廖奇
- 作品数：16 被引量：40H指数：4
- 供职机构：宁波大学医学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金浙江省自然科学基金王宽诚教育基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 福建北部地区斯氏并殖吸虫疫源地宿主感染情况分析被引量：5
- 2020年
- 目的考察福建北部地区斯氏并殖吸虫中间宿主螺、蟹种群及其孳生地,比较生态环境改变前后感染率,并分析其变化原因。方法 2009-2019年,以并殖吸虫病例为线索,对福建省北部南平市的建瓯市小桥镇涤上村、东峰镇桂林村、城关镇七里街村和建阳区崇雒乡上洋村、政和县东平镇西表村、岭腰乡前溪村以及三明市的三元区居阳村等11处调查点进行现场采集螺、蟹,并考察其生态环境,设框(33 mm2)检测螺分布密度,计算螺的并殖吸虫尾蚴感染率和蟹的并殖吸虫囊蚴感染率、感染度。囊蚴采用人工感染健康犬(2只)和PCR扩增内转录间隔区2 (ITS2)序列、线粒体细胞色素氧化酶1 (CO1)基因进行鉴定。考察原孳生地生态环境的变化,复查螺、蟹的感染率、感染度,分析环境变化对感染率的影响。结果 11处调查点查见唐氏拟小豆螺、建瓯拟小豆螺和小桥拟钉螺等3种螺。山涧水源小沟或渗水湿地等微型生态环境为螺的适宜孳生地,螺多栖息于沟内水线上下5 mm的潮湿环境,主要附着于沟内潮湿的陈旧落叶、枯枝,其次为石块上,泥砂中较少。唐氏拟小豆螺、建瓯拟小豆螺和小桥拟钉螺的平均分布密度分别为156/框、179~291/框和12~266/框;各调查点均有螺查出斯氏并殖吸虫尾蚴,唐氏拟小豆螺、建瓯拟小豆螺和小桥拟钉螺的感染率分别为0.22%(4/1 851)、0.38%(36/9 420)、1.10%(102/9 247)。11处调查点查见福建华溪蟹、福建博特溪蟹、角肢华南溪蟹和待定种华南溪蟹等4种溪蟹。溪蟹多栖息于水流缓慢的山涧,白天潜伏于石块下,夜间四出觅食。溪蟹的斯氏并殖吸虫囊蚴感染率为38.99%~96.77%,平均感染率为80.21%(231/288),平均感染度为19.8个囊蚴/蟹。PCR结果显示,囊蚴样品扩增出的ITS2序列约500 bp,与GenBank中斯氏并殖吸虫相似性为99%;CO1基因序列约450 bp,与GenBank中宫崎并殖吸虫相似性为100%。人工感染实验
- 蔡茂荣罗鋆艾琳廖奇卓鸣莺陈佳陈锦钟柳建发程由注
- 关键词：斯氏并殖吸虫中间宿主种群孳生地感染率分子鉴定
- 机器学习方法在基因功能注释中的应用被引量：1
- 2016年
- 目前,基于计算机数学方法对基因的功能注释已成为热点及挑战,其中以机器学习方法应用最为广泛。生物信息学家不断提出有效、快速、准确的机器学习方法用于基因功能的注释,极大促进了生物医学的发展。本文就关于机器学习方法在基因功能注释的应用与进展作一综述。主要介绍几种常用的方法,包括支持向量机、k近邻算法、决策树、随机森林、神经网络、马尔科夫随机场、logistic回归、聚类算法和贝叶斯分类器,并对目前机器学习方法应用于基因功能注释时如何选择数据源、如何改进算法以及如何提高预测性能上进行讨论。
- 李金城廖奇沈其君
- 关键词：功能注释基因
- 浙江天台、宁海县并殖吸虫DNA序列研究被引量：1
- 2014年
- 为了解浙江各地肺吸虫的遗传背景,对天台县和宁海县并殖吸虫的虫种进行了DNA序列分析,以期探讨并殖吸虫的虫种命名和其与临床致病的联系.采用DNA测序技术,对两地并殖吸虫囊蚴的核糖体DNA第二间区(ITS2)的基因序列进行测定,并观察囊蚴形态.通过ITS2的基因序列与从GenBank检索到的卫氏并殖吸虫序列比较,结合形态观察,确定天台、宁海县的肺吸虫为卫氏并殖吸虫;而宁海县的并殖吸虫ITS2序列与卫氏并殖吸虫相似,但囊蚴的形态却存在大小之分.
