张琼
- 作品数：8 被引量：77H指数：5
- 供职机构：生物芯片北京国家工程研究中心更多>>
- 发文基金：国家科技重大专项国家教育振兴行动计划更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 应用基因芯片分析结核分枝杆菌常见耐药基因型的研究被引量：36
- 2006年
- 目的应用基因芯片快速检测结核分枝杆菌耐药基因型,建立一种新的分子药敏试验方法。方法以传统药敏试验和PCR-直接测序方法为对照,应用基因芯片快速检测157株结核分枝杆菌临床分离株异烟肼(INH)、利福平(RFP)、链霉素(SM)和乙胺丁醇(EMB)耐药基因(katGr、poB、rp-sLr、rs和embB)的带荧光素标记的PCR产物。结果PCR-直接测序和基因芯片检测36株结核分枝杆菌药物敏感株的5种耐药基因均为野生型。121株结核分枝杆菌耐药分离株中,56株耐INH分离株,katG基因突变率为62.5%,其中katG缺失率为7.5%,315位密码子突变率为55.4%,279位密码子突变率为1.8%;104株耐RFP株,rpoB基因突变率为94.2%,最常见的突变位点为531位和526位密码子(突变率分别为60.6%、15.4%),双位点突变率为5.8%,还发现511、513、515、516、517、518和533位密码子突变;62株耐SM分离株,rpsL和rrs总突变率为88.7%(两者分别为82.3%、6.5%),rpsL突变位于43位和88位密码子(突变率分别为77.4%、4.8%),rrs突变位于513位和516位碱基(突变分别为4.8%、1.6%);57株为耐EMB株,embB基因突变率为61.4%,均为306位密码子突变,最常见的突变为ATG→GTG或ATA(突变率分别为35.1%、15.8%),还发现306位密码子ATG→ATC、ATT和CTG突变。通过基因芯片检出的突变与基因测序结果一致。结论应用基因芯片可分析大多数结核分枝杆菌耐药基因型,弥补传统药敏试验方法的不足,指导临床治疗。
- 吴雪琼张琼张俊仙梁建琴鲁红丽李洪敏张洪恩陆阳荣利吕翠环张广宇邢婉丽
- 关键词：基因芯片耐药基因型聚合酶链反应分枝杆菌结核
- 用DNA芯片检测结核分枝杆菌耐乙胺丁醇基因突变的研究被引量：2
- 2006年
- 目的利用DNA芯片快速检测结核分枝杆菌耐乙胺丁醇embB基因突变。方法根据结核分枝杆菌embB基因序列设计探针并制作DNA芯片,根据结核从分枝杆菌embB基因突变的热点片段设计引物,该片段用TAMRA荧光标记PCR扩增增后与DNA芯片杂交,同时以PCR—SSCP和DNA测序法为对照。结果120株结核分枝杆菌临床分离株中,35株敏感株DNA芯片杂交结果与标准株完全相同；85株耐乙胺丁醇临床分离株中有50株检测到embB基因突变[58．8％(50／85)],均为306位密码子突变,该突变与PCR-SSCP和测序结果完全一致；85株耐药株中后有35株未检测到突变,占41．2％(35／85)。结论用DNA芯片可快速、特异地检测出大多数结核分枝杆菌耐乙胺丁醇分离株的embB基因突变,可协助临床医生制定合理的治疗方案,特别是复治患者,可帮助选择有效药物。
- 张俊仙吴雪琼张琼梁建琴张洪恩鲁红利李洪敏陆阳杨华卫阳幼荣王全立
- 关键词：结核分枝杆菌乙胺丁醇EMBB基因DNA芯片
- 应用基因芯片技术检测耐利福平结核分枝杆菌基因型被引量：6
- 2007年
