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关于高通量测序背景下生物信息学教学的一些建议被引量：1: 2012年; 高通量数据背景下,生物信息学已成为解决生物问题一门必备知识和工具,本文从生命科学的现实背景出发,探讨了高通量测序时代关于生物信息学课程的教学内容、教学方式和教学目的方面的一些建议。期望通过现代生物信息学课程的设计和讲授,使学生及时掌握利用生物信息学处理前沿问题的能力,强化生物信息学实践教学中技能的培养,培养在获取、处理、开发和利用等方面有较强的研究能力和实践能力的生物信息技术人才,提高生命科学相关专业学生的社会就业竞争力。; 左永春杨乌日吐; 关键词：高通量测序技术生物信息学教学建议

研究生信息平台对研究生教育的影响: 2010年; 随着信息和网络技术日益飞速发展,我国研究生教育现已形成传统教育和信息化教育相结合的教育模式。根据研究生规模迅速增长和培养方式多样的特点,基于信息平台的研究生教育是未来研究生教育主要发展方向。本文通过对网络现有研究生学习网站的调查及其理论研究成果的内容分析,结合在我校研究生信息平台中进行的具体实践,发现研究生网络教育有很多特点和优势,也有更大的发展潜力。针对研究生建立适合研究生学习、科研的信息平台十分必要,信息平台对未来的研究生教育有着巨大的影响和作用。; 杨乌日吐王志军; 关键词：研究生教育信息平台

基于序列信息预测选择性剪接位点和盒式外显子: 真核生物基因序列包括编码的外显子序列和不编码的内含子序列,在转录过程中内含子被切除,外显子将有序的拼接在一起形成mRNA。而选择性剪接使得一个基因序列有多种剪接方式,并能产生不同的mRNA,进而编码多种蛋白质,选择性剪接...; 杨乌日吐; 关键词：真核生物基因基因序列选择性剪接; 文献传递

基于序列信息理论预测线虫基因选择性剪切位点被引量：2: 2008年; 基因的选择性剪切使得在DNA上一段相同的序列翻译成多个不同的蛋白质序列.选择性剪切的出现把剪切位点分为选择性供体位点、组成性供体位点、选择性受体位点和组成性受体位点.基于EBI中的线虫基因选择性剪切位点数据库,选取不同位点的单碱基频率和序列片段的三联体频数作为参数,利用位置权重矩阵和离散增量结合支持向量机,对选择性剪切位点进行了理论预测.对选择性供体位点和选择性受体位点的预测成功率分别为63.78%和72.63%,特异性分别为68.02%和83.96%.; 杨乌日吐李前忠杨科利林昊; 关键词：选择性剪切受体位点支持向量机

用支持向量机预测人类基因5′/3′选择性剪切位点被引量：2: 2007年; 选择性剪切是调解基因表达的重要机制。识别选择性剪切位点是后基因组时代的一个重要工作。本文从最新的EBI人类基因选择性剪切数据库中,选取5′/3′选择性剪切位点作为正集,选取在剪切位点附近的假剪切位点作为负集,并把所有的选择性剪切位点和假剪切位点随机分成训练集和测试集。本文选用的预测选择性剪切位点的方法是基于位置权重矩阵和离散增量的支持向量机方法。此方法仅基于训练集,以不同位点的单碱基概率和序列片断的三联体频数作为信息参数,利用位置权重矩阵和离散增量算法结合支持向量机,得到了选择性供体位点和受体位点的分类器,并用此分类器对测试集中的选择性供体位点和受体位点进行预测。对独立测试集中的选择性供体位点和选择性受体位点的预测成功率分别为88．74%和90．86%,特异性分别为85．62%和81．19%。本文预测选择性剪切位点的方法成功率高于其它选择性剪切位点预测方法预测成功率,此预测方法进一步提高了对选择性剪切位点的理论预测能力。; 杨乌日吐李前忠刘利樊国梁; 关键词：选择性剪切受体位点支持向量机

基于多特征尺度的大肠杆菌启动子预测被引量：1: 2010年; 本文对实验证实的741条大肠杆菌Sigma70启动子的序列进行预测研究。首先,基于RNA聚合酶与DNA的相互作用,利用位置打分函数对序列中的保守位点进行了衡量;然后,根据启动子的序列特征,利用离散性指标对序列中不同的碱基信息含量进行测量;最后,利用多元非线性判别分析实现了对大肠杆菌启动子的预测。10折叠交叉检验结果显示,总体预测精度达到85%以上。与其它算法比较结果显示,我们开发的这一算法能够更好地预测大肠杆菌启动子。; 杨乌日吐林昊; 关键词：大肠杆菌启动子

蛋白质超家族模体保守性及物理化学性质的分析被引量：1: 2009年; 分析了全β类4个典型的蛋白质超家族中模体的功能,发现免疫球蛋白超家族和纤维结合蛋白类型Ⅲ超家族中的模体有相似的结构,但是它们行使不同的功能.血小板-白细胞C激酶底物的同源物结构域超家族和核酸结合超家族中的模体类型较多,虽然这些模体只是部分结构相似,然而它们却在各自的超家族中分别执行着相同的功能.文章进一步运用统计学方法研究了蛋白质超家族中保守模体的亲疏水特征、物理化学特征和结构特征.结果表明,模体差异有显著意义的残基存在于序列模体的保守位点上,相同的序列模体具有相似的二级结构.这些特征将对进一步识别超家族提供帮助.; 马淑杰李前忠杨乌日吐左永春; 关键词：物理化学特征

预测竞争性和非竞争性剪接位点对(英文): 2008年; 基于剪接位点竞争机制,剪接位点对分成竞争性剪接位点对和非竞争性剪接位点对.并且竞争性和非竞争性剪接位点对的分类是一个很重要的工作.结合位置权重矩阵、离散量和支持向量机,提出了预测竞争性和非竞争性剪接位点对的新方法.独立检验集中90%以上的剪接位点对能被正确地分类成竞争性和非竞争性剪接位点对.此预测成功率高于其它方法.; 杨乌日吐李前忠林昊杨科利; 关键词：支持向量机

基于PCWM扫描模型的植物启动子分析及识别被引量：2: 2008年; 启动子是基因转录调控机制中最重要的调控区域,启动子区域内转录元件的识别是揭示基因表达调控的重要基础.快速,可靠的启动子预测算法对于广范围内启动子元件的识别能够提供很大的帮助,目前的启动子识别算法及预测软件普遍存在假阳率高的缺点,因此改进识别算法的泛化能力显得尤为重要.本文利用从PlanPromDB数据库上下载的启动子数据,在深入分析启动子GC-Skew偏好、特异性位点保守性及TSS-TIS距离分布的基础上,通过改进原有位置权重矩阵(PWM)模型,构建出能够同时考虑位点保守性和关联性的位置关联性权重矩阵(PCWM)扫描模型,在此基础上利用标准化打分函数对植物TATA启动子进行预测,获得了较好的结果.; 左永春李前忠杨磊杨乌日吐; 关键词：保守性

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