何莹
- 作品数：10 被引量：6H指数：2
- 供职机构：上海交通大学更多>>
- 发文基金：国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学环境科学与工程农业科学医药卫生更多>>
- 高压对深海沉积物中产甲烷菌的碳源代谢类型的影响
- 在深海环境中,高压是影响沉积物微生物种群结构和代谢功能的重要因素之一.压力会影响微生物分解代谢有机质的活性.产甲烷菌能够利用环境中小分子有机质,代谢产生甲烷,是深海沉积物的沉积物中碳循环的重要参与者.本研究关注压力对产甲...
- 牛明杨何莹王风平
- 关键词：产甲烷菌碳源深海沉积物
- 文献传递
- 海洋环境微生物基因组学研究策略和进展
- 海洋是地球表面最大的生物地理单元，包含最丰富的生态类型，包括热液、冷泉等不依赖于阳光的化能生态系统。近年来，基因组测序技术飞速发展，环境微生物基因组学数据呈现出指数增加的趋势，海洋环境基因组学的研究也取得了许多"...
- 何莹方静肖湘
- 关键词：海洋微生物群落多样性环境适应性
- 解析深古菌(Bathyarchaeota)--来自海洋沉积物一个新的古菌门的生物地球化学功能
- 海洋沉积物主要是由上层海水中的颗粒物沉降到海底并不断堆积而形成,覆盖了近整个海底.沉积物中的微生物群落组成根据氧浓度、温度、营养元素的种类和含量以及沉积物的深度等物理化学参数的变化而各不相同.深海沉积物中的古菌含量丰富,...
- 王风平孟君余甜甜何莹
- 高压对深海沉积物中产甲烷菌的碳源代谢类型的影响
- 在深海环境中,高压是影响沉积物微生物种群结构和代谢功能的重要因素之一.压力会影响微生物分解代谢有机质的活性.产甲烷菌能够利用环境中小分子有机质,代谢产生甲烷,是深海沉积物的沉积物中碳循环的重要参与者.
- 牛明杨何莹王风平
- 瓜伊马斯深海热液口古菌分布及多样性研究
- 2013年
- 深海热液口由于剧烈的温度（可达到400℃以上）、pH和化学梯度，成为地球生命起源和演化研究的焦点，海底热液口生命系统为人类提供了一个探索深部生命及生命起源和进化的窗口。本文主要开展了瓜伊马斯深海热液口高温环境下沉积物和烟囱样品中古菌多样性的研究。采用实时荧光定量PCR首先对样品中古菌进行了定量，发现沉积物和烟囱两个样品都含有高丰度的古菌，沉积物和烟囱中古菌分别达到1．47×109拷贝数／g和5．29×108拷贝数／g（湿重）。通过核糖体小亚基16SrRNA基因的PCR扩增，文库构建和系统发育分析，发现沉积物和烟囱样品中的古菌类群多数是嗜热和超嗜热微生物，但两个样品中的古菌群落组成差异很大：沉积物以泉古菌门为主，优势菌群为MiscellaneousCrenarchaeotaGroup（MCG）和HotWaterCrenarchaeotaGroupI（HWCGI）；烟囱样品则主要是广古菌门类群，其中以Thermococcales，MarineBenthicGroupD（MBGD）／DeepHydrothermalVentEuryarchaeota1（DHVE1）为主。在沉积物样品中发现了一个新的MCG类群，命名为MCG-H，可能是MCG的高温独特类群。研究揭示，在瓜伊马斯深海热液口烟囱和沉积物中都包含有丰富的古菌类群包括未被发现的新类群，对瓜伊马斯深海热液口古菌分布和多样性的研究将为进一步深入的古菌生理功能和演化的研究提供基础。
- 鲁书林何莹王风平
- 关键词：高温环境古菌
- 超嗜热古菌Thermococcus sp.A501基因组、比较基因组及蛋白组研究
- 超嗜热古菌Thermococcus sp.A501 是一株分离自位于墨西哥湾瓜伊马斯海盆水深2006.9m 的富油热液烟囱样品的嗜压超嗜热古菌.Thermococcus sp.A501 在常压下,生长温度为50-100℃...
