李益洲
- 作品数：27 被引量：29H指数：4
- 供职机构：四川大学化学工程学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金贵州省科学技术基金国家教育部博士点基金更多>>
- 相关领域：生物学理学医药卫生自动化与计算机技术更多>>
- 抗生素类药物残留预测模型的构建
- ＜正＞食品安全近年来成为人们关注的焦点,快速有效的抗生素类药物残留预测模型对食品安全的监控具有重要意义。现代分子生物学与计算方法相结合为该类模型的构建开辟了新的路径。本文收集抗生素类药物相关基因表达谱数据,利用生物统计及...
- 李益洲杨丽君伍一鸣林娇匡启帆李梦龙
- 关键词：抗生素定量构效关系特征基因
- 文献传递
- 支持向量回归预测蛋白质残基的B因子被引量：2
- 2011年
- 蛋白质分子的柔性在各种生物进程中如酶催化、蛋白质分子绑定和识别等发挥着重要的作用。研究蛋白质分子柔性有助于更好地理解蛋白质的功能,研究证明从X射线晶体衍射结构而来的B因子能够较好的衡量蛋白质分子的柔性。从蛋白质序列出发,以保守信息、预测的二级结构、预测的相对溶剂可及性和氨基酸4种物理化学性质作为特征向量,利用支持向量回归方法对蛋白质的B因子进行预测。考察了邻近残基的影响,采用滑动窗口方法对所有特征变量进行了处理。通过对位置特异得分矩阵的平滑窗口处理,提高了预测精度。以皮尔逊相关系数为算法评价指标,最终得到独立测试集的皮尔逊相关系数为0.56,表明该方法有效提高预测精度。
- 尹辉敬闰宇李益洲文志宁李梦龙
- 关键词：B因子支持向量回归
- 蛋白质水平以及多层次信息预测致病单氨基酸替换
- 单氨基酸替换的预测工作发展多年来,特征的选取一直试图于精确地描述氨基酸残基的各种理化性质以及进化信息,不管是序列信息还是结构信息,都着力与对单个氨基酸的精确描述。近年来,有工作加入了突变残基对应蛋白的信息以及引起残基突变...
- 伍一鸣李益洲李梦龙
- 关键词：GO
- 文献传递
- 比较和分析不同计算模型在预测药物不良反应上的应用
- 动机：在早期能够准确识别出药物的不良反应，对于药物的研发，减少病人用药的风险具有非常重要的意义。采用传统的临床试验来发现药物的不良反应需要花费不菲的入力和物力[1]；另一方面，采用计算机辅助预测药物的不良反应，在近年来得...
- 匡启帆李益洲李梦龙
- 关键词：药物不良反应
- 基于机器学习方法的结构域预测
- 随着研究技术的不断发展,蛋白质结构数据迅速增长,为研究蛋白质的结构和功能带来了巨大的机遇和挑战。蛋白质结构域是蛋白质结构功能的基本单位,在蛋白质结构中具有独立性,因而对结构域的确定具有很重要的生物学意义。复杂网络的概念为...
- 孙婧敬闰宇吴镝李梦龙李益洲
- 关键词：结构域
- 一种基于网络和微环境的热点残基预测模型
- Predicting hot spots in protein-protein interface by using computational methods is of vital significance as i...
- 叶铃匡启帆姜林罗杰斯蒋艳萍丁占岭李益洲李梦龙
- 关键词：蛋白质网络微环境
- 革兰阴性菌分泌系统及其分泌产物研究进展被引量：9
- 2017年
- 蛋白质分泌在细菌生命活动中发挥着重要作用。通过各种各样的分泌系统,革兰阴性菌可分泌出大量蛋白质,以协调细菌与周围环境及其他细菌间的相互作用。由于细菌毒力的发挥离不开这些蛋白质,故它们在疾病发病机理及抗菌药物开发等研究中扮演着重要角色。论文围绕不同类型的革兰阴性菌分泌系统及其分泌产物的结构、功能等进行综述,旨在为革兰阴性菌致病机理研究和相关病害防控提供参考。
- 余乐正柳凤娟鄢南南程旭李益洲郭延芝
- 关键词：革兰阴性菌分泌系统分泌蛋白
- 基于网络拓扑特征来预测药物不良反应相关蛋白
- 药物不良反应(Adverse drug reaction)是阻碍新药研发和临床试验的重大问题之一.由于药物不良反应复杂的分子机制,研究者们开发了大量的实验和计算的方法来挖掘它们.研究表明,大部分的药物不良反应是由药物或药...
- 蒋艳萍李益洲李梦龙
- 关键词：药物不良反应蛋白质相互作用拓扑特征
- 癌症样本基因表达谱数据的解析与建模
- DNA微阵列芯片(DNA microarray),又称为基因芯片,是一个集成了数千或数万个核酸探针的玻璃芯片或硅芯片,可同时测定基因组中成千上万的基因表达水平。自1995年始,由Brown领导的研究小组首次报道了使用微阵...
- 文志宁张娟张丽芳蒋丽娜李益洲李梦龙
- 基于支持向量机的癌细胞经典分泌蛋白与非经典分泌蛋白识别研究被引量：4
- 2020年
- 基于支持向量机算法,本文提出了一种能快速准确区分癌细胞经典分泌蛋白与非经典分泌蛋白的方法.通过严格的特征筛选,氨基酸组成、位置特异性得分矩阵和信号肽组成了最优特征集.测试集检测结果表明,本方法对癌细胞经典分泌蛋白与非经典分泌蛋白具有较强的区分能力,可为寻找到不同种类癌症间通用的生物标志物提供理论参考.
- 余乐正余乐正李东海郭延芝郭延芝
- 关键词：支持向量机癌症信号肽
