丁莉萍
- 作品数：7 被引量：23H指数：3
- 供职机构：北京市农林科学院更多>>
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- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 毛白杨翻译起始因子基因PtoeIF5A2的克隆及其表达特性分析被引量：2
- 2014年
- 真核翻译起始因子5A(eIF5A)在植物生长发育和抗逆过程中发挥着重要作用。以2个月的毛白杨‘BJHR01’幼苗总RNA反转录的cDNA为模板,克隆得到PtoeIF5A2(GenBank登录号:HQ529480)基因全长cDNA序列。该基因包含483 bp开放读码框,编码160个氨基酸,预测蛋白分子质量为18 kDa,等电点为5.76。Real-Time qRT-PCR分析表明:PtoeIF5A2在6个月毛白杨幼苗叶片中的表达量最高,约为其在幼根中表达量的5倍。PtoeIF5A2响应了干旱、ABA(200μmol·L-1)、低温(4℃),尤其是NaCl(300 mmol·L-1)胁迫。在NaCl胁迫24 h后,PtoeIF5A2的表达量上调25倍,结合其启动子中含有6个病原体与高盐响应(GT-1 box)元件,推测该基因在响应高盐胁迫时起着重要作用。
- 管阳王宏芝张杰伟陈亚娟朱丹丁莉萍魏建华
- 关键词：毛白杨盐胁迫
- 毛白杨不同组织器官稳定表达看家基因的筛选被引量：4
- 2016年
- 以毛白杨(Populus tomentosa)‘BJHR01’的不同组织器官为材料,运用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术及内参基因表达稳定性分析软件Best Keeper、Norm Finder和geNorm分析了8个看家基因在毛白杨不同组织器官中的表达稳定性。所选看家基因包括细胞骨架蛋白肌动蛋白基因(actin)、微管蛋白基因(TUB)、18S核糖体RNA基因(18S rRNA)、翻译延伸因子(EF-1 beta)、翻译起始因子(eIF 5AV)、组蛋白编码基因(H3)、核糖体蛋白基因(RP)和泛素蛋白基因(UBQ),结果发现eIF 5AV、actin和UBQ三个内参基因在毛白杨不同组织器官中表达水平稳定,适合在定量PCR分析中作为内参基因;TUB的表达稳定性最差,不适宜作为毛白杨不同组织器官基因表达研究的内参基因。在毛白杨不同组织器官基因表达水平研究中,可选用eIF 5AV、actin和UBQ三个内参基因的几何平均数作为参照标准,实验数据的分析将更为准确。
- 王瑛陈亚娟丁莉萍魏建华王宏芝
- 关键词：实时荧光定量PCR内参基因基因表达水平毛白杨
- 毛白杨PtoNAC157基因的克隆与表达分析被引量：2
- 2014年
- NAC是植物特有的一类转录因子,在植物生长发育和抗逆过程中有重要作用。本研究从毛白杨中克隆出一个NAC转录因子基因,并根据同源性分析将其命名为Pto NAC157,开放阅读框为942 bp,能编码一个由313个氨基酸残基组成的蛋白质,预测蛋白分子量为35.5 kDa,等电点为7.22。氨基酸同源性分析显示,该蛋白N-端具有保守的NAC结构域。实时荧光定量PCR结果表明:PtoNAC157在毛白杨幼根、茎和叶中均有表达,在茎中的表达量最高。PtoNAC157响应低温、NaCl(300mmol·L-1)、干旱和ABA(200μmol·L-1)胁迫。由此推测该基因在林木次生生长及响应胁迫信号转导过程中发挥作用。
- 张杰伟陈亚娟丁莉萍朱丹苗傲雪魏建华王宏芝
- 关键词：毛白杨胁迫
- 毛白杨BABY BOOM基因的克隆及生物信息学分析
- 2021年
