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中国农村地区肺结核病人发现及督导治疗政策的定性研究: 陶韬赵琦姜世闻万利亚马丽萍张联英马永成许卫国徐飚

丙型肝炎病毒感染分子溯源技术研究进展被引量：2: 2014年; 丙型肝炎病毒（hepatitis C virus,HCV）感染主要经血液和母婴垂直传播,还可能经性传播.依据美国疾病预防控制中心的有关指南,对HCV职业暴露感染的鉴定依赖于文件记录和定期的随访检测结果.对于没有完整记录和随访检测结果的职业暴露感染、医源性感染等,比如近年来多次在我国发现的聚集性丙肝疫情,单纯依靠传统流行病学调查难以确认真正的传染源和传播途径,这就需要利用更精细的分子溯源技术获得更直接的证据.本文对HCV分子溯源技术的原理、方法和应用作一综述.; 赵琦时丽丽邱茂锋; 关键词：丙型肝炎病毒分子流行病学准种聚合酶链反应

婚内性传播的HIV准种传播和进化规律研究被引量：4: 2015年; 目的研究婚内性传播的艾滋病病毒（HIV）准种传播和进化规律,并探讨样本类型（全血、血浆）对分析结果的潜在影响。方法选择传播关系和传播时间明确的4对婚内新近传播HIV夫妻作为研究对象,采集血液样本,分别提取全血、血浆中的总核酸、核糖核酸（RNA）,进行HIV基因亚型分析。以HIV-1包膜蛋白（env）基因区为目的片段,分别将总核酸或RNA反转录产物进行巢式聚合酶链反应（PCR）扩增,构建脱氧核糖核酸（DNA）文库,Miseq高通量测序,分析HIV准种分布,计算样本内、夫妻样本间的基因离散率,并做系统进化树分析。结果4对夫妻的HIV基因亚型分别相同。除1对夫妻的血浆样本PCR扩增失败外,其余14份全血、血浆样本成功进行Miseq测序,获得134 135（67 831~178 392）条有效序列,代表101（12~455）个独特准种。多数样本中前20个准种序列的频数占总序列数的比例〉80%;6/8的受检者全血样本中,第1个优势序列的频数占了90%以上;同一受检者全血样本中高频准种的分布比血浆中更集中。基因离散率、系统进化树分析结果显示,4对夫妻的婚内HIV传播关系都与预期相符,传播方向除1份血浆样本外同样与预期相符。结论 HIV准种的多样性和频数分布有助于了解HIV的传播和进化规律,全血样本所得的HIV感染溯源分析结果比血浆样本更可靠、更实用。; 温玉洁龚渝蓉蒋岩王继宝赵琦段松张静娜潘品良高志云邱茂锋; 关键词：艾滋病病毒分子流行病学疾病传播高通量测序准种

Miseq高通量测序平台用于一起疑似经性传播HIV的溯源调查被引量：13: 2014年; 目的建立分析HIV准种的Miseq高通量测序（简称Miseq测序）技术,并尝试用于一起疑似经性传播HIV的溯源调查.方法采集疑似有传播关系的2例HIV感染者（编号P1、P2）血液样本,并以同一城市与他们无直接传播关系的2例HIV感染者（编号P3、P4）为对照.提取血浆中RNA,逆转录后进行HIV基因亚型分析和Miseq测序.根据测序结果分析样本中HIV的准种分布,比较使用优势准种数目由少到多（5、20、100、500、全部）时所得的基因离散率及系统进化树.结果 4份样本中HIV的基因亚型相同,均为HIV-1重组亚型（CRF） 01 _AE.采用Miseq测序,每份样本获得23 788～37 397条有效核酸序列,代表1 229～1 412个独特准种.P2与P1间的平均基因离散率（3.5％～4.5％）远小于与对照样本间（10.3％～ 19.6％,P＜0.01）.系统进化树结果显示,P1和P2的准种聚集在一起,而P3和P4的各自单独聚为一簇;当所用的优势准种数目为20或更多时,P1对P2存在并系关系,提示HIV的传播方向是从P1到P2.结论 Miseq测序在HIV感染溯源调查中可以推断传播关系和传播方向,其操作较简便、检测成本较低,具有较高的实用价值.; 赵琦时丽丽蒋岩温玉洁潘品良张桂云邱茂锋; 关键词：HIV 分子流行病学疾病传播准种

HIV职业暴露感染的认定与补偿: 2016年; HIV职业暴露感染的风险是广大医疗卫生人员和人民警察最为关注的问题之一。本文介绍了国内外HIV职业暴露感染情况,以及HIV职业暴露感染的认定及补偿现状,以便为我国开展相关工作提供参考。; 温玉洁赵琦邱茂锋; 关键词：HIV 医务人员

