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ARMS技术联合Taqman探针检测100例非小细胞肺癌EGFR基因突变被引量：8: 2013年; 背景与目的表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)基因突变是决定表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂(EGFR tyrosine kinase inhibitor,EGFR-TKI)疗效最重要的预测因子,对EGFR基因突变进行检测,对指导患者个体化治疗具有重要意义。EGFR基因突变检测方法有很多,每种方法各有优缺点,本研究拟采用扩增阻滞突变系统(ampli cation refractory mutation system,ARMS)技术与Taqman探针相结合的方法,建立一种能快速、敏感及特异检测非小细胞肺癌EGFR基因突变的方法。方法首先,应用Primer Premier5.0软件在EGFR基因E746_A750和L858R处设计ARMS引物及Taqman水解探针。然后,以包含E746_A750缺失和L858R点突变的质粒为研究对象,进一步分析所建立方法的灵敏度、敏感性以及特异性。最后,用所建立的ARMS-Taqman法检测100例非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)临床标本。结果在无背景DNA干扰的情况下,ARMS-Taqman法检测灵敏度可达10copies。对于检测敏感性,在500copies/L野生型基因背景下,其敏感性达1%;在5,000copies/l野生型基因背景下,其敏感性高达0.1%-0.5%。对于检测特异性,以正常人白细胞DNA为研究对象,21L858R突变存在一定程度的非特异性扩增,但其最小Ct高达14.89,而19Del未见非特异性扩增。对100份临床标本进行检测,19Del21例,21L858R18例,总突变率为39.0%。结论我们所构建的ARMS-Taqman法是一种快速、简便以及具有较高灵敏度和特异性的EGFR基因突变检测方法,值得在临床上进一步推广和验证。; 赵静赵金银赵肖陈唯军钟巍张力李龙芸王孟昭; 关键词：扩增阻滞突变系统 TAQMAN探针表皮生长因子受体突变检测

高危型人乳头瘤病毒E6/E7质控品的建立被引量：4: 2015年; 目的:建立高危型人乳头瘤病毒(HPV)E6/E7质控品,用于评价高危型HPV E6/E7 mRNA检测试剂盒的性能。方法:根据高危型HPV 16和HPV 18的E6/E7基因序列设计引物,从感染HPV 16和HPV 18宫颈上皮细胞中提取DNA作为模板,通过PCR扩增获得带有目的基因的产物。采用限制性内切酶对带有目的基因的PCR产物和表达载体分别进行酶切,将目的基因与表达载体连接,然后转化DH5α感受态细胞,筛选出阳性菌落进行测序。然后将阳性菌液进行超声诱导,制备假病毒溶液。采用荧光定量逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)法对假病毒溶液提取的RNA进行鉴定。结果:通过序列测定和荧光定量RT-PCR法检测,结果表明成功建立了高危型HPV E6/E7假病毒质控品。结论:本研究建立了HPV E6/E7质控品的方法,可为高危型HPV E6/E7 mRNA检测试剂的质量控制提供质控品。; 黄杰于婷赵金银郭李平高尚先曲守方; 关键词：早期基因信使核糖核酸质控品 MRNA检测

检测表皮生长因子受体基因外显子19缺失突变和外显子21点突变的方法: 本发明公开了一种检测表皮生长因子受体基因外显子19缺失突变和外显子21点突变的方法，该方法在同一个反应体系中进行酶切富集PCR反应和ARMS荧光定量PCR反应来分别检测E746_A750del缺失突变和L858R点突变，...; 陈唯军赵金银刘利成吴伟力姜君王鹏志

2006年深圳市急性肠胃炎的流行病学和病毒学调查(英文)被引量：5: 2013年; 目的研究2006年深圳市急性肠胃炎发病的主要病因。方法收集深圳急性肠胃炎粪便样本200份(包含122份散发样本和78份暴发样本),采用RT-PCR的方法进行急性肠胃炎相关病毒检测。结果 44%(88/200)的样本为诺如病毒阳性,9%(18/200)为轮状病毒A阳性,2%(4/200)为星状病毒阳性,2%(4/200)为肠道腺病毒阳性,还有8%(16/200)的样本为混合感染。其中散发样本中检出腺病毒、轮状病毒、星状病毒和诺如病毒GI、诺如病毒GII 5种病毒,而诺如病毒GII是3次暴发样本中的唯一病原。对22例NoV GII阳性样本测序后的系统发育分析表明NoV GII.4 variants 2006b cluster是造成2006年深圳市肠胃炎暴发的主要诱因,其次为NoV GII.12和GII.4 Hunter簇。结论 NoV GII.4是2006年流行于深圳的主要病毒株。; 谢飞飞何雅青程锦泉姜君杨洪赵金银张海龙姚相杰周俊宜吴伟立; 关键词：急性肠胃炎诺如病毒