- 目的研制一种新型DNA芯片,用于快速检测结核分枝杆菌耐利福平rpoB基因突变。方法根据结核分枝杆菌rpoB基因序列设计探针并制作DNA芯片,用TAMRA标记的引物扩增结核分枝杆菌rpoB基因突变热点的片断,与DNA芯片杂交,同时以PCR-SSCP和DNA测序法为对照。结果240株结核分枝杆菌临床分离株中,55株全敏感株和66株耐其他药物的利福平敏感株的PCR-SSCP和DNA芯片杂交结果与结核分枝杆菌标准株完全相同;119株耐RFP临床分离株中DNA芯片杂交有117株检测到rpoB基因突变,其中111株单位点突变,78株为531位密码子TCG→TTG(Ser→Leu)、TCG→TGG(Ser→Trp)和TCG→TAC(Ser→Tyr)突变;24株为526位密码子CAC→TAC(His→Tyr)、CAC→GAC(His→Asp)、CAC→CCC(His→Pro)、CAC→CTC(His→Leu)和CAC→CGC(His→Arg)突变;4株为516位密码子GAC→GTC(Asp→Val)和GAC→GGC(Asp→Gly)突变;3株为533位密码子CTG→CCG(Leu→Pro)突变;1株为511位密码子CTG→CCG(Leu→Pro)突变;1株为513位密码子CAA→AAA(Gln→Lys)突变;6株为双位点突变,其中3株511和516位联合突变,2株533和515位联合突变,1株517位密码子CAG→CAC(Gln→His)和518位密码子AAC→GAC(Asn→Asp)联合突变。DNA测序结果与DNA芯片杂交结果完全一致。1株516位GAC-TAC(Asp→Tyr)突变的分离株及1株516位GAC-TAC(Asp→Tyr)和518位AAC-CAC(Asn→His)联合突变的分离株DNA芯片检测阴性,是因为芯片上无相应的探针。结论用DNA芯片可快速、特异地检测出大多数结核分枝杆菌耐利福平分离株的rpoB基因突变,可用于临床耐药性的检测,指导临床用药。
- 张俊仙吴雪琼邢婉丽张琼梁建琴张洪恩陆阳张广宇李洪敏阳幼荣
- 关键词：结核分枝杆菌利福平RPOB基因药物耐受性DNA芯片
- 分枝杆菌菌种鉴定DNA微阵列的初步研究与应用被引量：4
- 2004年
- 目的制备快速鉴定分枝杆菌菌种的DNA微阵列。方法根据19种分枝杆菌标准株的16SRNA序列设计寡核苷酸探针,制备DNA微阵列,通过反向杂交技术鉴定19种分枝杆菌标准株、9种非分枝杆菌标准株和31株分枝杆菌临床分离株带荧光标记的PCR产物。结果该DNA微阵列与9种非分枝杆菌标准株不杂交,具有分枝杆菌特异性;可将19种分枝杆菌标准株鉴定到群或种,具有较高的分枝杆菌种特异性。应用PCR-SSCP分枝杆菌初步菌种鉴定方法对31株分枝杆菌临床分离株进行初步的鉴定,9株为结核分枝杆菌复合群和22株为非结核分枝杆菌。应用DNA微阵列进一步进行菌种鉴定,9株与探针a杂交阳性,为结核分枝杆菌复合群;2株与探针c杂交阳性,为胞内分枝杆菌;8株与探针d杂交阳性,为堪萨斯分枝杆菌或瘰疬分枝杆菌或猿猴分枝杆菌或胃分枝杆菌;1株与探针k杂交阳性,为戈登分枝杆菌;2株与探针p杂交阳性,为龟分枝杆菌脓肿亚种;2株与探针r杂交阳性,为偶然分枝杆菌;1株与探针s杂交阳性,为草分枝杆菌;2株与探针a和p杂交阳性,为结核分枝杆菌和龟分枝杆菌脓肿亚种复合感染株;1株与探针a和r杂交阳性,为结核分枝杆菌和偶然分枝杆菌复合感染株;3株与该芯片杂交阴性。2株临床分离株经基因测序也证实DNA微阵列鉴定的特异性。结论该DNA微阵列有可能简便、快速。
- 吴雪琼张俊仙张琼庞劲松梁建琴张亮李洪敏陆阳雷红张广宇
- 关键词：DNA微阵列菌种鉴定分枝杆菌聚合酶链反应
- 应用DNA微阵列技术快速鉴定分枝杆菌菌种被引量：8
- 2007年
- 目的利用DNA微阵列的高通量、高效性,建立一种快速、简便的分枝杆菌分子菌种鉴定方法,为临床医师正确诊断提供依据。方法以DNA直接测序法为对照,通过PCR-SSCP和DNA微阵列技术分析28种分枝杆菌标准菌株、9种非分枝杆菌和465株分枝杆菌临床分离株的菌种。结果应用DNA微阵列技术分析28种分枝杆菌标准菌株和9种非分枝杆菌菌株,特异性100％。465株分枝杆菌临床分离株中,经16S rRNA PCR-SSCP初步菌种鉴定,256株为结核分枝杆菌复合群,应用DNA微阵列分析,显示与分枝杆菌属探针M和结核分枝杆菌复合群探针a杂交阳性,两种鉴定方法结果一致;209株PCR-SSCP初步鉴定为非结核分枝杆菌的分离株,经芯片分析,68株为龟分枝杆菌龟亚种和脓肿亚种,46株为胞内分枝杆菌,34株为堪萨斯、瘰疬、胃和猿猴分枝杆菌复合群,31株为偶然分枝杆菌,16株为戈登分枝杆菌,3株为鸟分枝杆菌,2株为海和溃疡分枝杆菌复合群,1株为土分枝杆菌, 1株为迪氏分枝杆菌,1株为草分枝杆菌;另6株只与探针M杂交,经测序显示5株为胞内分枝杆菌,但其基因序列与标准菌株不完全相同,1株为新金色分枝杆菌,芯片上无鉴定该菌种的探针。结论用DNA微阵列可简便、快速、灵敏、特异地将大多数分枝杆菌鉴定到种,提高分枝杆菌病的正确诊断率,指导临床合理治疗。
