徐刚
- 作品数：23 被引量：167H指数：6
- 供职机构：西南科技大学生命科学与工程学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金四川省应用基础研究计划项目四川省教育厅科学研究项目更多>>
- 相关领域：农业科学生物学动力工程及工程热物理环境科学与工程更多>>
- 基于慈竹转录组MYB基因的克隆及胁迫诱导表达被引量：4
- 2015年
- 从慈竹笋转录组数据库中克隆出2个MYB基因(Be MYB1、Be MYB2)进行生物信息学分析,探讨其响应脱落酸(ABA)、Na Cl、聚乙二醇6000(PEG 6000)胁迫的机制。结果表明,Be MYB1与Be MYB2基因分别编码632个和338个氨基酸;Be MYB1蛋白属于MYB相关蛋白,与小麦Ta MYB48蛋白聚为一枝,具有2个序列模体(motif);Be MYB2蛋白属于R2R3-MYB蛋白,与毛竹Pe MYB2蛋白、水稻Os MYB18蛋白聚为一枝,具有3个motif。Be MYB1和Be MYB2基因均响应了ABA、Na Cl和PEG 6000,但Be MYB2基因对胁迫的响应能力更强,Be MYB1和Be MYB2基因在响应非生物胁迫时发挥重要作用。
- 杨传凤曹颖胡尚连徐刚黄艳龙治坚
- 关键词：慈竹MYB基因生物信息学分析
- 梁山慈竹体细胞突变体特性及分子水平变化被引量：4
- 2015年
- 以同期生长的梁山慈竹体细胞突变体No.29植株和实生植株(对照)为材料,对其茎秆化学成分和光合生理相关指标进行测定,并基于RNA高通量转录组测序结果,对No.29植株的纤维素、木质素等合成有关的基因差异表达进行分析。结果表明,与实生植株相比,No.29植株具有较高的株高、胸径、茎秆的鲜重和干重以及纤维素含量、纤维长度和宽度;纤维素含量比实生植株高12.89%;外方和内方纤维股明显增大;灰分含量、卷曲指数和扭结指数明显降低;但发笋量、木质素含量和细小纤维含量没有明显差异。No.29植株中的Ces A、Su Sy、UDPase基因分别比实生植株上调了117%、205%、115%,转录因子MYB基因表达上调了214%,驱动蛋白基因表达上调了10倍,动力蛋白基因表达上调了760%。No.29植株纤维素含量与纤维形态上明显的改变有其遗传基础,为No.29的进一步研究与利用奠定了基础。
- 周振华胡尚连徐刚曹颖卢学琴龙治坚
- 关键词：梁山慈竹体细胞突变体木质素纤维素基因表达分析
- 毛竹NAC转录因子家族生物信息学分析被引量：44
- 2015年
- NAC转录因子是植物特有的一类转录因子,在植物对非生物胁迫、激素信号应答以及器官形成中发挥重要作用。到目前为止,毛竹NAC转录因子很少被研究,为进一步研究毛竹NAC转录因子家族,本研究利用生物信息学方法,对125条毛竹NAC蛋白序列的系统发生、氨基酸组成、理化性质以及二级和三级结构进行预测和分析。系统进化树分析结果表明,125条毛竹NAC蛋白被划分为17个亚族,毛竹NAC结构域中包含8个保守的NAM基序,主要分布在N端的。不同亚族的毛竹NAC蛋白在氨基酸数目以及氨基酸序列间的疏水性存在一定的差异,二级结构主要由随机卷曲构成,α-螺旋和β-转角在所有毛竹NAC蛋白中均有分布,且在各亚族中没有明显的差异。125条毛竹NAC蛋白的三级结构绝大部分相似。本研究结果为毛竹NAC基因家族功能的进一步研究提供了理论依据。
- 黎帮勇胡尚连曹颖徐刚
- 关键词：毛竹生物信息学
- SCoT分子标记在植物研究中的应用进展被引量：57
- 2015年
- SCo T是一种新型的目的基因分子标记,该标记不仅能获得与性状联系紧密的目的基因,而且能对性状进行跟踪,已被广泛应用于多种植物的研究。本文概述了SCo T标记的原理、引物设计方法及特点,并从PCR反应体系建立与优化、种质资源遗传多样性与亲缘关系分析、种质鉴定与指纹图谱构建、基因差异表达与分子遗传连锁图谱构建等方面总结了SCo T标记的应用进展。同时,对其存在的问题进行了讨论,并展望了该标记的发展应用前景。
