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李菁: 作品数：53 被引量：146H指数：7; 供职机构：湖南中医药大学第一附属医院更多>>; 发文基金：国家自然科学基金湖南省自然科学基金湖南省教育厅优秀青年基金更多>>; 相关领域：医药卫生历史地理生物学文化科学更多>>

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加权基因共表达网络分析和差异基因表达分析鉴定氯离子通道附件1基因对结肠癌预后保护作用被引量：2: 2021年; 目的:结合应用加权基因共表达网络分析(WGCNA)和差异基因表达分析2种方法筛选结肠癌mRNA表达谱中的差异共表达基因,并分析差异共表达基因与预后的关系。方法:基于生物信息学方法从癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达综合(GEO)数据库分别下载TCGA结肠腺癌数据集的转录组学数据和GSE68468数据集的芯片表达谱数据,筛选出两者在正常组织与结肠癌组织之间的差异表达基因(DEG)和最显著相关的加权基因模块,通过差异基因和加权基因取交集筛选出结肠癌相关差异共表达基因。构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,利用最大派系中心度(MCC)计算方法筛选出MCC评分排名前10位的核心差异共表达基因,使用TCGA结肠腺癌数据集验证核心基因在正常组织和结肠癌组织中的表达,采用Kaplan-Meier生存分析探索核心基因与患者总生存期和无病生存期之间的关系。使用人类蛋白质图谱(HPA)数据库,对生存相关的差异共表达基因进行免疫组织化学染色验证。结果:TCGA结肠腺癌数据集中DEG共3481个,GSE68468数据集中DEG共7275个,共获得237个差异共表达基因。使用PPI网络的MCC计算方法得到10个核心的差异共表达基因,分别为氯离子通道附件1(CLCA1)、MAPK3、胰高血糖素(GCG)、溶质载体家族26成员3(SLC26 A3)、核受体亚家族1组H成员4(NR1 H4)、脂肪酸结合蛋白1(FABP1)、鸟苷酸环化酶激活因子2A(GUCA2 A)、二磷酸尿苷葡糖醛酸糖基转移酶家族2成员A3(UGT2 A3)、肉碱棕榈酰转移酶2(CPT2)和跨膜4域A12(MS4 A12)。与正常组织相比,TCGA结肠腺癌数据集结肠癌组织的CLCA1、GCG、SLC26 A3、NR1 H4、FABP1、GUCA2 A、UGT2 A3、CPT2和MS4 A129个核心基因均下调(P均<0.05),其中CLCA1高表达结肠癌患者的总生存期和无病生存期均长于低表达组(P均<0.05),免疫组织化学染色结果在蛋白质水平也验证了结果的准确性。结论:CLCA1可能在结肠癌的发展中�; 张泽鑫吴汶丰李菁简小兰于奕; 关键词：生物标记

林丽珠中医维持治疗鼻咽癌用药规律的数据挖掘分析被引量：8: 2019年; 收集林丽珠教授中医维持治疗鼻咽癌门诊患者的处方,采用“中医传承辅助平台”分析林丽珠教授中医维持治疗鼻咽癌的用药规律。结果共筛选出林丽珠教授中医维持治疗鼻咽癌的处方360首,涉及中药168味;使用频次在52次以上的药物有39味,前3味分别是甘草、红豆杉、僵蚕;用药频次居前58位的中药主要可归为宣肺清热药、化痰散结药、养阴补肾药、祛瘀通络药和健脾益气药共5类药;聚类分析后演化得到11首新方组合。分析结果提示林丽珠教授中医维持治疗鼻咽癌用药以宣肺清热、疏肝理气、滋补肝肾为主,常辅以化痰祛瘀、利窍通络之品,体现其诊治鼻咽癌多从肺、肝、肾三脏入手,在整体观念指导下将辨病与辨证、扶正与祛邪相结合,着重提高患者的生活质量及延长生存期,倡导“带瘤生存”的理念。; 李菁张弛鲁可胡磊颢李佳殷林丽珠; 关键词：鼻咽癌宣肺清热疏肝理气带瘤生存

林丽珠从血分论治恶性肿瘤并发黄疸的辨证思路被引量：1: 2020年; 林丽珠认为恶性肿瘤并发黄疸与一般内科疾病所致黄疸不同,结合黄疸与肝胆癌瘤两类疾病的病因病机特点,恶性肿瘤并发黄疸的病因病机为肝胆瘀热,可从血分论治,化湿祛瘀以退黄为辨治之本。辨阴阳为辨治关键,阳黄者应以清热化湿、凉血祛瘀为法,阴黄者应以温阳健脾、养血活血为法;辨病与辨证相结合为辨治精髓,遣方用药时需辨清癌种、疾病分期、脏腑气血、正邪进退等变化。治疗之本应归结于原发性癌瘤,林丽珠提倡分期论治原发性肝癌。; 罗嘉敏李菁林丽珠; 关键词：黄疸血分分期论治

