朱怀球
- 作品数：47 被引量：109H指数：6
- 供职机构：北京大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划国家教育部博士点基金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生理学自动化与计算机技术更多>>
- 一维含瓦斯煤低压卸载引起的破坏和渗流
- 该文在一维煤与瓦斯突出模拟实验所观测到现象的基础上,提出了一个既描述煤的拉裂破坏又描述瓦斯的渗流的简化物理模型.利用该模型和模拟实验所提供的参量,进行了一系列计算.计算结果得到了卸载时破坏波的最大速度、煤段的破裂段长度、...
- 朱怀球
- 关键词：煤与瓦斯突出渗流瓦斯
- 微生物组测序与分析专家共识被引量：4
- 2020年
- 在过去的十几年,微生物组相关研究和应用持续升温。微生物组逐渐成为生命科学、环境科学和医学等领域的研究焦点。与此同时,全球多个国家和组织也都积极发起各自的微生物组计划,进行多方面的布局,力争在这一具有广阔前景的领域获得战略地位。此外,无论是科研还是产业应用已经迎来了研究高潮和投融资热潮,微生物组相关产品和服务也不断出现。然而,行业在快速发展的同时,也存在一些不足。由于微生物组测序和分析相关技术和方法发展迅速,各国研究和应用尚未在技术、方案和数据等标准上达成统一,国内行业参与者对微生物组也存在认识不足,对微生物组相关新方法、新技术、新理论等还未能充分掌握和使用。除此之外,已有的一些标准和指南,内容过于简单,实操性也不足,这不仅给科研数据的整合造成了困难和资源浪费,还给相关企业进行不良竞争、以次充好提供了机会。更重要的是,我国尚缺乏微生物组相关的国家标准,国家微生物组计划仍处于筹备过程。在此背景下,中国生物工程学会、中国科学院微生物研究所于2019年6月至2020年3月,共同设立了“微生物组测序与分析专家共识”专项研究课题。中国生物工程学会组织了微生物组相关领域的27位专家以及来自行业内的30多位专业人员,通过分成4个项目小组、召开4轮研讨会后,最终形成了涵盖从微生物采集与保存、DNA提取与建库、高通量基因测序和数据分析以及质控标准品等全流程的“微生物组测序与分析专家共识”。本专家共识具有较强可参考性和可操作性,不仅能指导国内科研和产业机构规范进行微生物组相关产、学、研,还能为国家相关职能部门提供可参考的技术依据,保障规模型和规范化的企业利益,加强行业自律,避免不规范的企业扰乱市场,最终促进微生物组相关产业的良
- 段云峰王升跃陈禹保杨瑞馥李后开朱怀球童贻刚杜文斌付钰胡松年王军辛玉华赵方庆鲍一明张雯李娟曾明牛海涛周欣李岩崔生辉袁静李俊桦王加义刘东来倪铭孙青邓晔朱宝利
- 肠道病毒组学数据挖掘与分析方法的进展及挑战
- 2023年
- 肠道病毒对肠道微生物群系的种群结构、细菌性状乃至人体健康都有十分重要的影响,但相比肠道细菌,人们对其的研究和了解仍然很缺乏.高通量测序技术以及机器学习、深度学习等方法的快速发展,为从组学途径深入研究肠道病毒提供了契机.本文针对当前肠道病毒组学领域以噬菌体、真核病毒等为对象的高通量数据,总结并分析了近年来数据挖掘和分析的共性方法和技术的发展,梳理了一系列相关的生物信息学方法和技术,其中大多适用于基于宏基因组或宏病毒组两种策略的病毒组学分析.同时,针对目前实际生物学问题和临床问题的复杂性,人工智能方法在生物信息学领域的广泛运用,以及未来三代测序技术可能的广泛使用,讨论了病毒组学数据挖掘与数据分析方法面临的问题和挑战.
- 江小青李墨尹衡闯郭倩谭洁吴姝芳王春晖朱怀球
- 关键词：宏基因组数据挖掘
- 转录组序列分类方法、装置、电子设备及可读存储介质
- 本发明实施例提供了一种转录组序列分类方法、装置、电子设备及计算机可读存储介质，本发明实施例中，转录组序列分类预测模型预先学习了多个已知类别的微生物的转录组序列的碱基序列、密码子序列和氨基酸序列，从而，本发明实施例采用的转...
- 朱怀球李墨尹衡闯
- 文献传递
- 高通量DNA测序数据的生物信息学方法被引量：3
- 2016年
- 高通量测序技术产生的DNA序列数据长度较短,而且数据量非常巨大。分析了高通量测序环境下大数据的挑战和机遇,总结并讨论了数据压缩、宏基因组数据序列拼接、宏基因组数据序列分析方面的算法和工具等研究成果。最后,展望了高通量测序下DNA短读序列数据研究的发展趋势。
- 詹晓娟姚登举朱怀球
- 关键词：生物信息学
- 原核基因翻译起始位点预测的新方法(英文)被引量：2
- 2008年
- 翻译起始位点(TIS,即基因5′端)的精确定位是原核生物基因预测的一个关键问题,而基因组GC含量和翻译起始机制的多样性是影响当前TIS预测水平的重要因素.结合基因组结构的复杂信息(包括GC含量、TIS邻近序列及上游调控信号、序列编码潜能、操纵子结构等),发展刻画翻译起始机制的数学统计模型,据此设计TIS预测的新算法MED-StartPlus.并将MED-StartPlus 与同类方法 RBSfinder、GS-Finder、MED-Start、TiCo 和Hon-yaku等进行系统地比较和评价.测试针对两种数据集进行:当前14个已知的TIS被确认的基因数据集,以及300个物种中功能已知的基因数据集.测试结果表明,MED-StartPlus的预测精度在总体上超过同类方法.尤其是对高GC含量基因组以及具有复杂翻译起始机制的基因组,MED-StartPlus具有明显的优势.
- 胡钢清刘永初郑晓斌杨一帆余振苏朱怀球
- 关键词：原核生物基因预测
- 基于多元熵距离法的微生物基因预测方法
- 本发明涉及微生物基因组序列分析、微生物基因识别、微生物物种识别等生物信息技术，包括以下步骤：a.设置部分已知编码的ORF和非编码的ORF，作为初始状态的聚类中心点；b.读取微生物DNA序列；c.从上述序列中找出所有最长的...
- 佘振苏朱怀球欧阳正清姚新秋
- 文献传递
- 原核生物基因系统的统计模型及其应用
- <正> 一、前言原核生物是由原核细胞组成的微生物,包括蓝细菌、细菌、古细菌、放线菌、立克次氏体、螺旋体、枝原体和衣原体等。尽管原核生物的生命形态要比真核生物(如动物、植物、真菌等)的简单,但它们同样表现出生命复杂系统的所...
- 余振苏朱怀球
- 文献传递
- Modeling population dynamics of microbial community based on metagenomic information
- Background:Recently,microbial ecology is becomingan increasingly exciting issue,and a growing number of resear...
- 江小青刘春宏王琦朱怀球
- 抑郁症、肠易激综合征相关肠道菌群的基因组学方法及若干研究进展
- 我们近年来致力于抑郁症、肠易激综合征等人体肠道菌群的基因组学研究，通过与临床领域的密切合作，完成了抑郁症、肠易激综合征等病人肠道菌群的采样，并通过高通量测序获得肠道菌群的微生物组数据。我们基于自主发展的一系列生物信息学方...
- 朱怀球
