廖虹瑜
- 作品数：31 被引量：105H指数：7
- 供职机构：四川省疾病预防控制中心更多>>
- 发文基金：国家科技重大专项四川省科技计划项目艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治专项更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学农业科学更多>>
- DNA条形码技术在1例社鼠鉴定中的应用被引量：3
- 2020年
- 目的以捕获的未知鼠为对象,应用DNA条形码技术进行鼠种鉴定,验证该方法在啮齿动物鉴定的可行性。方法以动物线粒体细胞色素C氧化酶亚基I(COI)作为目标基因,PCR扩增、测序。测序结果在美国国立生物技术信息中心(NCBI)网站上运用基于局部比对算法的搜索工具(BLAST)程序进行序列同源性比较和分析,检验其结果是否与该动物的外部形态和头骨标本鉴定结果相同。结果样本线粒体COI基因与基因库(GenBank)中编号为KJ152220.1的社鼠(Niviventer confucianus)同源性为99.01%,再结合形态学鉴定结果,可以确定该未知鼠种为社鼠,DNA条形码鉴定结果与形态学鉴定结果相一致。结论DNA条形码技术可作为形态学鉴定的辅助方法,能用于鼠类标本的分类鉴定。
- 祁腾曾林子李文博廖虹瑜罗隆泽杨小蓉何树森
- 关键词：DNA条形码技术社鼠
- 巢式PCR及序列分析用于攀枝花市恙虫病东方体检测
- 2016年
- 目的对采集自攀枝花市的疑似恙虫病患者血液样本进行实验室检测,了解攀枝花地区恙虫病东方体感染情况,同时为四川省恙虫病早期诊断提供依据。方法运用巢式PCR对2013年7-10月采集自攀枝花市的48份疑似恙虫病患者全血样本中提取的基因组DNA进行恙虫病东方体sta-58编码基因检测;随机挑取2份阳性样本进行恙虫病东方体sta56基因片段扩增、测序及序列分析。结果 48份样本中,巢式PCR检测阳性的样本18份;2份样本均扩增到恙虫病东方体sta56基因片段,其序列同源性为96%,系统进化分析显示该2株恙虫病东方体均与某些恙虫病东方体台湾株位于同一个分支,同时与Karp株位于同一个分支。结论在四川省范围内首次运用巢式PCR法检测恙虫病东方体,实验室确诊攀枝花市存在恙虫病的感染,攀枝花市部分恙虫病患者由恙虫病东方体Karp型感染,在遗传进化上与某些台湾恙虫病东方体株关系密切。
- 廖虹瑜蒋德勇母永贵杨小蓉
- 关键词：恙虫病东方体巢式聚合酶链反应
- 流行性脑膜炎患者密切接触人群呼吸道样本多病原检测结果分析
- 2023年
- 目的 探究脑膜炎奈瑟菌携带情况与各种呼吸道病原体携带情况之间的关联性,为后续研究提供理论基础。方法 采集2名流脑患者的60例密切接触者咽拭子样本,采用荧光PCR法检测脑膜炎奈瑟菌携带情况,同时利用TaqMan微流体芯片检测多种呼吸道病原体。结果 采用荧光PCR法检出脑膜炎奈瑟菌阳性32例,阳性率53.33%。利用微流体芯片检出的病原体携带率前5位分别为流感嗜血杆菌(58/60,96.67%)、2型鼻病毒(47/60,78.33%)、1型鼻病毒(45/60,75.00%)、肺炎克雷伯菌(35/60,58.33%)、肺炎链球菌(29/60,48.33%)。在阳性组与阴性组检出率对比中,2型鼻病毒(χ^(2)=6.104,P=0.013)与卡它莫拉氏菌(χ^(2)=4.627,P=0.031)的检出率差异均有统计学意义。结论 脑膜炎奈瑟菌携带与2型鼻病毒、卡它莫拉氏菌携带存在统计学关联。
- 刘昌坤廖虹瑜李文博杨小蓉
- 关键词：脑膜炎奈瑟菌呼吸道病原体
- 四川省鼠疫自然疫源地兽类多样性
- 2023年
- 目的 明确四川省鼠疫自然疫源地兽类种类,为做好四川省鼠疫自然疫源地人兽共患病研究提供科学依据。方法 收集1997年至2021年四川省鼠疫自然疫源地监测工作中鉴定的兽类资料,结合历史文献,按照《中国哺乳动物物种和亚种分类名录与分布大全》分类系统进行修订、整理、归类疫源地内兽类名录,并将兽类按照区系、分布型、保护级别、特有种、《濒危野生动植物种国际贸易公约》(CITES附录)2019年版(CITES-2019)、《中国脊椎动物红色名录》予以报道。结果 确认四川省鼠疫自然疫源地有兽类8目19科19亚科77种。其中东洋界有26种,古北界有46种,广布种有5种。国家级保护动物30种,其中国家Ⅰ级保护动物9种,国家Ⅱ级保护动物21种。我国特有或主要分布于我国的特有兽类34种,其中主要分布于我国有15种,中国特有19种。CITES-2019附录Ⅰ的有9种,附录Ⅱ有7种,附录Ⅲ有6种。《中国脊椎动物红色名录》中急危6种,濒危9种,易危9种,近危17种,无危34种。结论 四川省鼠疫自然疫源地内兽类资源丰富、多样性高,携带潜在人兽共患疾病较多,掌握疫源地兽类种类、数量、动物行为及分布特征对今后四川省鼠疫自然疫源地人兽共患病的调查及传播动力学研究,有非常重要的意义。
