郭安源
- 作品数：13 被引量：41H指数：3
- 供职机构：华中科技大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金中国博士后科学基金国家科技基础性工作专项更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生环境科学与工程自动化与计算机技术更多>>
- 基因转录表达数据的生物信息挖掘研究被引量：7
- 2021年
- 基因表达是生物体中最重要和最基础的生物学过程和分子活动,生物体正是通过调控不同基因表达而实现生长发育和抵御刺激等生命活动.转录组测序是目前在生物医学研究中应用最为广泛的高通量检测基因表达的技术,也促进了大量针对转录组数据的生物信息挖掘方法和工具的发展.本文就基因表达中的转录组数据分析和挖掘方法进行了综述,从已有大规模转录组数据资源、转录组数据的常规分析、癌症转录组分析、转录组新技术和分析等生物信息方法方面进行了总结;同时,阐述了基于转录组数据的疾病标志物发现和分类预测模型研究方法,对正在兴起和迅速发展的单细胞转录组和空间转录组及其分析方法也进行了介绍;最后,总结了转录组测序适用的研究问题和分析内容及工具.本文将有助于广大生物医学研究者快速了解转录组技术的分析内容和适用情况,为选择合适的转录组测序和分析方法提供参考.
- 郭安源
- 关键词：转录组调控网络肿瘤免疫
- K562微泡促正常造血干祖细胞恶性转化的调控网络研究
- 微泡(Microvesicles,MVs)是由真核生物细胞释放的有膜囊泡,介导细胞间的横向物质传递,与癌症的发生发展息息相关.我们的合作方之前的研究发现,K562细胞释放的微泡可诱导正常造血干祖细胞癌变成类似急性白血病的...
- 郭安源
- HES转录因子的研究现状被引量：3
- 2013年
- Hes属于bHLH(碱性螺旋-环-螺旋)转录因子,具有bHLH和Orange两个结构域、保守四肽WRPW。目前研究认为Hes1、Hes5、Hes7是Notch信号通路的下游靶基因,而Hes2、Hes3、Hes6似乎不依赖于Notch信号通路。Hes在发育决定(如神经发育、体节发育、骨骼发育、T淋巴细胞发育、癌症发生等过程)中起着很重要的作用。研究Hes所参与的发育调控网络及其作用机制,必将对我们更好的理解它们的生物学功能和应用于临床治疗提供指导作用。鉴于此,本文综述了Hes在发育决定过程中及在癌症发生过程中的作用及其研究进展。
- 颜君郭安源贾海波刘剑峰
- 关键词：HES神经发育癌症发生
- 拟南芥转录因子数据库及SBP转录因子家族进化分析
- 转录调控是基因表达调控中最为复杂关键的环节。基因组水平上鉴定和注释转录因子，系统研究转录因子家族，对基因调控的研究具有重要意义。基于此思路，本论文构建了拟南芥转录因子数据库(DatabaseofArabidopsisTr...
- 郭安源
- 关键词：转录调控系统发育最大似然法
- AnimalTFDB 2.0: a resource for expression, prediction and functional study of animal transcription factors
- Transcription factors (TFs) are key regulators of gene expression.In AnimalTFDB, we identified 72336 TFs in 70...
- 刘腾张红梅郭安源
- 植物转录因子分类、预测和数据库构建被引量：20
- 2015年
- 转录因子在植物生长发育和应对胁迫等过程中具有重要调控作用,基因组水平上系统预测植物转录因子是研究其功能和演化的基础。通过深入全面的文献调研,总结了一套完整的植物转录因子家族分类规则,开发了转录因子预测流程,构建了转录因子预测平台。基于该流程,从83种绿色植物中预测到129 288个转录因子,分属58个家族。对预测到的转录因子,从家族和个体两个层次进行了详尽注释,构建了植物转录因子数据库Plant TFDB(http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn)。Plant TFDB提供了覆盖绿色植物主要谱系的转录因子,其中大部分为具有重要经济价值的单子叶和双子叶植物,已成为植物转录因子功能和演化研究的重要信息资源和分析平台。
- 靳进朴郭安源何坤张禾朱其慧陈新高歌罗静初
- 关键词：转录因子
- 环境微生物宏基因组学数据库利用被引量：4
- 2015年
- 宏基因组学技术产生的数据是研究环境微生物的宝贵资源,国际上已有微生物计划、海洋计划、生命普查等大项目,采集和测序的样本量数以百万计,产生了海量的环境宏基因组学数据,并以此建立了几十个相关宏基因组数据库和平台。主要从以下几个方面综述环境宏基因组学的研究进展和已有资源:环境宏基因组学国际合作大项目、宏基因组学数据库和宏基因组学数据在线分析平台。将结合相应的数据库网站介绍其项目详情、样本来源、数据类型、使用方式和分析结果等,以便研究者全面了解此类数据并能快速找到和利用相关资源。
- 王慧丽郭安源
- 关键词：宏基因组学数据库微生物
- 人类长链非编码RNA相关SNP鉴定与功能预测的研究进展被引量：2
- 2015年
- 长链非编码RNA(lnc RNA)是一类长度大于200个核苷酸,且不表现出任何蛋白质编码潜能的RNA。最新研究表明,lnc RNA广泛地参与动植物的生长发育及疾病的发生发展等各种生物学过程,具有类型多、数量大且作用范围广等特点。目前对于lnc RNA的发现、预测方法、功能及与疾病的关系已有了一系列报道。主要对lnc RNA相关SNP文献进行综述,并对lnc RNA相关SNP的鉴定与功能预测方法进行介绍。对其中涉及的生物信息学方法及相应的数据库进行全面综述,旨在为lnc RNA研究提供新的思路,对复杂疾病的预测、诊断和治疗提供新的依据。
- 龚静柳纯洁缪小平郭安源
- 关键词：长链非编码RNA生物信息学单核苷酸多态性数据库
- 基于新一代高通量技术的个性化医疗研究进展被引量：2
- 2012年
- 个性化医疗是指根据不同患者独特的临床、遗传、基因组和环境信息设计有针对性的个性化治疗方案和用药。个性化医疗的首要目标是要针对特定群体或个体使用能对其产生最佳疗效的药物和剂量,以提高疗效同时最大限度地降低药物的不良反应,实现医疗方面的量体裁衣。
- 王慧丽郭安源
- 关键词：个性化医疗高通量测序
- 用于增强免疫治疗疗效的药物及其治疗肿瘤之应用
- 本发明提供了用于增强免疫治疗疗效的药物，提供了所述药物在制备用于增强免疫治疗疗效药物中的应用，还提供了增强免疫检查点抑制剂疗效的方法。相对于单独使用免疫检查点抑制剂，本发明提供的药物在免疫检查点抑制剂联合抗肿瘤实验中，能...
- 郭安源夏云甘璐
