张研
- 作品数：61 被引量：361H指数：12
- 供职机构：中国水产科学研究院更多>>
- 发文基金：国家重点基础研究发展计划中央级公益性科研院所基本科研业务费专项公益性行业(农业)科研专项更多>>
- 相关领域：农业科学生物学医药卫生理学更多>>
- 利用长测序读段进行全基因组序列补洞的方法
- 本发明公开了利用长测序读段进行全基因组序列补洞的方法，包括如下步骤：步骤一、首先将长测序读段分割为彼此顺次连接的若干个标签片段，然后将若干个标签片段比对到待补洞的全基因组序列上；步骤二、确定出与全基因组序列匹配的标签片段...
- 李炯棠徐桂彩朱锐张研李尚琪孙晓晴
- 鲤与生长性状相关的EST-SSRs标记筛选被引量：23
- 2009年
- 以大头鲤(Cyprinus pellegrini Tchang)(母本)与荷包红鲤(Cyprinus carpio wuyuanensis)抗寒品系(父本)杂交产生的F1作为亲本,以其自交F2作为分离群体,结合"拟测交"策略,用EST-SSRs标记对其中92个个体进行基因型检测。利用Windows Map Manager2.0的标记回归法对符合拟测交分离的70个EST-SSRs标记进行单标记回归分析,检测出8个与鲤体长、体高、体厚性状相关的标记。对同一标记不同基因型个体间生长性状进行显著性比较,通过t检验,找到与生长性状相关的基因型。将上述8个EST序列与GenBank数据库进行BLAST比对,有3条EST序列与蛋白库中已知功能的序列高度同源。其中HLJE225与编码斑马鱼(Denio rerio)冷诱导基因RNA结合蛋白的基因同源性水平高达97%,HLJE222与编码斑马鱼DAZ相关蛋白1基因同源性水平也高达97%,HLJE599与编码斑点叉尾(Ictalurus punctatus)核糖体蛋白L6基因的同源水平为87%。本研究鉴定的与鲤生长性状相关的功能基因及有利用价值的基因型,为鲤重要生长性状的QTL(数量性状基因座)定位和分子标记辅助育种提供了一定的依据。
- 顾颖曹顶臣张研常玉梅李鸥张晓峰鲁翠云孙效文
- 关键词：EST-SSRS生长性状BLAST
- 鲤鱼高密度遗传图谱的构建、整合及比较基因组学分析
- 遗传连锁图谱的构建对于生物的遗传和基因组学研究都至关重要。随着测序分型技术的发展,越来越多的基因组学数据被开发,使得物种高密度图谱的构建成为可能。本研究基于鲤鱼250K单核苷酸多态性(SNP)位点分型芯片及所测得的黄河鲤...
- 彭文竹张研许建徐鹏
- 关键词：鲤鱼SNP物理图谱
- 文献传递
- 用于欧鳇苗种鉴定的生物传感检测方法
- 本发明公开了一种用于欧鳇苗种鉴定的生物传感检测方法，以待测苗种的DNA为模板进行探针延伸获得探针延伸产物，应用生物传感检测方法检测所述探针延伸产物是否能够通过锚定标记分子锚定至修饰有锚定受体的电极表面并产生电化学信号，若...
- 赵紫霞江炎亮许建张研
- 文献传递
- 镜鲤骨骼肌酵母双杂交cDNA文库的构建及鉴定
- 2012年
- 为了研究蛋白质之间的相互作用,利用Gateway技术构建了镜鲤(Cyprinus carpio Linnaeus)骨骼肌酵母双杂交cDNA文库。经检测表明,构建的初级cDNA文库的库容量为8×106CFU;酵母双杂交cDNA文库的库容量为6.64×106CFU,插入片段集中在1-2 kb之间,具有较好的多态性。随机挑取的24个克隆没有空载体,全部发生了重组。较高的库容量、较长的插入片段以及较高的重组率保证了文库的完整性和覆盖度。镜鲤骨骼肌酵母双杂交cDNA文库的构建为克隆全长目的基因及研究影响骨骼肌发育的信号传导通路奠定了基础。
- 王书张研蒋丽赵紫霞孙效文
- 关键词：镜鲤酵母双杂交GATEWAY技术CDNA文库
- 用于水产物种DNA鉴定的生物传感检测方法
- 高端水产品市场对食材的种质来源有明显偏好,例如在鱼子酱文化中,欧鳇（Huso huso）鱼卵加工而成的鱼子酱价格远高于其它鱼卵,而目前人工养殖的鲟鱼品类繁多,外形相似度高不易区分,因而DNA水平的分析技术具有较好应用前景...
- 赵紫霞许建张研
- 关键词：DNA生物传感差分脉冲伏安法
- 文献传递
- 一种评估鲤鱼种群遗传多样性的REMAP标记
- 本发明公开了鲤鱼反转录转座子标记，包括鲤鱼反转录转座子序列的预测，鉴定；筛选鲤鱼多态性REMAP标记，以及对鲤鱼反转录转座子位点进行遗传多态性检测，开发了鲤鱼一个多态性丰富的反转录转座子REMAP标记。本发明可应用于鲤鱼...