- 祁腾杨创明李文博廖虹瑜曾林子赵雯霞李帆张书
- 关键词：鼠疫疫源地兽类多样性
- 2015-2019年四川省布鲁氏菌多位点可变数目串联重复序列基因分型研究被引量：3
- 2021年
- 目的使用多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)对四川省2015—2019年人间布鲁氏菌病(布病)分离菌株进行分型研究,为当地人间布病防控工作提供参考。方法选用MLVA-16方法对四川省布鲁氏菌株进行分型实验,通过在线数据库对比MLVA-8型别,利用Bio Numerics对MLVA-16位点重复数进行聚类分析。结果四川省布鲁氏菌株被分为29个MLVA-16基因型,遗传相似度在74.6%~100.0%,具有42、43、83共3个MLVA-8型,三者均起源于东地中海群,42型为主要MLVA-8基因型。MLVA-8方法分辨率为0.356,MLVA-16分辨力为0.991,其中Bruce04、Bruce16及Bruce30位点分辨力较高,可采用MLVA-16方法作为本地暴发调查和散发疫情监测手段。结论四川省主要流行株为42型(MLVA-8型别)羊种布鲁氏菌,与全国流行株一致,提示该省布病疫情与北方疫情存在关联。本研究首次将四川省布鲁氏菌进行MLVA分型,利用其构建的数据库将对四川省未来的布病监测及分子溯源工作提供基础数据支持。
- 李文博周汉洪闫国栋胡馨月罗春花田国忠杨小蓉曾林子廖虹瑜祁腾姜海
- 关键词：布鲁氏菌病羊种布鲁氏菌
- 四川省嗜肺军团菌血清Ⅰ型(LP1)基因分型研究被引量：2
- 2017年
- 目的为了解四川省嗜肺军团菌(Legionella pneumophila,LP)基因特征,采用多位点串联重复序列分析(MLVA)和基因序列分型(SBT)两种方法对四川省1989—2016年分离到的42株嗜肺军团菌血清I型(LP1)进行基因分型研究。方法根据文献报道的军团菌8个VNTR位点和SBT 7个管家基因对42株嗜肺军团1型菌(LP1)分别进行PCR扩增。VNTR结果经毛细管电泳分析后,得到MLVA分型。SBT结果测序后上传至欧洲军团菌感染组(EWGLI)数据库得到ST分型。结果 42株嗜肺军团菌血清I型(LP1)分为8个MLVA型,优势型别为M08型(47.6%)和M07型(23.8%)。SBT分为12个ST型,其中有2个ST型(ST2359,ST2360)为首次发现。ST1(52.3%)、ST630(14.2%)为优势型别。12个ST型分为3个克隆群(Clonal Complex,CCs)和2个singleton。结论 MLVA方法和SBT方法均能用于LP1型分子流行病学监测及分子遗传学特征的研究。四川省LP1型具备较高的遗传多样性和地区特异性,有感染人的风险,应加强对公共卫生环境中军团菌的监测工作。
- 曾林子廖虹瑜祁腾刘谊刘莉莉罗隆泽
- 关键词：基因分型
- 四川省鼠疫耶尔森菌CRISPR基因分型及地区分布研究被引量：9
- 2018年
- 目的对四川省鼠疫耶尔森菌(Yersinia pestis)做规律成簇的间隔短回文重复序列(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats CRSIPR)基因分型和地区分布研究,为四川鼠疫防治提供科学依据。方法对132株鼠疫菌培养和提取核酸,应用3对CRISPR引物对被试菌株DNA进行PCR扩增、测序和分析,确定四川省鼠疫菌的CRSIPR基因型。结果 132株鼠疫菌共发现17种spacer,包括YPa 9种、YPb 5种、YPc 3种,新发现的1种space阵列。所有鼠疫菌株被分为2个CRISPR基因簇(Cc3′,Ca7),3个基因型(37′型、22型和sc01型)。其中石渠县青海田鼠型菌株基因型为37′型,石渠县人间鼠疫的菌株为22型,德格县旱獭型菌株基因型为22型,巴塘县、理塘县、雅江县和新龙县旱獭菌株基因型为sc01型。结论四川省鼠疫菌菌株具有明显的地区分布特征。