- BBM(BABY BOOM)转录因子是植物细胞全能性和胚胎发生的关键调控因子。利用PCR技术从毛白杨‘BJHR01’幼叶cDNA中克隆得到PtoBBM1和PtoBBM2基因,利用生物信息学软件,对这两个基因的序列和功能进行分析。结果表明:毛白杨中PtoBBM1蛋白与毛果杨中PtrBBM1(B9HHX9)蛋白相似性高达96%;PtoBBM2与PtrBBM2(B9HYI0)蛋白相似性达到98%。此外,PtoBBM1和PtoBBM2蛋白均含有2个AP2保守结构域,三级结构预测它们均和乙烯反应性转录因子ERF096模型高度相似。理化性质分析推测PtoBBM1和PtoBBM2均是不稳定的亲水蛋白,不具有信号肽,亚细胞定位预测PtoBBM1和PtoBBM2蛋白均定位于细胞核,都具有跨膜结构。进化树分析显示,杨树BBM与蓖麻、棉花BBM归为一个分支,亲缘关系较近。组织表达分析表明,PtoBBM1主要在根中表达,叶和茎中表达量较低;PtoBBM2主要在叶和根中表达,茎中表达量较低,2个同源基因表达具有组织部位的差异性。在胚性愈伤组织形成过程中,PtoBBM1和PtoBBM2基因均在胚性愈伤组织形成期表达量最高,说明PtoBBM1和PtoBBM2基因可能在杨树胚性愈伤组织形成中发挥作用。
- 杨紫彤姜廷波魏建华丁莉萍
- 关键词：毛白杨克隆生物信息学
- 毛白杨PtoeIF5A4的原核表达、纯化及鉴定
- 2014年
- 为获取大量高纯度的毛白杨PtoeIF5A4蛋白以便研究其特性和生物学功能,以pGEM-T Easy-PtoeIF5A4质粒为模板,PCR扩增毛白杨PtoeIF5A4基因的cDNA编码区,测序正确后,经酶切将其插入到原核表达载体pET28a上,然后将表达载体转入大肠杆菌表达菌株BL21(DE3),经不同浓度IPTG诱导培养后发现,0.1 mmol/L IPTG,28℃诱导4 h时目的蛋白最多,且该重组蛋白主要以可溶性的形式存在。采用亲和纯化从可溶性蛋白中纯化到大小为18 kD的蛋白条带。Western blotting分析发现亲和纯化所得蛋白可以与His单克隆抗体发生免疫交叉反应,表明纯化所得蛋白是PtoeIF5A4重组蛋白。
- 张杰伟管阳朱丹陈亚娟丁莉萍王宏芝魏建华
- 关键词：毛白杨原核表达蛋白纯化
- 杨树磷酸肌醇特异性磷脂酶C基因家族鉴定与分析被引量：5
- 2016年
- 为了对已测序杨树Populus trichocarpa Torr.＆Gray中磷酸肌醇特异性磷脂酶C（phosphoinositidespecific phospholipase C,PI-PLC）家族基因进行系统分析,利用杨树基因组数据库,通过生物信息学手段,鉴定杨树PI-PLC家族基因的基因结构、染色体定位和编码蛋白,通过蛋白序列比对进行进化和分类分析。结果表明,杨树中含有7个PI-PLC家族基因,含有8-10个外显子,分布于杨树的4条染色体上。MEME和Pfam保守结构域分析显示,杨树PI-PLC蛋白均含有4个保守的EF、X、Y和C2结构域。蛋白质进化树分析结果表明PI-PLC可分为2个亚家族。
- 张杰伟丁莉萍陈亚娟王宏芝魏建华
- 关键词：杨树进化分析基因家族
- CRISPR/Cas基因组编辑技术研究进展及其在植物中的应用被引量：11
- 2019年
- 基因组编辑技术利用人工核酸酶以精准和可预测的方式来快速改造和修饰基因组,加速了基础研究和植物育种的进程。近年来兴起的II型CRISPR/Cas9基因组编辑技术成功应用于多种动植物中。CRISPR/Cas9系统在可定制的小型非编码RNA的指导下定向切割基因组DNA双链,并通过非同源末端连接(NHEJ)和同源重组(HDR)机制进行基因修饰,从而实现基因组靶标基因的定点改造。本综述介绍了CRISPR/Cas系统的结构及作用原理,讨论了CRISPR/Cas9系统的靶点效率、脱靶效应以及Cas9突变体的筛选,并对CRISPR/Cas9系统的表观遗传调控进行了分析。最后我们详细阐述了CRISPR/Cas9技术在植物中的最新应用进展,并对CRISPR/Cas9系统的发展和应用前景进行了展望,希望为开展植物基因组编辑方面的研究工作提供参考。
- 丁莉萍张杰伟马艳陈亚娟王宏芝魏建华
- 关键词：植物