高通量测序技术用于丙型肝炎病毒感染溯源调查被引量：7: 2016年; 目的：建立检测丙型肝炎病毒（HCV）准种群的Hiseq高通量测序（Hiseq测序）技术，并调查一起疑似通过共用针具传播HCV的案例。方法针对2015年1月15日在美沙酮门诊发现的1例HCV抗体阳转静脉注射吸毒者（编号P1），调查在其可能感染HCV的时期内（2014年3月24日之后）与其共用针具、HCV抗体阳性的4例静脉注射吸毒者（编号P2～P5）的流行病学信息，并以与P1在同一美沙酮门诊服药或者居住在同一乡镇、HCV抗体阳性的28例静脉注射吸毒者（编号C1～C28）作为研究对照。分别采集上述33名的全血样品5 ml，提取血浆中的RNA并逆转录后进行HCV基因亚型分析，对亚型与P1相同的样品进行Hiseq测序，分析样品中HCV的准种分布情况，计算样品内和样品间的基因离散率，绘制系统进化树。结果 P1样品的基因亚型为3b，与其亚型相同的样品有P2、C7、C12、C14、C15、C16、C19、C20、C28。其中9份成功进行了Hiseq测序，获得的有效序列数为249753～1086333条（平均869608条）。剔除重复序列后，获得3～172个（平均48个）独特准种群的序列。9份样品的样品内基因离散率中位数（P50）为0.4%～12.3%；P1与其余8份样品间基因离散率的P50（P25，P75）分别为19.0%（18.4%，19.8%）、10.4%（2.8%，18.3%）、19.6%（17.8%，21.4%）、24.9%（23.8%，26.1%）、19.8%（18.7%，20.7%）、20.1%（18.9%，21.2%）、20.6%（20.0%，21.1%）、23.6%（22.4%，24.8%），差异无统计学意义（T=9.40，P=0.100）；P1与C7个别准种群间的基因离散率为0。系统进化分析显示， P1与P2之间无传播关系，但与C7之间可能存在传播关系。结论 Hiseq测序技术可以在准种水平上有效地用于HCV感染溯源调查，具有高通量、操作较简便、成本相对低、实用价值较高的特点。; 张静娜王译葵蒋岩龙玉存王继宝冯凯迪唐仁海张志敏段松赵琦张桂云邱茂锋; 关键词：分子流行病学高通量测序技术

HIV暴露后感染分子溯源技术的研究进展被引量：4: 2015年; 艾滋病病毒(HIV)暴露后的感染溯源调查,依赖于传统流行病学资料与分子流行病学证据的结合使用。目前HIV分子溯源技术已被成功地应用于职业暴露后感染的鉴定、医源性感染调查、司法调查等方面。文章介绍了该技术的原理、方法、应用、影响因素和应用前景。HIV分子溯源研究中可采用不同实验室的数据对结果进行验证,但这并不是一种常规做法。要保证鉴定结果的准确性和可靠性,实验室内部质量管理更为重要。; 时丽丽赵琦温玉洁邱茂锋; 关键词：艾滋病病毒荧光定量聚合酶链反应准种

高通量测序技术用于HIV感染溯源调查的研究: 背景 HIV职业暴露感染及医源性感染的风险受到医务人员、公安干警和公众的高度关注。传统的HIV暴露后感染溯源调查主要依赖于流行病学调查和文件记录,其中HIV职业暴露管理相对规范,要求对暴露人定期随访检测HIV抗体,...; 赵琦; 关键词：疾病传播分子流行病学准种; 文献传递

中国农村地区肺结核病人发现及督导治疗政策的定性研究: 目的探讨中国农村地区肺结核病病人发现及督导治疗相关政策实施过程中存在的问题及其影响因素。方法根据专家建议,兼顾地区代表性,本研究选取江苏省、河南省、河北省和青海省的部分县结核病防治人员、乡防保医生及村医开展焦点组访谈,获...; 陶韬赵琦姜世闻万利亚马丽萍张联英马永成许卫国徐飚; 文献传递

一起疑似输血传播HIV的分子流行病学研究被引量：11: 2013年; 目的采用基于准种分析的HIV暴露后感染溯源检测技术调查一起疑似输血传播HIV案件。方法采集可疑传播链上3例HIV感染者（编号T1～T3）及作为对照的13例已知HIV感染者或艾滋病患者（编号c1～C13）的血样，共计16份血样。提取血浆RNA后，进行逆转录套式PCR扩增，对扩增成功的PCR产物进行克隆、测序。利用BioEdit6．0．7和MEGA4．0软件分析基因序列，计算基因离散率、构建系统进化树。结果成功获得了13份样品的核酸序列，T1、T2和耶样品中毒株为CRF07-BC重组亚型，与12和r乃来自同一城市的6份对照样品中有5份毒株为CRF07-BC重组亚型，而与T1来自同一城市的4份对照样品中毒株全部为CRF01-AE重组亚型。T1与T2间的平均基因离散率最小（2．O％），随后依次为C12（2．8％）和乃（2．9％）等。系统进化树分析显示，T1、他、仍和C12的所有克隆聚为一簇，并提示HIV的传播方向是从T3经T2到T1。结论实验结果支持HIV从乃经12传播到T1的流行病学调查线索，显示分子流行病学技术可以为HIV暴露后感染溯源调查提供更直接的证据。; 时丽丽赵琦蒋岩潘品良张桂云邱茂锋; 关键词：HIV 疾病传播输血分子流行病学

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赵琦

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