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王芳平

作品数：17 被引量：23H指数：3
供职机构：天水师范学院电子信息与电气工程学院更多>>
发文基金：国家自然科学基金国家教育部博士点基金内蒙古自治区自然科学基金更多>>
相关领域：生物学医药卫生金属学及工艺冶金工程更多>>

合作作者

文献类型

  • 15篇期刊文章
  • 2篇学位论文

领域

  • 15篇生物学
  • 1篇冶金工程
  • 1篇金属学及工艺
  • 1篇医药卫生

主题

  • 12篇基因
  • 12篇基因组
  • 9篇密码
  • 6篇密码子
  • 6篇基因组进化
  • 3篇杆菌
  • 3篇大肠杆菌
  • 2篇蛋白
  • 2篇粘菌
  • 2篇同义密码子
  • 2篇偏好
  • 2篇酵母
  • 2篇核苷酸
  • 2篇二核苷酸
  • 2篇大肠杆菌基因
  • 1篇信息熵
  • 1篇生物基因
  • 1篇生物基因组
  • 1篇生物信息
  • 1篇生物信息学

机构

  • 13篇内蒙古大学
  • 8篇天水师范学院

作者

  • 17篇王芳平
  • 8篇王志坚
  • 4篇刘国庆
  • 2篇李瑞芳
  • 2篇李永香
  • 2篇方玉田
  • 1篇应智强
  • 1篇张建强

传媒

  • 4篇内蒙古大学学...
  • 4篇生物信息学
  • 2篇中国医学物理...
  • 1篇生物技术
  • 1篇贵州师范大学...
  • 1篇生物物理学报
  • 1篇内蒙古工业大...
  • 1篇基因组学与应...

