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脱氮硫杆菌硫化合物载体SoxYZ蛋白的同源建模和结构分析被引量：1: 2015年; 脱氮硫杆菌(Thiobacillus denitrificans)中的Sox蛋白在硫代谢过程中起着至关重要的作用,硫化合物需先与硫氧化基因族(sox)编码的蛋白质Sox YZ二聚体共价连接后才能与其他酶发生相互作用。利用同源建模法构建硫化合物载体Sox YZ蛋白的二聚体结构并验证了其合理性。二聚体相互作用分析发现Sox YZ蛋白的溶剂可及表面积(solvent accessible surface,SAS)为10 922.92,疏水率为50.85%;亚基Sox Y和Sox Z界面处共含有12个氢键和1个Π键来维持其三维结构的稳定性;二聚体表面呈现明显的正负电势互补,两亚基界面处氨基酸残基的VDW作用能和静电作用能分别为-80.925 13kcal/mol和-323.856 57kcal/mol,这说明静电作用是二聚体形成的主要驱动力;Sox Z亚基的残基Thr28、Arg31、Lys32、Ser64、Gly65、Val66、Ser67对Sox Y亚基活性位点构象的稳定有重要作用。; 张晨晨孟志忠陆远芳陈新李杉; 关键词：脱氮硫杆菌二聚体同源建模蛋白质相互作用

含锆碳硅陶瓷先驱体的半经验理论研究: 2014年; 采用PM6方法对添加了配体Zr(AcAc)4,Zr(NH(C2H5))4,ZrCp2Cl2,ZrCp2ClH形成的16种含锆碳硅陶瓷先驱体(PZCS)和PCS(10)的几何结构、电子属性、反应能进行了系统的理论研究,结果表明:(1)大体积的Zr(AcAc)4带来的的空间效应并未过多的影响Si—Zr键的键长;(2)从单配体衍生物到对应的多配体衍生物HOMO-LUMO能隙趋向于减小,配体Zr(NH(C2H5))4得到的衍生物的能隙下降幅度最大.ZrCp2Cl2得到的衍生物的能隙比对应的ZrCp2ClH的能隙要大;(3)16种PZCS的反应能均为负值,随配体数的增加,Zr(NH(C2H5))4的衍生物的反应能减小,而其他三种配体的衍生物的反应能增大.; 董菊莲张晨晨陆远芳胡继东李军平冯志海孟志忠

高通量测序技术分析肺结核患者PBMC基因表达谱差异被引量：4: 2013年; 目的:应用Illumina高通量测序技术研究肺结核患者和健康人群PBMC基因表达谱差异,以寻找与肺结核发病相关的基因。方法:分离肺结核患者和健康人群PBMC,提取总RNA,并制备cDNA文库,通过接头序列固定在Flow cell上进行桥式PCR扩增,再用Illumina测序仪进行深度测序,结合生物信息方法分析两类人群基因表达谱的差异情况。结果:测序产生的原始数据经过滤、比对、注释后得到肺结核样本36 390类标签12 270个基因,正常对照样本35 009类标签12 244个基因。按照FDR≤0.001,|log2 Ratio|≥1筛选标准,筛选出3 097个差异基因,其中上调基因1 601个,下调基因1 469个。增大筛选标准至4倍,并对表达量进行控制,筛选出33个差异极显著基因,其中上调基因16个,下调基因17个。结论:差异基因大部分位于细胞内,起着连接功能(蛋白质连接),具有酶催化活性,在代谢中起着重要作用,并主要位于MAPK信号通路和趋化因子信号通路中。这些差异基因可以为今后肺结核领域筛选诊断标识和药物作用靶点做参考。; 魏晶张晨晨张国良张明霞陈心春孟志忠; 关键词：肺结核 PBMC 高通量测序表达谱

脱氮硫杆菌SoxY,SoxZ与SoxB蛋白的同源建模和相互作用研究: 随着现代经济的迅猛发展,工业生产过程中排放的废气和废水对环境造成极大的污染。在短期内能源结构无法改变的情况下,如何对工业产生的废气、废水进行有效的处理,是个亟待解决的问题。与传统的物理、化学脱硫方法相比,生物脱硫法表现出...; 张晨晨; 关键词：脱氮硫杆菌同源建模二聚体蛋白质-蛋白质相互作用; 文献传递

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张晨晨