体基因组比对、定位,检出不同表达谱中定位在同一染色体区域的相同基因的不同片段共51组,且集中定位在1、2、9、11、12、16号染色体上。通过定位明确显示此基因的编码区及调控区序列。结论基因组定位方法可识别不同表达谱中相同基因的不同片段,明确定位基因编码区及调控区,为后续的功能基因组研究提供可靠信息。; 吴晓霞应晓敏李伍举万涛吴加金刘惠亮; 关键词：心力衰竭肌细胞心脏基因表达谱

Pathogen detection in Prostate Cancer using NGS data: Background: Prostate Cancer (PCa) is one of the most common cancers in men.Many microbes were reported to be p...; 陈垚文李宗城胡朔枫张健邵宁生应晓敏; 关键词：PROSTATE CANCER PATHOGEN RNA-SEQ

Functional annotation of lncRNAs based on lncRNA-Histone modification association network: Background: Increasing evidences demonstrate that long non-coding RNAs (lncRNAs) play many important roles in ...; 李宗城陈垚文胡朔枫张健邵宁生应晓敏; 关键词：LONG NON-CODING RNA FUNCTIONAL ANNOTATION ASSOCIATION