- 柳建发廖奇蒋雯雯陈韶红
- 关键词：并殖吸虫DNA序列PARAGONIMUSSPP
- 大肠癌长非编码RNA的研究进展被引量：1
- 2016年
- 长非编码RNA(long noncoding RNA,lnc RNA)是长度大于200 nt,因缺少完整的阅读编码框而不编码蛋白质的一种功能性分子。研究发现,长非编码RNA在众多肿瘤的发生、发展过程中发挥着重要的作用。已有研究报道,在大肠癌细胞中,大量长非编码RNA的表达水平与正常细胞相比有显著差异,在功能上表现为抑癌或促癌作用,广泛参与大肠癌细胞的转移,有些长非编码RNA甚至可以作为大肠癌诊断或预后的潜在标记以及治疗的靶标。该文就在大肠癌发生发展中起重要抑癌或促癌作用的长非编码RNA作一综述,讨论它们在大肠癌中的功能作用及调节机制。
- 鲁利贞李金城叶孟陶洋廖奇
- 关键词：大肠癌抑癌基因癌基因
- lncRNAs功能注释和预测被引量：8
- 2015年
- 随着测序技术的发展,在各种哺乳动物中发现越来越多的长非编码RNAs(long non-coding RNAs,lncRNAs),但是大部分lncRNAs的功能却未知.鉴于lncRNAs在众多生物过程如免疫反应、发育和基因印迹中表现出对蛋白编码基因和其它非编码RNAs的重要调节作用,对lncRNAs的功能研究也成为生物学家和生物信息学家研究的热点.其中,功能注释和预测是目前研究lncRNAs功能的主要方法之一.本文主要对lncRNAs功能注释和预测方法的研究进展作一综述,包括以下几个方面:基于共表达网络的方法、基于miRNAs的方法、基于蛋白质结合的方法、基于表观遗传修饰的方法以及基于ceRNA网络的方法.为进一步研究lncRNAs的功能提供参考,同时为开发更加有效的注释或预测方法提供线索.
- 余铖亮骆亮廖奇
- 关键词：功能注释生物信息学
- 鉴定和预测长非编码RNAs的生物信息学方法被引量：1
- 2015年
- 越来越多的研究表明,长非编码RNAs(long non-coding RNAs,lnc RNAs)可以调节蛋白质编码基因的表达、稳定性及亚细胞定位,参与众多重要的生物过程。由于lnc RNAs是一类新发现的非编码RNAs,挖掘各物种的lnc RNAs仍然是一个值得研究的问题。其中,利用生物信息学方法挖掘和鉴定lnc RNAs已经成为当前生物信息学家研究的一个热点。现就基于生物信息学方法对lnc RNAs的鉴定研究作一综述,主要内容分为两大类:基于测序和基于特征的计算机预测方法。基于测序又包括EST测序、c DNA测序及二代转录组RNA测序;而基于特征的计算机预测则主要包含基于序列保守性、基于碱基排列顺序及基于表观遗传修饰特征。通过以上几方面的论述,来阐明目前lnc RNAs鉴定方法的现状和进展。
- 陈思佟岑益柳建发李洋廖奇
- 关键词：测序
- RNA结合蛋白与非编码RNA调节关系的研究进展被引量：3
- 2021年
- 近年来,越来越多的研究表明,RNA结合蛋白(RNA binding protein,RBP)与多种类型的非编码RNAs(noncoding RNA,ncRNAs)具有互相调节的关系,且调节机制形式多样。一方面,RBP可以调节ncRNA的生物合成、稳定性和功能;另一方面,ncRNA也可以影响RBP的功能和结构。同时,RBP和ncRNA的相互作用还在其他靶基因的调节上起着重要的作用,从而参与众多的生物过程,如组织发育、代谢性疾病、神经退行性疾病、抗病毒免疫和各种癌症等。该文就RBP与常见类型的ncRNAs,包括miRNA、lncRNA、circRNA的相互作用方式和调节机制的研究进展作一综述。
- 倪舒静徐美倩陈辰王玲琳朱婷琰奕天飞吉米丽古丽•艾尼廖奇