- 赵维殳何莹肖湘
- 南海北部陆坡真光层海水中古菌的多样性被引量：2
- 2017年
- 选取中国南海北部陆坡真光层水柱中3个不同深度海水样本,采用荧光实时定量PCR技术、16S rRNA基因克隆文库方法以及系统发育分析,对近表层(SCS-S,水深30 m)、叶绿素最大层(SCS-M,水深65 m)、真光层和暮光层分界点(SCS-B,水深200 m)水层中古菌的多样性组成进行调查.结果表明,3个水层中的古菌16S r RNA基因拷贝数的数量关系为SCS-M层>SCS-B层>SCS-S层,分别为(4.49±0.01)×10~5、(3.37±0.02)×10~4、(9.70±0.10)×10~3copies/L.3个水层中的古菌由广古菌门(Euryarchaeota)和奇古菌门(Thaumarchaeota)两个门构成.在30 m水层和65 m水层中,广古菌门的古菌占大多数;在200 m水层,奇古菌门约占85%.30 m和65 m水层中的广古菌门以Marine GroupⅡ为主,200 m水层中的奇古菌门以Marine GroupⅠ为主.南海北部陆坡真光层海水中不同深度古菌的丰度相差较大,群落组成略有差异,这种差异可能是由深度不同所引起的.其中比例较高的奇古菌门Marine GroupⅠ类群多为氨氧化古菌,可能参与南海中的氮循环.丰度较高的广古菌门Marine GroupⅡ则在系统发育树中表现出和Thermoplasmata有较近的亲缘关系.本研究以南海北部陆坡真光层水柱中16S rRNA基因的丰度及其系统发育关系确定其中古菌的多样性,可为进一步评估古菌参与该海区真光层中碳氮元素循环的作用提供基础数据.
- 谢丽飒徐蕾何莹张宇王佳华徐俊
- 关键词：真光层RRNA基因古菌多样性氨氧化古菌
- 产甲烷古菌中CRISPR簇的研究被引量：4
- 2016年
- 【目的】通过对51个产甲烷古菌基因组中成簇的规律间隔短回文重复序列(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats,CRISPR)的组成和来源进行研究,推测产甲烷古菌与环境中其他微生物的物质交换和相互作用,在基因组水平上阐述产甲烷古菌之间的遗传差异。【方法】利用CRISPRdb和CRISPRFinder,找出产甲烷古菌基因组中所有潜在的CRISPR簇。对CRISPR簇的基本组成部分进行分析:利用BLASTCLUST对重复序列(Repeat)进行分类;分别将间隔序列(Spacer)与Refseq病毒基因组、Refseq质粒基因组和Refseq产甲烷古菌基因组进行比对,从而获得间隔序列的物种来源和功能信息的注释。【结果】在51个产甲烷古菌中共找到了196个CRISPR簇,这些CRISPR簇中包含了总共4 355条间隔序列。在这些产甲烷古菌中,CRISPR簇的分布是不均匀的,且每个物种的间隔序列数量与其CRISPR簇数量是不成正比的。在对重复序列进行分类之后,发现Mclu1是分布最广且最具代表性的一类重复序列。在4 355条间隔序列中有388条具有物种注释信息,266条具有功能注释信息。从CRISPR簇间隔序列的来源来看,产甲烷古菌曾受到来自Poxiviridae、Siphoviridae以及Myoviridae属病毒的攻击,并且产甲烷古菌之间存在比较广泛的遗传物质交换。【结论】产甲烷古菌基因组中的CRISPR簇在组成和来源上存在较大的差异,这些差异与它们的生存环境有较大的关系。从CRISPR簇的角度阐述了产甲烷古菌之间基因组序列的差异。
- 方静侯佳林张宇王风平何莹
- MAPK信号通路关键分子在子宫肌瘤中的表达及意义
- 目的:本研究旨在讨论MAPK信号通路关键分子在子宫肌瘤中的表达及作用,并进一步探讨可能的分子机制。方法:标本选自上海交通大学医学院附属第九人民医院收治的子宫肌瘤手术患者肌瘤组织(human uterine leiomyo...
- 何莹
- 关键词：子宫平滑肌瘤雌激素MAPK信号通路
- 文献传递
- 高压对深海沉积物中产甲烷菌的碳源代谢类型的影响
- 牛明杨何莹王风平
