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脱氮硫杆菌硫转移酶SoxAX的建模及分子对接: 2017年; 硫氧化酶系统(Sulfur oxidizing,Sox)在脱氮硫杆菌(Thiobacillus denitrificans,Td)的硫代谢过程中起着至关重要的作用,其核心为Sox AXYZB,硫化物需先经Sox AX蛋白催化并转移到Sox YZ上才能进行Sox通路后续的硫氧化反应,而目前尚无脱氮硫杆菌Sox AX蛋白结构解析的报道。本文采用反向折叠法构建了Sox AX蛋白的二聚体结构并验证其合理性,并通过分子对接实验探讨Sox AX蛋白模型与硫代硫酸盐、硫化氢和亚硫酸盐等不同底物结合在构型与能量上的差异。结果表明,构建的Sox AX二聚体蛋白结构相对合理,氢键是维持Sox AX二聚体结合的主要作用力,10个短强氢键和1个π键作用力参与维持二聚体结构的稳定,Sox A的Arg160等6个残基及Sox X的Asn15等8个残基对维持二聚体结构有重要作用。分子对接试验显示氢键是维持底物与Sox AX结合的主要作用力,与底物结合的关键氨基酸为Arg210、Cys214和Gln217。在三种底物与酶结合的亲和力中以硫化氢最高、硫代硫酸盐次之、亚硫酸盐最低。; 孟志忠陆远芳陈新罗义李杉; 关键词：脱氮硫杆菌分子对接

脱氮硫杆菌硫化合物载体SoxYZ蛋白的同源建模和结构分析被引量：1: 2015年; 脱氮硫杆菌(Thiobacillus denitrificans)中的Sox蛋白在硫代谢过程中起着至关重要的作用,硫化合物需先与硫氧化基因族(sox)编码的蛋白质Sox YZ二聚体共价连接后才能与其他酶发生相互作用。利用同源建模法构建硫化合物载体Sox YZ蛋白的二聚体结构并验证了其合理性。二聚体相互作用分析发现Sox YZ蛋白的溶剂可及表面积(solvent accessible surface,SAS)为10 922.92,疏水率为50.85%;亚基Sox Y和Sox Z界面处共含有12个氢键和1个Π键来维持其三维结构的稳定性;二聚体表面呈现明显的正负电势互补,两亚基界面处氨基酸残基的VDW作用能和静电作用能分别为-80.925 13kcal/mol和-323.856 57kcal/mol,这说明静电作用是二聚体形成的主要驱动力;Sox Z亚基的残基Thr28、Arg31、Lys32、Ser64、Gly65、Val66、Ser67对Sox Y亚基活性位点构象的稳定有重要作用。; 张晨晨孟志忠陆远芳陈新李杉; 关键词：脱氮硫杆菌二聚体同源建模蛋白质相互作用

含锆碳硅陶瓷先驱体的半经验理论研究: 2014年; 采用PM6方法对添加了配体Zr(AcAc)4,Zr(NH(C2H5))4,ZrCp2Cl2,ZrCp2ClH形成的16种含锆碳硅陶瓷先驱体(PZCS)和PCS(10)的几何结构、电子属性、反应能进行了系统的理论研究,结果表明:(1)大体积的Zr(AcAc)4带来的的空间效应并未过多的影响Si—Zr键的键长;(2)从单配体衍生物到对应的多配体衍生物HOMO-LUMO能隙趋向于减小,配体Zr(NH(C2H5))4得到的衍生物的能隙下降幅度最大.ZrCp2Cl2得到的衍生物的能隙比对应的ZrCp2ClH的能隙要大;(3)16种PZCS的反应能均为负值,随配体数的增加,Zr(NH(C2H5))4的衍生物的反应能减小,而其他三种配体的衍生物的反应能增大.; 董菊莲张晨晨陆远芳胡继东李军平冯志海孟志忠

