杨倩
- 作品数：21 被引量：80H指数：4
- 供职机构：中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所更多>>
- 发文基金：国家科技重大专项北京市自然科学基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生农业科学更多>>
- 手足口病相关柯萨奇病毒A组8型全基因组序列特征分析被引量：1
- 2021年
- 目的研究中国2013-2018年手足口病病例分离的柯萨奇病毒A组8型(CV-A8)全基因组序列特征及对全基因组各编码区进行遗传进化分析。方法对我国不同地区手足口病患者分离的11株CV-A8的全基因组序列,采用Sequencher 5.0、MEGA 7.0等软件对获取的全基因组序列进行比对和遗传进化分析。结果序列比对显示11株CV-A8基因组长度在7393-7400 bp之间,与原型株比较,在编码区无碱基插入或缺失,在非编码区存在个别碱基的插入或缺失。11株CV-A8毒株VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为78.3%-98.6%和92.6%-99.7%;与CV-A8原型株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为78.3%-98.2%和92.6%-99.7%。对CV-A8的VP1区序列进行了系统发育分析,可将CV-A8分为5个基因型:A、B、C、D和E,本研究11株CV-A8分属于C(1株)、D(2株)、E(8株)3个基因型。11株CV-A8毒株全基因组序列核苷酸和氨基酸同源性分别为81.3%%-98.8%和95.9%-99.5%,P2区进化树图显示,本研究的8株E基因型CV-A8和CV-A4、CV-A14和CV-A16原型株进化距离最近,P3区进化树图显示,本研究8株E基因型CV-A8和CV-A5、CV-A16、CV-A14和CV-A4进化距离最近。结论本研究中11株CV-A8其衣壳区呈现基因多样性,非衣壳区呈现重组多样性,提示CV-A8正在经历变异动态变化;CV-A8有可能成为手足口病的重要病原体,因此需要进一步加强监测CV-A8。
- 王东艳宋洋韩振志肖金波路环环严冬梅冀天娇杨倩祝双利许文波张勇
- 关键词：手足口病分子进化
- 两株西藏CV-B3的全基因组特征及溯源分析被引量：3
- 2018年
- 肠道病毒是一种常见的引起婴幼儿急性传染病的病毒,它引起的疾病包括急性弛缓性麻痹、手足口病、无菌性脑膜炎和心肌炎等,甚至死亡。柯萨奇病毒B组3型(CV-B3)是引起急性心肌炎常见的病原体之一,并且也经常引起无菌性脑膜炎的暴发。本研究对在西藏自治区分离的两株CV-B3进行全基因组序列测定和分析,结果表明与原型株相比,核苷酸相似性仅为80.6%。通过系统进化分析,中国大陆流行的CV-B3可以分为三个传播链(lineage1～3),从20世纪lineage1便开始在中国传播,现在倾向于消失,目前lineage2和lineage3替代lineage1成为主要的传播链,现在在中国大陆地区传播。本研究的两株CV-B3也被发现可能与江苏省的一株CV-B5(2009-148-4株)在P3编码区发生了重组,且最大似然进化树的拓扑结构的改变也印证这一重组事件的可能性。频繁的重组活动为肠道病毒的进化提供了原始的基因材料,这也成为肠道病毒频繁暴发的原因之一。本研究分析了西藏两株CV-B3的全基因组序列特征,阐明了CV-B3在中国大陆的传播模式,为CV-B3的防控工作提供了基础资料。
- 韩振志张勇红梅黄克强宋洋杨倩严冬梅祝双利许文波
- 关键词：系统进化分析
- 三种抗原检测H_1N_1猪流感病毒抗体的比较被引量：1
- 2014年
- 本研究采用昆虫杆状病毒表达系统制备了H1N1亚型猪流感病毒的HA蛋白、类病毒脂质体、病毒样颗粒,分别作为抗原进行包被,采用间接酶联免疫吸附实验(ELISA)检测H1N1猪流感病毒抗体。特异性实验结果表明,单独表达的HA蛋白和类病毒脂质体特异性良好,但是病毒样颗粒不能区分不同亚型的流感病毒;敏感性实验结果表明,类病毒脂质体作为抗原的敏感性最好;重复性实验结果表明,三种抗原的重复性好,ELISA实验的批间和批内变异系数均小于10%;稳定性实验结果表明,在4℃可至少稳定保存1年。综上所述,类病毒脂质体有较高的免疫反应性,与灭活全病毒相比有更好的安全性,在抗体水平测定方面有较好的应用前景。
- 杨倩薛春宜朱道中李晓明曹永长
- 关键词：昆虫杆状病毒表达系统猪流感病毒
- 2013～2015年中国重症手足口病的流行病学特征和病原构成被引量：28
- 2018年
