黄杰庭
- 作品数：72 被引量：202H指数：8
- 供职机构：广州血液中心更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金广东省医学科学技术研究基金广州市医药卫生科技项目更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学农业科学更多>>
- 高通量测序技术在静脉吸毒人群HCV gt3感染者中的应用和研究被引量：1
- 2020年
- 目的针对广东地区静脉吸毒人群中流行的HCV gt3建立高通量二代测序技术,以期获得HCV gt3全基因组序列用于流行病学研究。方法随机选取10例病毒滴度>10~6 IU/mL以及10例病毒滴度<10~6 IU/mL的标本进行高通量二代测序方法的探讨。通过样品均质化、过滤和核酸酶消化等前处理,对RNA提取方法进行比较,对不同滴度的标本采用不同的建库方法。采用"比对到HCV参考序列"和"宏基因组"2种生物信息学方法进行分析获得全基因组序列,将分型结果与前期NS5B和E1进行比较。结果磁珠法比柱提法获得的HCV RNA产出量高(79.428%vs 38.462%),富集法获得的"HCV reads/reads"的比例远远大于直接建库法(P<0.05),当病毒滴度>10^6 IU/mL时,用富集法和直接建库法获得的基因组覆盖度无差异(P>0.05)。当病毒滴度<10^6 IU/mL时,富集法获得的基因组的覆盖度远远大于直接建库法(P<0.05)。获得的全基因组序列的基因分型与NS5B和E1的基因分型一致。结论对于HCV gt3的NGS测序方法,RNA提取采用磁珠法,对于病毒滴度>10^6 IU/mL的标本,采用直接建库法可以获得全基因组序列,而对于病毒滴度<10^6 IU/mL的标本,只有采用富集法才能获得全基因组序列。
- 许茹黄杰庭杜荣松钟惠珊王敏廖峭单振刚戎霞付涌水
- 关键词：静脉吸毒
- HLA-DRB1^(*)11:01与HCV感染的病毒选择压力及与CD4+T细胞表位的关系探讨
- 2023年
- 目的我们前期研究显示,无论在汉族人群还是黎族人群中,HLA-DRB1^(*)11∶01均是与机体自发清除HCV相关联的HLA-Ⅱ类基因,因此,本研究的目的是探讨HLA-DRB1^(*)11∶01基因与HCV感染的病毒选择压力及与CD4+T细胞表位的关系。方法对广东地区常见的HCV 6a慢性感染者HLA-DRB1^(*)11∶01阳性组和阴性组的E1E2和NS3基因进行病毒选择压力以及病毒群体扩张的分析。采用覆盖我国常见HCV基因型保守区的CD4+T细胞表位的重叠肽段刺激HCV自发清除组和慢性感染组,通过ELISPT实验,根据每孔的斑点形成细胞数以及在不同组出现的频次评估HLA-DRB1^(*)11∶01基因与CD4+T细胞表位的关系。结果广东地区常见的HCV 6a感染者HLA-DRB1^(*)11∶01阴性组E1E2和NS3的阳性选择位点以及位于CD4+T细胞表位的位点数均大于HLA-DRB1^(*)11∶01阳性组;两组HCV 6a感染者在广东地区均具有群体扩张趋势,且HLA-DRB1^(*)11∶01阴性组的扩张趋势明显高于HLA-DRB1^(*)11∶01阳性组。HCV自发清除组对其中5条肽段(C-52 E2691-707、C-119 NS31545-1560、C-134 NS4A1669-1684、C-154 NS4B1912-1927和C-159 NS4B1929-1944)刺激的应答率较高,HCV慢性感染组对其中的2条肽段(C-111 NS31497-1512和C-130 NS31650-1665)刺激的应答率较高。当考虑HLA-DRB1^(*)11∶01分型时,在慢性感染组和自发清除组HLA-DRB1^(*)11∶01阳性和HLA-DRB1^(*)11∶01阴性PBMCs产生的HCV特异性免疫应答均无统计学差异。结论研究揭示了HLA-Ⅱ类基因HLA-DRB1^(*)11∶01与HCV感染的病毒选择压力及与CD4+T细胞表位的关系,同时,获得HCV泛基因型CD4+T细胞抗原候选表位,为研发适合HCV泛基因型的T细胞疫苗提供基础数据。
