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鸡16号染色体SNP单倍型和拷贝数变异对血清IgG含量的影响被引量：1: 2013年; 旨在探讨鸡16号染色体SNP单倍型和拷贝数变异（Copy number variation，CNV）对血清IgG含量的影响。采用鸡60KSNP芯片对995只北京油鸡进行分型，同时测定80日龄IgG含量。分别采用PennCNV、Haplo-view4．1和PHASE2．0软件对拷贝数变异、连锁不平衡、单倍型分析及与IgG的关联分析。结果发现，该区域存在2个单倍型块和2个拷贝数变异区。Block159984～73717bp）单倍型分析发现3种单倍型和6种双倍型，其中双倍型H1H2血清中IgG含量是H3H3的1．45倍（P〈0．05）；Block2（102256～138076bp）内发现9种单倍型和9种常见双倍型，不同型之间差异不显著（P〉0．05）。CNV1（6471～59984bp）是稀有型拷贝数变异区；CNV2（201882～299166bp）缺失型IgG含量是增加型的1．25倍（P〈0．05）。分析挑选出8个与IgG抗体含量相关的SNP位点，结果发现Gga-rs16057310、Gga-rs15788237及Gga-rs15788101不同基因型之间差异显著（P〈0．05）。结果表明：Blockl和拷贝数变异CNV2（201882299166bp）及SNP位点Gga_rs16057310、Gga_rs15788237、Gga-rs15788101对IgG含量有显著影响，位于这些区域附近含有CD1b、TRIM27、ZNF692及MHC与免疫机能相关的重要基因。; 周伟刘冉冉郑麦青文杰赵桂苹陈国宏常国斌张磊孙艳发李鹏孙艳; 关键词：16号染色体 CNV 血清IGG

北京油鸡血清IgG含量的GWAS初步分析: 鸡全基因组测序草图的完成以及高通量SNP分型技术的建立,使得应用全基因组关联分析(GWAS)寻找与鸡抗病相关免疫性状功能基因成为可能。本研究组建了北京油鸡50:250个全同胞家系,利用Illumina公司的鸡60K SN...; 张磊刘冉冉赵桂苹文杰郑麦青吴丹胡耀东李鹏刘丽; 关键词：IGG GWAS; 文献传递

鸡胸腺重和脾脏重性状的全基因组关联被引量：5: 2012年; 【目的】全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)是复杂性状和疾病相关基因定位的新策略。【方法】试验利用鸡60K SNP芯片对来自50个公鸡家系的728只北京油鸡进行SNP分型检测,采用全基因组关联分析方法对影响100日龄胸腺重和脾脏重的基因进行定位研究。【结果】结果发现24个达5%全基因组水平显著的位点,与100日龄胸腺重和脾脏重显著相关,并在这些位点附近发现Janus kinase 1(JAK1)、zincfinger DHHC-type containing 8(ZDHHC8)、vav 3 guanine nucleotide exchange factor(VAV3)、SATB homeobox1(SATB1)等候选基因;84个与这两个性状潜在关联同时达到5%染色体水平显著的位点。【结论】利用GWAS分析策略筛选和鉴定的重要突变位点及候选基因,将为揭示鸡免疫器官发育的分子调控机制和抗病育种分子标记辅助选择提供必要的分子基础。; 张磊郑麦青刘冉冉文杰吴丹胡耀东孙艳发李鹏刘丽赵桂苹; 关键词：北京油鸡全基因组关联分析

鸡胫长和胫围的全基因组关联分析被引量：18: 2013年; 为了揭示影响鸡胫生长的遗传基础和分子机制,本试验以中国农业科学院北京畜牧兽医研究所昌平试验基地鸡场鸡F2资源群体为基础,测定了F2代个体93日龄的体重、胫长和胫围,并利用60KSNP芯片对个体基因组DNA进行分型,进行胫长和胫围的全基因组关联分析(GWAS)。结果表明,与鸡胫长和胫围达到5%全基因组水平显著关联位点分别为1个和4个(P<2.98×10-6),潜在关联位点分别为4个和25个(P<5.96×10-5)。其中1个SNP位点位于13号染色体上的NKX2-5基因的下游138 834bp,另一个SNPs位于8号染色体ELAVL4基因的下游52 248bp处。4号染色体14.93Mb(71.01～85.94Mb)区域多个SNPs位点与胫围显著或潜在关联。该区域内含有的LDB2、BOD1L1和QDPR等基因。这些基因和区域可作为影响胫长和胫围的重要候选区域和基因,为揭示胫生长的遗传基础和分子机制以及后期的分子标记辅助选择奠定了基础。; 孙艳发刘冉冉郑麦青赵桂苹张磊吴丹胡耀东李鹏文杰; 关键词：胫长全基因组关联分析

北京油鸡血清IgG含量的GWAS初步分析: 鸡全基因组测序草图的完成以及高通量SNP分型技术的建立,使得应用全基因组关联分析(GWAS)寻找与鸡抗病相关免疫性状功能基因成为可能.本研究组建了北京油鸡50∶250个全同胞家系,利用Illumina公司的鸡60K SN...; 张磊刘冉冉赵桂苹文杰郑麦青吴丹胡耀东李鹏刘丽; 关键词：抗病育种 IGG抗体全基因组关联分析; 文献传递

鸡体质量性状基因的全基因组关联研究被引量：11: 2012年; 旨在利用全基因组关联分析(GWAS)方法挖掘畜禽各种经济性状相关候选基因及分子标记。本试验利用鸡的60KSNP芯片,对北京油鸡初生、28、56、80和100日龄体质量进行GWAS研究。结果表明,共有9个SNPs位点达5%全基因组显著水平,与28或100日龄体质量显著相关,在这些显著位点附近包括LYRM1、LDB2等基因;还有96个SNPs位点达全基因组潜在显著水平,与检测的各个日龄体质量有潜在相关性。这些候选基因和分子标记的揭示为分子标记辅助选择技术的发展积累了素材。; 吴丹刘冉冉赵桂苹郑麦青张磊胡耀东文杰; 关键词：北京油鸡全基因组关联分析

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张磊