- 为阐明中国重症手足口病流行特征及病原构成情况,我们收集2013～2015年中国大陆地区上报的44 754例重症手足口病病例,按地理分布对不同地区重症手足口病的流行特征及病原构成进行分析。2013～2015各年重症发病数及占全部重症病例数的比例分别为10 276（22.96%）,24 654（55.09%）和9 824（21.95%）。91.35%的重症手足口病患者为0～3岁。发病人群中,男/女性别比为1.72：1,散居儿童占87.02%。七大区病原构成以肠道病毒71型（Enterovirus 71,EV71）为主,但其他EV在2015年东北、华南、华北、西北4个区病原谱的构成比均较2013年升高,华北的增幅最大（30.92%增至59.74%）。不同行政区确诊病例占同期重症病例数的构成比的差异具有统计学意义（χ^2=1 784.04,P〈0.001）。结果表明,在东北、华南、华北、西北4个区中,其他EV在重症手足口病的病原谱中的构成比不断增加,应重点关注其感染流行,并制定针对性的防控措施。
- 刘向东顾新蕊冀天娇郭悦黄克强刘俐杨倩祝双利许文波
- 关键词：流行病学特征
- 2012-2023年882例重症手足口病病例病原谱及CV-A6基因特征分析
- 2024年
- 为了解重症手足口病(Hand,foot,and mouth disease,HFMD)病原谱变化情况以及重症HFMD相关柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6, CVA6)的基因特征,本研究收集了2012-2023年各省级HFMD监测网络实验室送检的882份重症HFMD病例病毒分离物,通过扩增病毒的VP1编码区进行分子分型以确定肠道病毒的血清型,并对其中的CVA6进行全长VP1区扩增和核苷酸序列测定分析,进行最大似然法系统进化树和氨基酸置换熵值等生物信息学分析。结果发现,2018年开始,以CVA6和CVA10为主的肠道病毒逐渐取代EV-A71和CV-A16成为导致重症HFMD的主要病原体,在每年检出的病原体中的比例均超过50.0%。除2013年重症HFMD中分离的CVA6属于D2基因亚型外,2013年后重症HFMD中分离的CVA6均属于D3a基因亚型,但2019年以后分离的CVA6序列与以往分离株序列的进化距离明显增大。此外,针对氨基酸位点的置换熵值研究表明,参与构成构象表位的VP1-283易发生突变,该位点从2017年开始由亲水的苏氨酸突变成疏水的丙氨酸,导致其可能分别与VP3-57N、VP3-66R之间形成氢键,这可能会影响到病毒的感染过程。本研究明确了2012-2023年中国重症HFMD病原谱的变化特征,探究了导致重症HFMD的CVA6的进化特点以及重要氨基酸变异特征,为重症HFMD的预防控制策略的制定提供了理论依据。
- 路环环肖金波严冬梅冀天娇杨倩祝双利张勇
- 关键词：重症手足口病病原谱系统进化
- 2015~2018年柯萨奇病毒A组6型在黑龙江省的持续流行被引量：10
- 2020年
- 手足口病(Hand,foot,and mouth disease,HFMD)是一类常见的儿童传染病,自2009年以来,柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6,CV-A6)已经成为引起HFMD流行持续循环的重要病原之一,是其他肠道病毒(Enterovirus,EV)中的优势病原,而黑龙江省CV-A6相关研究报道尚欠缺。本研究为了解2015~2018年黑龙江省HFMD流行概况和病原学组成,并分析该地区CV-A6的基因特征,收集2015~2018年黑龙江省HFMD疫情资料进行流行病学分析,并采集HFMD病例临床标本进行EV核酸检测。对分离出的EV毒株进行CV-A6的特异性荧光定量PCR法检测,对所有CV-A6阳性毒株进行全长VP1区扩增和核苷酸序列测定,并与GenBank上下载的CV-A6分型代表株构建系统进化树,以了解CV-A6的基因特征。流行病学结果显示,2015~2018年黑龙江省HFMD疫情平稳且2017年有所下降,无死亡病例。黑龙江省每年7月~8月为HFMD流行高峰,患病人群平均年龄为(4.39±3.74)岁,男女患病比例为1.44∶1。全省13个地市均收集到标本,哈尔滨市标本数最多,占36.77%。2015~2018年在黑龙江省共分离到69株CV-A6,与CV-A6原型株的核苷酸相似性为81.8%~83.9%,氨基酸相似性为94.0%~96.3%,均属D3基因亚型的D3a进化分支。尽管肠道病毒A组71型(Enterovirus A71,EV-A71)和CV-A16为主要病原,但D3基因亚型的CV-A6也已成为引起黑龙江省HFMD流行的稳定型别之一,且有加强的趋势,因此应加强CV-A6疫情的监控和分析,为该地区HFMD防控及疫苗研制提供基础数据。
- 张曼陈淑红陈淑红张勇张勇宋洋许军孙巍杨明路环环许文波刘志军许文波
- 柯萨奇病毒A组2型研究进展
- 杨倩许文波
- 一种人肠道病毒C组血清型鉴定引物、检测试剂盒和应用
- 本发明提供了一种人肠道病毒C组血清型鉴定引物、检测试剂盒和应用，属于涉及生物技术领域。一种人肠道病毒C组血清型鉴定引物，包括核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示的正向引物EVCY17和核苷酸序列如SEQ ID NO:2...
