陈翠霞
- 作品数：6 被引量：10H指数：1
- 供职机构：内蒙古大学物理科学与技术学院物理学系更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金内蒙古自治区自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 用重建进化树方法研究酵母螺旋酶(YRF)基因家族的演化
- 2004年
- 运用重建进化树方法对酵母螺旋酶(Y′-helicaseprotein,YRF)基因以及类YRF基因的ORF(OpenReadingFrame)序列进行了动态聚类,指出了与YRF基因有亲缘关系的ORF,纠正了已公布的酵母基因组中可能存在的错误,给出了新预测的基因位置.并运用基因间关联指数和序列非均匀性指数对所得结论进行了进一步验证.
- 王小龙李宏陈翠霞
- 关键词：动态聚类
- 用离散量预测拟南芥全基因组中内含子、外显子和基因间序列
- 2004年
- 将拟南芥基因组全序列,按内含子、外显子及基因间序列区分为三类.在统计分析的基础上,选取21种三联体的概率,作为信号参数,并以这些参数分别构建内含子、外显子和基因间序列的离散源,计算了离散量.某区间上任意一段序列的类型是由其离散量D(X)与同一区间上的三个标准离散量D(Xe)、D(Xi)和D(Xs)之间的离散增量的最小值决定的.由此实现了用离散量对三种核苷酸序列类型的预测,预测结果表明:标准集准确率达到84.26%,检验集达到84.64%.
- 陈翠霞李前忠王小龙
- 关键词：离散量
- 模式生物的外显子、内含子和基因间序列的识别(英文)
- 2005年
- 基于核酸序列在剪切位点上保守性、组分的不同和编码序列阅读框架的3周期性,模式生物全基因组序列分为外显子、内含子和基因间序列三类.三个标准离散源分别由64个三联体在整条序列上的概率和4个碱基序列首尾(剪切位点附近)共30个位点上的概率共同构成.某条序列的类型就由该序列的离散量同相应区间上三个标准离散量的离散增量确定.结果表明:具有184个信号参数的离散量预测比只有64个三联体参数的结果要高出5%,总体预测成功率:线虫为87.37%,拟南芥为91.08%,果蝇为92.28%,原核生物大肠杆菌的二种序列预测率为92.88%,酵母菌为94.88%.
- 陈翠霞李前忠林昊
- 关键词：外显子内含子基因间序列剪切位点
- 五种模式生物基因序列的识别研究
- 模式生物的全基因组序列可分为三种:外显子,内含子和基因间序列。基于基因组的全序列剪切位点附近序列的保守性,序列的组分特征和编码序列阅读框存在三周期性,在对序列进行长度分布统计之后,通过不同的参数选取方法构建离散源,利用最...
- 陈翠霞
- 关键词：基因序列模式生物基因组
- 文献传递
- 拟南芥和线虫基因序列及剪切位点的理论预测被引量：10
- 2004年
- 将拟南芥(A.thaliana)和线虫(C.elegans)基因组按外显子、内含子及基因间序列区分为3类。分别选取64、40、20 种三联体的概率作为信号参数构建离散源,根据离散增量预测序列所属类型。结果表明:拟南芥各条染色体标准集总预测成功率达到82.19%,检验集为87.95%;线虫各条染色体标准集总预测成功率达到79.67%,检验集达到81.93%。另外,将两种基因序列中的外显子分别划分成3类, 用外显子剪切位点、翻译起始和结束位点附近的三联体的3个位点作为3条子链,以各条子链的12个参数构建离散源,用离散增量对3种序列类型进行预测,预测成功率都达80%以上。
- 陈翠霞李前忠林昊
- 关键词：外显子内含子拟南芥线虫基因序列剪切位点
- 模式生物基因序列的识别
- 2005年
- 真核生物的全基因组序列可分为三种:外显子、内含子和基因间序列.基于剪切位点附近序列的保守性,序列的组分特征和编码序列阅读框存在三周期性,三种序列的标准离散源由序列上64个三联体的概率和5′端与3′尾剪切位点附近(共30位点)上4个碱基的概率,共184个参数构成.某条序列的类型就可以由该序列的离散量与上面三个标准离散源的离散量之间的离散增量最小值决定.当标准离散源具有184个信息参数时预测率比64参数预测的成功率至少提高4.61%,前者的预测成功率依次如下:线虫88.37%,酵母菌90.72%,拟南芥91.08%,果蝇92.28%,大肠杆菌92.88%.对预测成功的和错误的两类序列进行比较,发现这些预测错误序列的184个参数值与其预测结果所属的那类序列本身的参数值十分类似.
- 陈翠霞李前忠
- 关键词：基因序列剪切位点