- 龙治坚范理璋徐刚胡尚连韩国辉
- 关键词：种质鉴定基因差异表达
- 1株水稻秸秆降解菌的筛选及其降解效果研究
- 2025年
- 【目的】筛选能高效降解水稻秸秆的细菌,为水稻秸秆降解提供菌种资源,进而为改善生态环境、加快农业绿色低碳发展提供参考。【方法】以采自四川绵阳水稻田中的腐烂秸秆与土壤混合物以及羌王竹海中的腐烂竹节与土壤混合物为研究对象,以羧甲基纤维素钠为唯一碳源,采用稀释涂布平板法分离纯化细菌,经刚果红和苯胺蓝染色法以及滤纸条崩解试验筛选水稻秸秆降解菌,并检测其酶活性,综合水稻秸秆降解率和降解产物表征分析对其降解能力进行评估。【结果】以羧甲基纤维素钠为唯一碳源,采用稀释涂布平板法从腐烂水稻秸秆与土壤混合物及腐烂竹节与土壤混合物中分离得到63株细菌,且有4株细菌出现刚果红和苯胺蓝脱色圈,其中菌株QZ67脱色圈直径与菌落直径的比值最大,且滤纸崩解最彻底。生物学鉴定结果表明,菌株QZ67为台中类芽孢杆菌(Paenibacillus taichungensis)。在30℃、pH 8条件下发酵8 d,菌株QZ67的滤纸酶、木聚糖酶、锰过氧化物酶、木质素过氧化物酶活性均达到最高,分别为4455.87,2742.53,1239.60和10824.18 U/L,漆酶活性在发酵第10天达到最高,为2160.49 U/L。菌株QZ67在30℃、pH 8、160 r/min条件下处理水稻秸秆30 d,相对降解率可达28.95%。红外光谱分析结果表明,在菌株QZ67作用下,水稻秸秆中的纤维素、半纤维素和木质素被降解。X光射线衍射分析结果表明,与未接菌处理相比,菌株QZ67处理30 d后水稻秸秆的结晶度明显降低。扫描电镜观察结果表明,菌株QZ67处理30 d后,水稻秸秆受到严重破坏,原本成束的维管束组织破裂成蜂窝状,基本组织变得松散细碎,水稻秸秆表面的蜡质-硅化层基本脱落。【结论】筛选获得1株具有较强纤维素、木质素降解能力的台中类芽孢杆菌(Paenibacillus taichungensis)QZ67,该菌株能有效降解水稻秸秆,有利于农作物秸秆循环利用,促进绿色农业可
- 郭琪刘瑞徐刚曹颖胡尚连赵博
- 关键词：水稻秸秆生物降解纤维素酶木质素降解酶秸秆利用
- 梁山慈竹新品种‘西科1号’被引量：1
- 2020年
- ‘西科1号’是由梁山慈竹(Dendrocalamus farinosus)通过甲基磺酸乙酯诱变,再进一步筛选出的新品种。一年生竹秆厚被少量白粉,多年生的主枝不明显,纤维素含量高(55.28%),木质素含量低(20.02%),良浆得率高(39.29%),硫酸盐浆的撕裂指数大(16.96 mN·m2·g^-1),耐折度强(2.1),竹材性能好,笋营养丰富,且具有一定观赏性,是优质的工业用、笋用和观赏用竹种。
- 龙治坚胡尚连罗学刚任鹏曹颖卢学琴徐刚
- 关键词：梁山慈竹
- 慈竹生长过程纤维素、木质素及灰分动态积累被引量：3
- 2015年
- 以当年生不同生长高度的慈竹为研究对象,探讨慈竹生长过程中纤维素、木质素和灰分含量的积累规律。结果表明：慈竹不同生长高度纤维素含量顶、中部变化趋势均以对数方式增长;基部纤维素含量和茎秆纤维素总含量变化趋势都呈＂S型＂曲线;各部位木质素含量变化趋势总体呈倒＂S型＂曲线,且不同高度间的木质素含量的差异达显著水平;随着生长高度的增高,茎秆顶部、基部灰分含量以及茎秆灰分总含量总体呈倒＂S型＂曲线变化,中部灰分含量总体呈＂S型＂曲线变化。纤维素总含量、木质素总含量的积累分别集中在茎秆高度为150~800、30~800 cm这个生长时期;灰分总量在300~800 cm保持较高的水平。
- 冯芳敏胡尚连周振华曹颖卢学琴徐刚龙志坚任鹏