- 许茹黄杰庭黄杰庭廖峭王敏钟惠珊廖峭付涌水
- 关键词：丙型肝炎病毒自然转归
- 海南黎族人群中抗-HCV ELISA S/CO值与HCV RNA相关性研究被引量：1
- 2016年
- 目的寻找合适的HCV抗体检测S/CO值,预测其与HCV RNA的存在或者滴度高低的相关性。方法采用多阶段随机抽样方法,抽取2014年8-10月1 000名海南省黎族人群作为研究对象。采用珠海丽珠和上海科华抗-HCV ELISA试剂对上述血液标本进行双试剂抗体检测,对HCV ELISA双试剂阳性的标本进行HCV RNA定量检测。利用ROC曲线判断两种ELISA试剂的S/CO值对于HCV RNA阴/阳性的诊断意义。结果 ELISA检测中S/CO的大小在病毒血症与非病毒血症中的差异有统计学意义(珠海丽珠P=7.15E-21;上海科华P=3.00E-21)。根据ROC曲线的分析结果显示珠海丽珠和上海科华的最佳S/CO阈值分别为14.05和8.54。二种试剂的最佳阈值均可达到90%以上的阴性预测率。上述两个试剂在预测HCV病毒血症时要注意男女性别差异可出现灵敏度和特异度的差异。相关性分析发现ELISA检测的S/CO值与HCV病毒滴度高低的关联无统计学意义。结论珠海丽珠和上海科华抗-HCV ELISA试剂均可找到其最佳的S/CO阈值,可以通过S/CO值预测HCV RNA的阳性结果。
- 徐健明余永娟罗彩群王敏滕青黄杰庭黄珂戎霞付涌水许茹
- 关键词：抗-HCVELISA核酸检测
- 广州地区无偿献血者HCV基因分型与病毒滴度的相关性研究被引量：9
- 2012年
- 目的探讨丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)6a亚型与病毒滴度的关系。方法从2009年11月～2011年8月收集广州地区无偿献血人群中抗-HCV阳性标本527份,对其进行HCV核酸检测(nucleic acid test,NAT)。对核酸阳性的标本采用罗氏COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HCV test进行病毒滴度的定量检测,以及采用NS5B基因扩增和直接测序法进行HCV基因分型的鉴定。对于标本的病毒滴度与基因分型采用SPSS16.0软件进行关联性分析。结果 527份抗-HCV阳性标本中,299份标本成功获得病毒滴度和分型结果。HCV 1型(1a+1b)、2型(2a)、3型(3a+3b)和6型(6a)的比例分别为48.8%,8.7%,12.4%和30.1%。统计分析结果表明,不同基因型之间的病毒滴度存在显著差异(F=6.675,P<0.01)。HCV 1型和6型的平均滴度分别为6.04,6.15 log10 IU/ml,均高于2型和3型(平均滴度分别为5.66和5.49 log10 IU/ml)。结论 HCV 1b和6a是广东地区无偿献血者人群中流行的主要亚型。HCV 1型(1a+1b)和6型(6a)的病毒滴度显著高于2型和3型。HCV 6a在广东地区的流行和传播可能其较高病毒滴度有关。研究HCV基因分型与病毒滴度的关系的研究有助于广东地区HCV的防控策略以及各亚型治疗方案的制定。
- 黄杰庭戎霞熊华平许茹黄珂王敏付涌水
- 关键词：丙型肝炎病毒病毒滴度基因分型HCV无偿献血者
- 广东HCV进化与注射吸毒者HCV NS5B区正向选择位点的分析研究
- 2022年