湖湘脾胃学说诊治消化道肿瘤的源流探究被引量：3: 2019年; 湖湘脾胃学说是湖湘中医学术流派的重要分支,主要继承和发扬马王堆医书理论、张仲景《伤寒杂病论》和李杲《脾胃论》关于脾胃病治疗的经验与学术思想体系。其治法治则与现代中医辨治消化道恶性肿瘤思想基本契合。强调健脾益胃,化生气血;肝胃同治,兼顾他脏;理气燥湿,温阳补肾;重视康复,倡治未病。总结湖湘名老中医的临证经验,挖掘其辨证及用药规律,将为中医治疗消化道恶性肿瘤提供新的参考价值,值得临床进一步探索和应用。; 李菁李菁张弛彭丽丽彭丽丽晋溶辰; 关键词：消化道恶性肿瘤临证经验

从《临证指南医案·疸》论治肝癌晚期并发黄疸被引量：1: 2019年; 《临证指南医案》所载均为清朝著名临床医家叶天士生前医案,为其临床经验与学术思想的总结。肝癌的发病率逐年上升,中医药在治疗晚期并发黄疸的过程中发挥着重要的作用,也符合我国实施健康中国战略的需求。通过对《临证指南医案·疸》的研读,发现叶氏治疗黄疸分寒热虚实论治,肝癌晚期并发黄疸可使用叶天士治疗黄疸的学术思想进行指导,如重视脾胃、分消三焦、慎用下法、补益肝肾,均对临床的治疗有着重要的指导意义。; 袁晶李菁赖桂花田莎钟崇; 关键词：肝癌黄疸叶天士临证指南医案

常见呼吸道病毒受体结合位点的研究进展: 2023年; 呼吸道病毒感染是全球范围内的重要公共卫生问题,其感染机制复杂,感染的关键在于呼吸道病毒与受体之间的特异性结合。本文对冠状病毒(coronavirus)、流行性感冒病毒(IV)等呼吸道病毒的受体研究进展进行阐述,重点介绍血管紧张素转化酶2(ACE2)、唾液酸(SA)等受体与呼吸道病毒的结合位点,以及受体多样性在呼吸道病毒感染中的作用。对病毒与受体结合位点的深入研究有助于理解呼吸道病毒感染的分子机制,为疾病防控及开发新的治疗靶点提供理论基础。; 彭欢子李菁李云豪许莹芊彭嘉琪谢小兵; 关键词：呼吸道病毒受体冠状病毒血管紧张素转化酶2

基于网络药理学探讨薏苡附子败酱散治疗肝细胞癌的作用机制被引量：5: 2021年; 目的通过网络药理学方法探讨薏苡附子败酱散治疗肝细胞癌的作用机制。方法运用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)获取薏苡仁、附子、败酱草的活性成分和作用靶点,从GeneCards数据库中获取肝细胞癌候选靶点,并筛选出中药与疾病的交集靶点;采用STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,g:Profiler数据分析平台进行GO富集和KEGG通路富集分析。通过Cytoscape 3.7.2软件构建疾病-活性成分-关键靶点-通路网络并进行拓扑结构分析。结果最终筛选获得薏苡附子败酱散活性成分43个,205个潜在靶点,肝细胞癌候选靶点6330个,两者交集关键靶点172个。通过评估口服药物生物利用度和类药性的大小筛选核心活性成分有豆甾醇、谷甾醇等,通过PPI网络分析筛选出TP53、热休克蛋白90α家族A级成员1(HSP90AA1)等主要作用靶点,GO富集分析条目1515条,涉及酶结合、蛋白质二聚活性等生物过程;KEGG富集分析119条,主要调控糖基化终产物及其受体(AGE-RAGE)信号通路、白细胞介素(IL)-17通路、乙型肝炎病毒(HBV)通路等。结论薏苡附子败酱散通过谷甾醇、豆甾醇等活性成分作用于TP53、HSP90AA1等靶点治疗肝细胞癌,其机制可能与调控AGE-RAGE、IL-17、HBV等信号通路有关。; 莫嘉浩朱俊霞欧海莹冯雨露李菁钟崇; 关键词：薏苡附子败酱散网络药理学

