宁岩
- 作品数：5 被引量：16H指数：2
- 供职机构：中国科学技术大学计算机科学与技术学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金中国科学技术大学青年基金海外青年学者合作研究基金更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术生物学医药卫生更多>>
- 一种用于基因5’exons预测的新方法
- 2007年
- 基因预测是生物信息学领域中的一个重要研究方向。本文在研究了基因局部特征的基础上,针对现有遗传算法在预测基因5’exons方面的不足,从生物免疫机制出发,构建了一种用于基因5’exons预测的免疫遗传算法。该算法利用T细胞发育过程中强大的多样性维持机制来设计算法的选择机制,提高算法的求解性能。实验结果表明该算法提高了基因预测的精度,提供了一种可能的研究基因预测方案。
- 童庆郑浩然宁岩王煦法
- 关键词：基因预测遗传算法T细胞生物信息学
- 一种利用代表点的有效聚类算法设计与实现被引量：14
- 2001年
- 本文针对传统的聚类算法倾向于识别大小类似的球形聚类簇,且对离群数据较为敏感等问题,利用聚类簇代表点选取的方法,设计了一种有效的聚类算法。该方法首先从聚类簇中选取充分分散的若干数据点,然后将它们向聚类簇的重心收缩,依此得到的多个数据点作为聚类簇的代表。通过选取多个代表点,本算法可以捕捉到不同形状的聚类簇的几何特征,且受离群数据的影响较小,实验结果表明,该算法处理复杂数据是有效的。
- 陈恩红王上飞宁岩王煦法
- 关键词：代表点数据挖掘模式识别
- 一种新的蛋白质结构编码方法及其应用
- 2005年
- 基于四肽构象的可视化聚类的结果,提出了一种新的编码方法,由此可将蛋白质三维构象空间映射到:一维编码空间,将蛋白质三维结构空间中的模式搜索和模式发现问题转化为一维编码空间中的相应问题。通过两个算法从模式检索以及模式发现两方面验证了编码的有效性;同时利用熵的概念探讨了序列、结构之间的相关度,得到了一些重要的序列-结构模式。实验结果表明,该编码方法能更加准确地反映四肽构象空间中的分布情况,其结果可解释性更强。
- 陈双平郑浩然宁岩王煦法
- 聚类和关联规则挖掘在基因表达数据分析中的应用研究
- 2008年
- 随着DNA微阵列技术的广泛应用,产生了海量基因表达数据,如何利用这些数据研究基因间的调控关系成为当前生物信息学的一个研究热点。关联规则挖掘是数据挖掘领域的一个重要技术,然而直接对基因表达数据进行关联规则挖掘存在两个问题:一是时间和空间复杂度过高;二是获得的规则仅定性表示基因间的调控关系,无法提供关于调控关系强度的信息。本文利用聚类实现数据降维,然后将基因表达水平离散化为七个状态,最后关联分析每个聚类中的基因表达数据。实验结果表明本文的分析方法是有效的。
- 马猛钮俊清宁岩郑浩然王煦法
- 关键词：生物信息学基因表达数据聚类关联规则
- 基于统计组合与CpG含量分类的基因预测算法被引量：2
- 2007年
- 基因预测是研究基因功能、基因表达、基因之间的关联关系以及如何控制基因转录等工作的基础。现有的基因预测方法在预测内部编码外显子方面能达到较高的精度,但在预测5′端外显子方面却存在着不足。本文针对5′端外显子,构建了一种基于统计组合与CpG含量分类的基因预测算法:将基因区域数据根据CpG含量分成2个相对独立的集合,采用统计组合的方法将多种基因预测方法综合在一起进行基因预测研究。实验结果表明该算法提高了基因预测的精度,为进一步研究基因预测提供了一种可能的方案。
- 童庆郑浩然宁岩王煦法
- 关键词：基因预测
