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南海笛鲷属几种鱼类的分子系统学研究: 本文采用聚合酶链式反应(PCR)技术对勒氏笛鲷、金焰笛鲷、红鳍笛鲷、紫红笛鲷、画眉笛鲷、星点笛鲷、约氏笛鲷、千年笛鲷和金带笛鲷的mtDNA的16SrRNA的部分基因片段进行了扩增。PCR产物纯化后经T载体连接进行克隆、测...; 徐田军; 关键词：笛鲷属 PCR-SSCP 分子系统学聚合酶链式反应; 文献传递

青石斑鱼微卫星标记的筛选及群体多态性分析被引量：10: 2007年; 微卫星DNA，又称短串联重复序列（STR）或简单序列重复（SSR），是广泛存在于真核生物基因组中的简单重复DNA片段，一般每个重复单位仅1～6个碱基，重复数为10～20次，其中动物体中以双核苷酸（CA／GT）n最为常见。根据微卫星DNA核心序列两端的保守序列设计引物扩增基因组DNA便可以找到相应的微卫星标记。微卫星标记已广泛应用于人类和动植物遗传育种、遗传图谱绘制、数量性状位点定位、标记辅助选择、遗传多样性评估等方面的研究。; 董秋芬刘楚吾郭昱嵩刘丽徐田军; 关键词：青石斑鱼基因组文库微卫星标记

青石斑鱼微卫星DNA标记的筛选及群体遗传多样性分析被引量：32: 2008年; 以中国南海海域青石斑鱼(Epinephelus awoara)为材料,构建青石斑鱼小片段部分基因组DNA文库。以M13通用引物和设计合成的微卫星核心序列引物(CA)15,用PCR法对文库进行筛选,共获得96个微卫星序列,分别分布于28个阳性重组克隆中,其中perfect(完美型)共39个(占40.6%),imperfect(非完美型)30个(占31.3%),compound perfect(混合完美型)7个(占7.3%),compound imperfect(混合非完美型)20个(占20.8%)。同时发现(CA/GT)n序列在青石斑鱼的基因组DNA中含量非常丰富。根据微卫星侧翼序列设计28对引物扩增青石斑鱼基因组DNA,有26对引物能扩增出目的片段,选用其中13对多态性稳定的引物对19尾青石斑鱼进行遗传多样性分析。结果显示,13个位点共检测到48个等位基因,平均观测杂合度(Ho)为0.5982,平均期望杂合度(He)为0.5080,平均多态信息含量(PIC)为0.4722,平均Hardy-Weinberg遗传偏离指数(D)为0.1503。实验初步表明中国南海海域青石斑鱼的遗传多样性较为丰富,但在某种程度上受到了人为的干扰。; 刘丽刘楚吾郭昱嵩董秋芬徐田军; 关键词：青石斑鱼基因组文库微卫星标记

金焰笛鲷rDNA基因转录间隔区ITS-1序列分析被引量：2: 2006年; 以持异性引物扩增了金焰笛鲷(Lutjamts fulviflamma)的核糖体第一转录间隔区(ITS-1),扩增产物经克隆后测序,测得 ITS-1长度为566 bp。其中 A、T、G、C 4种碱基的含量分别为14.1%、16.1%、30.2%、39.6%,G+C(69.8%)含量明显高于 A+T 含量(30.2%)。将此引物在笛鲷属其他4种鱼类中扩增,发现该对引物有很好的通用性;比较发现在不同种中 ITS-1存在着较大的差异,适合将其应用于分子系统学和种质资源方面的研究。; 徐田军刘楚吾刘丽吴勇

笛鲷属(Lutjanus)鱼类线粒体16S rRNA基因序列比较及系统学分析被引量：10: 2009年; 对笛鲷属9种鱼的线粒体DNA16S rRNA基因片段进行了PCR扩增,扩增产物经纯化后测序,得到了长度为561bp的分析序列。结合GenBank中的另外9种笛鲷的16S rRNA同源序列计算得出A、T、G、C的含量平均为28.5%、22.1%、23.6%和25.8%,AT含量稍高于GC含量,18种笛鲷碱基组成差异不大。利用MEGA3.1软件对所得序列进行比对后检测到72个变异位点,其中包括简约信息位点44个,在变异位点中75.61%的碱基替换是由于发生了转换,转换/颠换平均为3.1︰1。计算了种间的遗传距离,结果表明,序列差异在0.0193-0.0680之间,其中勒氏笛鲷和金焰笛鲷、勒氏笛鲷和金带笛鲷的序列差异最小,而红鳍笛鲷和金焰笛鲷、红鳍笛鲷和画眉笛鲷的序列差异最大。选用高体四长棘鲷(Argyrops spinifer)为外群,利用NJ法构建了分子系统树,结果表明:本研究中的9种南海笛鲷与其它9种笛鲷进化关系较远;并且南海9种笛鲷相互之间仍然保持着着相对较远的遗传距离,遗传多样性较好。; 刘楚吾徐田军刘丽郭昱嵩董秋芬; 关键词：笛鲷属 RRNA 分子系统学

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徐田军