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焦伯延: 作品数：28 被引量：54H指数：3; 供职机构：济宁市疾病预防控制中心更多>>; 发文基金：山东省医药卫生科技发展计划项目济宁市科技发展计划项目国家自然科学基金更多>>; 相关领域：医药卫生更多>>

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2021年济宁市柯萨奇病毒A16型流行特点及全基因组特征被引量：1: 2023年; 目的了解济宁市2021年柯萨奇病毒A16型(CV-A16)流行特点和全基因组特征。方法 2021年1月至12月采集济宁市疑似手足口病患者粪便标本513份,进行CV-A16型病毒核酸检测和病毒分离,对分离的4株CV-A16进行全基因组测序和生物信息学分析。结果共检出CV-A16型36例,阳性率为7.02%(36/513),其中7~9月阳性率最高。4株毒株VP1基因位于B1a和B1b两个进化分支。与原型株G-10(CAU05876)相比,4株毒株核苷酸和氨基酸同源性分别为77.5%~78.0%和94.7%~94.9%。4株毒株编码蛋白均发生多处氨基酸变异。结论 CV-A16是2021年引起济宁市手足口病的主要病原体之一,在济宁市流行的主要是B1a和B1b两个亚型,需要加强手足口病监测力度。; 王珊焦伯延冯强段延华温红玲; 关键词：手足口病柯萨奇病毒A16 全基因组测序

一例境外输入无症状感染者新型冠状病毒全基因测序分析被引量：2: 2022年; 对一例境外输入新型冠状病毒(SARS-CoV-2)无症状感染者进行SARS-CoV-2全基因组测序及进化变异分析。对一例境外输入SARS-CoV-2无症状感染者痰标本核酸进行SARS-CoV-2全基因组二代测序,利用生物信息学软件进行序列同源性分析、进化树构建和变异位点分析。全基因组测序获得1条全长29724 bp的SARS-CoV-2序列,与境外输入来源国同月份序列SARS-CoV-2/human/BGD/BCSIR_NILMRC_003/2020同源性最高,为99.99%。在进化树上位于B.1.1.25分支。与参考序列wuhan-hu-1相比,共发生10处核苷酸变异,2位点位于非编码区,包括3’UTR发生了C29686T变异;8位点位于编码区,5种蛋白发生变异,包括RdRp发生P323L变异和S蛋白发生D614G变异。全基因组测序是SARS-CoV-2检测和溯源的有效技术,能够用于境外输入的溯源。此外,少数SARS-CoV-2感染者潜伏期可能超过14 d,应对新型冠状病毒肺炎(COVID-19)境外输入风险,应尽早发现阳性患者。; 刘甜甜王小羽江亚娟范莹莹焦伯延; 关键词：新型冠状病毒全基因组测序

一起学校聚集甲型流感的流行特点和全基因组特征分析: 2023年; 目的分析2023年3月发生的甲型H_(1)N_(1)流感病毒和季节性H3N2流感病毒共同引起的一起学校聚集流感疫情的流行特点和全基因组特征。方法对聚集疫情开展流行病学调查并采集10份病例咽拭子标本,利用实时荧光定量PCR法进行流感病毒核酸检测,利用MDCK细胞培养流感病毒,利用NEXTSEQ 2000高通量测序仪进行流感病毒全基因组测序,利用生物信息学软件进行序列分析。结果9日内3个班级共报告病例32例;采集的10份标本中甲型H_(1)N_(1)流感病毒阳性2份,季节性H_(3)N_(2)流感病毒阳性3份;培养流感病毒毒株2株。两条序列与疫苗株相比,8个基因节段核苷酸相似性分别为98.44%~98.68%和97.95%~99.34%;两条序列的血凝素(HA)抗原表位未发生漂移,受体结合位点未发生变异,神经氨酸酶(NA)抑制剂耐药位点未发生变异;但发生多个糖基化和磷酸化位点的改变。结论本次学校聚集流感疫情由甲型H1N1流感病毒和季节性H3N2流感病毒共同引起,应加大学校流感防控力度,提升学生流感疫苗接种率。; 丁一王小羽窦慧馨王艳勤董燕岳营贾勇健焦伯延江亚娟; 关键词：甲型 H1N1流感病毒季节性全基因组