基质辅助激光解析/电离飞行时间质谱法和表面等离子谐振法在HPV分型检测中的应用比较被引量：3: 2014年; 目的:评价比较基质辅助激光解析/电离飞行时间质谱法(MALDI-TOF-MS)和表面等离子谐振法(SPR)在人乳头瘤病毒(HPV)分型检测中的应用。方法:两种方法对30种不同型别HPV L1基因分型国家参考品和129份经液基薄层细胞检测的样本分别进行检测和评价。结果:MALDI-TOF-MS法和SPR法检测参考品具有100%的一致性。采用测序法确定129份样本中有93份为HPV阳性,36份为HPV阴性。高危型样本的分型准确率MALDITOF-MS法为100%(77/77),SPR为94.8%(73/77);MALDI-TOF-MS法HPV分型检测的敏感率为88.2%(82/93)、特异性为88.9%(32/36),与SPR法的灵敏率和特异性相当。结论:MALDI-TOF-MS在HPV分型检测中具有较好的灵敏性和特异性,与SPR法一致。; 万敏赵金银曲守方黄杰; 关键词：基因分型

建立实时荧光定量逆转录PCR方法检测非小细胞肺癌棘皮动物微管相关蛋白4-间变淋巴瘤激酶融合基因被引量：2: 2016年; 目的建立一种实时荧光定量逆转录PCR方法,对非小细胞肺癌间变淋巴瘤激酶(ALK)融合基因进行快速、敏感和特异检测。方法首先,应用Primer Premier 5.0软件,针对棘皮动物微管相关蛋白4(EML4)-ALK常见融合变异V1、V2、V3a和V3b设计引物和Taqman水解探针。然后,以包含EML4-ALK融合变异V1、V2、V3a和V3b的假病毒颗粒为研究对象,进一步分析所建立方法的灵敏度、敏感性和特异性。最后,用所建立的方法检测50例非小细胞肺癌临床标本,其中包含3例ALK-荧光原位杂交(FISH)(+)样本。结果在无背景RNA干扰情况下,建立的实时荧光定量逆转录PCR方法检测灵敏度高达10拷贝/!l。在500拷贝/!l的野生型背景RNA下,其敏感性达1%,在5000拷贝/!l的野生型背景RNA下,其敏感性达0.5%。对于检测特异性,以正常人白细胞及血浆RNA为研究对象,均未见非特异性扩增。对50例非小细胞肺癌临床标本进行检测,47例阴性标本检测均为阴性,3例ALK-FISH(+)标本2例检测阳性,1例未检出,未检出原因与标本RNA提取失败有关。结论本研究建立的实时荧光定量逆转录PCR方法是一种快速、简便以及具有高灵敏度和特异性的EML4-ALK融合基因检测方法,值得在临床进一步验证和推广。; 赵静赵金银陈志霞钟巍李龙芸刘利成胡小许陈唯军王孟昭; 关键词：非小细胞肺癌

EML4-ALK融合基因变体1和变体3质控品的建立被引量：2: 2015年; 目的:建立EML4-ALK融合基因质控品,用于评价人类EML4-ALK融合基因突变检测试剂盒的性能。方法:根据人类EML4-ALK融合基因序列,合成EML4-ALK融合基因变体1(V1)和变体3(V3)的基因序列。采用限制性内切酶KpnⅠ和HindⅢ对带有目的基因的质粒和表达载体分别进行酶切,将目的基因与载体连接,转化DH5α感受态细胞,筛选阳性菌落进行测序。将测序结果正确的单个菌落进行超声诱导,制备假病毒溶液,并用荧光定量逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)法对假病毒溶液提取的RNA进行检测。结果:对人类EML4-ALK融合基因V1和V3质控品进行序列测定和荧光定量RT-PCR检测,结果表明成功建立了人类EML4-ALK融合基因V1和V3假病毒质控品。结论:本研究建立了人类EML4-ALK融合基因变体假病毒质控品的方法。可为药物靶向治疗基因检测试剂质量控制提供参考。; 曲守方于婷郭李平赵金银高尚先黄杰; 关键词：RNA检测 RT-PCR法

检测表皮生长因子受体基因外显子19缺失突变和外显子21点突变的方法: 本发明公开了一种检测表皮生长因子受体基因外显子19缺失突变和外显子21点突变的方法，该方法在同一个反应体系中进行酶切富集PCR反应和ARMS荧光定量PCR反应来分别检测E746_A750del缺失突变和L858R点突变，...; 陈唯军赵金银刘利成吴伟力姜君王鹏志; 文献传递

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赵金银

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