年份

  • 1篇2015
  • 4篇2011
  • 3篇2010
  • 2篇2009
  • 1篇2008
  • 3篇2007
  • 2篇2006
  • 1篇2005
共 17 条 记 录，以下是 1-10
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排序方式：
大肠杆菌同义密码子重复序列中密码子的使用被引量：3
2006年
以大肠杆菌基因组为样本,研究同义密码子重复序列与ORF全序列中各密码子相对使用频率的差异,分析同义密码子重复序列中密码子重复的偏好.结果表明部分密码子的使用与ORF全序列中的使用不同,并非所有密码子的使用与基因表达水平正相关;同义密码子重复序列中密码子重复具有偏好性,部分密码子重复在四联体中有位置偏好.同义密码子重复的最大长度与所编码的氨基酸亲疏水性质、简并度及构成密码子的碱基性质有关.
李永香李宏王芳平
关键词：大肠杆菌基因组偏好
大肠杆菌基因中密码对使用的规律被引量：2
2010年
为了探讨基因组序列的非随机性对密码对使用的影响程度,揭示依赖上下文的密码对偏爱性(CDCB)可能存在的规律,本文主要对大肠杆菌基因组中密码子及其紧邻密码子(密码对)偏爱作了全面的统计分析。结果发现85%的密码子在其紧邻密码子位点有显著依赖上下文的密码对偏爱性,通过密码对与全序列六联体(三联体对)的相对丰度比较发现,大约35%的密码对偏好性不能用基因组的序列组分来解释。当密码子第二和第三位点核苷酸相同,且紧邻密码子相同时,它们的相对丰度有显著相关性。结果表明我们的数据支持依赖上下文的密码子偏好的主要原因是蛋白质合成精确性选择的假设,即本文结果揭示了依赖上下文的密码对偏好性可能存在的规律,从而为今后进一步研究大肠杆菌基因组中密码对使用偏好性提供参考。
王志坚王芳平方玉田李宏
关键词：基因组同义密码子
几种模式生物基因组中最适密码对和稀有密码对使用的规律性被引量：1
2011年
以6种模式生物基因组为样本,从密码对的碱基组成及密码子的使用两方面,分析了最适密码对与稀有密码对的使用。结果显示:6种生物的最适密码对rP双碱基TA出现的频数都是最低的,而出现频率最大的双碱墓对于古菌、细菌、真核是不同的;稀有密码对中双碱基TA出现的频数却是最高的,而出现频率最低的双碱基刘·于古菌、细菌、真核是不同的。这说明双碱基的分布与密码对的偏好性有很强的相关性,同时也与基因组进化存在关联。另外,我们也分析了本文的6种生物编码序列叶,最适密码对与稀有密码对的出现频数与密码了的相对使用频率的关系,发现密码对的出现频数与其密码子的使用存在相关性。
王芳平王志坚
关键词：基因组
人类核糖体蛋白加工假基因在进化中的熵变
2007年
用生物信息学方法计算出人类核糖体蛋白加工假基因(RP加工假基因)的进化距离.假定在统计意义上,不同进化距离的假基因可粗略代表假基因的进化历程.在此假定基础上从信息论的角度去研究假基因在进化中的熵变.结果发现,1)假基因序列的紧邻碱基关联随进化逐步增强;2)k-mer信息熵中,小k-mer(k=1,2,…,5)信息熵随进化减少,大k-mer(k=7,8)信息熵随进化先迅速减少,随后增加;3)关联信息熵随进化减少,其中紧邻碱基关联信息熵的减少幅度最明显.这些可能与背景突变压力作用有关.
刘国庆李宏王芳平应智强
Fe基合金带表面抛光工艺研究
2015年
利用磁力显微镜（MFM）观测了经机械抛光、电解抛光、机械兼化学腐蚀抛光的Fe73.5Cu1Nb3Si13.5B9合金带表面结构,研究了MEP法处理样品表面粗糙度和腐蚀时间之间关系,基于MFM对材料表面结构的要求,实验结果表明Fe基合金表面最佳抛光工艺为：在30℃恒温下将MEP法处理样品投于浓度为36%~38%盐酸溶液中腐蚀15min。
张建强王志坚王芳平
关键词：MFM抛光粗糙度
厌氧性粘菌基因组中密码对的使用
2010年
分析了厌氧性粘菌(Anaeromyxobacter_dehalogenans_2N-C)基因组中密码对的使用,发现其全基因组中有5.2%的密码对模式是缺失的.分析结果表明其密码对的偏好至少可能是四个方面压力的结果:(1)基因组局部的及整体的GC含量,(2)密码对中二核苷酸的组分,(3)氨基酸的亲疏水性,(4)基因组中二肽的保守水平。
王芳平李宏王志坚刘国庆
关键词：二核苷酸氨基酸二肽
DNA双链密码对使用的不对称性被引量：1
2010年
目的:分析基因组组分极其偏向的厌氧性粘菌和立克次氏体基因中密码对的使用,研究DNA双链密码对使用的不对称性。方法:生物统计学。结果:发现脱卤厌氧粘菌和立克次氏体基因组中分别有17%和21%的密码对在DNA双链上的使用偏好性正好相对,这表明它们的前导链与滞后链上密码对的使用偏好存在差异。因此,影响密码对搭配的重要原因之一是基因所在链的特性。这些特性可能包括:基因方向性偏好、密码子使用偏好、密码子的前后文关系等。结论:造成上述两物种DNA双链间密码对使用不对称的原因可能是DNA链特异的突变偏好性和在复制、转录、翻译水平上的自然选择约束。
王芳平李宏王志坚
基于密码对使用的基因组进化
2011年
以密码对使用偏好性和密码对中二核苷酸频率分别构建了系统发育树。发现用40种模式生物编码序列中密码对的二核苷酸频率构建的系统发育树,明显将生物按进化分成细菌,古菌,真核生物;用密码对使用偏好性指标构建的系统发育树与基于密码对中二核苷酸频率的系统发育树基本一致。结果表明密码对中二核苷酸组分是密码对偏好的决定因素之一。
王芳平王志坚李宏
关键词：基因组进化系统发育树二核苷酸系统聚类
大肠杆菌与酵母基因组中密码对使用的比较被引量：4
2006年
研究了大肠杆菌和酿酒酵母两类生物全基因组的密码对,通过密码对的观察值与期望值的比较,发现密码对的使用有很强的偏好性;此外,按照Boycheva定义的标准(ΔREG)研究了密码对的使用与基因表达水平的关系,发现酵母与大肠杆菌两类生物的密码对使用与基因表达水平的关系是相似的;高表达基因偏好ΔREG为正值的密码对,而低表达基因偏好ΔREG为负值的密码对.通过曲线的相似性分析,可以推测,真核生物(S accharomy ces cerev isiae)与原核生物(E scherich ia coli)在密码对的使用上,其机理是相似的.
王芳平李宏李永香
关键词：密码子基因组基因表达水平
几种模式生物密码对的使用和基因组进化被引量：4
2007年
以闪烁古生球菌、枯草杆菌、大肠杆菌、酿酒酵母、拟南芥和线虫基因组为样本,分别分析了编码序列中密码对、基因间序列中三联体对的相对模式数目随频数的分布,验证这种分布是Γ(α,β)分布.发现分布参数与基因组进化相关;另外,比较了密码对的观测值与期望值之差的分布,发现密码对的使用普遍具有偏好性,且不同的物种所偏好的密码对是不同的.
王芳平李宏
关键词：基因组进化
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