一起季节性H3N2流感引起的学校聚集疫情全基因特征分析被引量：1: 2022年; 分析一起学校季节性H3N2流感聚集疫情的流行特点和全基因组特征,为学校流感防控提供研究数据。对一起学校流感聚集疫情进行流行病学调查,采集咽拭子标本17份进行流感病毒核酸检测、病毒培养和全基因组测序,利用生物信息学软件分析基因进化变异特征。4份咽拭子标本季节性H3N2流感病毒核酸检测阳性,培养流感病毒毒株2株。2株毒株序列同源。同疫苗株A/Kansas/14/2017相比,8个基因节段的一致性范围是96.71%~98.88%。在进化树上,2条序列与疫苗株不在同一进化分支,亲缘性较远。HA蛋白信号肽发生2个氨基酸变异,抗原表位和受体结合位点分别发生5处和2处氨基酸变异。2条序列均发生金刚烷胺耐药位点变异,均未发生神经氨酸酶抑制剂耐药位点变异。2条序列的PA均发生K158R变异,PB2均发生K340R变异。该起学校聚集疫情由季节性H3N2流感病毒引起,病毒抗原已经发生漂移,应加强学校流感疫情监测和防控。; 张杨郭培全岳营江亚娟窦慧馨贾勇健王小羽焦伯延

VCP通过促进Huh7肝癌细胞P-IκB的降解激活NF-κB被引量：1: 2015年; 目的研究含缬酪肽蛋白(VCP)对肝癌细胞磷酸化核因子kappa B抑制蛋白(P-IκB)和核因子kappa B(NF-κB)信号的影响。方法聚合酶链式反应(PCR)扩增VCP基因,并克隆于真核表达载体p CDNA3.1/myc-His(-)A,测序正确后将其转染Huh7肝癌细胞,转染30 h后裂解细胞,免疫印迹试验(Western blot)检测核因子kappa B抑制蛋白(IκB)、P-IκB的含量,萤火虫荧光素酶报告基因检测NF-κB的活性;并对VCP RNA干扰,检测对IκB、P-IκB的含量和NF-κB的活性的影响。结果成功构建真核表达载体p CDNA3.1/myc-His(-)A-VCP,转染Huh7肝癌细胞后,IκB含量无明显变化,然而P-IκB含量明显降低,NF-κB信号活性显著增强;而对VCP RNA干扰后,NF-κB信号的活性受到明显抑制。结论 VCP通过促进Huh7肝癌细胞P-IκB的降解进而活化NF-κB,在肝癌的发生过程中发挥重要作用,是用于肝癌治疗的重要潜在靶点。; 刘钧李天虚焦伯延; 关键词：肝癌细胞

应用数字PCR对新型冠状病毒核酸检测结果的分析被引量：2: 2021年; 比较数字PCR(dPCR)和实时荧光定量PCR(qPCR)对新型冠状病毒(SARS-CoV-2)核酸检测的结果,为利用dPCR对SARS-CoV-2含量低的样品进行核酸检测提供数据支持。利用dPCR和qPCR对济宁市17份新型冠状病毒肺炎(COVID-19)核酸样本进行N基因和ORF1ab基因检测。qPCR检测N基因17份阳性,ORF1ab基因15份阳性,N基因和ORF1ab基因Ct值差异无统计学意义,但Ct值大于32的样本,N基因和ORF1ab基因Ct值差异有统计学意义。经dPCR检测获得17份样本的N基因和ORF1ab基因的浓度,Ct值和浓度高度相关。且qPCR检测ORF1ab基因阴性2份样本,dPCR可以检出。dPCR和qPCR检测结果一致性较好,而dPCR检测敏感度和准确性均高于qPCR。对于qPCR检测Ct值较大样本或单基因阳性样本,dPCR可以作为qPCR的有效补充。; 王体辉江亚娟范莹莹孔政焦伯延; 关键词：实时荧光定量PCR 新型冠状病毒核酸检测

乙型肝炎病毒HBx蛋白与醛缩酶B相互作用的验证: 2019年; 目的验证乙型肝炎病毒HBx蛋白与醛缩酶B(ALDOB)存在蛋白相互作用。方法在CytoTrap细胞质酵母双杂交验证HBx蛋白与ALDOB蛋白发生相互作用的前提下,将HBx编码基因和ALDOB编码基因分别克隆入pFLAG-CMV-2载体和pcDNA3.1/myc-His(-)A载体。转染Huh7肝细胞,经蛋白质印迹法检测融合蛋白表达后,利用免疫共沉淀(CO-IP)进一步验证HBx蛋白与ALDOB蛋白在肝细胞内发生相互作用。结果 CytoTrap细胞质酵母双杂交验证HBx蛋白与ALDOB蛋白可以发生相互作用,并成功构建pFLAG-CMV-2-HBx和pcDNA3.1/myc-His(-)A-ALDOB载体,融合蛋白FLAG-HBx和ALDOB-myc可以在Huh7细胞内表达并能相互沉淀。结论 HBx蛋白和ALDOB蛋白存在直接相互作用。; 赵福河焦佰海焦伯延; 关键词：HBX蛋白免疫共沉淀