拓扑异构酶Ⅰ抑制剂高喜树碱类化合物的三维定量构效关系研究被引量：2: 2012年; 针对拓扑异构酶Ⅰ抑制剂高喜树碱类化合物,采用比较分子力场分析(CoMFA)和比较分子相似性指数分析(CoMSIA)的方法对其进行三维定量构效关系的研究.构建CoMFA模型其q2=0.706,最佳主成分数n=6,非交叉验证系数r2=0.966,标准差S=0.277,F=117.613,立体场和静电场的贡献值分别为0.62和0.38.构建CoMSIA模型其q2=0.696,最佳主成分数n=7,非交叉验证系数r2=0.956,标准差S=0.320,F=74.374,其疏水场和立体场的贡献分别为0.75和0.25.结果显示疏水场和立体场对化合物的活性有较大影响.; 禹菡冰李杉孟志忠; 关键词：比较分子力场分析

脱氮硫杆菌ATCC25259 SQR蛋白及突变体的结构分析与活性研究: 2017年; 本文研究了通过Discovery Studio 3.5利用同源建模法构建了脱氮硫杆菌ATCC25259的硫化物:醌氧化还原酶(Sulfide:quinone oxidoreductase,SQR)野生型蛋白及突变体蛋白模型,通过GROMACS 5.1.2对所有模型进行分子力学及分子动力学的优化,使蛋白模型处于能量较低且结构稳定的状态。使用PROCHECK,Verify 3D和Pro SA三种模型评价方法对模型进行评价,表明蛋白模型具有较高的合理性。使用该蛋白模型计算蛋白相互作用、SAS及能量值。将构建好的SQR及突变体的表达载体转入大肠杆菌BL21(DE3)诱导表达分子量约65 ku的蛋白。使用镍柱亲和层析纯化经大量表达含有6×His标签的野生型与突变体蛋白,采用已经建立的SQR活性测定方法,进行酶活性测定实验,结果表明突变体酶活性较低。从模拟计算与实验验证两方面说明SQR C端α螺旋结构对蛋白的结构稳定性具有重要影响,蛋白结构稳定性降低,从而酶活性降低。; 陈新孟志忠罗义荣向李杉; 关键词：分子动力学脱氮硫杆菌

SiBCN先驱体转化陶瓷的计算机模拟研究: 2019年; 本文通过使用Materials Studio软件进行分子动力学模拟,讨论单源SiBCN先驱体制备的SiBCN陶瓷先驱体在通过改变压力大小,记录实验过程中的温度变化、能量变化、密度变化、结构的边长与角度的数据进行分析。结合对相关文献[1]的总结思考,本文对SiBCN先驱体转化陶瓷的制备有具体研究与展望。; 罗义孟志忠胡继东李军平冯志海; 关键词：先驱体转化法分子动力学模拟

高通量测序技术分析肺结核患者PBMC基因表达谱差异被引量：4: 2013年; 目的:应用Illumina高通量测序技术研究肺结核患者和健康人群PBMC基因表达谱差异,以寻找与肺结核发病相关的基因。方法:分离肺结核患者和健康人群PBMC,提取总RNA,并制备cDNA文库,通过接头序列固定在Flow cell上进行桥式PCR扩增,再用Illumina测序仪进行深度测序,结合生物信息方法分析两类人群基因表达谱的差异情况。结果:测序产生的原始数据经过滤、比对、注释后得到肺结核样本36 390类标签12 270个基因,正常对照样本35 009类标签12 244个基因。按照FDR≤0.001,|log2 Ratio|≥1筛选标准,筛选出3 097个差异基因,其中上调基因1 601个,下调基因1 469个。增大筛选标准至4倍,并对表达量进行控制,筛选出33个差异极显著基因,其中上调基因16个,下调基因17个。结论:差异基因大部分位于细胞内,起着连接功能(蛋白质连接),具有酶催化活性,在代谢中起着重要作用,并主要位于MAPK信号通路和趋化因子信号通路中。这些差异基因可以为今后肺结核领域筛选诊断标识和药物作用靶点做参考。; 魏晶张晨晨张国良张明霞陈心春孟志忠; 关键词：肺结核 PBMC 高通量测序表达谱

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孟志忠