- 关键词：慈竹纤维素木质素灰分
- 慈竹WRKY转录因子基因克隆及其胁迫诱导表达被引量：2
- 2016年
- 为了解慈竹WRKY生物学功能以及通过基因工程手段改良竹类植物。利用已获得慈竹转录组数据,克隆获得2条WRKY转录因子,分别命名为BeWRKY1(Gen Bank:KJ462124)和Be WRKY2(Gen Bank:KJ462125),两者分别编码189和295个氨基酸残基。序列分析表明,两者编码的蛋白均含有一个完整的WRKY superfamily的保守结构域。BeWRKY1属于Ⅱc亚家族;Be WRKY2则与Ta WRKY16和AtWRKY39等聚为一枝,属于Ⅱd亚家族。定量PCR分析表明,Be WRKY1和Be WRKY2分别在茎和完全展开叶中具有较高表达量。200mmol·L^(–1)NaCl和20%PEG 6000胁迫处理激活了Be WRKY1表达,却减少了BeWRKY2的转录积累。结果表明BeWRKY1可能短时间内迅速参与逆境响应;Be WRKY2对干旱和ABA胁迫伤害更为敏感,而可能不参与高盐类胁迫保护反应。
- 刘红梅胡尚连曹颖卢学琴徐刚龙治坚任鹏
- 关键词：慈竹WRKY生物信息学分析胁迫诱导
- 青杨4CL基因的克隆及生物信息学分析被引量：2
- 2016年
- 4CL是木质素合成途径中的关键酶，对其进行生物信息学分析，为深入研究4CL的作用奠定基础并为进一步改良青杨提供理论支撑。以青杨嫩茎为试材，采用RT—PCR方法克隆膏杨4CL基因，使用NCBI、DNAMAN及ExPASy等一系列在线软件及工具，对青杨4CL基因的编码区、氨基酸序列及蛋白质的结构和功能进行生物信息学分析。克隆了青杨4CL基因，命名为Pe4CL（GenBank注册号：KJ490636）。该基因全长1623bp，开放阅读框为1—1611bp，编码536个氨基酸，含有4CL的保守域SSGTTGLPKGV和GEICIRG及催化活性残基His-234。Pe4CL与PtCACL同源性最高达97．95％。
- 姜勇胡尚连曹颖卢学琴徐刚龙治坚黄艳
- 关键词：青杨克隆生物信息学分析
- 梁山慈竹体细胞突变体No.30的SLAF-seq特异分子标记分析被引量：3
- 2017年
- 梁山慈竹体细胞突变体No.30具有纤维素含量高、木质素含量高、纤维细胞长度长、纤维细胞长宽比大等特点,但由于梁山慈竹主要进行无性繁殖,不易获得纯合植株,突变体No.30的分子水平鉴定一直无法进行,严重阻碍了该突变体的推广利用。对梁山慈竹体细胞突变体No.30进行特异分子标记分析,并初步确定其性状变异来源。本研究利用SLAF-seq技术分别对突变体No.30以及同地区野生型梁山慈竹群体(CK)的基因组进行了简化基因组测序。经过了测序、建库、多态位点开发、特异多态性位点筛选等过程,最后对特异多态性位点筛选结果进行注释分析。结果发现突变体No.30的GC含量、纯合InDel数低于野生型梁山慈竹,而检测到的InDel总数以及杂合InDel数却高于野生群体。对SLAF-seq得到的InDel、SNP位点进行特异性筛选,获得了突变体No.30中稳定存在的特异InDel/SNP标签,包括特异C-T转换9381个、特异A-G转换9472个、特异InDel 329个。通过对这些特异SLAF标签进行注释,发现有6个特异SNP标签和1个特异InDel与纤维素合成相关,3个特异SNP标签与木质素合成相关,以及4个特异SNP标签和1个特异InDel与纤维细胞形态建成有关。这些结果表明突变体No.30在体细胞培养的过程中在基因组水平上发生了突变,并初步确定了其性状变异来源。但这些特异SLAF标签与突变体No.30在纤维素含量和木质素含量,以及纤维细胞发育等性状方面的相关性仍需进一步验证。
- 王懋林胡尚连曹颍卢学琴徐刚黄艳龙志坚
- 关键词：克隆植物梁山慈竹体细胞无性系
