成媛媛
- 作品数：2 被引量：12H指数：2
- 供职机构：山西农业大学生命科学学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金山西省自然科学基金公益性行业(农业)科研专项更多>>
- 相关领域：农业科学更多>>
- 黄瓜绿斑驳花叶病毒山西西瓜分离物外壳蛋白基因序列分析被引量：5
- 2015年
- 通过病毒dsRNA分离技术、非序列依赖性PCR扩增(sequence-independent amplification,SIA)技术和RTPCR等手段对采自山西太谷的西瓜病样进行了检测与鉴定,确定其为黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)所侵染。为明确CGMMV西瓜分离物(CGMMV-SXTG)的分类地位,本研究进一步克隆了CGMMV-SXTG的外壳蛋白基因(coat protein,CP)全序列并进行序列分析,系统进化树分析显示该分离物与亚洲分离物亲缘关系较近,而与欧洲分离物亲缘关系较远,表明该病毒的不同分离物在分组上可能与地域有一定的关系;接着对不同分离物的CP基因核苷酸序列和氨基酸序列进行同源性比对分析,结果表明该分离物与中国山东分离物(TANG)同源性最高,分别达到99.8%和99.6%。
- 杜江成媛媛牛二波牛颜冰
- 关键词：黄瓜绿斑驳花叶病毒外壳蛋白基因
- 黄芩高通量转录组测序数据组装和分析被引量：7
- 2016年
- 采用高通量测序技术对黄芩的转录组进行测序,获得了29 099 899条reads数据,拼接后得到53 353条Unigene;将所获得的Unigene与COG,GO,KEGG,Swiss-Prot,NR这5个公共数据库进行比对,结果发现,分别有10 756,21 950,8 101,20 339,29 288条Unigene可比对到以上5个数据库中;已注释的Unigene与COG数据库比对后按功能可分为25类;根据GO功能可分为三大类57个亚类;经过与KEGG数据库比对后按照代谢通路可分为116类;利用Get ORF软件进行ORF预测,获得长度大于300 nt的ORF共20 552个;通过SSR分析,共获得5 658个SSR标记。获得的转录组信息可为今后进行黄芩分子标记的开发和关键基因的克隆及功能分析等研究提供基础数据。
- 王德富成媛媛杨锋牛二波牛颜冰
- 关键词：黄芩转录组测序生物信息学分析