新冠病毒奥密克戎变异株感染者咽拭子样本全基因组测序分析被引量：2: 2023年; 目的对一起新型冠状病毒(SARS-CoV-2)奥密克戎(Omicron)变异株引起的疫情感染者咽拭子样本进行全基因组测序分析,为新冠病毒感染疫情防控提供参考依据。方法利用高通量测序技术对2022年4月山东省某县级市4例SARS-CoV-2感染者咽拭子样本进行全基因组测序,利用MEGA 7.0.14软件分析病毒同源性并构建进化树、分析变异位点等。结果4条SARS-CoV-2全基因组序列与参考株wuhan-hu-1相比同源性为99.76%~99.77%,在进化树上均位于奥密克戎BA.2进化分支;均发生多个基因位点变异和缺失,其中,A28271T变异致使N翻译起始区的-3位核苷酸由A变异为T;S蛋白LPP24-26缺失致使双色氨酸(WW)结构域的潜在结合基序PPAY25-28丢失。结论Omicron变异株出现大量变异位点,这些变异位点或与Omicron变异株传染性强、隐匿性高、引起临床严重程度低有一定关系。; 刘赞赞解翠华江亚娟王小羽窦慧馨焦伯延; 关键词：全基因组翻译起始区

新型冠状病毒核衣壳蛋白生物信息学分析: 2021年; 目的探讨新型冠状病毒核衣壳蛋白(N蛋白)的生物学特征,为新型冠状病毒肺炎的防控提供依据。方法在NCBI数据库获取N蛋白序列,利用ExPASy分析N蛋白的理化性质和亲疏水性;利用DisPhos分析N蛋白磷酸化位点;利用TMHMM、SignalP和cNLS分析N蛋白的跨膜结构、信号肽和核定位信号;利用SOPMA和Phyre2分别构建N蛋白的二级结构和三级结构;利用NetMHCIIpan、NetCTL和ABCpred分析辅助性T细胞、杀伤性T细胞、B细胞抗原识别位点;利用PredictProtein分析N蛋白的二硫键、亚细胞定位和RNA结合位点。结果N蛋白由419个氨基酸组成。N蛋白分子式为C1971H3137N607O627S7,等电点为10.07,无跨膜结构无信号肽,含有13个磷酸化位点,含2个核定位信号,主要分布于细胞核。二级结构以无规卷曲和α螺旋为主,并获得三级结构模型。N蛋白含有多个辅助性T细胞、细胞毒性T淋巴细胞和B淋巴细胞抗原识别表位,含有多个DNA和RNA结合位点,35-98和255-277位氨基酸区域可能与新型冠状病毒基因组RNA结合。结论利用生物信息学对N蛋白的理化性质、结构、抗原表位、结合位点进行了预测,为更深刻的了解新型冠状病毒的特征提供线索。; 王玉宁解翠华王胜男范莹莹江亚娟尹强焦伯延; 关键词：新型冠状病毒核衣壳蛋白生物信息学基因组

济宁市一起学校聚集感染乙型流感病毒Victoria系全基因组测序分析被引量：2: 2022年; 目的分析2021年5月济宁市一起学校聚集感染乙型流感病毒(Influenza B virus,FluB)Victoria系(BV系)聚集疫情的流行病学特点和全基因组特征,为疫情防控提供参考依据。方法对病例进行现场流行病学调查,采集咽拭子样本进行病毒核酸检测和细胞培养,对培养毒株进行全基因组测序,利用生物信息学软件分析进化变异特征。结果本次学校流感聚集疫情报告病例29例,班级罹患率为69.05%(29/42);核酸检测BV系阳性率为77.78%(14/18),培养毒株9株。同疫苗株B/Washington/02/2019相比,9株毒株8个节段核苷酸相似性为98.33%~99.74%。9株毒株HA基因序列在进化树上属于1A分支。血凝素抗原决定簇3个氨基酸发生置换,神经氨酸酶抑制剂耐药位点和酸性聚合酶抑制剂耐药位点均未发生变异。HA丢失位于抗原决定簇的N197糖基化位点,NS1丢失N107糖基化位点。多个蛋白的磷酸化位点发生改变。结论引起本次学校聚集疫情的病原体是BV系,应加强对学校流感样病例聚集疫情监测。; 刘甜甜吴长静孔政张崇江亚娟窦慧馨焦伯延; 关键词：乙型流感病毒全基因组

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