- 祁腾梁莹李伟杨军罗隆泽段风刚汪立茂李帆金忠强谭文明谢飞王宏刀吉刘建曾林子廖虹瑜雷高鹏
- 关键词：鼠疫CRISPR分子分型
- 2015—2020年四川省人间布鲁氏菌病监测点职业人群血清学监测结果分析被引量：1
- 2021年
- 目的了解四川省布病职业人群感染现况及监测点的代表性,为今后布病防控提供科学依据。方法在全省设置固定布病监测点,每年在流行季节,对与牲畜及畜产品有接触的职业人群进行血清抗体检测,对监测结果进行分析。结果年血清学监测阳性率在0.91%~2.63%之间,总阳性率1.71%(175/10249),其中新发病例占7.43%,占同期四川省报告发病数的2.44%,隐性感染者占92.00%。不同年份血检阳性率差异有统计学意义(χ^(2)=22.24,P<0.001)。稻城县连续6年未监测到阳性。男性高于女性(χ^(2)=24.71,P<0.001)。农区阳性率大于牧区(χ^(2)=22.88,P<0.001),牧区阳性率大于半农半牧区(χ^(2)=20.57,P<0.001)。不同年龄段血检阳性率差异有统计学意义(χ^(2)=27.76,P<0.001),40~60岁组的血检阳性率最高(2.25%)。不同职业血清阳性率差异有统计学意义(χ^(2)=21.39,P=0.002)。兽医、屠宰、饲养群体感染率均较高。血检阳性率与报告发病率之间无直线相关关系(r=0.190,P=0.719)。结论四川省职业人群布病感染率在二类地区处于中间水平,男性比女性易感,暴露风险大的工种易感,有些监测点代表性较差,将调整监测点。
- 罗春花袁珩李帆曾林子廖虹瑜李文博
- 关键词：布鲁氏菌病血清学监测
- 新型冠状病毒无症状感染者不同时间呼吸道样本中核酸及抗原检测结果分析
- 2023年
- 目的分析新型冠状病毒无症状感染者咽拭子样本中新冠病毒载量随时间的变化趋势,为新型冠状病毒防控提供科学依据。方法使用数字聚合酶链反应(Digital PCR,dPCR)和实时荧光定量聚合酶链反应(Quantitative realtime PCR,qPCR)技术对2例新型冠状病毒无症状感染者不同时间采集的咽拭子样本进行新冠核酸检测,同时使用胶体金法对采集的咽拭子样本进行新冠抗原检测。使用SPSS 20.0软件进行统计分析,配对卡方检验比较dPCR法与qPCR法、dPCR法与胶体金法以及10种胶体金试剂检测的阳性率差异,以P<0.05为差异有统计学意义。用Kappa系数判断结果一致性。结果新型冠状病毒无症状感染者A连续采集21份咽拭子样本,dPCR法检测ORF1ab基因的检测值为0~46080000 copies/ml,N基因检测值为0~45810000 copies/ml;新型冠状病毒无症状感染者B连续采集18份咽拭子样本,dPCR法检测ORF1ab基因检测值为0~138500000 copies/ml,N基因检测值为0~121600000 copies/ml。新型冠状病毒无症状感染者A21份咽拭子样本经dPCR法检出13份双靶基因阳性,1份单靶基因(ORF1ab)阳性,经qPCR法检出10份双靶基因阳性,胶体金法检出6份阳性。新型冠状病毒无症状感染者B18份咽拭子样本经dPCR法及qPCR法均检出15份双靶基因阳性,胶体金法检出5份阳性。dPCR法与qPCR法检测39份咽拭子样本中的ORF1ab基因及N基因,检测结果一致性为高度一致,且2种方法阳性率差异无统计学意义;胶体金法阳性率低于dPCR法,不同品牌的胶体金试剂检测的阳性率差异有统计学意义。结论2例新型冠状病毒无症状感染者咽拭子样本中核酸拷贝数随着采样时间延伸总体呈下降趋势,第15 d左右咽拭子样本中新冠核酸拷贝数趋于0;核酸检测法灵敏度高于胶体金法;需慎重选择胶体金试剂的品牌,以避免出现假阳性结果。
- 廖虹瑜冯玉亮刘家洁黄伟峰周良君
- 关键词：新型冠状病毒实时荧光PCR胶体金法
- 一种脉冲场凝胶电泳包被病原体胶块的切胶装置
- 本发明公开了一种脉冲场凝胶电泳包被病原体胶块的切胶装置，该装置包括切胶平台、刀头和载胶件，所述刀头具有间距为2mm的刀片组件，无需人为对准，保证了切胶的准确性；切胶平台具有滤水结构，方便待切胶块和TE缓冲液的分离以及回收...
- 黄伟峰雷高鹏张林程思宇陆星羽李金泽吕虹廖虹瑜杨小蓉何树森
- 文献传递