- 严冬梅张勇孙强杨倩冀天娇宋洋肖金波
- 基于RNA-seq技术研究埃可病毒30型感染RD细胞前后的差异表达基因被引量：1
- 2022年
- 埃可病毒30型(Echovirus 30,E30)是一种全球传播的B组肠道病毒,常与无菌性脑膜炎等疾病暴发有关,分析E30在感染人横纹肌肉瘤(Human rhabdomyosarcoma,RD)细胞前后的差异表达基因有助于了解该病毒的复制周期以及宿主感染机制。本研究通过转录组测序技术探究E30感染RD细胞前后的基因表达谱变化,共检测到的1281个差异表达基因,其中包括730个下调基因和551个上调基因。基因本体论(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析表明,显著差异表达基因主要参与细胞受体信号通路的调节、炎症反应、免疫细胞活化、调控细胞生命周期等。利用荧光定量PCR(Realtime quantitative PCR,qPCR)对其中9个与炎症和免疫反应相关的差异表达基因进行验证,发现DEAD-box解旋酶3(DEAD-box RNA helicase 3,DDX3)表达上调,这与转录组学分析一致。利用RK-33(DDX3的小分子抑制剂)靶向抑制DDX3的表达,发现RK-33能够抑制E30的复制,并且qPCR结果显示在抑制DDX3的表达后,GTP酶激活蛋白结合蛋白1(GTPase-activating protein-binding protein1,G3BP1)和干扰素调节因子3(Interferon Regulatory Factor 3,IRF3)的表达也出现不同程度地降低。本研究的结果提示DDX3表达可能影响E30复制,这一发现为进一步探索E30在感染宿主过程中的分子机制奠定基础。
- 李冀琛张国艳张珂艺杨倩刘志军孙强张勇
- 关键词：埃可病毒30型RNA-SEQ差异表达基因
- 柯萨奇病毒A组9型的基因分型方法的建立被引量：1
- 2022年
- 血清型别鉴定及基因分型分析是开展肠道病毒(Enterovirus,EV)分子进化特征研究的重要内容。目前为止,国内外对柯萨奇病毒A组9型(Coxsackievirus A9,CVA9)的研究主要集中在衣壳蛋白区的细胞受体结合位点及其基因特性分析,而基于全长VP1序列的基因型划分结果尚未明确。本研究依托国家手足口病监测网络,对2010-2019年全国31个省级行政区(省、自治区、直辖市)上送的18 238份手足口病样本中分离出的24株CVA9进行全长VP1区序列测定,并与GenBank中所有全长VP1区序列一起进行基因型划分研究。测序结果显示24株CVA9分离株VP1全长为906bp,编码302个氨基酸,与CVA9原型株(Griggs)核苷酸和氨基酸相似性分别为80.5%~97.6%和92.3%~99.6%。结合系统进化树和同一血清型内不同基因型的核苷酸差异界值为15%~25%,将全球CVA9划分为A-H八个基因型。进化树显示B、C和D基因型在病毒进化过程中已消失,而E、F和G基因型呈现共循环的趋势,其中G基因型包含了亚洲、北美洲、大洋洲和欧洲等9个国家的毒株,是CVA9的优势基因型。大部分中国株属于G基因型,与世界流行趋势一致。但在2018年新疆一例手足口病患儿体内分离到的CVA9毒株却与俄罗斯有很近的亲缘关系,被划分为F基因型,推测该毒株为俄罗斯输入株。CVA9虽具有明显的地理聚性,但G基因型中包含的多国家和多时间段的毒株也提示CVA9病毒可能存在远距离的传播和流行。
- 赵鹤鹤冀天娇杨倩肖金波祝双利王东艳王建醒陈建华路环环韩振志张勇张勇许文波
- 关键词：基因分型分子进化