- 关键词：RNA结合蛋白非编码RNAMIRNA
- 长链非编码RNA在肿瘤免疫微环境中的作用被引量：4
- 2022年
- 长链非编码RNA(long noncoding RNAs,lncRNAs)作为非编码RNA的重要组成部分,可通过影响细胞因子及免疫检查点相关分子的表达来调节肿瘤微环境中多种免疫细胞的功能以及分布情况,从而重塑免疫抑制性肿瘤微环境,影响肿瘤进展,并与多种临床病理因素及预后相关。该文对lncRNAs与肿瘤微环境中各类免疫细胞之间的相互作用关系进行了综述。
- 胡诗芸奕天飞王家立廖奇叶孟
- 关键词：肿瘤微环境长链非编码RNA免疫细胞肿瘤
- 盐酸小檗碱改善慢性炎症痛和抑郁的作用研究被引量：4
- 2018年
- 目的探讨盐酸小檗碱（BBR）对小鼠慢性炎症痛及其伴发的抑郁样症状的影响及其机制。方法本实验使用雄性ICR小鼠40只，2月龄，体质量25～30g。采用小鼠足底注射完全弗氏佐剂（CFA）的方法建立慢性痛动物模型。应用随机数字表法将小鼠分为4组（n=10）：生理盐水组（A组）、慢性痛组（B组）、生理盐水＋BBR组（C组）、慢性痛＋BBR组（D组）。所有动物在注射CFA或生理盐水之前均进行疼痛和抑郁行为学实验以测量行为学基线值。之后在实验第1天（d1），B组和D组足底注射50出CFA（生理盐水1：1稀释），A组和C组足底注射等量生理盐水；在d15-d21，C组和D组腹腔注射BBR50mg／kg，共持续7d，A组和B组注射等容量生理盐水。通过Hargreaves方法和Von Frey纤毛在建模以前、d7、d14、d17和d21分别进行热痛和机械痛阈值测定；通过强迫游泳和摄食抑制实验在建模以前和d21进行抑郁样行为指标测定。在行为学结束之后处死所有动物，取L4～L5段脊髓采用酶联免疫吸附试验（ELISA）检测各组小鼠脊髓中白细胞介素18（IL-1β）、白细胞介素6（IL-6）和肿瘤坏死因子α（TNF-α）的水平，并通过实时定量聚合酶链反应（qRT—PCR）分析CC趋化因子配体2（CCL2）的mRNA水平。结果与A组相比，B组小鼠在d7、d14、d17、d21的热痛阈值均显著降低[（3．40±0．67）S比（10．55±1．58）s、（7．49±1．04）S比（11．47±1．92）S、（6．46±0．56）S比（11．60±1．86）S、（6．04±0．54）S比（10．33±1．59）S，均P〈0．01]，机械痛阈值均显著降低[（0．15±0．03）g比（0．78±0．24）g、（0．23±0．12）g比（0．60±0．16）g、（0．30±0．12）g比（0．72±0．25）g、（0．40±0．00）g比（0．72±0．19）g，均P〈0．01]，在d21强迫游泳不动时间延长[（161．60±35．79）s比（88．92±53．24）S，P〈0．05]，摄食潜伏期延长[（227．
- 徐芳杨婧孟波郑晋伟廖奇陈骏萍陈晓薇
- 关键词：炎症疼痛抑郁
- 长非编码RNAs在表观遗传上的作用
- 2014年
- 长非编码RNAs(long noncoding RNAs,lncRNAs)是一类长度超过200 nt的功能性RNA分子。随着测序技术的发展,越来越多的lncRNAs在哺乳动物中被发现。近年来对部分lncRNAs的功能研究显示,lncRNAs通过多种机制调节蛋白编码基因的表达水平,其中,lncRNAs对蛋白编码基因的表观遗传调节作用尤为重要,如lncRNAs可以调控靶基因的DNA甲基化和组蛋白修饰,同时,lncRNAs自身又受到表观遗传修饰的影响。文章就lncRNAs在表观遗传上的作用做一综述。
- 潘广慧高涛郑启廖奇
- 关键词：表观遗传DNA甲基化组蛋白修饰