- 目的了解广东HCV进化与注射吸毒者(IDUs)HCV NS5B区正向位点的选择压力情况。方法随机收集广东141(人)份HCV RNA阳性献血者和58(人)份HCV患者标本做HCV NS5B序列扩增,结合前期测序得到的2009年~2011年的献血者和IDUs HCV NS5B序列,用分子进化遗传学分析(MEGA)软件做同源性分析,贝叶斯进化分析抽样树(BEAST)软件包做进化分析,用Datamonkey在线软件包进化的混合效应模型(MEME)方法对IDUs分离的序列做选择压力分析,用进化分析软件Arlequin的Tajima和Fu中性检验分析种群扩张情况。结果本组IDUs不同亚型内部同源性比较结果为:HCV-3b同源性最高(97%),其次为HCV-3a(96%),HCV-6a(95%)和HCV-1b(94%);HCV进化速率分析显示:HCV-1b的进化速率最快[2.17E-03替换数/位点/年(y/y/y)],其次为HCV-3b(2.12E-03 y/y/y),HCV-3a(1.58E-03 y/y/y)和HCV-6a(1.28E-03 y/y/y);HCV理论感染人数分析:1980年~1990年是HCV-6a快速增长期,1990年~1995年是HCV-1b快速增长期,2000年~2007年是HCV-3a快速增长期;HCV群体遗传特征:HCV-1b、3a、3b和6a均经历了种群扩张,其中3a和3b最明显。HCV选择压力分析:IDUs NS5B序列中339个核苷酸有2个正向选择位点(第235和243位点),但此段基因的5个直接抗病毒药物(DAA)位点仅在第316位点发生了突变[突变率1.24%(14/1130)]。结论广东地区HCV 3b进化呈明显的种群扩张趋势,尤其在当地IDUs中的比例、同源性较高,应作为本地区HCV防治的重点。鉴于广东IDUs HCV NS5B基因片段的正向选择位点均非DAA结合位点,因此设想DAA对这些患者有较好的疗效。
- 王敏许茹廖峭钟惠珊黄杰庭杜荣松单振刚戎霞付涌水
- 关键词：丙型肝炎病毒注射吸毒者
- 广州市2009-2011年无偿献血人群丙型肝炎病毒流行情况及分析被引量：1
- 2013年
- 目的研究广州无偿献血人群中丙型肝炎病毒（HCV）流行情况，了解HCV在广州地区流行趋势，为保障血液安全及制定HCV防控政策提供基础资料。方法选取2009-2011年在广州血液中心无偿献血者中抗-HCV检测双试剂呈反应性的献血员1407人；收集性别、年龄、学历等人口学特征数据，随机抽取HCVRNA阳性者765例分析HCV亚型信息，对3年的结果进行比较。结果2009-2011年广州市无偿献血人群的HCV感染率分别为0．17％、0．21％和0．19％。χ2检验显示：2010年的感染率显著高于2009年（χ2=9．774，P=0．008）；〈20岁年龄组中，2011年HCV阳性率高于2009及2010年（χ2=39．041，P=3．33×10^-9）；20～29岁年龄组中，2010年及2011年HCV阳性率高于2009年（χ2=12．678，P=0．002）；男性HCV阳性率2010年及2011年有所上升（χ2=6．770，P=0．034）；2010年及2011年大学/大专学历者中HCV阳性率较2009年有显著提高（χ2=17．736，P=1．408×10^-8）。广州地区流行的HCV亚型主要为HCV1b和HCV6a，3年间的亚型分布无明显变化（P=0．153）。结论广州地区献血人群的HCV阳性率处于较低水平，但30岁以下、男性、大学／大专文化程度的献血者中HCV阳性率有上升的趋势，需加强对HCV的宣教和防控工作。
- 戎霞许茹沈爱文王敏黄珂黄杰庭熊华平张雪梅廖峭林昌周付涌水
- 关键词：无偿献血人群丙型肝炎病毒人口学特征基因型
- IL-28B基因多态性与丙型肝炎自然转归的相关性研究被引量：1
- 2015年