基于信使核糖核酸和微型核糖核酸芯片分析进展期肝癌靶基因被引量：1: 2020年; 目的筛选进展期原发性肝癌(HCC)相关靶基因。方法从Gene Expressed Omnibus(GEO)数据库下载信使核糖核酸(mRNA)和微型核糖核酸(miRNA)表达谱。通过limma函数包分析得出差异表达mRNA、miRNA。基于FunRich软件对差异表达的miRNA进行转录因子富集分析。利用TargetScan筛选由差异表达miRNA调节的靶基因,并用Cytoscape软件构建miRNA-mRNA网络图。基于R软件对miRNA-mRNA进行联合基因本体(Gene Ontology,GO)、京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集进行分析。结果从进展期HCC样品中筛选出2382个差异表达mRNAs、213个差异表达miRNAs,对应的转录因子中以EGR1和SP1表达最为显著,miRNA-mRNA调控网络中具有较高节点度的基因为CPEB3、FERMT2。miRNA-mRNA富集于128个GO terms中,如蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶活性正调控等过程,通路主要富集在包括FoxO信号、MARK信号通路等。结论Hsa-miR-614可能与进展期HCC关系密切,CPEB3、ALB可能是进展期HCC的潜在生物标志物。; 莫嘉浩方彩珊许洪彬刘惠平綦向军李菁钟崇李柯谊; 关键词：基因芯片分析原发性肝癌信使核糖核酸

生信分析鉴定青蒿素治疗非小细胞肺癌的铁死亡基因: 2021年; 通过生物信息学分析,鉴定不同类型的青蒿素治疗非小细胞肺癌的相关铁死亡基因。通过在线数据库,对相关类型的青蒿素成分进行筛选和靶点预测。通过WGCNA和差异分析,获取非小细胞肺癌相关基因。通过PubMed数据库获取铁死亡相关基因。将三者进行取交集,得到治疗NSCLC相关的铁死亡基因。通过GO和KEGG功能富集分析,明确其作用机制。构建PPI蛋白互作网络筛选核心基因并进行生存分析。然后进行分子对接和免疫组化层面验证。结果表明:共筛选出不同类型的青蒿素5种,其靶点分别为103个,82个,71个,22个和112个。WGCNA分析筛选出了了9070个基因,差异分析鉴定了4276个差异表达基因。通过将上述二者与258个铁死亡基因取交集,得到了Artemetin治疗NSCLC铁死亡相关基因2个(CA9、PTGS2),其中:Artemisinin(1个),Artemisitene(1个),Deoxyartemisinin(0个)和Dihydroartemisinin(2个)。GO和KEGG功能富集分析显示,其发挥作用可能与组蛋白乙酰化有关,通过孕酮介导的细胞成熟途径通路起作用。PPI和生存分析显示AURKA,PLK1和TYMS在高低风险组之间具有显著性。分子对接结合显示AURKA与Dihydroartemisinin在对接结果中最优,其次是PLK1与Dihydroartemisinin,TYMS与Artemetin。HPA免疫组化验证了AURKA、PLK1和TYMS在腺癌/鳞癌中具有明显的表达差异。本研究鉴定了不同类型青蒿素治疗非小细胞肺癌相关的铁死亡基因,初步了解其发挥作用的机制,这有可能为青蒿素治疗非小细胞肺癌提供新的策略。; 张泽鑫黄子怡吴汶丰陈栩静方舒涵李菁王理槐胡浩文静; 关键词：生物信息学青蒿青蒿素非小细胞肺癌

基于网络药理学的辛夷-苍耳子药对治疗鼻咽癌作用机制探析被引量：4: 2020年; 目的:探究辛夷-苍耳子药对治疗鼻咽癌(NPC)的有效活性化合物及其靶点的作用机制。方法:本研究通过TCMSP数据库筛选出辛夷-苍耳子药对中的化合物及相关靶点蛋白,并运用Uniprot数据库和Genecard数据库查询与靶点蛋白相对应的人类基因名称,进行标准化处理;通过Genecards数据库挖掘鼻咽癌疾病靶点,将其与中药靶点蛋白映射;将映射出的药对治疗NPC的有效靶点导入Cytoscape 3.2.1构建网络图,并运用CTD数据库进行GO富集和KEGG通路富集。结果:获得辛夷-苍耳子药对治疗NPC的共22个成分和49个有效靶点;获得17条GO生物过程和13条相关信号通路,涉及MAPK通路(MAPK signaling pathway)、PI3K-Akt信号通路(PI3K-Akt signaling pathway)等。结论:辛夷-苍耳子药对活性靶点主要通过MAPK信号通路、PI3K-Akt信号通路、MicroRNAs信号通路调控鼻咽癌细胞过程及其代谢来发挥治疗作用。; 张弛李菁蔺婷何迎春周芳亮林丽珠; 关键词：苍耳子网络药理学鼻咽癌

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