- 张俊仙吴雪琼邢婉丽张琼梁建琴张洪恩陆阳
- 关键词：分枝杆菌聚合酶链反应单链构象多态性菌种鉴定DNA微阵列
- SARS冠状病毒基因芯片的制作与初步临床样本验证被引量：16
- 2003年
- 为了实现对非典(SARS)冠状病毒感染患者的早期诊断,构建了一套以基因芯片为基础的SARS冠状病毒基因分析检测系统。首先从患者痰、血样本中快速分离出SARS冠状病毒的RNA,然后通过巢式RT-PCR对分离的RNA进行扩增获得特定的DNA片段,最后让固定在基因芯片上的DNA探针与扩增产物进行杂交以检验扩增产物的序列匹配性,达到最终确认SARS冠状病毒感染患者的目的。对首期两例患者痰样本和两例全血样本的分析结果表明,这4例患者样本中均存在SARS冠状病毒。
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- 关键词：SARS冠状病毒基因芯片
- 基因芯片用于SARS早期诊断和病毒载量时相监测研究被引量：5
- 2004年
- 目的:采用基因芯片技术对严重急性呼吸综合征(SARS)患者进行病毒载量时相监测,为SARS早期诊断提供参考指标。方法:4例确诊非重症SARS患者,在病程的3～30d中,间隔2～6d共7次连续采样。检测标本种类为血液和呼吸道分泌物(痰或鼻、咽拭子)。血标本26份,呼吸道分泌物标本24份,共计50份。对SARS鄄CoV复制酶(replicase)1A、刺蛋白(spikeglycoprotein)和核衣壳蛋白(nucleocapsidprotein)的编码序列区域进行检测和杂交。基因芯片有严格的反应内控体系和防止污染手段。结果:4例SARS患者在病程第4天第1次采样时,2例患儿呼吸道标本阳性,在病程9～18d第2、3次采样时,4例患者的所有标本检测均为强阳性或中等程度阳性。在病程18～23d,第4、5次采样时,所有标本均表现为阳性程度减弱或转为阴性。到病程的22～30d第6、7次采样检测时,4例患者的呼吸道分泌物和血标本已全部无病毒核酸检出。结论:基因芯片技术为SARS早期诊断和病毒载量时相监测提供了有参考意义的实验数据。
- 肖白王辰吕月平谭淑珍闫梅丁洁王臻刘敬忠周一鸣王栋高华方陶生策杜建宇李泽蒋迪张琼范肖冬张川程京任丽丽杨仁全洪涛王健伟
- 关键词：严重急性呼吸综合征SARS病毒基因芯片RT-PCR
- 用DNA芯片检测结核分枝杆菌耐利福平基因突变的初步研究被引量：3
- 2005年
- 目的研制一种新型DNA芯片,用于快速检测结核分枝杆菌耐利福平rpoB基因突变。方法根据结核分枝杆菌rpoB基因序列设计探针并制作DNA芯片,PCR掺入法荧光标记根据结核分枝杆菌rpoB基因突变热点的目的片断,与DNA芯片杂交,同时以DNA测序法为对照。结果18株结核分枝杆菌临床分离株中,1株敏感株DNA芯片杂交结果与标准株完全相同;17株耐RFP临床分离株中有17株检测到rpoB基因突变,其中14株单位点突变,1株511和516位双位点突变,与测序结果完全一致。另有两株为517和518、526和517位双位点突变,因为芯片上未点517位突变的探针,所以只检测到518和526位的突变,该突变与测序结果完全一致。结论用DNA芯片可快速、特异地检测出大多数结核分枝杆菌耐利福平分离株的rpoB基因突变,可用于临床耐药性的检测,指导临床用药。
- 张俊仙吴雪琼张琼荣利梁建琴李洪敏陆阳张亮
- 关键词：DNA芯片RPOB基因利福平结核分枝杆菌RPOB基因突变临床分离株