- 张研徐鹏李晓敏孙效文
- 文献传递
- 应用微卫星多态分析青海湖裸鲤(Gymnocypris przewalski(Kessler))六个野生群体的遗传多样性被引量：16
- 2009年
- 青海湖裸鲤是青海湖唯一的经济鱼类,由于湖区生态环境的恶化,使得该鱼种群数量越来越稀少。2004年中国环境发展国际合作委员会在《中国物种红色名录》中,将其列为濒危物种。研究利用生物素-磁珠富集法获得10个具有多态的微卫星分子标记,检测6个野生裸鲤群体:布哈河群体、沙柳河群体、哈尔盖河群体、泉吉河群体、黑马河群体、淡水系群体的遗传多样性。结果表明:每个座位上的等位基因数为2～8个,大小在161～486bp之间。有效等位基因数在1.00～5.45个,平均多态信息含量分别为0.3642、0.4044、0.3830、0.4047、0.3869和0.3940,无偏观测杂合度的平均值在0.4145～0.5105之间,说明这几个群体属于中度多态,遗传多样性水平较高。根据群体间的遗传距离和遗传相似系数发现,布哈河群体与淡水系群体之间的遗传距离最大(DA=0.1607),哈尔盖河群体与泉吉河群体之间的遗传距离最小(DA=0.0125)。由UPGMA聚类图可知:哈尔盖河和泉吉河两个群体聚为一个分支,布哈河、沙流河、黑马河和淡水系4个群体聚为另一个分支。
- 蒋鹏史建全张研祁洪芳孙效文
- 关键词：青海湖裸鲤微卫星
- 鲤两种孕激素受体基因克隆、表达及比较分析被引量：2
- 2019年
- 孕激素受体(Progesterone receptor,Pgr)是介导孕激素调控鱼类性腺发育和生殖细胞成熟的受体。为研究鲤(Cyprinus carpio)2种Pgr时空表达模式和表达分化趋势,采用cDNA末端快速扩增方法克隆两种Pgr基因(Pgr1和Pgr2)。Pgr1和Pgr2的全长cDNA序列分别为2 713 bp和2 730 bp,均编码628个氨基酸。二者核酸和蛋白质一致性分别为91%和90%。这两个基因都含有锌指结构域和核激素受体域同源超家族两个功能域。进化分析将鲤Pgr1和鲫Pgr1聚在一起,鲤Pgr2和鲫Pgr2聚为一支;这两支再与斑马鱼Pgr汇成一支。鲤Pgr1和Pgr2的非同义替换率与同义替换率比值为0.360,表明Pgr1和Pgr2受负选择压力。实时荧光qPCR分析表明,Pgr1和Pgr2在性腺的表达显著高于其他组织,说明二者可能参与性腺发育过程。催产素诱导后,Pgr1和Pgr2在精液和卵细胞的表达量高于受精卵,表明这两种基因与鲤生殖细胞成熟相关。大多数状态下Pgr1表达量显著高于Pgr2,表明Pgr1是介导鲤性腺发育和生殖细胞成熟的主表达基因。
- 朱锐叶雨情王雅欣杨晨茹王红伟孙晓晴张研李尚琪李炯棠
- 关键词：孕激素受体实时荧光定量PCR性腺生殖细胞
- 基于COI和16S rRNA的库页岛马珂蛤遗传多样性和分子系统进化研究被引量：7
- 2018年
- 本研究以库页岛马珂蛤(Pseudocardium sachalinense)为研究对象,讨论COI和16S rRNA两种DNA条形码在贝类的遗传多样性、分子进化和种类鉴定的适用性,并利用两种条形码评估库页岛马珂蛤的遗传多样性。本文在获得库页岛马珂蛤线粒体全基因组的基础上,测序获得库页岛马珂蛤群体的COI和16S rRNA序列,发现COI基因核苷酸多样性为0.00195,高于16S rRNA核苷酸多样性(0.00073)。基于COI基因的单倍型多样性为0.76,大于16S rRNA的单倍型多样性(0.318)。其次,用全线粒体基因组构建8种贝类的系统进化树为参考,发现基于COI和16S rRNA的系统进化树与参考一致,提示这两种条形码片段可用于推断贝类的分子进化关系。最后,分别对马珂蛤科和帘蛤科15属17种贝类的COI基因和16Sr DNA进行序列比较,发现COI基因和16S rRNA的种间遗传距离均是种内距离的62倍。以上结果说明,16S rRNA与COI基因一样,能有效地构建马珂蛤科和帘蛤科的系统发育关系和物种鉴定,但在分析库页岛马珂蛤的遗传多样性时利用COI基因比16S rRNA能发现更多的遗传变异。
- 孙明媛朱锐孙晓晴孙晓晴张研王红伟李炯棠
- 关键词：COIRRNA帘蛤科