- 目的:探讨IL-28B单核苷酸多态性与丙型肝炎病毒(HCV)感染自然转归的相关性。方法:采用Sanger基因测序法检测广州地区无偿献血人群中266名HCV感染者(107名自发清除者和159名慢性感染者)和97名健康献血者IL-28B rs12979860位点基因型和等位基因,并统计分析其在HCV感染者与健康献血者,HCV慢性感染者与健康献血者,HCV自发清除者与慢性感染者中的分布差异。结果:159名HCV慢性感染者,107名自发清除HCV者和97名健康献血者多表现为CC基因型,分别占83.6%、95.3%和86.6%,CT基因型分别占16.4%、4.7%和13.4%,未发现TT基因型。HCV感染者和健康献血者,HCV慢性感染者和健康献血者CC/CT基因型分布差异均无统计学意义(χ2=0.204,P=0.652;χ2=0.406,P=0.524),但在HCV慢性感染者和自发清除HCV者中CC/CT基因型分布差异有统计学意义(χ2=8.474,P=0.004),自发清除组中CC基因型比率高于慢性感染组,自发清除组C等位基因的频率高于慢性感染组(χ2=7.949,P=0.005)。结论:在广州献血人群中,IL-28B rs12979860基因多态性与HCV的易感性不相关,但与HCV感染的自发清除相关,表现为C等位基因有利于丙型肝炎病毒(HCV)的自发清除。
- 陈秋宇熊华平许茹王敏廖峭黄珂黄杰庭戎霞付涌水
- 关键词：丙型肝炎病毒基因多态性
- 1例HCV不同基因型/亚型混合感染的确认
- 2015年
- 目的：鉴定1例NS5B区和E1区PCR产物测序结果分型不一致的HCV病毒株为基因重组还是混合感染。方法：提取血浆的病毒总RNA,逆转录后进行巢式PCR扩增,以NS5B和E1编码区为目的基因进行PCR扩增并测序,通过构建进化树进行基因分型,发现两个编码区基因分型的结果不同,对NS5B和E1区进行克隆测序,每个编码区分别挑取50个克隆进行测序和基因分型;针对HCV全长序列分别设计7对型特异性引物并进行PCR扩增。结果：NS5B（8256-8641 bp）区PCR产物测序后的分型结果为1b,E1（697-1322 bp）区为2a;NS5B（8266-9274 bp）基因的50个克隆测序结果均为1b,C/E1（849-2152 bp）基因的50个克隆测序结果均为2a;7个片段的PCR型特异性扩增以及进化分析发现,在同一区域既存在1b亚型,也存在2a亚型。结论：该病例为1b和2a的混合感染。
- 许茹王敏廖峭黄珂熊华平黄杰庭陈秋宇戎霞付涌水
- 关键词：丙型肝炎病毒克隆测序
- 2016-2018年广州献血者HTLV流行概况及基因分型
- 目的系统地了解广州地区无偿献血人群中HTLV感染的流行情况。方法采电化学发光法对2016年3月—2018年4月广州血液中心635 456献血者中ELSIA初筛阳性的129例样本进行抗-HTLV筛检,对ELISA及电化学发...
- 廖峭单振刚王敏许茹黄杰庭钟惠珊郑晓晓戎霞付涌水
- 文献传递
- 广州献血人群HLA多态性与慢性HCV感染的关联研究被引量：7
- 2014年
- 目的了解广州人群的HLA基因多态性与慢性HCV感染的相关性,获得中国南方人群遗传背景下HCV感染相关的宿主免疫因素。方法本研究从广州无偿献血人群中随机抽取426例慢性HCV感染者和709名健康对照献血者为研究对象,采用PCR-SBT高分辨分型技术对HLA-Ⅰ类(A和B)和Ⅱ类(DRB1)基因进行分型,分析比较2组研究对象间的HLA等位基因频率分布差异,获得HLA等位基因多态性与慢性HCV感染的关联性。结果 HLA高分辨水平分析和FDR(False Discovery Rate)多重检验校正的结果显示,4条HLA-B等位基因的分布差异具有统计学意义:B*13∶02(P=0.009,OR=1.515)和B*15∶01(P=0.010,OR=1.561)在慢性HCV感染组的频率高于健康对照组,可能与慢性HCV感染相关;而B*07∶05(P=0.001,OR=0.299)和B*15∶02(P=0.016,OR=0.778)则在健康对照组中频率更高,提示对HCV感染具有保护性。结论 4条HLA-B等位基因均是首次发现与HCV慢性感染相关,反映出以中国南方人群为遗传背景的宿主HLA基因在HCV感染中的独特作用。本研究的结果为HCV的防治以及疫苗的研发提供了科学依据。
- 戎霞黄杰庭熊华平付涌水
- 关键词：人类白细胞抗原多态性丙型肝炎病毒
